XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemProteins
自然风格的蛋白质循环回收
到2050年，世界的预计人口将为100亿。[1]与如此庞大的人口规模相关的最艰巨的可持续性挑战之一将是处理所有塑料产品[2]，即Poly-ersers的生产和回收。[3]毫不奇怪，在全球范围内进行聚合物回收的研究努力。机械回收倾向于导致原始材料，但质量较低。[4]一个更好的可能性是化学回收，[5,6]，即[7]化学[7] [7]或生物学[8]将聚合物催化为其组成单体，以便将它们重新聚合到同一质量的质量Mate-Mate-Mate-Rial，或A NEW（CO CO）。[9,10]另一种方法是将聚合物重新利用为不同的增值化学物质（升级）。[11-15]两种方法都是闭环，即与统一经济原则兼容。[16]
amala：通过退火突变近似景观对定向进化实验的分析
摘要：基因表达的转录后调节在心脏发育和疾病中起重要作用。心脏特异性替代剪接，协调对心肌细胞组织和收缩至关重要的蛋白质的同工型切换。RNA结合蛋白的功能障碍会损害心脏发育并引起心肌病的主要类型，这代表了一个异常的异常群体，严重影响心脏的结构和功能。尤其是RBM20和RBFOX2的突变与扩张的心肌病，肥厚性心肌病或低塑性左心脏综合征有关。在不同动物模型中的功能分析还提出了其他RNA结合蛋白在心肌病中的可能作用，因为它们参与了组织心脏基因编程。最近的研究为RNA结合蛋白与心血管疾病之间的因果关系提供了重大见解。它们还显示了纠正RNA结合蛋白中致病突变以营救心肌病或促进心脏再生的潜力。因此，RNA结合蛋白已成为心脏疾病功能障碍治疗干预措施的有希望的靶标。挑战仍然是破译它们如何协同调节靶基因的时间和空间表达以确保心脏功能和稳态。本综述讨论了了解心肌病中几种良好表征的RNA结合蛋白的含义的最新进展，目的是确定研究差距以促进该领域的进一步研究。
癌细胞系中临床相关蛋白的药物反应的大规模表征
扰动生物学是一种建模定量细胞行为并理解详细疾病机制的有力方法。然而，癌细胞系对扰动的大规模蛋白质反应资源不可用，从而导致临界知识差距。在这里，我们使用逆相蛋白阵列在> 12,000个癌细胞系样品中生成了〜170种药物化合物的〜210个临床相关蛋白的扰动表达谱。我们表明，整合扰动的蛋白质反应信号提供了对耐药性的机理见解，增加了药物敏感性的预测能力，并有助于识别有效的药物组合。我们构建了“蛋白质 - 药物”连接性的系统地图，并为社区使用开发了一个用户友好的数据门户。我们的研究提供了丰富的资源来研究癌细胞的行为和治疗反应的依赖性，从而实现了广泛的生物医学应用。
激酶抑制剂下拉分析鉴定基于嘌呤结合蛋白的三阴性乳腺癌的化学疗法反应签名
转化相关性鉴定对新辅助化学疗法的病理完全反应（PCR）预测性生物标志物将推进三阴性乳腺癌（TNBC）的精确治疗。为了补充标准的蛋白质组学分析，在分析图43个基线TNBC活检样品的分析中，在分析了多西他赛和甲状腺素新辅助素新辅助化学疗法之前，对激酶抑制剂下拉测定法（KIPA）的优化版本进行了分析。虽然没有基于激酶的显着PCR关联出现，但七个非激酶嘌呤结合蛋白与PCR具有正相关，包括GBP2，GBP5，RAC2，RAC2，ATP6V1B2，NEDD4L，LDHB和KPNA4。使用正交mRNA数据集进行验证表明，复合嘌呤结合蛋白的信号预测了化学疗法的反应性和有利的TNBC结果。也观察到与IFN反应途径，免疫评分和免疫检查点水平（PD-L1）的显着相关性。单细胞RNA测序将GBP5和RAC2鉴定为T细胞相关。因此，KIPA是一种新型的生物标志物发现工具，具有定义免疫反应性和化学疗法敏感肿瘤类型的潜力。
使用高阶的简单复杂传染
摘要 - 神经退行性疾病的特征是复杂的蛋白质错误折叠的大脑内传播。例如，当前的发现突出了2种特定错误折叠蛋白在阿尔茨海默氏症中的作用，这些蛋白质被认为使用脑纤维作为高速公路传播。先前的研究通过模拟模型或基于机器学习的预测变量调查了这种扩散，这些预测因素采用大脑连接组作为基础扩散网络。但是，构造的结构连接组仅描述图中节点之间的成对连接。高阶相互作用复杂网络比正常图提供了显着的优势，因为它们可以捕获超出简单的成对关系船的交互。蛋白质错误折叠和聚集通常涉及正常图的合作行为或群体动力学，其专注于单个边缘，无法充分代表。蛋白质错误折叠的非线性和多尺度可能更适合更丰富的高阶模型。在这项研究中，我们研究了高阶网络在这种情况下是否可以提供改进的拟合和解释能力。更具体地说，我们采用淀粉样蛋白β的简单复杂传染模型来预测蛋白质错误折叠的扩散。Simplicial Cronagion复合物在2年的地平线和其他结果中，阿尔茨海默氏症患者在所有大脑区域的预测蛋白质沉积中产生了0.030的平均重建误差，胜过先前的研究，尤其是对于错误折叠的蛋白质的病例稳定增长。尽管时间范围有限，但这项研究突出了结合先进网络分析以捕获跨神经网络蛋白质聚集的复杂动力学的潜力。临床相关性 - 这项研究突出了高阶网络在阿尔茨海默氏症中提高错误折叠蛋白传播的预测的潜力，从而更好地洞悉了蛋白质聚集动力学。
小鼠结核病感染过程中对IRGM蛋白的差异需求
摘要 结核分枝杆菌 ( Mtb ) 是一种仅寄居在人类宿主中的细菌，并且是全球传染病发病率和死亡率的主要原因。宿主对 Mtb 感染的保护依赖于免疫相关 GTPase 进化枝 M (IRGM) 蛋白的功能。人类 IRGM 的多态性与对分枝杆菌病的易感性改变有关，并且人类 IRGM 促进 Mtb 进入降解的自噬溶酶体。在三种鼠 IRGM 直系同源物中，Irgm1 被认为是在培养的巨噬细胞和体内 Mtb 感染期间宿主保护所必需的。然而，旁系同源鼠 Irgm 基因 Irgm2 和 Irgm3 是否在宿主防御 Mtb 中发挥作用或在 Mtb 感染期间与 Irgm1 表现出功能关系仍未确定。这里我们报告 Irgm1 2 / 2 小鼠确实对结核分枝杆菌气溶胶感染极为敏感，而额外删除旁系同源物 Irgm3 基因可恢复 Irgm1 缺陷动物对结核分枝杆菌感染的保护性免疫力。缺乏所有三个 Irgm 基因（泛 Irgm 2 / 2 ）的小鼠的特点是感染后 5 和 24 周肺细胞因子谱发生变化，但可控制病情直至感染的晚期阶段，此时泛 Irgm 2 / 2 小鼠与野生型小鼠相比死亡率增加。总之，我们的数据表明 Irgm 亚型之间平衡的破坏对结核分枝杆菌感染宿主的危害比 Irgm 介导的宿主防御完全丧失更大，这一概念也需要在与 IRGM 多态性相关的人类结核分枝杆菌易感性的背景下考虑。
HOX蛋白在调节肌肉发育中
HOX基因编码所有双遗物体中指定前轴的进化保守转录因子。HOX蛋白功能以其在外胚层衍生物（例如CNS和脊髓）中的作用而闻名。虽然在脊椎动物骨骼的情况下进行了很好的描述，但对HOX功能在不同肌肉类型的发展中的了解少得多。与脊椎动物相比，在果蝇果蝇中，对果实的果蝇的研究为在肌源性过程的多个阶段的多个阶段提供了宝贵的见解。在这里，我们提供了果蝇和脊椎动物肌肉发育中HOX蛋白功能的全面概述，重点是在此过程中调节靶基因的分子机制。强调了一个紧密的外胚层/中胚层交叉讲话以进行适当的运动，我们讨论了中枢神经系统和肌肉谱系规范之间的共同原理，以及HOX在神经肌肉电路中的新兴作用。
alphafold2预测蛋白在结构兼容性混淆中是否相互作用
表1-用IPTM分数作为预测变量获得的AUC值和不同的AlphaFold2选项。AUC值之间的差异在不同的MSA配对和回收模式（在最后一行中）或由不同网络生成的模型（在每个列中）获得的最佳模型之间的差异在统计学上没有统计学意义。
AffLecto：一个生成Alphafold模型柔性蛋白质构象合素的Web服务器
本质上无序的蛋白质和区域（IDP/IDR）利用其结构性挠性来实现必要的细胞功能，并且功能障碍通常与严重疾病有关。然而，它们的序列，结构动力学和功能角色之间的关系仍然很少理解。将这些复杂关系熟悉的对于特性的发展至关重要，强调了对产生质量IDP/IDR构象异构体的方法的需求。 虽然Alphafold（AF）在建模结构域中表现出色，但它无法准确地代表无序区域，而蛋白质组织的很大一部分不准确。 我们提出了Afflecto，这是一种用户友好的Web服务器，用于生成蛋白质的大构象合奏，其中包括AF结构模型的结构化域和IDR。 通过分析其结构上下文，将IDR识别为尾部，接头或循环。 此外，它结合了一种方法来识别有条件折叠的IDR，AF可能错误地预测为本质上折叠的元素。 使用有效的随机采样算法在全球探索构象空间。 AffLecto的Web界面允许用户通过修改有序区域和分配区域之间的边界以及在几种采样策略之间进行选择来自定义建模。 Web服务器可在https://moma.laas.fr/applications/afflecto/免费获得。对于特性的发展至关重要，强调了对产生质量IDP/IDR构象异构体的方法的需求。虽然Alphafold（AF）在建模结构域中表现出色，但它无法准确地代表无序区域，而蛋白质组织的很大一部分不准确。我们提出了Afflecto，这是一种用户友好的Web服务器，用于生成蛋白质的大构象合奏，其中包括AF结构模型的结构化域和IDR。通过分析其结构上下文，将IDR识别为尾部，接头或循环。此外，它结合了一种方法来识别有条件折叠的IDR，AF可能错误地预测为本质上折叠的元素。使用有效的随机采样算法在全球探索构象空间。AffLecto的Web界面允许用户通过修改有序区域和分配区域之间的边界以及在几种采样策略之间进行选择来自定义建模。Web服务器可在https://moma.laas.fr/applications/afflecto/免费获得。