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文章探讨了青光眼中的眼表面微生物组和撕裂蛋白质组
摘要：尽管青光眼是全球不可逆性失明的主要原因，但其发病机理尚不完全理解，而眼内压（IOP）是靶向这种疾病的唯一可修改的危险因素。已经提出了包括IOP在内的肠道微生物组和青光眼之间的几个关联。越来越多的证据表明，在眼表面上的微生物之间的相互作用称为眼表面微生物组（OSM）和泪液蛋白质（统称为泪液蛋白质组），也可能在诸如青光眼等眼疾病中起作用。这项研究旨在在青光眼患者中找到OSM和撕裂蛋白的特征。32个结膜拭子的全元基因组shot弹枪测序鉴定出肌动杆菌，富公司和蛋白质细菌是同类中的主要门。该物种仅在健康对照中发现，与青光眼患者相比，它们的结膜微生物组可能富含磷脂酶途径的基因。尽管OSM在OSM中存在较小的差异，但与对照组相比，患者表现出与免疫系统相关的许多撕裂蛋白的富集。与OSM相反，这强调了蛋白质组的作用，并可能引起免疫过程在青光眼中的参与。这些发现可能有助于设计针对青光眼和其他相关疾病的新治疗方法。
耐链霉素结核分枝杆菌的全基因组 DNA 甲基化、转录组和蛋白质组概况
耐链霉素（SM）的结核分枝杆菌（ M . tuberculosis ）是结核病（TB）治疗中关注的焦点，但其具体的耐药机制尚不清楚。本研究主要通过多基因组学的联合分析，对链霉素耐药相关基因进行初步筛选。通过全基因组甲基化、转录组和蛋白质组分析，阐明结核分枝杆菌H37Rv中特定基因与链霉素耐药性的关联。甲基化分析显示，SM耐药组与正常组之间有188个基因存在差异甲基化，其中89个基因为高甲基化，99个基因为低甲基化。功能分析显示，这188个差异甲基化基因富集在74条通路中，多数富集在代谢途径中。转录组分析显示耐药组与正常组之间有516个差异表达基因，其中显著上调和下调的基因分别有263和253个。KEGG分析表明这516个基因富集在79条通路上，大多数基因富集在组氨酸代谢途径，甲基化水平与mRNA丰度呈负相关。蛋白质组分析发现56个差异表达蛋白，其中14个上调，42个下调。此外，通过综合分析获得了3个枢纽基因（coaE、fadE5和mprA）。本研究结果提示，整合的DNA甲基化、转录组和蛋白质组分析可为SM耐药结核分枝杆菌H37Rv的表观遗传学研究提供重要资源。
在溶解度、氧化还原和表达维度进行多方面蛋白质组分析以进行目标识别
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。
研究人员分析特定脑细胞的蛋白质组如何随着年龄增长而变化
“转录组（即内皮细胞中所含的 RNA）已经得到了相当全面的绘制，”慕尼黑大学医院中风和痴呆症研究所所长、SyNergy 卓越集群首席研究员、慕尼黑大学教授 Martin Dichgans 说道。“目前缺少的是细胞中完整蛋白质组（蛋白质组）的相应数据。”
通过 pH 依赖性蛋白质沉淀在蛋白质组水平上高效识别药物靶标
基于质谱的蛋白质组学方法是基于配体结合蛋白比游离蛋白对加热诱导沉淀具有更高的抵抗力这一原理。17 它已成功用于识别某些药物的靶标或非靶标，例如抗组胺药氯马斯汀 18 和帕比诺司他。19 我们开发了另一种基于蛋白质沉淀的靶标识别方法，即溶剂诱导蛋白质沉淀法（SIP）。12 SIP 方法已成功用于筛选萘醌天然产物紫草素（SHK）的靶标蛋白，并揭示 SHK 与 NEMO/IKK b 复合物结合。20 最近，通过将 SIP 与现代定量蛋白质组学相结合，建立了溶剂蛋白质组分析（SPP）和溶剂蛋白质组整体溶解度改变（溶剂-PISA）方法以监测靶标参与。21
使用蛋白质语言模型在模型生物中解码蛋白质组功能信息
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年2月15日发布的此版本中显示此版本的版权持有人的预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.02.14.580341 doi：Biorxiv Preprint
核糖测序、免疫肽组学和蛋白质组学能告诉我们有关非规范蛋白质组的哪些信息？
核糖体分析 (Ribo-Seq) 揭示了目前注释的编码序列 (CDS) 之外的数千个非规范核糖体翻译位点，从而改变了我们对人类基因组和蛋白质组的理解。保守估计至少有 7000 个非规范 ORF 被翻译，乍一看，这有可能将人类蛋白质 CDS 的数量扩大 30%，从约 19,500 个注释的 CDS 增加到超过 26,000 个注释的 CDS。然而，对这些 ORF 的进一步审查提出了许多问题，即它们中有多少部分真正产生了蛋白质产物，又有多少部分可以根据对该术语的传统理解理解为蛋白质。进一步复杂化的是，已发表的非规范 ORF 估计值相差约 30 倍，从几千到几十万。这项研究的总结让基因组学和蛋白质组学界既对人类基因组中新编码区域的前景感到兴奋，又在寻找如何继续的指导。在这里，我们讨论了非规范 ORF 研究、数据库和解释的现状，重点是如何评估给定的 ORF 是否可以说是“蛋白质编码”。
lfqratio：一种标准化方法，用于破译微生物共培养系统中的定量蛋白质组变化
摘要：合成微生物群落在生物技术中的价值因其承担比单一培养更复杂的代谢任务的能力而受到关注。但是，通常需要对应变相互作用，生产率和稳定性进行彻底的了解，以优化生长并扩大培养。定量蛋白质组学可以为微生物菌株如何适应生物制造的变化条件提供宝贵的见解。但是，当前的工作流和方法不适用于应变比是动态的简单人工共培养系统。在这里，我们使用包含两个成员Azotobacter Vinelandii和Synechococcus Elongatus的示例系统建立了共培养蛋白质组学的工作流程。研究了影响共培养蛋白质组学定量准确性的因素，包括肽物理化学特征，例如分子量，等电点，疏水性和动态范围，以及与蛋白质鉴定有关的因素，例如蛋白质体大小和种群之间的共享肽。在蛋白质和细胞水平上评估了基于光谱计数和强度的不同定量方法。我们提出了一种名为“ LFQRATIO”的新归一化方法，以反映两种不同细胞类型的相对贡献，这些细胞类型从共培养过程中出现的细胞比率变化出现。lfqratio可以应用于实际共培养蛋白质组学实验，从而为每个菌株中定量蛋白质组变化提供准确的见解。关键字：微生物共培养，定量蛋白质组学，无标签定量，synechococcus，Azotobacter■简介
血浆蛋白质组和未来静脉血栓栓塞的风险 - 亨特研究引起的。
SigridK.Brækkan1.2，AsbjørnL。Onsaker 2，ThereseH.Nøst3.4，Weihong Tang 5，Kristian D. Hindberg 1，Vania M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M.SigridK.Brækkan1.2，AsbjørnL。Onsaker 2，ThereseH.Nøst3.4，Weihong Tang 5，Kristian D. Hindberg 1，Vania M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M.
狗中的尿蛋白质组和代谢组（Canis lupus frainingis）：慢性肾脏疾病的影响
Ferlizza，E。，他们，G.，Dondi，F。，Andreani，G.，Vasselyeva，K.，Bellei，E。等。（2020）。<狗（canis lupus familis）中的分裂蛋白质组和代谢组：慢性肾脏疾病的作用。蛋白质组学杂志，222，1-12 [10.1016/jprot.2020.103795]