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目标反卷积化学蛋白质组学简介
摘要。– 目的：药物-靶标关系为基于网络的多药理学提供了基础，而靶标反卷积是基于表型筛选的药物发现的关键步骤。由于哺乳动物蛋白质组学的复杂性和先导化合物的亲和力通常有限，识别药物靶标具有挑战性，尤其是当目标是识别所有靶标时。本文试图简要全面地介绍化学蛋白质组学中用于靶标反卷积的各种方法，将它们分为两类：生化富集方法和蛋白质组学筛选方法。此外，还简要介绍了相关的质谱技术以及最新进展。材料和方法：本综述的数据来自 Web of Science 和 PubMed，使用的关键词是药物靶标、靶标反卷积和化学蛋白质组学。按照检索策略共检索到500多篇相关文章，时间范围从1953年到2022年。重复记录和综述文章根据标题和摘要排除。最后，我们发现约120篇符合纳入标准的文章，涵盖了各种靶点发现方法的代表性研究和综述。结果：现有的靶点发现方法可以分为生化富集方法和蛋白质组学筛选方法，最近出现了一种结合这两种方法的混合方法，例如赖氨酸反应性分析。生化富集方法的优点是操作简便、靶点覆盖全面。但大多数生化富集方法需要药物与靶蛋白高亲和力结合，不能区分直接/间接靶点。蛋白质组学筛选方法不需要药物修饰，但蛋白质覆盖率有限，大多数不能区分直接/间接靶点。结论：尽管现有的靶标发现方法极大地促进了药理学研究，但每种方法都有其优点和缺点。新的策略
蛋白质组学和慢性淋巴细胞白血病药物再利用面向精准医疗
摘要：慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 是一种血液系统恶性肿瘤，被认为是西方世界最常见的淋巴增生性疾病。该病的特点是分子异质性高，尽管有可用的治疗方案，但仍有许多患者亚组表现出疾病治疗效果不足。挑战在于研究这些患者的个体分子特征和异质性。蛋白质组学分析是一种强大的方法，可以监测遗传信息通量操作符的恒定状态，并可以揭示蛋白质组的异质性和 CLL 患者蛋白质通路的重新连接。本综述总结了 CLL 中所有可用的蛋白质组学研究，并提出了如何利用这些研究结合药物再利用方法寻找有效的治疗方案。药物再利用利用了 FDA 批准或研究药物的安全性和有效性的所有现有知识，并预测药物与关键的 CLL 治疗靶点相结合，从而带来更好的疾病结果。本综述还讨论了 CLL 中的药物再利用研究。下一个目标是将基于蛋白质组学的药物再利用整合到精准医疗中，以及将该程序应用于临床实践，以预测最合适的药物组合，从而确保每个 CLL 患者的治疗和长期生存。
化学蛋白质组学揭示了可溶性环氧化物水解酶作为...
这是以最终编辑形式发表的文章的作者手稿：Sulaiman, RS, Park, B., Sheik Pran Babu, SP, Si, Y., Kharwadkar, R., Mitter, SK, ... & Meroueh, SO (2017). Chemical Proteomics Reveals Soluble Epoxide Hydrolase as a Therapeutic Target for Ocular Neovascularization. ACS chemical biology, 13(1), 45-52. http://dx.doi.org/10.1021/acschembio.7b00854
Tofersen上的靶向蛋白质组学确定候选人...
此预印本版的版权持有人于2024年4月24日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.04.22.24306165 doi：medrxiv preprint
营养蛋白质组学：解锁最佳人类的关键...
抽象蛋白质组学是一个科学领域，致力于研究蛋白质结构功能和生物体中的相互作用。审查论文探讨了蛋白质组学及其在各个研究领域的各种应用方面。评论阐明了蛋白质组在生物体中的关键作用，受其生理状况和周围环境等因素的影响。营养蛋白质组学（称为神经蛋白质组学）采用蛋白质组学方法来研究食物中发现的蛋白质与生物活性成分之间的相互作用。营养蛋白质组学和营养学，可以全面研究营养素和蛋白质如何相互作用和影响人类蛋白质组和基因组。评论强调了探索与疾病相关的蛋白质组改变，并强调了营养蛋白质组学在疾病治疗中的作用。它突出了蛋白质组学在鉴定疾病的生物标志物以及与各种疾病有关的复杂蛋白质水平变化（例如传染病，癌症，心血管疾病和神经退行性疾病）相关的潜力。还讨论了药物发现蛋白质组学技术之间的联系。审查进一步强调了不同的“幻象”学科的整合如何提供对复杂生物系统的整体理解。最终，审查结束了，强调蛋白质组学技术在进行研究和医疗保健方面的有前途的作用。
定量蛋白质组学和在共价配体发现中的应用
基于质谱的蛋白质组学已成为复杂生物样品中蛋白质识别和定量的既定方法，代表了该领域的金标准。在共价药物发现的领域，化学蛋白质组学已成为不可或缺的成分，因为它可以通过蛋白质组学方法通过共价配体诱导的化学修饰映射（Meissner等，2022）。这些技术的成功通过实现高通量和定量分析，彻底改变了现代药物筛查工作。本综述着重于阐明各种定量蛋白质组学技术的原理和方法，包括无标签定量，ITRAQ（用于相对和绝对定量的等速标记）和TMT（tandem质量标签）标签。此外，我们探索了这些工具在定量化学蛋白质组学中的应用，证明了它们在发现共价配体中的实用性。
使用基于13C的蛋白质组学
交叉进食是微生物群落多样性和功能的基础。但是，由于代谢和生物合成中间体的普遍性，跨食式元标志的识别通常是具有挑战性的。在这里，我们在肽中使用13 C同位素追踪来阐明酿酒酵母和乳酸乳酸乳酸菌的共培养中的跨食代谢产物。社区是在乳糖上种植的，作为主要碳源，其分子的葡萄糖或半乳糖分数为13C。数据分析允许可能产生数百种肽的大量偏移，我们可以为这两种物种分配具有认同性的物种和标记程度。标记模式表明，酵母菌利用半乳糖，在较小程度上，乳酸乳杆菌作为碳源共有的乳酸。虽然酵母正如预期的那样向细菌提供必需的氨基酸，但数据还发现了复杂的氨基酸交换模式。在共培养上清液中的代谢产物标记进一步支持了交叉喂养的代谢产物的身份，并且通过社区中半乳糖阴性酵母突变体的适应性降低。一起，我们的结果证明了13 C基于微生物相互作用的13 C蛋白质组学的实用性。
Proteomics International 获得 216 万美元研发税收...
关于 Proteomics International Laboratories (PILL) (www.proteomicsinternational.com) Proteomics International（西澳大利亚珀斯）是 PILL (ASX: PIQ) 的全资子公司和贸易名称，PILL 是一家处于预测诊断和生物分析服务前沿的医疗技术公司。该公司专门从事蛋白质组学领域——对蛋白质的结构和功能进行工业规模研究。Proteomics International 的使命是通过创造和应用创新工具来改善疾病治疗，从而提高生活质量。
影响力的msphere：用单位蛋白质组学扩展CRISPR领域
摘要露西·格洛弗（Lucy Glover）的研究着重于DNA修复和重新组合在寄生虫锥虫瘤抗原变异中的作用，寄生虫锥虫是人类和非洲非洲锥虫病的致病药物。在这种影响力的这种情况下，她反映了Z. J. Waldrip，S。D. Byrum，A。J. Storey，J。Gao等人如何对“基于CRISPR的蛋白质组学分析方法进行蛋白质组学分析”。（Epigenet-ICS 9：1207–1211，2014，https：//doi.org/10.4161/epi.29919）通过获得CRISPR-CAS9的精确性并重新陈述它来查看单位基因局蛋白质组学，从而对她的研究产生了影响。通过在锥虫中使用这项技术，Glover博士和她的同事可以研究修复蛋白的动态积累，并在特定的损害后，并深入了解了双链断裂（DSB）的位置如何决定修复途径的选择以及这可能会在这些寄生虫中影响免疫免疫。
proteoplotter：可执行的蛋白质组学可视化工具与Perseus兼容
。cc-by-nc 4.0国际许可（未获得同行评审证明），他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年12月31日。 https://doi.org/10.1101/2024.12.30.630796 doi：Biorxiv Preprint