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通过生存和病毒载量数据揭示虹鳟对传染性胰腺坏死病毒的抗性遗传学
传染性胰腺坏死病毒 (IPNV) 是虹鳟养殖业动物福利和经济的主要威胁之一。先前的研究已表明，对 IPNV 的抗性存在显著的遗传变异。这项研究的主要目的是调查虹鳟鱼苗对 IPNV 的抗性遗传结构。为了实现这一目标，610 条虹鳟鱼苗（来自 5 个公鱼和 5 个母鱼的全因子交配）接受了来自商业养殖场养殖的大西洋鲑鱼的 IPNV 分离株 (IPNV-AS) 的浴池攻击。使用三种不同的表型评估对 IPNV 的抗性；在 40 天的攻击测试期间记录在鱼上的二元存活率 (BS)、总存活天数 (TDS) 和病毒载量 (VL)。所有鱼都使用 57K Affymetrix SNP 阵列进行基因分型。IPNV-AS 分离株导致总死亡率为 62.1%。生存性状（BS h 2 = 0.21 ± 0.06，TDS h 2 = 0.25 ± 0.07）和 VL 性状（h 2 = 0.23 ± 0.08）的遗传力估计值为中等，表明在虹鳟鱼选择性育种计划中可能选择提高对 IPNV 的抗性。两个生存性状（BS 和 TDS）之间的统一估计遗传相关性表明这两个性状可被视为同一性状。相反，在 VL 和两个生存性状之间发现中等正向负遗传相关性（- 0.61 ± 0.22 至 - 0.70 ± 0.19）。许多 QTL 跨越染色体范围的 Bonferroni 校正阈值的性状的 GWAS 表明所研究性状的多基因性质。发现 10 个可能识别的基因中，大多数与免疫或病毒致病机制有关，这可能是导致 IPNV-AS 存活率显著遗传变异的原因。QTL 验证分析表明，检测到的 QTL 的三种基因型在死亡率和 VL 方面没有显著差异。VL 性状在死鱼苗中表现出较大的变异，并且与两种存活表型具有一致的模式，但死鱼苗和活鱼苗中 IPNV VL 阳性样本的比例没有显著差异
开发rice中标题日期的SNP基因分型测定
标题日期（HD）是由多个基因座控制的至关重要的农艺性状，它可以探讨大米（Oryza sativa L.）的一系列地理和季节性适应。因此，有关跨父母HD基因型的信息对于标记辅助育种计划至关重要。在这里，我们使用Fluidigm 96-Plex SNP基因分型平台来开发基因分型测定，以确定41 HD基因座的等位基因（29个先前具有特征性的基因和12个定量性状基因座[QTLS]，包括新检测到的QTL）。基因分型测定总共区分了144个等位基因（根据文献和公开可用的数据库定义）和QTL。377个品种的基因分型平均显示3.5个等位基因，HD1，GHD7，PRR37和DTH8的多样性高于其他基因座的基因分型，而参考（“ Nipponbare”）基因型在41个基因座的30型中的占主导地位。HD预测模型使用来自200个品种的数据显示出良好的相互作用（r> 0.69，p <0.001），当时用22种未包含在预测模型中的品种进行测试。因此，开发的测定法提供了有关HD的基因型信息，并将实现具有成本效益的繁殖。
遗传学，育种和基因工程以改善棉籽油和蛋白质：评论
高地棉花（山地棉布）是世界领先的农作物，也是最重要的油料种子作物之一。棉花的遗传改善主要集中在纤维产量和质量上。然而，人们对增强的棉籽性状的兴趣和需求增加，包括蛋白质，油，脂肪酸和氨基酸，用于广泛的食物，饲料，饲料和生物燃料应用。作为棉花生产的副产品，棉籽是许多国家的重要食用油的重要来源，也可能是人类消费的蛋白质的重要来源。棉花育种的重点放在高产和提高质量上，已大大降低了可用的自然遗传变异，可有效地在高地棉花内改善棉籽质量。然而，棉籽油和蛋白质含量的遗传变异存在于鹅型和栽培棉花中。已经鉴定出了大量的基因和定量性状基因座（与棉籽油，脂肪酸，蛋白质和氨基酸相关的QTLS）（QTLS），从而提供了重要的信息，以改善棉籽质量。遗传工程在改变蛋白质，油，脂肪酸含量和氨基酸组成的相对水平方面取得了相当大的进步，以增强营养价值和扩展的工业应用。本综述的目的是总结和讨论涉及的棉籽油生物合成途径和主要基因，棉籽油和蛋白质含量的遗传基础，遗传工程，通过CRISPR/CAS9进行基因组编辑以及与棉籽油和蛋白质的数量和质量增强的QTL相关的QTL。
南瓜的全面审查（Cucurbita spp。）
抽象的杯子是全世界种植的各种植物物种，无论是未成熟和成熟的果实而种植的。果实是β-胡萝卜素，维生素和矿物质的最好来源。该农作物起源于南美，墨西哥的多样性最多，但现在遍布全球，亚洲小调是多样性的次要中心。cucurbita pepo和C. moschata是两个最广泛的种植物种，表明对广泛环境的耐受性。系统的繁殖过程导致生产许多适合各种应用的重要品种。自发突变导致无壳的种子品种，从而使种子用于烹饪目的。灌木丛生长习惯，无壳的种子，较高的β-胡萝卜素，生物胁迫，例如真菌（白粉病，淡淡的霉菌，根或冠状腐烂）以及病毒（begomovirus and Potyviruses）疾病是育种的主要焦点。C. okeechobeensis和C. lundelliana是野生物种，具有承受多种疾病的能力。C. moschata，C。maxima，C。Peposubsp的基因组序列。pepo，C。argyrosperma subsp。Argyrosperma和C. argyrosperma subsp。Sororia可用于精确育种。饱和的遗传图和与园艺重要特征相关的QTL的鉴定将有助于使用基因组资源来快速改善和质地发育，并具有生物和非生物胁迫耐受性。关键字：葫芦，南瓜，南瓜，疾病，QTL和基因。
高粱作物繁殖的最新进展
方法：在连续三年的人工接种下评估了三种抗氧蛋白耐基因型的含量的XUHUA13，该近近交系（RIL）种群的抗性抗毒素的抗性XUHUA13与抗氧蛋白耐药基因型6的抗性。进行了遗传连锁分析和QTL-SEQ用于QTL映射。使用二级分离映射群体进一步绘制了候选基因，并通过转基因实验进行了验证。抗抗性和易感性RIL之间的RNA-seq分析用于揭示候选基因的抗性途径。结果：丙氧蛋白产量抗性的主要效果QTL QAFTRA07.1映射到1.98 MBP间隔。基因AHAFTR1（Arachis hypogaea a丙毒素耐药1）在其生产的浓度丰富的重复（LRR）结构域中检测到结构变化（SV），并通过效应触发的免疫（ETI）途径参与了疾病抗性反应。与AHAFTR1相比，AHAFTR1过表达（ZH6）过表达的转基因植物表现出57.3％的A丙氧蛋白（XH13）。基于SV开发了分子诊断标记Aftr.del.A07。与易感对照的中国人（ZH12）相比，三十六条线的含量降低了77.67％以上，是从花生种质种质添加量和育种线鉴定的，通过使用aftr.del.del.del.a07鉴定出来。结论：我们的发现将提供丙氧蛋白产量抗性机制和为进一步育种计划奠定的有意义的基础。2023作者。由Elsevier B.V.代表开罗大学出版。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
基因组方法，用于改善小麦的谷物锌和铁含量
全世界有超过30亿人患有贫血相关的铁缺乏症，并且人数相等的人患有锌的缺乏症。这些条件在撒哈拉以南非洲和南亚地区更为普遍。在发展中国家，发现五十岁以下的儿童患增长和怀孕或哺乳期妇女的儿童受锌和铁的高度高风险。生物体质定义为开发种类的种类，其谷物含有较高水平的微量营养素，例如铁和锌，是最有前途的，成本效益和可持续的方法之一，可以改善资源贫乏家庭的健康状况，尤其是在家庭中融合了某些部分生长的家庭中的农村地区。通过小麦中的常规育种（尤其是谷物锌和铁）进行的生物体现，从野生和相关物种转移了重要的基因和定量性状基因座（QTL），从而做出了显着的贡献。尽管如此，小麦晶粒中铁和锌水平的定量，遗传复杂的性质限制了传统繁殖的发展，因此很难获得产量和晶粒矿物质浓度的遗传增益。小麦生物增强物可以通过增强矿物质吸收，矿物质的来源到链接易位以及它们沉积到谷物中以及矿物质的生物利用度来实现。在小麦中检测到了许多对这些特征的QTL，具有重大和较小的效果；将最有效的繁殖线引入将增加谷物锌和铁浓度。实现此目标的新方法包括标记辅助选择和基因组选择。需要合并更快的育种方法，以同时增加小麦育种线中的谷物矿物质含量和产量。
密码阅读器：你的天赋在发挥作用
塞拉利昂弗里敦理工学院最近举办的教师培训研讨会展示了 CODE 的 QTL 框架是如何实施的。CODE 的识字教育和性别专家 Julie Donohue-Kpolugbo 分享道：“研讨会重点关注三个关键领域：培养教师的知识和技能，以应对提高学生识字率的当前挑战，帮助他们在真实的课堂环境中应用新技术，并鼓励反思性实践以改进和提高他们的教学。我们正在超越一刀切的方法，推广量身定制的教学方法，培养一种持续成长和进步的文化。”
全基因组对定量性状基因座的检测和候选基因对早期大豆中种子糖组成的预测
摘要：种子糖成分，主要包括果糖，葡萄糖，蔗糖，raf鼻和stachyose，是大豆[甘氨酸Max（L.）Merr。]种子质量。但是，对大豆糖成分的研究是有限的。为了更好地了解大豆种子中糖成分的遗传结构，我们使用了323个大豆种质添加剂的种群进行了全基因组关联研究（GWAS），这些研究在三种不同的环境下进行了生长和评估。在GWAS中选择并使用了总计31,245个单核苷酸多态性（SNP）≥5％（MAFS）≥5％，缺少数据≤10％。与单个糖相关的分析72定量性状基因座（QTL），与总糖相关的14个。在六个染色体的铅SNP的100 kb旋转区域内的十个候选基因与糖含量显着相关。根据GO和KEGG分类，大豆中的糖代谢涉及八个基因，并在拟南芥中显示出相似的功能。另外两个位于与糖相关的已知QTL区域中，可能在大豆的糖代谢中发挥作用。这项研究促进了我们对大豆糖组成的遗传基础的理解，并促进了控制这种特征的基因的鉴定。认同的候选基因将有助于改善大豆中的种子糖成分。
计算机视觉支持的 GWAS 识别出大量毛果杨植物再生的候选调控因子
植物再生是植物繁殖的一个重要方面，也是转基因植物生产的关键步骤。然而，不同基因型和物种的再生能力差异很大，其分子基础在很大程度上是未知的。全基因组关联研究 (GWAS) 等关联作图方法早已证明能够帮助揭示植物性状变异的遗传基础；然而，这些方法的性能取决于表型分析的准确性和规模。为了对模型树杨树的植物愈伤组织和芽再生进行大规模 GWAS，我们开发了一个涉及语义分割的表型组学工作流程，以量化再生植物组织随时间的改变。我们发现得到的统计数据高度非正态分布，因此采用了变换或排列以避免违反 GWAS 中使用的线性模型的假设。我们报告了超过200个统计学上支持的数量性状基因位点（QTL），其中基因包含或接近顶级QTL，包括细胞粘附、应激信号和激素信号通路的调控因子，以及其他多种功能。我们的研究结果鼓励植物再生过程中激素信号转导模型除了通常考虑的生长素和细胞分裂素途径外，还应考虑应激相关信号（例如涉及茉莉酸和水杨酸）的关键作用。我们鉴定的假定调控基因和生物学过程为理解植物再生的生物学复杂性提供了新的见解，并可能成为改善顽固基因型和物种再生和转化的新方法。