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牛奶和奶制品中甲型流感病毒的提取和检测 - 2024 年 8 月 22 日
a. 95% 乙醇（Sigma E7023 或同等溶液） b. 不含 DNase/RNase 的水（Life Technologies AM9937 或同等溶液） c. 去离子水/蒸馏水/Milli-Q 水 d. NaCl（Sigma S3014 或同等溶液） e. NaOH（Sigma S5881 或同等溶液） f. HCl（Sigma H1758 或同等溶液） g. 甘氨酸（Sigma G7126 或同等溶液） h. 10X PBS 组织培养 (tc) 级（Sigma P5493）稀释至 1X i. KCl（Sigma P9541 或同等溶液） j. 磷酸二氢钾（Sigma P9791 或同等溶液） k. 磷酸氢二钠（Sigma S5011 或同等溶液） l. 甘油（Sigma G5516 或同等溶液） m.无 DNase/RNase 微量离心管，不粘连、低吸附、硅化 0.5 ml（Life Technologies AM12350 或同等产品） n. 无 DNase/RNase 微量离心管 1.5 ml，不粘连、低吸附、硅化（Life Technologies AM12450 或同等产品） o. 无 DNase/RNase 微量离心管 2.0 ml，不粘连、低吸附、硅化（Life Technologies AM12475 或同等产品） p. 过滤屏障防气溶胶微量移液器吸头，无 DNase/RNase（0.2 – 1000 µl） q. Qiagen QIAamp 病毒 RNA 小量试剂盒（Qiagen 52904） r. Qiagen 收集管（Qiagen 19201） s. OneStep™ PCR 抑制剂去除试剂盒（Zymo Research D6030） t. 2.0 mL 微量离心管，不含 DNase/RNase（USA Scientific 1620-2799 或同等产品） u. OneStep RT-PCR 试剂盒（Qiagen 210210 或 210212） v. Ambion Superase·In RNase 抑制剂（20 单位/µl）；Life Technologies AM2694 (2,500 U) 或 AM2696 (10,000 U) w. Eppendorf DNA LoBind Tubes 5.0 mL Fisher Scientific 0030108310 或同等产品 x. 15 ml 聚丙烯锥形管（Fisher Scientific 14-959-70C 或同等产品） y. 50 mM MgCl 2（BioRad 1708872 或同等产品）或 25 mM MgCl 2（ThermoFisher Scientific AB0359 或同等产品）z.内部对照 RNA（BioGX 目录号 750-0001 - 联系公司）aa. 所有 RTqPCR 检测的标准脱盐引物和 HPLC 探针（Integrated DNA Technologies 或同等公司）bb. RT-qPCR 阳性对照（甲型流感病毒的定量基因组 RNA
MethodEnwechsel定量PCRfür爱泼斯坦Barr病毒（EBV）und bk-Polyomavirus（bkv）AB6。MAI2024
PCR分析EBV和BKV的定量证据是通过6。2024年5月的高度自动化Alinity M系统（fa。Abbott）进行。 测试与到目前为止使用的测试系统非常吻合（Qiasymphony/ rotgenene，fa。 div。 qiagen）on and量化EBV或 bkv参考各自的“第一个国家标准”。 这导致使用标准化的测量单元“ IU/ml”。 在与以前的方法直接比较时，使用新方法的测量值较低：Abbott）进行。测试与到目前为止使用的测试系统非常吻合（Qiasymphony/ rotgenene，fa。 div。qiagen）on and量化EBV或bkv参考各自的“第一个国家标准”。这导致使用标准化的测量单元“ IU/ml”。在与以前的方法直接比较时，使用新方法的测量值较低：
用于表观遗传学研究的 FFPE 肿瘤样本的规模化制备
图 4. Charles River Laboratories 共享了小鼠模型患者来源的异种移植瘤 (PDX) 的 FFPE 卷轴。来自 2 名患者样本的 PDX 肿瘤被嵌入 1 至 7 年的石蜡块中。使用 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒从核材料中提取 gDNA，并通过 Agilent TapeStation 评估 DNA 完整性评分 (DIN)。K562 对照 A (未固定) gDNA 由 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒提取，K562 对照 B (未固定) gDNA 由 Zymo Quick-DNA/RNA 纯化试剂盒提取，以提供来自 2 个 DNA 提取试剂盒的高质量样本示例。顶部代表性图像：明场碎片。底部代表性图像核标记：碘化丙啶。
CRISPR 工作流程中的内毒素及其对转染效率的影响
图 3. 内毒素水平比较。根据制造商说明 (Lonza)，使用 Limulus Amebocyte Lysate (LAL) 测试测量使用 QIAGEN 的 EndoFree Plasmid Kit 和 QIAGEN Plasmid Plus Kit 以及 Zymo 的 ZymoPureII Endo-Zero Plasmid Kit 制备的质粒 DNA 样本中的内毒素水平。对于每个试剂盒，对 2 个样本进行 1:100 稀释，重复三次测试。测试的标准曲线范围在 0.005 EU/ml 和 50 EU/ml 之间。EndoFree Plasmid Plus 试剂盒产生的质粒 DNA 不含任何可检测的内毒素，而 Plasmid Plus 试剂盒提供的质粒 DNA 中内毒素含量显著降低。相比之下，ZymoPureII 产生的质粒 DNA 含有大量内毒素。通过琼脂糖凝胶电泳评估的两个试剂盒的质粒 DNA 的产量和质量相当（未显示数据）。
法医学
•使用QIAAMP DNA FFPE组织试剂盒（Qiagen）进行DNA提取。•使用该套件的建议总DNA输入量（适用10 ng或100 ng）对五个样品进行了四种不同的处理，并进行了相关的模板量为1NG。•WGA使用GenomePlex®完整WGA试剂盒（Sigma-Aldrich），Illinea™Ready-Go™Genomiphi™V3（GE Healthcare Life Sciences），Repli-G FFPE Kit（Qiagen）进行。•根据制造商的协议，使用Infinium HD FFPE还原套件（Illumina）进行DNA修复。插入/删除（Indels）可以从福尔马林损坏（FD）样本中提供最有证明的信息，以实现人类识别（HID）目的。结果表明，FD样品的生产力方法可能是使用大量平行测序（MPS）技术利用Indel面板或SNP标记。
比较DNA萃取方法用于检测罐头金枪鱼种类的DNA迷你 - 巴尔编码
金枪鱼因其高需求，快速生产率和广泛的价格点而容易受到物种错误标签的影响。DNA条形码是一种基于测序的技术，可以通过靶向标准的DNA区域来检测物种错误标签。线粒体控制区域（CR）DNA条形码已被发现能够对金枪鱼进行物种歧视，但是从罐头金枪鱼中回收整个DNA碎片是一项挑战。虽然CR的短片段（称为“迷你 - 巴士”）显示出在罐装金枪鱼物种识别方面的成功，但需要更多的研究以提高识别率。这项研究的目标是确定使用CR Mini-Barcoding鉴定罐头金枪鱼的最佳DNA提取方法。使用标记为Albacore，Light Tuina，Skipjack或Yellowfn的24个不同的金枪鱼的样品组比较了四个商业DNA提取试剂盒。所有样品均以重复测试。使用Qiagen Dneasy血液和组织试剂盒和Qiagen Dneasy Mericon食品试剂盒发现了最大的成功，这导致了42％的样品鉴定物种。相比，MP生物医学fastPREP-24 + MACHERY-NAGEL NUCLOSPIN组织试剂盒导致了30％样品的物种识别，以及Qiagen Dneasy血液和组织 + PowerClean Pro Clearup Kit在物种鉴定中导致了21％的样品。总体而言，与CR小型金枪鱼产品一起使用的最佳表现DNA提取方法被确定为Dneasy血液和组织试剂盒和Dneasy Mericon食品套件。
dneasy®血液和组织手册
*可以使用转子 - 赋予均匀均质器（例如Tissueruptor II）或珠磨机（例如TissuelySer II）来提高裂解效率。一种补充方案，允许使用TissuelySer II同时破坏多达48个组织样品，从Qiagen技术服务中获得。
临床上无症状的间日疟原虫感染。......
50 毫升毛细血管血样（n = 295）在现场保存在液氮中，随后储存在 -20°C 下，用于在自动化 QIASymphony 平台（Qiagen）上使用 QIAsymphony DNA Investigator 试剂盒（德国希尔登 Qiagen）提取寄生虫 DNA。最终 DNA 洗脱体积为 100 µL。使用基于 SYBR Green 的属特异性定量 PCR 进行疟疾分子筛查。引物对（PCBF，5'-ATG CTT TAT TAT GGA TTG GAT GTC-3' 和 PCBR，5'-CAG ACC GTA AGG TTA TAA TTA TGT-3'）靶向人类感染疟原虫的细胞色素b（cytb）基因的保守序列（21），检测阈值为每微升 0.2 个扩增子拷贝（相当于每毫升约 4 个疟原虫，假设每个单核血液阶段疟原虫平均有 50 个线粒体基因组拷贝）。20 微升反应体系含有 5 微升 DNA 溶液、7.5 微升
分析物的人类基因组产品
1 Oragene•DX产品手册。 pd-hb-00001 2非侵入性的，辅助收集的高量和质量基因组DNA从幼儿的唾液中。 DNA Genotek。 PD-WP-018 3 Oracollect•RNA产品手册。 DNA Genotek。 pd-hb-00021 4总DNA和RNA产生250μl等分试样的综合剂•根据Oragene•DX人为因素研究的结果，用Qiagen rneasy powermicrobiome kit 5提取的唾液DNA和RNA [K141410和K192920]。1 Oragene•DX产品手册。pd-hb-00001 2非侵入性的，辅助收集的高量和质量基因组DNA从幼儿的唾液中。DNA Genotek。PD-WP-018 3 Oracollect•RNA产品手册。DNA Genotek。pd-hb-00021 4总DNA和RNA产生250μl等分试样的综合剂•根据Oragene•DX人为因素研究的结果，用Qiagen rneasy powermicrobiome kit 5提取的唾液DNA和RNA [K141410和K192920]。
血斑卡上动物粪便物质的 DNA 提取方案
159 图 2. 实验设置以确定适用于 DBS 的 DNA 提取和纯化方案 160。测试的不同方法是 DNA_P1) QIAsymphony® PowerFecal® Pro DNA 161 试剂盒（目录号 938036，Qiagen），包括在 FastPrep-24™ Classic 162 上以 6 m/s 的速度进行 6 轮均质化 162 60 秒，中间休息 5 分钟，然后用 163 蛋白酶 K 600 mAU/ml（Qiagen）消化，然后在 QIAsymphony® SP 164 机器人（Qiagen）上进行自动纯化。DNA_P2) 执行与 DNA_P1 相同，但不进行蛋白酶 K 处理。 DNA_P3) ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit (Zymo Research Corp., Irvine, CA, USA) 经 FastPrep-24™ Classic 匀浆化后，以 6m/s 的速度匀浆 60 秒，共 6 轮，中间间隔 5 分钟。DNA_P4) MagNA Pure 96 DNA 和 Viral NA 小容量试剂盒在 MagNA Pure 96 仪器 (Roche, Basel, Switzerland) 上进行，采用蛋白酶 K 预处理步骤和标准缓冲液，使用针对双链 DNA 和下一代测序优化的 DNA Blood ds SV 方案。其中，DNA_P1、DNA_P2、DNA_P3 和 DNA_P4 用于从模拟物、空白和猪粪便中提取 DNA，DNA_P1 在所有研究动物的粪便上进行性能测试，此外还对阳性和空白对照进行了三份重复测试。使用 DNA_P1 从牛、马、犬、羊和猪的粪便中提取 DNA，并在 Illumina NovaSeq 上进行测序，从每个样本中生成 >2000 万个 PE 读数。这些数据集用于告知所需的测序工作量。