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研究论文生物信息学分析，用于鉴定与乳腺癌中与骨转移有关的关键基因和长期非编码RNA
乳腺癌中骨转移的分子机制在很大程度上未知。在此，我们旨在使用生物信息学方法来确定与乳腺癌的骨转移有关的关键基因和长期非编码RNA（LNCRNA）。我们使用GSE66206数据集中的基因表达综合群筛选了正常乳腺癌和乳腺癌骨转移样品之间差异表达的基因和LNCRNA。我们还构建了差异表达的LNCRNA-MRNA相互作用网络，并分析了节点度以识别驱动基因。找到了乳腺癌骨转移的潜在致病模块后，我们确定了与模块中基因和LNCRNA的乳腺癌骨转移相关模块和功能富集分析。基于上述分析，我们构建了与乳腺癌中骨转移相关的差异表达的LNCRNA-MRNA网络，并鉴定了包括BNIP3和LNCRNA RP11-317-J19.1的核心驱动基因。核心驱动基因和LNCRNA在网络中的作用意味着它们在调节骨骼发育和重塑方面的生物学功能。因此，针对网络中的核心驱动基因和LNCRNA可能是管理骨转移的有前途的治疗策略。
2021; 17(1): 220-235. doi: 10.7150/ijbs.50730 综述 长链非编码 RNA：肝细胞癌治疗和诊断的潜在生物标志物和靶点
肝细胞癌 (HCC) 是全球癌症相关死亡的主要原因之一。越来越多的研究表明，长链非编码 RNA (lncRNA) 是一类长度超过 200 个核苷酸但缺乏编码蛋白质能力的新 RNA，在 HCC 的发生和发展中起着至关重要的作用。lncRNA 通过调节下游靶基因表达和癌症相关信号通路促进肿瘤细胞的增殖、迁移、侵袭、自噬和凋亡。同时，lncRNA 可用作预测 HCC 治疗策略（例如手术、放疗、化疗和免疫治疗）疗效的生物标志物，并可作为 HCC 诊断和治疗的潜在个性化工具。在本综述中，我们概述了 lncRNA 作为 HCC 手术、放疗、化疗耐药、靶向治疗和免疫治疗的潜在生物标志物的最新发现，并讨论了 lncRNA 作为 HCC 诊断和治疗工具的潜在临床应用。
2024; 15（6）：1770-1778。 doi：10.7150/jca.90620研究论文外部介导的人工循环RNA用于膀胱癌基因治疗
膀胱癌（BCA）是影响男性的最常见的恶性肿瘤之一。致癌转录因子在人类癌症进展中起重要调节剂。在我们的研究中，我们旨在构建人工循环的非编码RNA（aciRCRNA），这些功能单元由三个功能单元组成，这些功能单位模仿CRISPR-CAS系统并阐明其在膀胱癌中的治疗作用。此外，还进行了调节aciRCRNA和CRISPR-DCAS系统之间基因表达的效率的比较。我们连接了TFS适体的cDNA序列，并构建了一个circrna。为了证明平台的实用性，选择了β -catenin和nf -κB作为功能靶标，而T24和5637细胞系作为测试模型。实时定量PCR（QPCR），双荧光素酶测定和相关表型测定法被用于检测相关基因的表达和治疗效果。为了阐明ACIRCRNAS的功能，采用了能够检测β-蛋白酶和NF-κB表达的荧光素酶载体来评估aciRCRNA对β-Catenin和NF-κB的抑制作用。因此，确定了涉及acircrna-3的最佳组合。接下来，使用QPCR分析来评估aciRCRNA处理后靶标基因的相对表达水平。使用C-Myc和Cyclin D1的表达来确定β-蛋白酶的功能，而BCl-XL和TRAF1用于确定NF-κB的功能。ACIRCRNA抑制了BCA细胞中的β -catenin和NF -κB相关的信号传导。CD63-Hur融合蛋白用于将aciRCRNA加载到外泌体中。结果表明，aciRCRNA可以抑制目标转录因子的活性，并且抑制作用优于cripsr-dcas9-krab。此外，功能实验表明，膀胱细胞中阿西尔纳的转染导致增殖减少，凋亡增强和抑制迁移。总而言之，与CRISPR-DCAS9-KRAB系统相比，我们的合成基因装置表现出抗肿瘤调节能力，并显示出更高的肿瘤抑制效率。因此，我们的设备为癌症治疗提供了一种新的策略，可能是癌细胞的有用策略。
2024抽象书
6 TUESDAY, September 3—9:00 AM SESSION 2 LONG NON-CODING AND CIRCULAR RNAs Chairperson: Woan-Yuh Tarn, Academia Sinica, Taipei, Taiwan The compartmentalization of long non-coding RNA in controlling mitoribosome assembly and its implications for chronic inflammatory diseases in joints Sangmin Yong, Myeong-Gyun Kang, Hyun-Woo Rhee, Jin-hong Kim [20'+10']主持人隶属关系：韩国首尔汉城国立大学；韩国首尔基础科学研究所。
鉴定阿尔茨海默氏病中不受管制的lncRNA
Non coding RNAs (ncRNAs), as long non coding RNAs (lncRNAs), circular RNAs (circRNAs) and microRNA (miRNAs) are key regulators of many cellular processes and are known to be widely expressed in the brain where they play crucial roles in proliferation, survival, metabolism and differentiation of neuronal cells ( Salta and De Strooper, 2017 ).在NCRNA中，LNCRNA在转录和转录后水平上的基因表达的新型表观遗传调节剂受到了越来越多的关注（Nadhan等，2022）。随着测序技术的进步，转录组学研究逐渐识别出新的LNCRNA，即使仍然缺乏全面的功能注释。据估计，大约40％的lncRNA在脑组织中特异性表达，它们参与了不同的脑生理功能（Zimmer-Bensch，2019; Srinivas et al。，2023）。在几种神经退行性病理中，LNCRNA的失调表达与神经元损伤有关，例如AD，帕金森氏病（PD），肌萎缩性侧面硬化症（ALS）和亨廷顿氏病（HD）（HD）（HD），但如何影响这些疾病的疾病，这些疾病是否仍未影响这些疾病的发作（srinivas et srinivas等）。到目前为止，在AD中，最有记录的LncRNA放松管制是lncRNA，是源自已知的AD相关基因的MRNA的反义转录，作为Bace1-AS，51A，17A和BC200，这些基因已直接参与A iposition和neuromation（Fagsphopphormation and neuromation and flagiration and a a a a iarlimation（fagsphoft）。等人，2012年； Ahmadi等人，2020年；此外，对死后人类大脑的转录组分析表明，尽管LNCRNA在疾病发作中的作用仍然难以捉摸，但AD患者的基因表达显着改变（Cain等，2023）。这一证据，以及他们对新的AD治疗策略的开采的可能性，逐渐要求对LNCRNA在AD中的作用进行更深入的研究（Balusu等，2023）。
综述裂殖酵母和哺乳动物中长 RNA 介导的染色质调控
从酵母到哺乳动物，真核生物基因组可以根据发育或环境状态进行广泛转录。据估计，大多数裂殖酵母 (S. pombe) 和人类基因组都具有转录能力 [1,2]。尽管蛋白质编码基因在所有转录基因组单位中只占极小部分，但它们在历史上获得了最多的研究关注。然而，鉴于新一代测序和基因组编辑方法的最新进展，人们越来越多地参与阐明编码调控 RNA 的基因的功能相关性。这些包括非编码 RNA 和具有编码和非编码双重属性的双功能 RNA。非编码基因的转录产物可大致分为小分子非编码 RNA 或长分子非编码 RNA (lncRNA)。小的非编码 RNA 长度小于 200 个核苷酸，主要包括微小 RNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA)、tRNA 衍生的小 RNA (tsRNA) 和 piwi 相互作用 RNA (piRNA)。它们在转录组和染色质调控中的作用已在其他地方进行了广泛综述，本文将不再赘述 [3–8]。长 RNA（长度 > 200 个核苷酸）称为长的非编码 RNA (lncRNA)，据信不会翻译成蛋白质。与信使 RNA (mRNA) 相比，许多 lncRNA 的序列保守性较差，稳定性较差，主要存在于细胞核内。在酵母、植物和动物中，编码 lncRNA 的基因数量远远超过编码 mRNA 的基因数量 [9–12]，这表明真核生物中存在大量无功能转录噪音，或者仍有许多功能性 RNA 有待鉴定。然而，有人争论说，一些注释的 lncRNA 可能被错误注释，并且可以翻译 [13–15]。这种想法得到了核糖体
卵巢癌中的竞争性内源性 RNA 网络
上皮性卵巢癌是造成大多数卵巢恶性肿瘤的元凶，其高度侵袭性和化疗耐药性一直是使用主流疗法治疗患者的主要障碍。近几十年来，微小RNA（miRNA）、环状RNA（circRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）和竞争性内源性RNA（ceRNA）在卵巢癌发展中的重要性得到了重视。这些RNA之间的这种隐藏语言导致人们发现卵巢癌细胞中存在巨大的调控网络，这些网络对基因表达有重大影响。除了为靶向治疗提供充足的机会外，circRNA和lncRNA介导的ceRNA网络成分还提供了宝贵的生物标志物。本研究全面、最新地回顾了这些ceRNA网络在卵巢癌发生、治疗、诊断和预后标志中的重要性的最新发现。此外，它还为作者提供了单细胞 RNA 测序和个性化医疗时代的未来视角。关键词：环状 RNA、竞争性内源性 RNA、长链非编码 RNA、microRNA、卵巢癌
牡蛎疱疹病毒 1 感染期间的 ADAR 编辑：事实与局限性
摘要 在感染巨牡蛎 (Crassostrea gigas) 的过程中，牡蛎疱疹病毒 1 (OsHV-1) RNA 会通过 A 到 I 的转化进行酶促修饰。与 OsHV-1 RNA 平行的 ADAR1 表达和超编辑活性的增加表明 dsRNA 编辑与抗病毒反应之间存在功能性联系。我们分析了 87 个 RNA 测序数据集，这些数据集来自暴露于 OsHV-1 的免疫致敏、抗性和易感牡蛎，以比较宿主和病毒转录本上的 ADAR 超编辑水平并追踪牡蛎基因上的超编辑。尽管在感染后期病毒 RNA 的编辑有所增加，但宿主 RNA 比病毒 RNA 更容易发生超编辑。一组占牡蛎转录组 0.5% 的基因（包括几个含三部分基序的序列）不断被超编辑。相反，我们鉴定出参与抗病毒反应、miRNA 成熟和表观遗传调控的基因，这些基因仅在特定条件下被过度编辑。尽管技术和生物学瓶颈阻碍了对双壳类“RNA 编辑组”的理解，但现有的工具和技术可以适用于双壳类软体动物。
牡蛎疱疹病毒 1 感染期间的 ADAR 编辑：事实与局限性
摘要 在感染巨牡蛎 (Crassostrea gigas) 的过程中，牡蛎疱疹病毒 1 (OsHV-1) RNA 会通过 A 到 I 的转化进行酶促修饰。与 OsHV-1 RNA 平行的 ADAR1 表达和超编辑活性的增加表明 dsRNA 编辑与抗病毒反应之间存在功能性联系。我们分析了 87 个 RNA 测序数据集，这些数据集来自暴露于 OsHV-1 的免疫致敏、抗性和易感牡蛎，以比较宿主和病毒转录本上的 ADAR 超编辑水平并追踪牡蛎基因上的超编辑。尽管在感染后期病毒 RNA 的编辑有所增加，但宿主 RNA 比病毒 RNA 更容易发生超编辑。一组占牡蛎转录组 0.5% 的基因（包括几个含三部分基序的序列）不断被超编辑。相反，我们鉴定出参与抗病毒反应、miRNA 成熟和表观遗传调控的基因，这些基因仅在特定条件下被过度编辑。尽管技术和生物学瓶颈阻碍了对双壳类“RNA 编辑组”的理解，但现有的工具和技术可以适用于双壳类软体动物。