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批量RNASEQ数据分析简介
## kegg_code scientific_name ## 26 mmur microcebus murinus ## 30 mmu mus musculus ## 31 mcal mus caroli ## 32 mpah mus pahari ## 34 mcoc mastomys coucha ## 40 pleu peromyscus lemyscus leucopus ## 50 plopime pacime ## Myotis ## 188 CSTI Colius Striatus ## 5722 ASF Candidatus Arthromitus sp。SFB-Mouse-JEAPAN ## 5723 ASM Candidatus Arthromitus sp。SFB-MOUSE-YIT ## 5724 ASO CANDIDATUS ARMTHROMITUS sp。SFB-mouse-NL ## common_name ## 26 gray mouse lemur ## 30 house mouse ## 31 Ryukyu mouse ## 32 shrew mouse ## 34 southern multimammate mouse ## 40 white-footed mouse ## 50 Pacific pocket mouse ## 113 greater mouse-eared bat ## 188 speckled mousebird ## 5722 Candidatus Arthromitus sp.SFB-Mouse-JEAPAN ## 5723 Candidatus Arthromitus sp。sfb-Mouse-yit ## 5724 candidatus arthromthomitus sp。sfb-Mouse-nl
Askor，RNASEQ数据分析的R软件包
农业生态系统的生物信息学平台（BIPAA）是法国农业，食品和环境研究所（INRAE）的生物启发性平台。它致力于支持与农业生态系统相关的昆虫开发的基因组学和基因组学计划，并协助多个从事Arthopod基因组学工作的社区的合作和协调。该信息系统是十多年前创建的，以支持国际蚜虫基因组学联盟（IAGC），以注释和策划PEA蚜虫基因组[1]，并经过不断的改进并扩展到phylloxera基因组的最新成就（daktulosplaira paroseraheyter paraster paraster（2]）[2] Campoletis Sonorensis [3]，Cotesia Congregata [4]，Aphidius Ervi和Lysiphlebus Fabarum [5]）或Spodoptera Frugiperda [6]。因此，BIPAA是几个公共参考数据库的所在地，包括蚜虫，鳞翅目和parwaspDB，每个数据库都有多种昆虫基因组。总共有38个基因组目前可在线获得，其基础设施已经发展为支持众多新基因组的负载并促进浏览和导航。对于每个物种，Web应用程序的集合允许用户探索参考基因组或转录组组件和注释（例如基因组浏览器，基因报告），以比较基因组学区域（同义查看器），以使用多种工具分析这些数据（例如对齐各种序列，注释，SNP预测等）通过专用的Galaxy服务器[7]或特定的Web应用程序（例如爆炸形式），或通过策划Apollo [8]中的基因组注释来纠正或添加信息。RNA-Seq研究现在负担得起，并且在许多实验室中广泛使用。在昆虫科学中，目前仍用于研究现象，例如整个昆虫的分子反应，器官和组织对不同的生物或非生物胁迫的组织，包括暴露于杀虫剂，微生物感染或对不同宿主的喂养，以及对我们对基因表达的改善与免疫的知识的改善，
GraphComm：一种基于图的深度学习方法，用于预测单细胞 RNAseq 数据中的细胞间通讯
1 加拿大多伦多大学健康网络玛格丽特公主癌症中心 2 加拿大多伦多大学医学生物物理学系 3 德国亚琛工业大学实验医学与系统生物学研究所 4 加拿大多伦多人工智能矢量研究所 5 加拿大多伦多彼得·蒙克心脏中心 6 加拿大多伦多大学计算机科学系 7 加拿大多伦多大学实验室医学与病理生物学系
使用FFPE样品基于测量前实验室指标和后期的生物信息学指标
抽象背景：福尔马林固定，隔离（FFPE）组织在识别风险生物标志物方面具有许多优势，包括广泛的可用性和扩展后续终点的潜力。但是，源自档案FFPE样品的RNA质量有限。在这里，我们确定了确定哪些FFPE样品有可能成功提取RNA，库制备和生成可用RNASEQ数据的参数。方法：我们优化了旨在与FFPE样品一起使用的图书馆制备方案，该方案使用七个FFPE和新鲜的冷冻复制对，并使用来自患有良性乳房疾病的女性的130个FFPE活检的研究集测试了优化的方案。指标，并将其与生物信息学测序汇总统计数据进行了比较。最后，建立了一个决策树模型，以了解由生物信息学指标确定的序列前实验指标与QC通过/失败状态之间的关系。结果：失败的生物信息学QC的样品往往在同类中的样本中位相关性较低（Spearman相关性<0.75），映射到基因区域的读取数量少（<2500万），或较少的检测基因（11,400个具有TPM> 4）的检测基因＃）。QC失败样品的中值RNA浓度和捕获前库值分别为18.9 ng/ul和2.08 ng/ul，其显着低于QC Pass样品的显着低（40.8 ng/ul和5.82 ng/ul）。我们基于输入RNA浓度，输入库值值构建了决策树模型，并在预测FFPE样本的QC状态（PASS/FAIL）时达到了F分数为0.848。结论：我们通过评估生物信息学和样品指标，为乳腺组织中的FFPE样品提供了生物信息学质量控制建议。我们的结果表明，用于文库制备的25 ng/ul FFPE提取的RNA的最低浓度和1.7 ng/ul预制库的输出，以实现足够的RNA-Seq数据，以进行下游生物信息学分析。
Calogero的实验室和BGCore -Calogerolab
•我们的工具，包括用于批量RNASEQ分析的Docker4Seq和用于单细胞RNASEQ分析的RCASC，利用Docker容器来高效，可扩展和可再现的工作流程。•个性化的Docker容器：
KME-0584，一种高度有效的IRAK1/irak4/panflt3抑制剂，是低甲基化剂和耐Venetoclax抗性AML/MDS
NF-κB报告基因测定。根据THP-1-蓝色NF-κB细胞和Quanti-Blue试剂制造方案（Invivogen）进行。菌落成型单元（CFU）。主要的AML患者样品是从发现生命科学（DLS）获得的，并在甲基纤维素测定中进行了测试。生化和基于细胞的激酶抑制测定。激酶抑制数据和基于细胞的激酶测定是使用RBCHotSpot®激酶和Nanobret®分析获得的，分别在Rectionbio（Malvern，PA）上进行。结合动力学测定。使用KineticFinder®TR-FRET分析在酶logic上进行。异种移植。生存分析在用Molm14 Flt3-ITD（D835Y）细胞的NSG-SGM3小鼠中进行。药代动力学筛查和离子通道面板。测试是在Pharmaron进行的。rnaseq。THP-1细胞在液体培养中进行24小时。 提取总RNA，并以每个样品的30m读取进行RNASEQ。 统计分析。 使用GraphPad Prism绘制了所有数据，并使用t检验确定统计显着性。THP-1细胞在液体培养中进行24小时。总RNA，并以每个样品的30m读取进行RNASEQ。统计分析。使用GraphPad Prism绘制了所有数据，并使用t检验确定统计显着性。
肿瘤微环境： - 3D Genomics
单细胞多组学技术 • 空间转录组学（10X Visium，通常与 10X Genomics 单核 RNAseq 集成） • 具有大量和少量细胞的单细胞转录组学（分别为 10X Genomics 和 SmartSeq）。 • 来自新鲜冷冻和 FFPE 包埋组织的单核 RNAseq。 • IHC 成像（宽视野/共聚焦、显色/荧光） • 高内涵成像（细胞绘画、HCS） • 单细胞免疫组库分析、B 细胞/T 细胞克隆型研究，通过 FACS 和 MACS 分离细胞类型。 批量细胞技术 • 使用患者来源和对照细胞系在多个治疗领域进行基因表达和药物反应研究的 3D 类器官模型 • 具有多种模态读数的定制细胞检测开发和化合物研究。 • 毛细管印迹 (ProteinSimple) 用于空间转录组学的组织 • 脑、肾、肺、心脏等。 • FFPE 样本即将推出 参考文献
UCLA基因组学技术中心和生物信息学中心
库构造：批量测序：rnaseq rnaseq用rRNA耗竭☐miRNaseq☐chipseq☐chipseq physeq（wgbs）☐甲基甲基（RRBS）☐人wes☐人wes☐小鼠wes☐小鼠wes☐小鼠☐ tcr tcr☐bcr☐fb☐ATAC☐多组件（3'GEX+ATAC）☐ffpe/固定/固定☐bd Rhapsody☐ HD：☐人类全转录分析（WTA）☐小鼠全转录分析（WTA）10x Xenium：☐新鲜的10x Xenium ffpe 10x 10x xenium（用户需要提供面板。): Please specify: ________________________ GeoMx DSP: ☐ Dry Run ☐ hWTA ☐ mWTA ☐ hCTA ☐ Protein Panel (Specify):____ ☐ Other (please specify): ____ CosMx SMI: ☐ Human Universal Panel (1000 genes) ☐ Human Immuno-Oncology (100 genes) ☐ Mouse Neuro Panel (1000 genes) ☐ Human免疫肿瘤蛋白面板（64个蛋白质）☐其他（请指定）：____ stereoseq：stereoseq（1 cm x 1 cm）如果您需要定制的细胞染色抗体，请指定染色的名称和稀释因子：
Neoadjuvant pembrolizumab加上可切除的III期黑色素瘤患者（Neopele）的Lenvatinib：肿瘤微环境（TME）和
包括6周基于PD1的NEOIT（PD1 + Lenvatinib）治疗的IIIB-D期黑色素瘤患者（NCT04207086）。多重免疫荧光（MIF）和途径富集分析（PEA; RNASEQ）在基线（BL）和治疗后6周（TX）组织样品上进行。按飞行时间（cytof; 39标记面板）进行的细胞仪在BL和TX后6周对外周血单核细胞（PBMC）进行手术前进行。