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南加州大学脑肿瘤中心
结果：48 种 lncRNA 在敲低后与侵袭性下降 33-83% 显著相关（p<0.01）。根据效应大小和 p 值确定的首选候选物 LINC03045 在敲低后显示肿瘤细胞侵袭性下降 82.7%，而 LINC03045 表达与患者生存和肿瘤分级显著相关（p<0.0001）。LINC03045 敲低的 RNAseq 分析显示，之前在肿瘤侵袭研究中涉及的 WASF3 与 lncRNA 表达高度相关，而 WASF3 KD 与侵袭性显著下降相关。最后，WASF3 过表达显示 LINC03045 KD 丧失的侵袭功能得以挽救。
Elizabeth Sciacca - 卡塔尼亚 - Biometec
• 为患有自身免疫性疾病的患者产生的高维生物医学数据（特别是下一代 RNAseq 数据）实现统计和生物信息学流程。• 利用稳健线性模型和网络理论对基因组数据进行统计分析的新 R 库（DEGGs）的作者。该库可用作机器学习流程的特征选择方法。• 对高影响力期刊（如 Nature Medicine、Nature Communications）的出版物做出重大贡献。• 开发一个网站（基于 R shiny），用于分析和探索原发性干燥综合征患者抗 B 细胞疗法试验（TRACTISS）。• 支持和监督两名硕士生和一名博士生的工作。• 参加每周的代码审查会议和期刊俱乐部。• 支持教学。
KRASG12C抑制剂JAB-21822与...
（A-B）示意图，表明RTK/SHP2介导的MAPK途径重新激活是KRAS G12C抑制剂耐药性的关键机制。将SHP2抑制剂与KRAS G12C抑制剂铅组合在MAPK途径活性的最大下调（C）KRAS G12C抑制剂R MIA PACA-2细胞系中，通过JAB-21822和JAB-3312的组合在不同的浓度下，用JAB-21822和JAB-3312组合评估了SYSS SYSIS抑制作用（JAB-21822和JAB-3312）的抑制作用（D）。 KRAS G12C抑制剂R NCI-H358细胞系（E）的JAB-3312组合（E）log 2折叠NCI-H358细胞中基因表达的变化，具有对KRAS G12C抑制剂的耐药性，通过RNaseq（F）获得了KRAS G12C抑制剂的耐药性，而NCI-H358细胞中的NCI-H358细胞中的基因表达水平
比较单细胞谱分析揭示了斑马鱼心脏必不可少的不同心脏居民巨噬细胞
抽象的斑马鱼具有强大的受伤后心脏再生的能力，并且免疫系统在此过程中起着关键作用。我们先前表明，即使在受伤后的第一周内恢复了浸润性的巨噬细胞数量，也会延迟延迟通过氯膦酸盐脂质体（–1D_CL，巨噬细胞延迟模型）会损害中性粒细胞的分辨和心脏再生（Lai等人，2017年）。因此，通过比较心脏修复期间的这些晚期巨噬细胞与对照巨噬细胞的比较，学习再生巨噬细胞的证明是很有趣的。在这里，我们通过将非再生性巨噬细胞模型与再生对照进行比较，进一步研究了心脏再生的机理见解。时间RNASEQ分析表明，–1D_CL治疗导致炎症分辨率破坏，反应性氧稳态和心脏修复过程中能量代谢。对再生性与非再生性心脏的发炎细胞的比较单细胞RNASEQ分析进一步鉴定出异质的宏观斑点和中性粒细胞，显示出替代性激活和细胞串扰，导致中性粒细胞保留和慢性炎症。在巨噬细胞中，仅在再生心脏中富集了两个住宅亚群（HBAA + MAC和TIMP4.3 + Mac 3），并且在 + 1D_CL处理后几乎没有恢复。为了耗尽居民巨噬细胞而不会延迟循环巨噬细胞的招聘，我们通过在CryoInjury之前的8 d（–8d_cl）在8 d（–8d_cl）中管理CL来建立了居民巨噬细胞的模型。引人注目的是，常驻巨噬细胞缺乏斑马鱼仍然表现出血运重建，心肌细胞存活，碎屑清除和细胞外基质重塑/疤痕的缺陷，而无需从循环/单核细胞衍生的巨噬细胞中获得功能补偿。我们的结果表征了炎症细胞与识别独特的居民巨噬细胞之间的不同功能和相互作用的特征。斑马鱼心脏再生的先决条件。
Cas9+ 条件性永生化中性粒细胞祖细胞作为全基因组 CRISPR 筛选中性粒细胞分化和功能的工具
图1. 分化后的Cas9+ER-Hoxb8分化中性粒细胞与原代中性粒细胞十分相似。（A）流式细胞术分析分化0、3、4天的Cas9+ER-Hoxb8细胞。（B）在有和没有G-CSF的情况下，分化4天后CD11b和Ly6G染色的流式细胞术分析。（C、D）分化前（C）(D)和分化4天后的Cas9+ER-Hoxb8的TEM。（E）分化2天后Cas9+ER-Hoxb8的基因表达谱与Immunology Genomes数据库中的RNAseq数据进行比较。Y轴表示不同细胞类型的log2(基因表达值/所有基因的平均表达值)；从左到右依次为：巨噬细胞（MF_PC、MF_Fem_PC、MF_226+II+480lo_PC、MF_RP_Sp、MF_Alv_Lu、MF_pIC_Alc_Lu、MF_microglia_CNS、MF_AT）、单核细胞（Mo_6C+II-_Bl、Mo_6C-II-）、中性粒细胞（GN_BM、GN_Sp、GN_Thio_PC）和肥大细胞（MC_heparainase_PC）。所有数据代表至少 2 次实验。
主题基因工程的教学指南
基因表达的空间和时间模式的定义。 div>北部方法。 div>基因表达的全局分析。 div><用显微镜划分。 div>ADNC（RNASEQ）的质量测序。 div>基因表达产物的位置。原位杂交技术。 div>证人基因。 div>确定基因空间表达模式和蛋白质下位置的构造。 div>调节序列位置的方法。 div>凝胶延迟。 div>脚印与DNASA I.染色质的免疫沉淀（CHIP）。 div>组合技术用于分析基因组级别的调节序列：芯片芯片和芯片序列。 div>蛋白质之间物理相互作用的演示。 div>主题8：转基因和诱变 div>
开放数据资源
常春藤胶质母细胞瘤图谱（IVY GAP）是一个独特的平台，用于探索细胞和分子水平上胶质母细胞瘤的解剖和遗传基础。通过Allen Brain Atlas数据提供的数据包括蜂窝分辨率原位杂交数据，揭示了跨肿瘤和组织结构固有的特征结构的基因表达，全基因组全基因组RNASEQ分析，用于ISH调查中确定的解剖结构，以及适合于神经病理学研究的相关组织学数据。在ivygap.org上获得的去识别肿瘤标本数的伴随数据库提供了其他临床和基因组数据。通过Ben和Catherine Ivy基金会的支持以及Ben和Catherine Ivy晚期脑瘤治疗中心的项目合作伙伴，使该项目成为可能。访问glioblastoma.alleninstitute.org。
空间转录组学揭示了独特且保守的肿瘤核心和边缘结构，可预测生存和靶向治疗反应
致谢：本研究由 Ohson 研究计划和 Charbonneau 癌症研究所向 PB 提供的精确口腔生物学 (PROBE) 资助。我们感谢健康基因组学和信息学中心 (CHGI) 提供测序基础设施，以便对我们的 RNAseq 文库进行空间分析。我们要感谢卡尔加里大学高性能计算集群 (ARC) 提供数据分析基础设施。我们感谢 Danielle Simonot 帮助从阿尔伯塔癌症研究生物库 (ACRB) 检索组织。我们感谢 Christina Yang 帮助进行冷冻切片和载玻片制备以及对分析样本进行 H&E 染色。我们感谢 Mayi Arcellana-Panlilio 博士和 Guido van Marle 博士的极度指导和富有成效的反馈。我们要感谢 Arzina Jaffer 和 Keerthana Chockalingam 帮助设置生物信息学工具和提供生物信息学咨询。我们还要感谢患者及其家属同意为本研究提供组织。
广告博士Senjuti Sinharoy-10-01-2025。 ... div>
（1）项目助理-II（一篇文章）：emoluments`。35000/ - 加上每月批准的HRA。资格：具有M.SC./M.Tech/MCA学位的候选人（至少为55％或同等标记），具有两年的研究经验，并根据DST-OM编号SR/S9/Z-05/2019年7月10日，符合2020年7月10日的DST-OM数字SR/S9/Z-05/2019。通过对RNASEQ数据分析，系统基因分析和数据库开发技能的经验知识的了解是必不可少的。有记录的证据是对体验的需求。与相关主题出版的候选人将优先考虑。该职位的上限为35年。符合条件的候选人可以直接通过链接申请，需要填写下面给出的Google表格，并上传所有必要的文档以及形式：https：//docs.google.com/forms/forms/d/e/1faipqlscxham38citftzham38citftzb95 sqftnxr-eemg5hbjaeeybjaeeybjaeeybjaeeybjaeeybjaeybjaeybjeeybjeeybjaeybjeeybjeeybjeeybjeeybjeeybjccc =