基于免疫的抗体发现平台需要稳健有效的方案来从大量 B 细胞中扩增、克隆、表达和筛选抗体,以便有效捕获经验丰富的免疫球蛋白库的多样性。多重 PCR 使用一系列正向和反向引物来从一系列不同的种系序列中回收抗体,这很有挑战性,因为引物设计需要回收全长抗体序列、低起始模板浓度,并且需要所有引物在相同的 PCR 条件下发挥作用。在这里,我们展示了将 RNase H2 依赖性 PCR (rh-PCR) 整合到高通量抗体发现平台中的几个优势。首先,rh-PCR 将引物二聚体的合成消除到可检测水平以下,从而消除了具有假阳性抗体滴度的克隆。其次,通过提高 PCR 的特异性,rh-PCR 引物增加了从单个 B 细胞中回收同源抗体可变区以及下游重组抗体滴度。最后,我们证明,在基于下一代测序的方法中,rh-PCR 引物可提供更均质的样本池和更高的序列质量,从而从大量克隆的抗体同源对中获取 DNA 序列信息。此外,rh-PCR 引物的更高特异性使天然抗体种系序列与从单个 B 细胞扩增的 VL/VH 片段之间能够更好地匹配。
核糖核酸酶(RNase)无处不在,可以在许多方面引入实验:例如,在RNA隔离期间的共纯化,裸手和移液器尖端的持久性。这种RNase污染通常不会引起人们的注意。核糖防护RNase抑制剂非常适合对RNA敏感的应用,例如RT-QPCR,因为即使少量RNase也可能不利于最终的实验结果。核糖防护酶抑制剂是一种高效的抑制剂(图1)一系列真核RNass,没有抑制聚合酶或逆转录酶活性(图2),因此可以用于cDNA合成或一步RT-QPCR反应中。
细菌对抗生素的耐药性不断增强是一个严峻的全球性挑战,我们需要发掘新的抗菌靶点的潜力。其中一个靶点是必需的原核内切核糖核酸酶 RNase E。通过结合计算机高通量筛选和体外验证,我们鉴定出三种新型 RNase E 小分子抑制剂,它们对大肠杆菌、土拉弗朗西斯菌和鲍曼不动杆菌中的 RNase E 具有活性。其中两种抑制剂是非天然小分子,可能适合作为开发针对 RNase E 的广谱抗生素的先导化合物。第三种小分子抑制剂是葡萄糖胺-6-磷酸,它是细菌细胞膜肽聚糖和脂多糖的前体,暗示了一种新的代谢物介导的 RNase E 调节机制。