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Pathofact 2.0：一种用于预测宏基因组中抗菌抗性基因，毒力因子，毒素和生物合成基因簇的综合管道
摘要摘要：抗菌抗性基因（ARGS）和毒力因子（VFS）是围绕药物抗药性感染的全球健康危机的核心因素。Pathofact是2021年引入的生物信息学管道，从元基因组数据中提供了对ARGS，VFS和细菌毒素的见解。但是，生物信息学的最新进展突出了对Pathofact的更新版本的需求。我们引入了Pathofact 2.0，这是改进的ARG，VF和毒素预测的增强管道。关键更新包括用于VF识别的更新机器学习（ML）模型，用于毒素识别的新ML模型，扩展了隐藏的Markov模型配置文件以及用于预测生物合成基因簇的Antismash 7.0集成。这些升级使Pathofact 2.0成为预测基于微生物组的致病性和抵抗力的更强大，用户友好的平台，提供了一种至关重要的工具，以更好地理解和应对抗菌素抵抗和感染性疾病所带来的挑战。
伊维菌素通过调节非小细胞肺癌中的 ABCB1 克服耐药性，增强紫杉醇疗效
摘要。背景/目的：对紫杉醇 (PTX) 的化学耐药性显著降低了非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者的治疗效果，尤其是在晚期患者中，降低了无进展生存率和总生存率。导致耐药性的关键机制之一是 PTX 通过外排泵从靶细胞中排出。伊维菌素是一种抗寄生虫的杀菌剂；然而，最近有研究表明它可以抑制人类癌细胞的增殖。因此，我们旨在评估伊维菌素与 PTX 联合使用的治疗潜力，并研究伊维菌素克服 PTX 耐药性的分子机制。材料和方法：我们评估了伊维菌素在用或不用 PTX 处理的 A549 细胞中的抗肿瘤作用。我们还使用该细胞系建立了 PTX 耐药细胞并探索了潜在机制。此外，我们评估了伊维菌素是否通过恢复药物敏感性来减弱 PTX 耐药性。结果:A549细胞与PTX联合治疗
新生儿重症监护病房对粘菌素的耐药性：机制、临床意义和缓解策略的简要回顾
1 尼日利亚伊洛林大学动物学系（寄生虫学）。2 尼日利亚奥逊州立大学社区医学系。3 尼日利亚阿贝奥库塔联邦医疗中心内科系。4 尼日利亚伊巴丹大学兽医公共卫生系。5 尼日利亚拉各斯大学医学院。6 尼日利亚艾滋病医疗基金会治疗服务部。7 尼日利亚伊图库-奥扎拉尼日利亚大学教学医院医学院。8 尼日利亚恩杜富-阿利克亚历克斯·埃克韦梅联邦大学微生物学系。通讯作者电子邮件：lawalmaryam167@gmail.com * DOI：http://doi.org/10.38177/AJBSR.2024.6402 版权所有 © 2024 Lawal Oyebimpe M. 等人。这是一篇根据知识共享署名许可条款分发的开放获取文章，允许在任何媒体中不受限制地使用、分发和复制，但必须注明原作者和出处。文章收稿日期：2024 年 8 月 9 日文章接受日期：2024 年 10 月 21 日文章发表日期：2024 年 10 月 25 日
抗菌素抵抗： - 英国卫生安全局
ukhsa已获得卫生和社会护理部的资助，以帮助加快英国在全球反对抗菌抗性斗争中的工作。这笔资金的一部分已投资于设计和构建全尺度，功能齐全的模块化病房，以研究如何设计和操作医院设施，以改善感染控制并减少抗生素耐药性感染的传播。该设施设有一个4张床的病房和隔离室，根据当前的英国指南设计，并具有专用的供暖，通风和空调系统，逼真的水和排水系统以及适当的表面，固定装置，配件和家具。该设施位于UKHSA Porton Down。
605。分子药理学和耐药性
缩写2SUD，双重升级给药； AE，不利事件； ASTCT，美国移植和细胞疗法学会； AUC，曲线下方的区域； B-NHL，B细胞非霍奇金淋巴瘤； C，循环； CI，置信区间； C最大，最大浓度； CR，完全响应； CRS，细胞因子释放综合征； CTCAE，不良事件的常见术语标准； D，白天； DLBCL，弥漫性大B细胞淋巴瘤； ER，暴露 - 反应； FC，碎片可结晶； FL，卵泡淋巴瘤； ICAN，免疫效应细胞相关的神经毒性综合征； ICR，独立中央评论； IgG4，免疫球蛋白G4; iv，静脉注射；或者，总体响应； PET-CT，正电子发射断层扫描 - 计算层析成像； PK/PD，药代动力学/药效学；流行，人口； PR，部分反应； Q2W，每2周服用一次； Q4W，每4周服用一次； QSP，定量系统药理学；淋巴瘤中的重新验证，淋巴瘤的反应评估标准； r/r，复发/难治； RP2D，建议的2期剂量； SUD，加速给药； TCE，T-Cell Endager； TD，目标剂量； VPOP，虚拟人群
Mammaprint®与基因表达途径的关联预测对细胞周期蛋白依赖性激酶4/6（CDK）抑制的抗性
•在所有HR+HER2-肿瘤中，14.4％（n = 834）被归类为Ultralow，38.1％为（n = 2201）低，37.6％（n = 2175）为高1，而9.8％（n = 568）为高2风险（表1）。•观察到线性相关性，随着哺乳动物的风险增加和RB功能的增加（p <0.001）（图2）。RB功能丧失的平均基因表达与高2个肿瘤表现出最高的相关性。所有哺乳动物/蓝图亚型比较都是显着的（所有比较的2路ANOVA，p <0.0001）（图3）。•与其他哺乳动物组相比，乳腺斑点高2的肿瘤比例最高，对CDK4I的耐药性（43.0％）（p <0.001）（图4）。•高2显示与与CDK4无关的高增殖相关的基因最强的相关性，与所有哺乳动物基团相比，相关性明显更高（所有乳突比较的2条ANOVA，P <0.0001）（图5A）。然而，在蓝图高2个腔与高2基底亚组比较之间对CDK4I的抗性之间的相关性中没有显着差异（2路ANOVA，P = 0.185）（图5B）。
BRAF 抑制剂在转移性结直肠癌中的应用及其耐药机制：文献综述
结直肠癌是目前最常见的肿瘤之一，是男性第三大常见肿瘤，女性第二大常见肿瘤 [1]。其在西方国家的发病率呈上升趋势，高达 70% 的 CRC 为散发性肿瘤，且与烟草、酒精、饮食、久坐的生活方式或肥胖等环境因素有关 [2]。全球范围内，结直肠癌占全球所有新发癌症病例的 11% [3]，其中高达四分之一在诊断时已出现远处转移。在其余四分之三可进行手术的患者中，近一半会在疾病过程中出现转移 [2]。因此，这带来了重大的医疗保健挑战。BRAF 原癌基因位于 7 号染色体上，由 18 个外显子组成 [2]。7% 的肿瘤存在该基因突变，其中大部分是黑色素瘤，其中高达 50% 的肿瘤存在 BRAF 突变 [4]。在转移性结直肠癌中，BRAF 突变频率徘徊在 12% 左右 [ 5 ]。转移性结直肠癌中的 BRAF 突变具有独立的预后价值，并与临床和生物学疾病特征有显著关联 [ 6 ]。这导致人们对 BRAF 突变的基因检测和针对它们的靶向治疗的开发越来越感兴趣。
抑制 CDK8/19 介导激酶可防止对 EGFR 靶向药物产生耐药性
摘要：耐药性是实现常规和靶向抗癌药物治愈的主要障碍。获得性耐药性的出现最初是由非遗传转录变化介导的，这种变化发生的频率比突变高得多，可能涉及群体规模的转录组适应。CDK8/19 激酶通过与转录介导复合物结合，与不同的信号响应转录因子协同调节转录重编程。在这里，我们测试了 CDK8/19 抑制是否可以阻止对作用于表皮生长因子受体 (EGFR/ERBB1/HER1) 的药物的适应。在 BT474 和 SKBR3 乳腺癌细胞长期暴露于 EGFR 靶向小分子 (吉菲替尼、厄洛替尼) 以及 SW48 结肠癌细胞长期暴露于抗 EGFR 单克隆抗体西妥昔单抗后，分析了耐药性的发展。在所有情况下，用单剂量药物治疗小细胞群（~10 5 个细胞）最初会导致生长抑制，随后适应群体中增殖恢复并产生耐药性。然而，这种适应总是通过添加选择性 CDK8/19 抑制剂来阻止，即使此类抑制剂单独对细胞生长只有中等或没有影响。这些结果表明，将 EGFR 靶向药物与 CDK8/19 抑制剂相结合可能会延迟或阻止肿瘤对治疗产生耐药性。
癌症抗药性管理：农民的经验教训
1 亚利桑那州立大学亚利桑那癌症进化中心，亚利桑那州坦佩。2 亚利桑那州立大学生物设计研究所生物计算、安全和社会中心，亚利桑那州坦佩。3 亚利桑那州立大学生命科学学院，亚利桑那州坦佩。4 瑞士洛桑大学生态与进化系。5 亚利桑那州图森亚利桑那大学医学院亚利桑那大学癌症中心。6 亚利桑那州立大学艾拉 A. 富尔顿工程学院理工学院，亚利桑那州坦佩。7 加拿大安大略省昆特西 Research Casting International。8 土耳其伊斯坦布尔大学塞拉帕萨医学院。9 北卡罗来纳州立大学外来物种癌症研究联盟，北卡罗来纳州罗利。10 加利福尼亚州圣巴巴拉加利福尼亚大学圣巴巴拉分校人类学系，加利福尼亚州圣巴巴拉。11 英国伦敦癌症研究所进化与癌症中心转化肿瘤基因组学实验室。 12 英国伦敦皇家马斯登医院胃肠道癌症科。13 亚利桑那州凤凰城梅奥诊所医学部血液学和肿瘤内科。14 亚利桑那州凤凰城梅奥诊所。15 亚利桑那州坦佩亚利桑那州立大学进化与医学中心。16 亚利桑那州图森亚利桑那大学昆虫学系。
中年人体内脂肪分布、胰岛素抵抗和淀粉样蛋白负担之间的关联目的中年人肥胖是导致发育迟缓的风险因素
中年人体脂定位、胰岛素抵抗和淀粉样蛋白负担之间的关联目的中年肥胖是晚年患阿尔茨海默病的风险因素。然而，体脂的代谢和炎症影响因其解剖位置而异。在本研究中，我们旨在调查 MRI 衍生的腹部内脏和皮下脂肪组织 (VAT 和 SAT)、肝脏质子密度脂肪分数 (PDFF)、大腿脂肪与肌肉比 (FMR) 和胰岛素抵抗与认知正常中年人全脑淀粉样蛋白负担之间的关联。方法和材料总共 62 名认知正常的中年人 (年龄：50.35 岁，61.3% 为女性，BMI：32.30 kg/m2>，53.2% 为肥胖) 接受了脑部 PET 扫描、身体 MRI 和代谢评估。使用胰岛素抵抗稳态模型评估 (HOMAIR) 来测量胰岛素抵抗。通过推注 15mCi [11C] PiB 并进行 60 分钟扫描进行动态淀粉样蛋白成像。注射后 30 至 60 分钟窗口内的数据用于计算全脑淀粉样蛋白 Centiloid。使用内部基于 MATLAB 的软件半自动分割 VAT 和 SAT。PDFF 图由肝脏化学位移编码的 MR 图像生成，并使用 3D CNN 模型和手动校正进行分割。在对坐骨升支和膝关节内侧髁之间的大腿中部切片进行预处理和 N4ITK 偏差校正后，使用内部 MATLAB 程序分割大腿总脂肪（皮下、肌间和肌内脂肪）和肌肉体积。计算大腿总脂肪与肌肉的比率 (FMR)。使用线性回归，评估了 Centiloid 与 BMI、HOMAIR、VAT、SAT、PDFF 和 FMR 之间的关联，年龄和性别为协变量。结果 肥胖个体的 Centiloid 比非肥胖个体高 (p=0.008)。Centiloid 与 VAT (Adj-R2=0.25, p<0.0001)、HOMAIR (Adj-R2=0.08, p=0.02)、SAT (Adj-R2=0.08, p=0.02) 和 BMI (Adj-R2=0.09, p=0.01) 显著相关，但与其他脂肪指标无关。中介分析表明，BMI 对 Centiloid 的影响完全由 VAT 介导（ACME= 0.282，p <2e-16，ADE= 0.061，p=0.56），并且 VAT 对淀粉样蛋白负担有显著的直接影响（ADE=0.0104，p<2e-16），而 HOMAIR 无法解释（ACME=-0.003，p=0.86）。结论肥胖、内脏脂肪含量较高，以及程度较小的胰岛素抵抗、BMI、皮下脂肪（但不是肝脏或大腿脂肪）与中年人全脑淀粉样蛋白含量较高有关。这凸显了体脂解剖特征对于阿尔茨海默病风险的重要性，其中肥胖相关的淀粉样蛋白病理完全由内脏脂肪解释。临床相关性/应用可以考虑修改内脏脂肪组织以在中年时期降低与肥胖相关的阿尔茨海默病风险。