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Marion Schuller ADP-核糖基化细菌免疫...Marion Schuller ADP-核糖基化细菌免疫...
ADP-核糖基化信号传导是真核生物和原核生物免疫反应的一部分。在真核生物的病毒感染后，ADP-核糖基化被干扰素诱导的ADP-核糖基转移酶（“抗病毒PARP”）催化，从而导致产生促炎的抗病毒细胞因子来抑制病毒复制。然而，由SARS-COV-2等病毒编码的病毒大域已进化为抵消PARP介导的反应，从而代表了有希望的抗病毒药物靶标。在我的演讲中，我将介绍我们在SARS-COV-2上的合作工作，以发现和开发NSP3宏大域小分子抑制剂。在原核生物中，ADP-核糖基化用于种间相互作用，包括噬菌体和相应宿主之间的冲突。我的研究重点关注与此类冲突有关的新型酶系统的结构和生化特征。dartg是使用ADP-核糖基化的首次发现的毒素 - 抗毒素系统，并且在包括全球病原体在内的多种原核生物中发现。我将介绍有关迄今为止已知的DARTG家族的发现，以及DARTG2在结核分枝杆菌生长中的作用。
柱子中的再生人肝癌（HLOS）/ ... div>
tamara maiuri（0000-0002-6103-5835）* 1，Carlos Barba Bazan（0000-0002-1884-5760）1，Rachel J. Harding（0000-0002-1134-391X）2 （0000-0002-7241-4902）3，Lauren M.Byrne（0000-0003-1650-4273）4，Filipe B. Rodrigues（0000-0002-5567-7938）4，Monica M. Warner（0000-0002-7677-127X） （0000-0001-7699-9680）1，Muqtasid Mansoor（0000-0001-8192-6590）1，Mohsen Badiee（0000-0003-3722-4609）6，6，Morgan Dasovich（Morgan Dasovich）（000001-0000-0000-0000-7951-951-951-9662） （0000-0002-7715-2489）7，Leslie M Thompson（0000-0003-4573-9514）8，Anthony K. L. Leung（0000-0001-5569-4036）9，Sara N.野生（0000-0002-6921-7887）4，Ted M. Dawson（0000-0000- 0002-6459-0893）10，Valina L. Dawson（0000-0002-2915-3970）11，Cheryl H. （0000-0003-2542-6641）* 1 1 1 1麦克马斯特大学生物化学与生物医学科学系，汉密尔顿，加拿大L8S 3Z5，加拿大2结构基因组学财团，多伦多大学，多伦多大学，多伦多大学，多伦多，加拿大M5G 1L7，加拿大M5G 1L7；多伦多多伦多大学药理学与毒理学系，加拿大M5S 1A8。3神经退行性和干细胞计划，约翰·霍普金斯大学医学院，巴尔的摩，马里兰州21205，约翰·霍普金斯大学医学院；约翰·霍普金斯大学医学院神经病学系，巴尔的摩，马里兰州21205，美国4 UCL亨廷顿疾病中心，UCL皇后广场神经病学研究所，伦敦大学学院，伦敦大学，英国伦敦大学5号，麦克马斯特大学生物化学与生物医学科学系，麦克马斯特大学，汉密尔顿，汉密尔顿，L8S 3Z5，加拿大，加拿大； Michael G. Degroote感染疾病研究所，麦克马斯特大学，加拿大汉密尔顿，加拿大6号生物化学和分子生物学系，彭博公共卫生学院，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，马里兰州巴尔的摩，马里兰州，21205 CA 92697，美国；加利福尼亚大学精神病学和人类行为系，美国加利福尼亚大学92868，美国9彭博公共卫生学院生物化学与分子生物学系，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，马里兰州巴尔的摩，美国马里兰州21205，美国；美国10神经变性和干细胞计划，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，约翰·霍普金斯大学肿瘤学系，遗传医学系分子生物学和遗传学系，约翰·霍普金斯大学医学院，约翰·霍普金斯大学医学院，巴尔的摩，巴尔的摩，MD 21205；美国马里兰州巴尔的摩约翰·霍普金斯大学医学院神经病学系；美国马里兰州巴尔的摩约翰·霍普金斯大学医学院药理学和分子科学系；约翰·霍普金斯大学医学院，巴尔的摩，马里兰州21205，Solomon H. Snyder Snyder系
LR-Ribo-STAMP：异构体翻译分析
图 1：长读 Ribo-STAMP 的实验和计算方法。（A）LR-Ribo-STAMP 实验系统概览。RPS2 与 APOBEC1 融合，以诱导核糖体-RNA 相互作用位点附近的胞嘧啶到尿嘧啶核苷酸编辑。编辑越多表示翻译越高，编辑越少表示翻译越低。（B）LR-Ribo-STAMP 计算流程概览。输入是未对齐的长读，经过对齐、读过滤、编辑检测、编辑过滤和编辑量化。编辑后的位点输出为 BED 文件。（C）编辑过滤。通过过滤常见位点和注释的 SNP，从长读 APOBEC1 专用（绿色）信号中概述编辑过滤和描绘 LR-Ribo-STAMP（金色），表示为编辑分数（编辑读/总读数）与编辑位点覆盖率之间的关系。灰色部分中的已编辑站点表示过滤掉的读取数少于 20 的站点。
靶向核糖体生物发生是一种克服EMT相关
Target Gene Forward Reverse Bop1 GGTCTCGGAGGAAGAGCACC ACCGCCAAATAGTCCCCTCG Gapdh GGTCCTCAGTGTAGCCCAAG AATGTGTCCGTCGTGGATCT Gemin4 CCTCACAGGTCCACGAAGGG TGCCCACATCCATCACCAGA Its1 TCCATCTGTTCTCCTCTCTCT ATCGGTATTTCGGGTGTGAG Its2 CTGCCTCACCAGTCTTTCTC ACCTCGACCAGAGCAGAT Ecad ACACCGATGGTGAGGGTACACAGG ACACCGATGGTGAGGGTACACAGG Ncad AAAGAGCGCCAAGCCAAGCAGC TGCGGATCGGACTGGGTACTGTG Nop58 acagcagaagcatagcagca cgacagccaggggttcatgg npm1 gcgagagatctcctgcgcgaccat acttcggtgtgtggggagaagcc cascl tgctaaggcagttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttctagtagttagta AAGGAAATGCCCTGAAGCCG Rpl29 GCAGTGAGGGAAGCTTTTCCG CATGTCTGCACGGTAACCCG Rpl8 ACAGAGCTGTTCATCGCAGC ACGATCGTACCCTCAGGCAT Rps24 ACACAGTAACCATCCGGACCA TTTTGGCCAGCTTTTCCCGA Rps28 GATATCCAGAACCCCACCAGC AATGTCAAAGGCCCCGTTCG Rps9 GTCTCGGGCCTGAGTTCGTA CCTGCGCAGTAAAGTGTCGT S100a4 CCTGTCCTGCATTGCCATGAT CCCACTGGCAAACTACACCC Setd4 GGAACTGCGCGTCCTTGTG gtaacaaaaacgccctcgcgca蜗牛Actggtgagaagccattctcct ctggcactggtatctcttcaca utp6 agggcatttgggggggggggggggggggggggggggtgggggggggggggtgggtctgtctctctcagt vim
ribodifusion：基于第三结构的RNA逆折叠与生成扩散模型
RNA设计显示了RNA在各种生物过程中的关键作用驱动的合成生物学和治疗剂中越来越多的应用。 一个基本的挑战是找到满足结构约束的功能性RNA序列，称为反折叠问题。 已经出现了基于二级结构的计算方法来解决此问题。 然而，由于数据的稀缺，非唯一的结构序列映射和RNA构象的灵活性，直接从3D结构设计RNA序列仍然具有挑战性。 在这项研究中，我们提出了RECODI↵一种用于RNA逆折叠的生成二次模型，可以学习给定3D主链结构的RNA序列的条件分布。 我们的模型由基于图神经网络的结构模块和基于变压器的序列模块组成，该模块将随机序列转换为所需的序列。 通过调整采样重量，我们的模型允许序列恢复和多样性之间进行交易，以探索更多的候选者。 我们将基于RNA聚类的测试集使用DI↵Cut-O↵S序列或结构相似性。 我们的模型在序列恢复中的表现优于基准，序列相似性分裂的平均相对改善为11％，结构相似性分裂的平均相对提高为16％。 此外，Ribodi↵在各种RNA长度类别和RNA类型中的表现始终如一。 我们还施加了内部折叠，以验证生成的序列是否可以折叠到给定的3D RNA骨架中。RNA设计显示了RNA在各种生物过程中的关键作用驱动的合成生物学和治疗剂中越来越多的应用。一个基本的挑战是找到满足结构约束的功能性RNA序列，称为反折叠问题。已经出现了基于二级结构的计算方法来解决此问题。然而，由于数据的稀缺，非唯一的结构序列映射和RNA构象的灵活性，直接从3D结构设计RNA序列仍然具有挑战性。在这项研究中，我们提出了RECODI↵一种用于RNA逆折叠的生成二次模型，可以学习给定3D主链结构的RNA序列的条件分布。我们的模型由基于图神经网络的结构模块和基于变压器的序列模块组成，该模块将随机序列转换为所需的序列。通过调整采样重量，我们的模型允许序列恢复和多样性之间进行交易，以探索更多的候选者。我们将基于RNA聚类的测试集使用DI↵Cut-O↵S序列或结构相似性。我们的模型在序列恢复中的表现优于基准，序列相似性分裂的平均相对改善为11％，结构相似性分裂的平均相对提高为16％。此外，Ribodi↵在各种RNA长度类别和RNA类型中的表现始终如一。我们还施加了内部折叠，以验证生成的序列是否可以折叠到给定的3D RNA骨架中。我们的方法可能是RNA设计的强大工具，可以探索庞大的序列空间并为3D结构约束发现新颖的解决方案。
核糖体生物发生在癌症中的影响
核糖体生物发生的摘要是癌症的标志，促进了对转化需求改变的适应性，这是肿瘤进展的必要方面的必要方面。在核糖体生物发生和癌症中，复杂的互相互相互动，强调了动态调节，由致癌信号传导路径策划了。研究研究核糖体的多卵形作用，Xtending be y ond蛋白f Actories中，将调节功能包括在mRNA翻译中。dy的核糖体生物发生不仅会阻碍对全球蛋白质产生和增殖的精确控制，还影响了诸如维持干细胞样性质和上皮间质转变等过程，导致癌症进展。干扰核糖体生物发生，尤其是通过RNA Pol I抑制作用，引起以核仁完整性丧失为标志的应力反应以及随后的G1细胞周期停滞或细胞死亡。这些发现表明，癌细胞可能依赖于RNA Pol I转录的增强，从而使核糖体RNA合成成为潜在的治疗脆弱性。<部门进一步探讨了靶向核糖体生物发生脆弱性，这是破坏全球核糖体生产的有前途的策略，为癌症治疗带来了治疗机会。
核糖体 DNA 与转座因子之间的动态相互作用：基因组学和细胞遗传学的视角
尽管核糖体 DNA 和转座因子都是基因组的显著特征，但乍一看，它们都是没有太多共同点的遗传因子：核糖体 DNA 主要被视为管家基因，支持所有主要基因组功能，而转座因子通常被描绘成自私和破坏性的。这些对立的特征也反映在其他属性中：串联组织（核糖体 DNA）与分散组织（转座因子）；协同进化（核糖体 DNA）与多样化进化（转座因子）；延长基因组稳定性的活动（核糖体 DNA）与缩短基因组稳定性的活动（转座因子）。回顾已报道的核糖体 DNA-转座因子相互作用的相关实例，我们注意到两种重复类型至少具有四个结构和功能特征：（1）它们是在进化时间尺度上塑造基因组的重复 DNA，（2）它们交换结构基序并可以进入共同进化过程，（3）它们是严格控制的基因组应激传感器，在衰老/老化中发挥关键作用，以及（4）它们具有共同的表观遗传标记，例如 DNA 甲基化和组蛋白修饰。在这里，我们概述了核糖体 DNA 和转座因子的结构、功能和进化特征，讨论了它们的作用和相互作用，并强调了我们在理解核糖体 DNA-转座因子关联方面的趋势和未来方向。
nzy核糖核酸酶抑制剂
nzy核糖核酸酶抑制剂是一种从大肠杆菌中纯化的重组蛋白。它通过以1：1的比例非共归因于胰腺类型（例如RNase A，RNase B和RNase C）抑制胰腺类型的核糖核酸（RNase; EC 3.1）的活性。nzy核糖核酸酶抑制剂在RNase污染是潜在问题的任何应用中都是有用的。例如，它可用于保护cDNA合成反应，RT-PCR或体外转录/翻译中的模板RNA，并在体外复制过程中保护病毒RNA。此外，它将在RNA分离和纯化和无RNase抗体制备过程中抑制RNase。nzy核糖核酸酶抑制剂对RNase 1，RNase T1，RNase T2，S1核酸酶和RNase H.
病毒衍生的合成核糖开关用于实时冠状病毒在活细胞中感测
活细胞中病毒感染的实时感知对于病毒学研究和抗病毒药发育至关重要。但是，现有方法面临低信号灵敏度的挑战以及病毒操纵和细胞固定的必要性。在这里，我们开发了一种病毒核糖开关（VRIBO）方法，该方法采用病毒复制酶在病毒感染后诱导转基因表达。Vribo旨在检测活细胞中的病毒实时转录和复制，这响应触发了报告基因和治疗基因的翻译。通过整合病毒包装序列，可以通过后代病毒体将Vribo传播到相邻细胞，从而有效地充当“特洛伊木马”。由于跨冠状病毒的顺式作用RNA结构保存，负链Vribo元件显示出有效检测了几种冠状病毒，包括229E和OC43。值得注意的是，Vribo充当双重用途系统，既充当感染检测器和诱导抗病毒系统。vribo具有基本病毒学研究应用的潜力，可以在改善未来冠状病毒的mRNA药物的诱导表达方面采用。
EO0382 RiboLock RNase 抑制剂
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