我们研究了使用注意力机制将规划机制集成到序列到序列模型中。我们开发了一个模型,该模型可以在计算输入和输出序列之间的对齐时提前规划未来,构建一个拟议未来对齐矩阵和一个承诺向量,该承诺向量决定是否遵循或重新计算计划。该机制的灵感来自最近提出的强化学习战略性专注读者和作家 (STRAW) 模型。我们提出的模型是端到端可训练的,主要使用可微分操作。我们表明,它在 WMT'15 的字符级翻译任务、查找图的欧拉电路的算法任务以及从文本生成问题方面的表现优于强大的基线。我们的分析表明,该模型计算出定性的直观对齐,比基线收敛得更快,并且以更少的参数实现了卓越的性能。
关于端粒区的结构,一个共同的主题正在出现。染色体末端带有多个串联重复的简单卫星状 DNA(2)。除了染色体末端的简单序列外,端粒附近的区域通常还带有长段中间重复 DNA(1、10、13、15、18、24)。在酿酒酵母中,染色体以 200 到 600 个碱基对的不规则序列 C1_3A 结束(17、23;图 1)。此外,在 DNA 末端附近发现了两个中间重复元素,称为 X 和 Y'(8、9)。Y' 是一个高度保守的元素,长度为 6.7 千碱基(kb)(8、9)。 X 是一种比 Y' 保守性更低的元件,大小范围为 0.3 至 3.75 kb,位于 Y' 的着丝粒附近(8, 9)。C1_3A 重复序列的内部序列以及 DNA 复制的推定起点(自主复制序列)与 X 和 Y' 相关(7, 21)。这些特性与端粒相关序列在复制、重组或端粒区域修复中发挥作用相一致。已经开发出凝胶系统,可以分离完整的酵母染色体 DNA 分子(4, 16)。已记录了菌株 YNN281、A364a、DCO4 和 AB972(5)中每条染色体在一个系统(正交场交替凝胶电泳 [OFAGE])中的行为。通过改良的凝胶插入法 (16) (5) 从这些菌株中制备 DNA,并进行 OFAGE 处理。将 DNA 转移到硝酸纤维素上并与 X 和 Y' 特异性探针杂交 (20)(图 2)。通过琼脂糖凝胶分离 1.7 kb NcoI 片段,从 YRp12O (9) 制备 X 特异性探针。通过分离 1.7 kb BglII 片段,从 YRpl31b (9) 制备 Y' 特异性探针,该片段被亚克隆到 BamHI 消化的 M13 mpl8 中。从 pYtl03 (17) 切下 125 碱基对 HaeIII-MnlI 片段,其中包含 82 碱基对 C1_3A 重复序列。杂交探针来自据报道不含 C1_3A 重复序列的 X 和 Y' 区域。这一点已通过以下事实得到证实:源自 pYtl03 的真正的 C1_3A DNA 既不与 X 也不与 Y' 探针杂交。为探针选择的 X 区域在不同的 X 元素中是保守的 (8, 9)。表 1 中显示的数据是从 17 种不同的凝胶中汇编而来的,这些凝胶的切换间隔范围为 20 到 80 秒。每个菌株的 X 和 Y' 分布模式不同(图 2 和 3)。每个菌株中至少有三条最小染色体中有一条不与 Y' 探针杂交,在三个菌株中,五条最小染色体中的两条不与 Y' 探针杂交
序列的模式(4)。但是,共识序列并不代表序列中的所有信息,因为在许多情况下,其他碱基也出现了很大的频率。例如,主要是Aug的procaryotic启动密码子也有时也有Gug和Uug。如果人们忽略了这些可能性,则已经扭曲了数据。这是共识序列是结合位点的差模型的几个原因之一(5,6)。在绑定站点中特定位置的重要性更清楚地始终如一地描述了那里的模式所需的信息(7,8)。从同样可能的可能性中选择一个符号或状态需要一个“位”信息。例如,要向某人传达硬币弹的结果需要1个信息,因为只有一个是不是一个问题:“是头吗?”。如果绑定站点中的位置始终包含一个基数(例如g),然后我们需要两个信息,因为需要回答两个是的问题:“是A还是G?”(即是嘌呤吗?)和'是A还是C?”。(如果两个问题的答案都是“否”的,则必须是T。)此外,如果职位包含两个基础(例如有时A,有时是G),只有一个问题就足够了,因为四分之二的选择等同于两个选择中的一个。因此,仅需要一个位来描述仅包含嘌呤的结合位点的位置,但是需要两个位来描述始终包含腺嘌呤的位置。在1948年,克劳德·香农(Claude Shannon)展示了如何做到这一点(7,8)。如果碱的频率不是完全概括的,则需要更复杂的计算以在某个位置找到平均信息。在香农之后,我们将不确定性度量定义为:
使用一个野外收集的标本进行测序。DNA提取。根据制造商的说明,使用Illumina Truseq套件构建了配对的测序库。该库是在配对端,2×150 bp格式的Illumina Hi-Seq平台上进行测序的。用三型V0.33(Bolger,Lohse和Usadel 2014)修剪了所得FASTQ文件的适配器/引物序列和低质量区域。修剪序列由黑桃v2.5组装(Bankevich,Nurk,Antipov等2012)随后使用Zanfona V1.0(Kieras 2021)进行完成步骤,以基于相关物种中保守的区域加入附加的重叠群。
方法,将来自摩洛哥栽培树的单叶用于本研究。DNA提取。根据制造商的说明,使用Illumina Truseq套件构建了配对的测序库。该库是在配对端,2×150bp格式的Illumina Hi-Seq平台上进行排序的。用三件v0.33(Bolger,Lohse和Usadel 2014)修剪了所得FASTQ文件的适配器/引物序列和低质量区域。修剪序列由黑桃v2.5组装(Bankevich等人2012)随后使用Zanfona V1.0(Kieras 2021)进行完成步骤,以基于相关物种中保守的区域加入附加的重叠群。
1969 年,人们发现一种以前未知功能的牛红细胞蛋白具有催化超氧化物自由基歧化活性 (1-3)。这种酶,即超氧化物歧化酶,是一种金属蛋白,每分子含有 2 (1.8-2.0) 个铜原子和 2 (1.7-1.9) 个锌原子,分子量为 33,000,由两个大小相同的亚基组成 (4, 5)。从其他真核生物中纯化的铜锌歧化酶在分子量、亚基结构、氨基酸组成、铜锌含量以及对纯化所用的氯仿-乙醇混合物的稳定性方面与牛红细胞歧化酶相似 (2, 3)。细菌来源的酶代表一类独特的超氧化物歧化酶,其每个分子含有 1-2 个锰原子作为金属辅因子,对氯仿-乙醇处理不稳定,其氨基酸组成与铜锌歧化酶明显不同(2、3、6-8)。细菌酶的分子量约为 40,000,每个酶含有两个分子量为 20,000 的亚基。最近又分离出两种超氧化物歧化酶,其稳定性、纯化特性和氨基酸组成与细菌锰歧化酶相似。一种来自鸡肝线粒体(8)的超氧化物歧化酶每个分子含有 2.3 个锰原子,虽然它是四聚体,但其亚基分子量与细菌含锰酶相同。另一种是含有铁(每个分子约 1 个原子)而不是锰的,已从大肠杆菌中分离出来(9),是一种二聚体,其亚基大小相同(分子量 19,000)。已在各种需氧、厌氧和耐氧厌氧微生物中测量了超氧化物歧化酶活性水平(10)。从观察到的相关性来看,
限制性片段。为了制备微克量的 Hin 375、Hin 550 和 Hae 790(见图 1),将含有示踪量 lambda [32p]_ DNA(2 X 106 cpm)的 5 mg 纯化 lambda DNA 用 Hin(7)或 Hae(6)消化,乙醇沉淀,重悬于 500 ul DNA 缓冲液(5 mM NaCi、10 mM Tris-HCl,pH 7.4、1 mM EDTA)中,在含有 TBE(1)缓冲液的 3.5% 聚丙烯酰胺凝胶(6 mm X 20 cm X 40 cm)上以 320 V 电泳 23 小时。通过放射自显影定位含有适当限制性片段的凝胶部分,切除,并通过苯酚提取去除 DNA(10)。如前所述,从含有 32P 的 DNA 中分离出高比活度标记的限制性片段(2)。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳确定每个片段的链长(1、2)。
噬菌体FD,FL和OX174是已知的最小病毒之一。它们属于具有单链圆形DNA作为其遗传物质(1-4)的一组良好特征的副觉。他们的DNA的分子量约为2 x 106,仅包含有限数量的基因。fd和fl是丝状噬菌体,在血清学和遗传上相关。ox174是一个显然与丝状噬菌体无关的球形噬菌体。dev> deNhardt和Marvin(5)通过DNA-DNA杂交进行了表明,尽管这两种类型的噬菌体(即丝状和球形)在每种类型的DNA之间没有检测可检测的同源性,尽管在每种类型内部都有很高的同源性。最近,已经推出了一种相对较快的分馏和序列大嘧啶寡核苷酸的技术。已经确定了9-20个基碱残基的FD DNA中长嘧啶裂纹的序列(6)。在本报告中,提出了来自FL和OX174 DNA的大嘧啶产物的序列。将这些序列与先前从FD DNA获得的序列进行了比较。
1。电气要求:220 V,AC 50Hz。2。基于聚合物的8个具有升级性的毛细血管,具有自动采样板系统的自动DNA分析仪/测序仪,具有6个基于染料或更好的化学。3。CCD或带有固态长寿命激光探测器的最新高级技术摄像头。4。应具有最新版本的设备操作和数据收集软件。供应商/供应商应免费提供所有随后的设备操作和数据收集软件升级,从供应之日起五年。制造商证书/承诺应附有技术规范提供文件。5。应具有最新版本的经过验证的软件,用于碎片尺寸(法医str,简短的串联重复,基于人类的标识),并提供其他两个用户许可证,以及每个LICERNSE的必要硬件,包括网络和连接性。该软件应具有具有广泛安全性的功能,并审核功能支持最新发表的研究论文。6。遗传分析仪应在国际准则(例如DNA分析方法(SWGDAM))等国际准则上进行法医DNA分析验证。7。仪器应为支持所有市售的STR套件的开放平台。供应商/供应商应在这方面提交合格证书。8。y-STR(100个反应)。9。10。对最终用户实验室科学家的现场培训。11。0q&PQ文档。应提供基质标准,聚合物容器,毛细管阵列(36厘米),阳极和阴极缓冲液,去离子甲酰胺,试剂和消耗品和塑料软件等以及Str套件,即常染色体 - STR(200反应)。供应商还应提供交钥匙解决方案,以功能化仪器,但不限于:合适的反振动工作台,微型固定,微型,涡流,合适的可变容量移液,96个井板板板微型中心,合适的容量存储设备,适用于具有4'C温度和-20*C温度范围的PCR套件的合适能力,可用于保持4'C和-20*C温度范围的适用量设备及其最佳性能。完整的智商完成现场验证研究。12。兼容Ontine UPS与一个小时的备份(7 kVa)。13。应提供合适的高质量彩色打印机。