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4 酶抑制剂在计算机模拟研究中潜在的抗
摘要 糖尿病是一种与血糖代谢受损有关的慢性疾病。黑蒜具有作为抗糖尿病药物的潜力，因为它含有多种可以控制血糖水平的化合物，例如酚酸、黄酮类化合物和 S-烯丙基-L-半胱氨酸 (SAC)。DPP-4 是一种酶，在治疗 II 型糖尿病中作为格列汀的治疗靶点发挥着重要作用。这项研究旨在通过分子对接方法证明黑蒜中的化合物作为 DPP-4 酶的计算机抑制剂的效力。根据研究结果，SAC 的键能值为 -5.36 kcal/mol，抑制常数值为 118.08 μM。这表明 SAC 化合物与 DPP-4 酶之间的键是稳定的，并且与其他四种测试化合物相比，具有作为 DPP-4 酶抑制剂的潜力。然而，SAC 化合物并不比天然配体更好，因为它具有较小的键能值和抑制常数。因此可以得出结论，黑蒜中的 SAC 化合物并不比其天然配体维达列汀更有效，但它仍然具有作为 DPP-4 酶抑制剂的潜力。关键词：抗糖尿病、黑蒜、DPP-4
JOURNAL O 蛋白质靶点的计算机识别...
摘要：已发现果皮含有多种生物活性化合物，可用于草药治疗多种疾病。尚未研究 C. rostrata 果皮中存在的植物化学物质及其与人体蛋白质结合并改变其功能的潜力。因此，本研究确定了 C. rostrata 果皮提取物中类药物成分在人体中的主要蛋白质靶点以及与这些靶点相关的疾病状况。通过 GCMS 分析确定了 C. rostrata 果皮无水乙醇提取物的甲醇和正己烷馏分成分的身份。使用 SwissADME 和 SwissTargetPrediction 网络工具确定类药性（符合 Lipinski、Ghose、Veber、Egan 和 Muegge 过滤器）和类药物成分的蛋白质靶点。GCMS 分析显示正己烷和甲醇馏分中存在 49 种化合物。育亨宾衍生物 Corynan-16-羧酸，16,17-二脱氢-9,17-二甲氧基-，甲酯，(16E)-，在甲醇馏分中含量丰富 (13.33%)。正己烷馏分富含奇数链脂肪酸和植物甾醇。在馏分中鉴定出四种类药物化合物：(1) 壬二酸单乙酯；(2) 3- (2-甲氧基甲氧基亚乙基)-2,2 二甲基双环[2.2.1]庚烷；(3) 环十二醇，1-氨基甲基-，和 (4) Corynan-16-羧酸，16,17-二脱氢-9,17-二甲氧基-，甲酯，(16E)-。预测的类药化合物的主要蛋白质靶点包括碳酸酐酶 II、蛋白酪氨酸磷酸酶 1B、鞘氨醇激酶 1、麦芽糖酶-葡糖淀粉酶、腺苷 A2b 受体、P2X 嘌呤受体 7、MAP 激酶 p38 α、δ-阿片受体和 α-2 肾上腺素受体。研究结果表明，C. rostrata 外果皮含有类药植物化学物质，具有抗癌、糖尿病、疼痛和炎症疾病的潜力，提取物可能具有壮阳潜力。 DOI：https://dx.doi.org/10.4314/jasem.v26i5.18 开放获取文章：（https://pkp.sfu.ca/ojs/）这是一篇根据知识共享署名许可 (CCL) 分发的开放获取文章，允许在任何媒体中不受限制地使用、分发和复制，前提是对原始作品进行适当引用。 影响因子：http://sjifactor.com/passport.php?id=21082 谷歌分析：https://www.ajol.info/stats/bdf07303d34706088ffffbc8a92c9c1491b12470 版权：© 2022 Ajayi 等人 日期：收到：2022 年 3 月 25 日；修订：2022 年 4 月 13 日；接受：2022 年 5 月 11 日 关键词：Cola rostrata 外果皮；计算机识别；药物样成分；蛋白质靶标预测外果皮（果皮）是表皮层，它包围并保护下面的中果皮免受微生物感染和水渗透，同时确保与外界环境的气体交换（Hansmann & Combrink，2003）。许多热带水果的外果皮不能食用，每年都会造成大量植物材料浪费。最近的研究重点是将果皮从环境污染转化为财富，并利用其丰富的植物化学成分用于医疗保健目的（Torres-León 等人，2018 年；Veloso 等人，2020 年；Hikal 等人，2021 年；Osorio 等人，2021 年）。
计算机模拟目标捕鱼的最新进展 - ARPI
摘要：计算机靶标搜寻旨在识别查询分子的可能蛋白质靶标，这是一种新兴的药物发现方法，应用范围广泛。这种方法可以阐明靶标未知的化合物的作用机制和生物活性。此外，靶标搜寻还可用于识别候选药物的脱靶，从而识别和预防其可能的不良反应。出于这些原因，靶标搜寻日益成为多药理学、药物再利用和识别新药物靶标的关键方法。由于单个小分子可能与不同的蛋白质靶标发生大量相互作用，实验性靶标搜寻可能耗时长且难以实施，而计算机方法可以更快、更便宜、对特定蛋白质结构更有效，因此更容易使用。此外，将其与对接和虚拟筛选研究结合使用的可能性，以及最近开发的越来越多的基于网络的工具，使目标钓鱼成为一种更具吸引力的药物发现方法。特别值得强调的是，机器学习在这一领域的应用日益广泛，既是主要的目标钓鱼方法，也是对已应用策略的进一步发展。本综述报告了近年来开发和应用的主要计算机目标钓鱼策略，这些策略既属于基于配体的方法，也属于基于受体的方法，特别关注科学界可以免费访问的用于进行目标钓鱼研究的不同网络工具。
CALITAS：一种用于计算机模拟离线的 CRISPR/Cas 感知 ALiner......
重要的是，CALITAS 返回一个独特的位点列表，适合构建脱靶验证面板 *、† 对于 CRISPRitz 和 Cas-OFFinder，使用 bedtools cluster 和 pandas groupby 删除了冗余位点
使用系统发育
Silico生物学中的摘要被认为是一种有效且适用的方法来启动各种研究，例如生物多样性分类学保护。在用于兰花物种的硅分类法中使用的系统发育分析可以提供有关遗传多样性和进化关系的数据。在分类学研究中可用于评估基因基因座特定靶标的一种特殊方法是DNA条形码。进行了这项研究，以使用MAT K，RBC L，RPO C1和NRDNA标记来确定特定的靶基因基因基因，用于使用系统发育分析在硅方法中使用Silico方法的Coelogyne属的DNA条形码。所有标记序列均从NCBI网站收集，并使用多种软件和方法进行分析，即用于样品序列对齐的Clustal X和用于系统发育树的结构和分析的Mega 11。恢复表明，建议使用的基因基因座是nrDNA基因基因座。系统发育分析表明，NRDNA基因基因座的使用能够将17种coelogyne物种与两个外群物种分开，即Cymbidium和Vanilla，然后与1,5-双磷酸羧化酶/氧合酶/氧合酶/氧合酶/氧合酶大型亚基（RBC l）一起，而其他基因群和其他polim subiN locase and n namely malsy matulase k（rbc l）（namely kita k）（namely malsy matuly k）（namy k'' RPO C1）提供了一种视觉植物树，其中两个外群物种与Coelogyne物种相同。因此，这项研究的结果可用作支持Coelogyne育种和保护计划的参考。版权所有：©2023，J。热带生物多样性生物技术（CC BY-SA 4.0）
用于硅PCR和底漆验证中的Python包装
Silico PCR中的摘要是一种计算技术，用于预测PCR结果，提高引物特异性并在进行实验室工作之前优化实验条件。已经开发了许多带有预加载基因组模板的基于Web的工具，用于在计算机PCR模拟中进行操作。但是，对灵活，用户友好的软件包的需求不断增加，该软件包允许用户上传或定义自己的自定义模板序列并脱机操作，从而确保在Silico PCR模拟和启动验证中确保数据隐私和安全性。本文介绍了Pypcrtool，这是一种python软件包，旨在在计算机PCR模拟中执行并验证底漆特异性。该工具旨在提供一种灵活，用户友好的解决方案，该解决方案在本地处理数据，从而促进DNA片段扩增的预测以及通过凝胶电泳模拟对PCR产品谱带的可视化。PYPCRTool允许用户输入和指定模板DNA序列文件，向前和反向引物序列并自定义不匹配公差。一个示例场景演示了Pypcrtool的功能，展示了其能力
chiLife：一个用于计算机自旋标记和 4 的开源 Python 包
。CC-BY 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 12 月 24 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.23.521725 doi：bioRxiv 预印本
在计算机分子对接研究和Adme -Tox预测中...
本研究研究了基于自由结合能（δg）的潜在活性预测以及对ARTOCARPUS冠军（Lour。）的植物复合的相互作用确认。使用二肽基肽酶IV（DPP -IV）的大分子蛋白受体在硅分子对接研究中，以及物理化学和药代动力学特性（ADME -TOX）预测方法。使用Autodock v4.2.6（100个对接运行）将DPP -IV受体大分子蛋白蛋白数据库（ID：1×70）的活性子站点停靠。一个52×28×26Å点的网格盒子由0.37Å的距离为X =40.926Å的活动位置； y =50.522Å; Z =35.031Å。用于ADME -TOX预测，使用了基于瑞士的在线申请计划。结果表明，基于δg值和相互作用构象，来自A.冠军的12个Pythocompound具有DPP -IV抑制剂的潜力。比天然配体有五个具有较低δg值和抑制常数的Pythocompounds，七个具有δg值和抑制常数接近天然配体的Pythocompounds。12种化合物在DPP -IV受体的活性子矿石上形成了一种相互作用构象。同时，Adme -Tox预测分析的结果表明，这12种化合物具有不同的物理化学和药代动力学特性。
在硅分子对接活跃的邦格叶化合物...
摘要前列腺癌是最常见的恶性疾病，是死亡的主要原因。已知Bungur叶（Arjunate酸，ASI酸，油酸，ursolic酸和染色酸）的活性化合物已知具有抑制雄激素受体的能力。这项研究的目的是确定雄激素受体抑制抗癌的活性，知道能量结合及其在雄激素受体上的相互作用的价值，了解对接化合物的药代动力学特征。本研究使用Bungur叶子的对接分子方法（Lagerstoremia speciosa（L。））作为测试化合物，1GS4作为前列腺癌中雄激素受体的靶蛋白。在计算机分子对接中使用AutoDockTools软件，DiscoveryStudioSlient，PubChem，Marvinsketch和ADMET预测使用AdmetLab 2.0 WebServer。基于以静态三萜的形式获得的结果，其中包括23个羟基酸盐酸，Asi-Acid，灰甲酸，灰核酸，阿朱酸酯酸，耐氧酸和荷尔酸是在Lagersstromia氏族中发现的几种化学化合物。染色酸，结肠酸，荷甲酸和β-位乙醇糖苷是一些三萜类化合物，这些三萜在通过扁平酸中发现的三萜类化合物，显示出抑制作用和其他活性化合物之间的最佳能量结合值。并且具有良好的药代动力学价值。关键字：灌木叶，雄激素受体，前列腺癌的活性化合物，在硅分子对接中。
设计，在BACE-1的肽抑制剂的计算机和药理评估中
结果：我们可以获得一个新的序列，其中第一个N末端氨基酸和最后一个结合到BACE-1的催化位点，并显示出较高的稳定性和疏水性。合成肽显示出对BACE-1和Ki = 94 nm的竞争抑制作用，当注射分化神经元时，它可以减少β42O的产生。在等离子体中，其半衰期为〜1 h，间隙为0.0015μg/l/h，VSS为0.0015μg/l/h。在注射后30分钟发现肽在脾脏和肝脏中发现，并在此之后降低其水平，当它在肾脏中进行量化时，表明其快速分布和尿液排泄。有趣的是，肽是在其施用后2小时在大脑中发现的。组织学分析表明，任何器官均未发生形态学改变，以及缺乏炎症细胞，表明缺乏毒性。