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药物研发和计算机模拟技术：简要回顾
从细胞、分子水平到整个动物水平。完成靶标验证后，需要鉴定出针对该靶标的有效化合物，例如抑制剂、调节剂或拮抗剂。此过程称为先导化合物鉴定，其中设计和开发合适的检测方法以监测对所研究靶标的影响 [7]。高通量筛选 (HTS) 在此阶段起着至关重要的作用，因为大量化合物会暴露于靶标。在一定置信度下显示出剂量依赖性靶标调节的化合物被进一步处理为先导化合物。随后，在实验室中对动物模型进行实验，然后对阳性结果的效力和选择性进行优化。在成为药物开发候选物之前，还会评估其物理化学性质及其药代动力学和安全性特征 [8]。尽管大多数过程都依赖于实验任务，但计算机模拟方法在该药物发现流程的每个阶段都发挥着重要作用（图 1）。
在靶向蛋白质降解器的硅硅设计中
作为治疗方法的靶向蛋白质降解已经看到了惊人的发展和巨大的投资[1]。蛋白水解 - 靶向嵌合体（protac）和诱导靶向蛋白质降解的相关分子具有很大的价值，主要是因为与常规目标占用驱动抑制剂相比，对于给药，安全性，有效性，选择性和调节“不可用的”目标[2] [2]。这些异常小分子具有三个化学特征：与靶蛋白的部分结合，另一种与E3泛素连接酶结合，以及与这两个元素结合的接头[3]。除了protac，还有某些称为分子胶地的非晶状体小分子蛋白蛋白二聚体，它们还结合了泛素E3连接酶和募集蛋白质以降解，类似于带有靶向蛋白质降解的Protacs [4]。
野外、大脑和计算机中的交互式节奏
自发同步语音揭示促进语言学习的神经机制。《自然神经科学》，22 (4)，627–632。https://doi.org/10.1038/s41593-019-0353-z
在sgrna的硅设计中用于CRISPR/CAS9介导的...
快速碱化因子（RALFS）是植物中存在的普遍存在的富含半胱氨酸的肽。它们在各种过程中充当激素信号的功能，包括细胞生长，根部伸长和受精。ralf肽还可以充当植物免疫反应的负调节剂，从而抑制信号受体复合物的形成以进行免疫激活。在Fragaria×Ananassa中，Faralf33基因的沉默在防御真菌病原体Coltetotrichum acutatum中起关键作用。在这项研究中，在硅中设计了单个指南RNA（SGRNA），用于群集间隔间隔短的短静脉体重复序列/CRISPR-相关的（CRISPR/CAS）9介导的Faralf33基因诱变，以减少Ananassa的Ananassa。faralf33与其他植物物种的同源RALF33序列进行了比较，表明Faralf33的氨基酸序列还列出了Rrila蛋白水解位点中已知的Ralf肽的典型序列，除了Faralf33与Fvralf33一起提出的紧密聚类。在线工具Chopchop为Faralf33基因提供了73次命中，选择了两个用于诱变的SGRNA序列，Sgrna 1（5'-cgactctcccatctctctctctcttggact-3'）和sgrna 2（5'-gcaagcaagcaagcaAgcaAcgaCgggCagcgAgcGatca-3'）。所选SGRNA的预测二级结构在靶向诱变中提出了有效的结构。用于CRISPR/CAS9介导的FARALF33基因诱变的PCAS9-TPC-GFP-2XSGRNA载体是在具有两个SGRNA序列（带有两个SGRNA序列（带有拟南芥thaliana u6-26启动子）和绿色荧光蛋白质标记物的硅中设计的。
体内，体外和计算机：...
使用三种补充方法研究了生活系统：活细胞，无细胞系统和计算机介导的建模。在理解中进展，使研究人员能够创建新颖的chass和工业过程，这基于结合体内，体外和计算机研究的周期。这种设计 - 构建 - 测试 - 在实验和分析之间学习迭代回路周期，将物理学，遗传学，生物化学和生物信息学结合在一起，以保持前进的方式。由于计算机辅助方法并非受到感兴趣实体的物质性质的直接限制，因此我们在这里插图该良性周期如何允许研究人员探索从整个底盘到新型代谢周期中存在的化学性质。特别强调进化的重要性。
在生物活性复合体甲状腺素
Ansclepiadaceae家族的成员，通常被称为Gurmar的成员Sylvestre在印度南部和中部的热带林地以及斯里兰卡蓬勃发展。因其多种药物属性而闻名，体操叶叶子因其作为抗糖尿病，低脂质性，胃酸，利尿剂，制冷剂，涩味和滋补药而获得认可。在G. sylvestre中发现的主要生物活性成分是一组复杂的三萜糖苷，共同称为体育酸，是体育蛋白酶，是共享的aglycone。精致的体操酸已经证明了它们在对抗高血糖，维持正常血糖水平以及降低各种体外实验中的高脂血症方面的有效性。体操酸作用机理涉及刺激胰腺细胞的再生，促进胰岛素分泌并抑制葡萄糖的吸收。体操酸是一种众所周知的组成部分，源自Sylvestre叶子，在旨在管理糖尿病的多种多层配方中起着不可或缺的作用。重要的是要注意，体育氨基氨基蛋白不是独立存在的，而是体操酸内的常见aglycone，可以通过涉及酸性和碱性水解的过程来实现。准确测定体操酸会带来巨大的挑战，其复杂的组成，包括密切相关的化合物及其作为市售参考物质的稀缺性。正在进行的研究努力致力于设计和验证快速且精致的敏感方法，以精确量化该组成部分。方法
silico药物设计：原理和应用
本课程为塞里科药物设计提供了全面的介绍，为学生提供了必要的理论知识和实践技能，以使用计算工具来发现和开发新的药物候选者。该课程强调了在药物发现管道中生物信息学和计算化学的整合，以有效，具有成本效益的方式加速了新治疗剂的发展。
重新提出将 Eravacycline 作为 MMP 抑制剂的计算机模拟研究
考虑到基质金属蛋白酶 (MMP) 在包括癌症在内的各种病理状况中的作用，它们被视为当今药物发现的良好靶点。四环素类抗生素已被重新用于其抗癌活性。在这里，我们通过计算机模拟方法分析了一些四环素化合物，例如去甲金霉素、埃拉环素、莱姆环素和奥马环素与两组 MMP（即胶原酶和明胶酶）的结合亲和力，对其进行了研究。埃拉环素与不同 MMP 相互作用的 ΔG 值范围从 MMP1 的 -8.6 Kcal/mol 到 MMP9 的 -9.7 Kcal/mol，表明结合亲和力强。进一步的分子动力学模拟研究表明，MMP9-埃拉环素相互作用在虚拟生理条件下高度稳定且持久。在所分析的四种四环素中，埃拉环素对所有胶原酶和明胶酶表现出强大的广谱抑制潜力。因此，建议对该抗生素进行进一步的体外和临床前验证研究，以促进其在临床上的重新利用。
在巴基斯坦的CYP1B1基因突变的计算机分析中
引言青光眼是指各种眼睛条件，其标志着眼睛上的压力增加（称为眼压）（IOP）和对视神经的损害。这种情况会导致视力逐渐降低，如果未经处理，则可能最终导致完全失明[1,2]。青光眼是各种各样的神经退行性疾病，其特征在于视觉神经炎的异常形式，逐渐导致视网膜神经纤维层的恶化和最终死亡。这种状况最终导致大量视力障碍[3]。眼室的机械转移过程的故障会导致结构改变，水性幽默排水不良，以及青光眼中的小梁造成分解。视网膜刺激和Muller细胞，小胶质细胞以及星形胶质细胞的激活是由这种功能障碍引起的。这些变化最终可能导致渐进的视力丧失[4]。被称为原发性先天性青光眼（PCG）的疾病是严重的视觉障碍，这是由于前室角和视神经头的发展引起的。通常，它出现在怀孕的第九个月。没有PCG的已知病因，它与任何其他发育障碍无关。光敏感性，眼内压力增加，前巩膜的减弱和延伸，哭泣过多，眼睑的炎症，视神经萎缩，角膜雾霾以及地球肿大是症状。并发症可能包括辨别膜恶化和结膜红斑。PCG可以偶发地发生或在家庭中运行，建议遗传咨询以识别有缺陷基因的载体并防止进一步的视觉障碍[5,6]。