XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemSilico
对计算机预测工具中的审查和评估
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月12日。; https：//doi.org/10.1101/2023.07.12.548726 doi：biorxiv Preprint
在硅药物中重新利用covid -19
此手稿在同行评审后已被接受，并在编辑，证明和正式出版记录（VOR）之前在线上似乎是一份被接受的文章。目前可以使用下面给出的数字对象标识符（DOI）来提议这项工作。VOR将尽快在线发布，并可能与此接受的文章不同。读者应从下面显示的期刊网站上获取VOR，以确保信息的准确性。作者负责本公认文章的内容。
在疫苗设计的表位硅表征中
摘要简介：大肠杆菌血红素利润（CHUA）蛋白是一种外膜蛋白，已显示为疫苗设计研究的可正常靶标。在本研究中，我们旨在识别和表征Chua蛋白最有效的B和T细胞表位，以揭示其最免疫原性的区域。材料和方法：在本研究中，调用同源性建模以确定大肠杆菌血红素利润蛋白（CHUA）的三维（3D）结构。，为CHUA预测了CHUA的CHUA，线性和构象B细胞表位和T细胞表位的膜拓扑，配体结合位点，表面可及性和裂缝。在分子对接分析后，绘制了最有效的T细胞表位与HLA-A020和HLA-DRB0101结构之间的2D和3D相互作用图。结果：我们的结果表明Chua是血红素配体转运蛋白，它形成了常见的β-桶结构。它通过22个膜跨度区域位于膜中。基于残余的口袋和裂缝在Chua蛋白上鉴定出来。免疫学分析显示9个高效的B细胞表位。在预测的T细胞表位2中2分析了大多数有效的表位，以通过分子对接进行HLA结合。YSKQPGYG和FAAATTMSY表位显示与HLA-A020和HLA-DRB0101的相互作用稳定。结论：我们的免疫学，生化和功能分析强调了CHUA蛋白的区域，该区域具有最高的免疫原性，以实现疫苗接种的目的。J Appl BiotechnolRep。2024; 11（1）：1207-1219。 doi：10.30491/jabr.2023.388522.1612我们采用3D结构预测和表位预测结果的策略可以被视为在各种平台中有效疫苗设计的一种可正常的方法。关键字：尿路感染，疫苗，铁受体，生物信息学，OMP引用：Sefid F，Payandeh Z，Khalili S，Hashemi ZS，Zakeri A，Zakeri A，Alagheband Bahrami A等。基于血红素利润蛋白的疫苗设计的表位硅化表征。
将硅噬菌体变成体内噬菌体：
crass样噬菌体最初是从涉及元基因组测序的研究和来自多个个体（Crass-cr oss asbly）的读取的研究中得出的高度丰富和肠道微生物组的普遍成员。最近，已经确定了粘膜类细菌的骨状噬菌体感染细菌。最令人兴趣的面孔样噬菌体之一是它们在实验室和肠道中持续数量高的能力，而不会显着影响其细菌宿主的丰富性。在这里，我们重述了迄今为止，从2014年的硅硅发现以及随后鉴定唯一基因组特征的含量噬菌体，到Crass001的第一个隔离以及阐明由Vivo In Vivo的Phage-Host对研究引起的各种生物学特征的首次分离。在相对较短的时间内收集了大量信息，但是很明显，类似骨状的噬菌体研究仍处于起步阶段。未来的研究在于进一步的体内工作，与噬菌体 - 宿主对一起工作，再加上从较大的群体中分离出进一步的crass样噬菌体。引言泥泞的噬菌体是人类肠道微生物组的有趣成员。它们既多产又广泛，占肠道病毒基因组的86％以上。（Yutin等，2021）在来自全球各地的粪便中都发现了它们，并且在从婴儿到老年人的所有年龄段中都发现了它们（Edwards等，2019）。也已显示它们被转移并稳定地植入虽然crassphages很少是新生微生物组的组成部分，但它们在生命的第一年就变得越来越普遍。已经表明，垂直传播会导致这种初始定植（McCann等，2018； Siranosian等，2020）。
在体外和纳米构造的硅硅硅均出现 -
该项目旨在通过鉴定新型生物标志物和新型技术的部署来推进护理点诊断，以开发针对其中独特的表位的纳米体，以实现最高特异性。将通过分析可用的“ OMICS数据”来识别相关的生物标志物，并且已经编制了初步候选名单。纳米体将在学术实验室中使用硅和抗体发现和优化的体外方法的结合。该项目将在Sormanni Lab中开发，探索和采用人工智能（AI）策略，以获取针对预先确定的表位的纳米构造，这些表位在已识别的生物标志物表面是独一无二的[1,2]。然后，将通过体外定向进化方法（例如酵母或核糖体显示）组合来优化此类纳米体的亲和力，这些方法已经在实验室中启动和运行，以及用于预测与亲密关系增加的外生序列的机器学习方法。此外，通过已建立的管道[3]，将在计算上进一步优化稳定性和溶解度，因为这些分子特性对于能够开发合适的保质期的侧向流量设备至关重要。
在内分泌干扰物属性的计算机预测中
内分泌干扰化学物质（EDC）是我们环境中存在的一类广泛的分子，怀疑通过干扰内源配体的合成，转运，降解或作用而怀疑会在内分泌系统中引起不良反应。表征环境化合物及其潜在的细胞靶标之间的有害涉及分性以及体内鲁棒的稳定性，体外和计算机筛选方法对于评估大量化学物质的毒性潜力很重要。在这种情况下，正在开发允许内分泌干扰物和环境风险评估活动预测的计算机辅助技术。这些技术必须能够应对各种数据，并将原子水平的化学与细胞，器官和生物体的生物活性联系起来。定量结构 - 活动关系方法因毒性问题而流行。他们通过许多分子描述子将化合物的化学结构与生物活性相关联（例如，分子量和参数，以说明疏水性，拓扑或电子特性）。化学结构分析是第一步；但是，对分子间相互作用和细胞行为进行建模也将是必不可少的。EDCS目标的三维晶体结构数量的增加提供了大量的结构信息，可用于使用对接和评分程序来预测其与EDC的相互作用。（内分泌学160：2709 - 2716，2019）在本综述中，我们描述了使用配体和靶向属性来预测内分泌干扰物活动的各种计算机辅助方法。
人凋亡中的硅药物设计...
称为肺癌的恶性疾病的特征是肺组织或细胞中未经检查的生长。这种异常生长发展为一种称为癌的肿瘤。如果它是不适当或不快速治疗的，它可能会转移到身体的其他区域。在多细胞生物中，凋亡是一个程序性细胞死亡的过程，其中细胞经过一系列生化事件，这些事件促进细胞发育，消除不良细胞，保留组织完整性并停止癌症的传播。这是单元进行受控自杀的方法。细胞收缩，发展出泡沫，并在凋亡过程中分解其DNA。凋亡细胞突变会导致组织损伤，肿瘤生长，未检查的细胞分裂和神经退行性疾病。引起凋亡。凋亡细胞中的突变会导致不受控制的细胞增殖，肿瘤发育，组织损伤和神经退行性疾病。凋亡诱导因子（AIF）是与caspase依赖性和caspase独立凋亡途径有关的线粒体蛋白。AIF最初被描述为细胞死亡介质，并在肺癌中起重要作用。包含蛋白4或CHCHD4的结构域的卷曲螺旋螺旋参与氧化应激调节和线粒体健康维持。chchd4通过与线粒体内膜中的蛋白质相互作用，在细胞对损伤的反应中起作用。chchd4可能会对肺癌细胞的存活产生影响，特别是在存在癌细胞典型的氧化应激的情况下。计算机辅助药物设计（CADD），也称为硅药物设计中，是一种计算方法，它使用生物信息学工具来查找类似于药物的分子。借助这些工具分析并预测了可能的候选药物的生物学和物理化学特征。因为它提供了用于分析大量生物学数据，预测药品目标相互作用，建模蛋白质结构和模拟分子相互作用的工具和技术，因此生物信息学对于内核药物设计至关重要。这项研究可以为癌症中针对线粒体功能和细胞死亡途径的更有效的疗法铺平道路，从而弥合理论研究和在药物发现中实际应用之间的差距，以改善患者的预后。
合成，生物学研究和2 ...
抗氧化剂化合物已成为几种治疗应用的潜在保护剂。抗菌药物抗药性和传染病仍然存在有关全球健康问题的问题。可以肯定的是，发现新的抗氧化剂和抗菌剂对于人类的存在至关重要。噻唑和磺酰胺由于其各种生物活性特性而在药物发现中是特权脚手架。在这项研究中，合成了一系列2-氨基硫唑磺酰胺衍生物（1-12）并研究其抗氧化剂（i.e。，DPPH和SOD-模仿）和抗菌活性。在经过测试的化合物中，化合物8是有效DPPH和SOD最有希望的化合物（％DPPH =90。09％，％SOD = 99。02％）。但是，这些化合物都不是活性抗菌剂。定量结构 - 活性关系（QSAR）建模是进一步用于指导其他导数的合理设计的。两种抗氧化QSAR模型（i。e。，DPPH和SOD）。基于QSAR发现设计了另一组结构修饰的化合物，以最终获得112种新设计的化合物，其中预先介绍了其活动（DPPH和SOD）。大多数修饰化合物的作用比其原型更好。质量，极化性，电负性，C -f键的存在，范德华的体积和结构对称性被揭示为键
在计算机试验和活着的心脏项目
代表了医学研究中的一种开创性方法，利用建模和模拟来增强见解，改进方法并可能取代动物和人类测试。这种方法的核心是开发特定于患者的模型，这些模型构成了完整的虚拟人群的基础。这些模型用于评估新药和医疗设备的安全性和功效。此类方法越来越被认为是补充和丰富传统临床试验的有价值的工具，可能会减少所需患者的数量，提高统计学意义并加速监管批准时间表。这种新方法的含义对于药物和医疗设备的开发以及监管评估至关重要。在计算机试验中，使用计算建模来模仿人类系统动力学，提供了传统体内和体外测试的复杂且更具道德的替代方案。这种方法不仅可以极大地加快试验时间表并提高患者的安全性，而且还具有成本效益。