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高通量药物组合筛选可识别...
PTEN 状态与 BKM120 抗胶质瘤作用之间的关系。如图 S1B 所示，PTEN 缺失不会使 LN18 细胞对 BKM120 产生敏感性。此外，我们分析了 Wooster 细胞系数据集，该数据集包含用 19 种药物处理的 300 多个细胞系。同样，这些细胞系对 BEZ235 或另一种泛 PI3K 抑制剂 GSK1059615 敏感还是有抗性与 PTEN 表达水平无关（图 S1C）。我们还计算了 PTEN 蛋白表达（数据来自癌细胞系百科全书项目中的细胞系反相蛋白阵列）与 IC50（数据来自癌症药物敏感性基因组学项目）之间的 Spearman 相关性。我们发现低 PTEN 表达甚至会导致对 BKM120 治疗的抗性显著增加，而不是敏感性增加，
将体内质子汇率（KEX）MRI与定量敏感性映射相结合，以进一步对gadolinium阴性多发性硬化病变进行分层
材料和方法：从2017年12月到2020年12月，临床诊断的复发型MS患者被连续地纳入IRB批准的回顾性研究。自定义的MRI方案涵盖了常规t 2加权，t 2-流体衰减恢复，对比度t 1加权成像和定量序列，包括基于直接饱和的K EX MRI，取消了Omega Plots和QSM。与正常出现的白质相比，根据其GD增强及其敏感性以及K EX升高评估了每个MS病变。使用Mann – Whitney U检验或Kruskal -Wallis检验分析了有关病变特征和成像对比的差异和相关性，而Spearman等级分析具有P <0.05被认为是显着的。
美国陆军健康促进与预防中心...
致谢 美国陆军健康促进和预防医学中心的一个多学科工作组参与了本技术指南的编写： 技术作者： Tony Pitrat 先生，Ken Wiggans 中校，Veronique Hauschild 女士，Matt McAtee 先生，Richard Kramp 中校，医学博士，Jim Mullikin 先生*，Bruno P. Petruccelli 中校，医学博士，Tamra Barker 少校，医学博士，Steve Richards 上校，Irene Richardson 女士，Aaron Silver 少校，Kelly Spearman 女士，Jesse J. Barkley, Jr. 先生，Richard Wells 先生，Donald Wood 先生*，编辑，Gail Gibson 女士*这项工作部分由亨利·M·杰克逊军事医学发展基金会资助，由美国制服服务大学和美国陆军健康促进和预防医学中心提供资助。
APC中的免疫景观和TP53与结肠腺癌中相关的肿瘤微环境：生物信息学分析
简介：APC和TP53是结肠腺癌（COAD）中最常规突变的两个基因，尤其是在进行性恶性肿瘤和抗肿瘤免疫反应中。当前的生物信息学分析研究结肠腺癌中的APC和TP53基因表达谱是生存的预后特征，尤其是集中在相关的免疫微环境上。方法：分别从癌症癌和正常组织样品的临床和遗传数据中获得了癌症基因组图集（TCGA）-COAD和基因型 - 组织表达（GTEX）在线数据库。通过单向方差分析测试在两组中分析了遗传差异表达。kaplan - 使用Meier存活曲线来估计总生存率（OS）。p <0.05在统计学上是显着的。通过Spearman的相关分析评估了免疫细胞募集与APC和TP53状态之间的链接数据库的基因表达互动分析数据库。结果：在66.74％和85.71％的454和755.71％的APC和TP53中，分别在结肠和直肠连接原位位点中的454例和7例TCGA-COAD患者，与GTEX组相比，较高的log2转录组每百万读物（318个样本中）和368样品中的318个样本）。生存曲线显示，高APC和TP53轮廓结肠的OS较差。结论：APC和TP53基因突变在结肠癌中占上风，并且与预后不良和最短生存期非常相关。Spearman对免疫细胞的分析表明，APC状态与T细胞CD4Þ，T细胞CD8Þ，NK细胞和巨噬细胞的结构之间存在很强的正相关性，并且状态与T细胞CD4Þ，T细胞CD8的状态与施用之间的正相关。浸润的T细胞CD4Þ，T细胞CD8，NK细胞和巨噬细胞填充结肠微环境，并调节肿瘤进步，免疫逃避和对标准化学疗法的敏感性的机制。需要更全面的研究来证明这些结果并将其变成新的治疗前景。
PLMFIT：使用蛋白质工程蛋白质语言模型进行基准测试转移学习
（a）Spearman在以下比较的层相关性最佳PLM配置相对于每种TL技术（X轴）使用的层，下游的头部和汇总方法（X轴），请进行：（i）AAV采样，（ii）AAV-ONE vs. REST vs. REST，（iii）gb1-three，（iii）gb1-three vs.s vs.s Rest，（iiv）和（IV）vs. vs.-iv vs vs v。 SS3采样。使用了不同的PLM：Proteinbert，Progen2（小，中，Xlarge），ESM2（650m，3b，15b），具有TL策略，包括Fe，Lora，Lora-，Lora-，适配器和适配器。红色虚线表示使用序列OHE训练的基线模型，请参见方法。（b）相对于FT（绿色）和Fe（蓝色）的基线的性能差异百分比。微调始终会产生更大的性能改进，尤其是在更复杂的数据集（如Meltome）中。BoxPlots在任务和TL方法之间显示出绩效增长的可变性。
EGFR、AREG 和 EREG 的预后意义...
材料和方法：我们研究了 EGFR、AREG 和 EREG 在 MIBC 中的预后意义。通过 qRT-PCR 对曼海姆大学医院（MA；中位年龄 72 岁，四分位距 [IQR] 64 – 78 岁，25% 为女性）接受根治性膀胱切除术的 100 名 MIBC 患者的组织样本进行基因表达和拷贝数分析。在忠北和 MDACC 队列中，对 2017 年 TCGA MIBC 队列（中位年龄 69 岁，IQR 60 – 77 岁，27% 为女性）中的 361 名患者进行了结果验证。使用 Mann-Whitney 检验、Kruskal-Wallis 检验和 Spearman 相关性将基因表达与临床病理参数相关联。使用 Kaplan-Meier 和 Cox 比例风险模型分析总体生存率 (OS)、癌症特异性生存率 (CSS) 和无病生存率 (DFS) 基因表达。
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文献检索提供了 83 项研究，从中对条件估值 (CV) 和显示偏好 (RP) 估计进行了 616 次比较。提供了完整数据集、5% 修剪数据集和加权数据集的 CV/RP 比率汇总统计数据，加权数据集对每项研究而不是每个 CV/RP 比较赋予了相同的权重。对于完整数据集，样本平均 CV/RP 比率为 0.89，95% 置信区间为 [0.81-0.96]，中位数为 0.75。对于修剪和加权数据集，这些汇总统计数据分别为 (0.77; [0.74~0.81]; 0.75) 和 (0.92; [0.81-1.03]; 0.94)。三个数据集的 CV 和 RP 估计值之间的 Spearman 等级相关系数分别为 0.78、0.88 和 0.92，Pearson 相关系数稍大一些。提供了非参数密度估计，以及对所用基本 RP 技术和大类估价商品的观测 CV /RP 比率的回归结果。
脱碳经济中的电力零售率设计
目前，大多数美国电力消费者每千瓦时支付的价格恒定的价格消耗了大部分账单。电力系统中正在进行的发展增加了效率的提高，这些提高可以使消费者暴露于广泛变化的现货价格。纯正的定价不流行；消费者（和政客）重视价格可预测性和账单稳定性。我们专注于第二好的替代方案：使用时间（TOU）和临界峰值定价（CPP）。我们介绍了针对环境内额外的可移位载荷量的替代评估标准。使用CAISO，ERCOT和ISO-NE的历史数据，我们发现TOU率和点价格之间的样本外Spearman等级相关性可能相对较高（平均0.7-0.8），并且模拟确认TOU率可以合理地复制有效的负载障碍（最高60-70％的潜力）。我们的分析表明，尤其是在与CPP相辅相成的情况下，TOU率在社会上比以前估计更有价值。
抗生素耐药性，细菌传播和抗体缺乏症患者的细菌感染预测
结果：对来自痰中的43例患者的痰中的343个细菌分离株进行了测试。大莫里德和四环素耐药性是常见的（分离株的82％和35％）。erm（b）和MEF（a）是大环内酯类耐药性最常见的决定因素。wgs揭示了Viridans链球菌作为AMR基因的来源，其中23％还携带与AMR基因和其他移动遗传元件相关的共轭质粒。对流感嗜血杆菌分离株的系统发育分析表明，在诊所的患者之间可能传播。在前瞻性研究中，痰中嗜中性胞酶浓度与香农熵α-多样性（Spearman'sρ= - 0.306，p = 0.005）与与Berger -Parker优势指数（ρ= 0.502，P <0.001）之间存在负相关。相似的关系是指连续样品之间弹性酶浓度的变化，与降低的α多样性相关的弹性酶增加。