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循环肿瘤DNA动力学和...
结果总共分析了110例患者的285个血液样本。较高的基线CFDNA浓度与较差的无进展生存率（PFS）和总生存期（OS）有关。处理2个循环后，ctDNA突变主要ITY中的变异等位基因频率（VAF）随着平均相对变化为–31.6％而降低。在2个循环恢复后的TP53，APC，TCF7L2和ROS1的VAF中减少与较长的PF相关。我们在每个时间点使用VAF的总和作为整体ctDNA负担的替代物。2个周期后的总和（VAF）≥50％的降低与PFS更长（6.1 vs. 2.7个月，P = 0.002），OS（11.3 vs. 5.9个月，P = 0.001）和较高的疾病控制率（86.3％vs. 51.1％，P <0.001）。vaf在疾病进展时增加，BRAF的VAF显着增加。
地中海的生物多样性：估计，模式和威胁
marta coll 1,2 *，Chiara Piroddi 3，Jeroen Steenbeek 3，Kristin Kaschner 4，Frida Ben Rais Lasram 5.6，Jacopo Aguzzi 1，Enric Ballesteros 7，Carlo Nike Bianchi 8 Bella S. Galil 14，Josep M. Gasol 1，Ruthy Gertwagen 15，Joa〜o Gil 7，Franctmbios Guilhaumon 5，Kathleen Kesner-Reyes 16，Miltiadis-Spyridon Kitsos 10，Athanasios Koukouras 10，Nikolaos Chandelier 16 Cuadra 18，Heike K. Lotze 2，Daniel Martin 7，David Mouillot 5，Daniel Oro 19，Sasˇa Raicevich 20，Josephine Rius-Barile 16，Jose Ignacio Saiz-Salinas 21，Carles San Vicente 22，San Vicente 22，Samuel Somot 23，Samel'Samuel Somot 23，Jose'Templad 24，Xavier Tron 7，Xavier Tron 7，dimiitriis vaff vicer vaff vacker vaf vicer vack vact vaff vicer vaf facker vaf vicer vaf vack vaf vaff vicer。 Villanueva 1，Eleni Vaultsiadou 10
2023年大肠癌的基因组景观
18补充图1。通过半对准读数的软剪切引入的偏差。显示了六个读取与包含A/T变体的参考序列的比对。Bold Black T和Red A分别表示参考和替代等位基因。软剪裁由罢工表示。无软剪切，三个读数将支持参考（t）和替代（a）等位基因，从而导致无偏变体等位基因频率（VAF）为3/6 = 0.5。（a）读取R3被软剪切，直到获得参考的连续五次匹配为止。剪辑后，只有两个读数支持备用等位基因（a），而三个读取支持参考等位基因（t），导致偏置2/5 = 0.4的偏置VAF。（b）FIXVAF剪辑所有读数均按五个基础读取，无论它们是否包含变体位点还是支持参考或替代等位基因。读取支持参考等位基因和备用等位基因的读取现在被五个基部夹住。在此示例中，FIXVAF将计算2/4 = 0.5的VAF，因此消除了偏差。
提高大型流行病学研究中体细胞突变分析的准确性：解决没有匹配病例的问题
纽约，纽约州 联系人：Ronglai Shen ( shenr@mskcc.org ) 摘要 理想情况下，使用患者匹配的正常细胞样本作为基准来检测肿瘤中的体细胞突变。这样一来，就可以将体细胞突变与罕见的种系突变区分开来。在大型回顾性研究中，档案组织收集会对获取正常 DNA 样本造成挑战。在本文中，我们提出了一种在没有匹配的正常样本的情况下改进体细胞突变分析的方案。该方法的灵感来自 InterMEL 研究，这是一项大规模流行病学调查，涉及对 1000 个原发性黑色素瘤样本进行多组学、多机构基因组分析。实现改进突变调用的关键见解是种系突变应产生约 50% 的变异等位基因频率 (VAF)。虽然纯肿瘤样本中的体细胞突变也有望获得类似的 50% VAF，但通常肿瘤纯度远低于 50%，导致 VAF 明显较低。利用一种可以同时估计肿瘤纯度和 VAF 的技术，我们开发了一种更好地区分体细胞变异和种系变异的方法。基于 InterMEL 研究中 137 个黑色素瘤与匹配的正常组织来提供黄金标准，我们表明使用一组（不匹配的）正常样本的传统流程存在错误
样本案例 - 不用于临床用途
基因改变位置vaf clinvar转录类型途径BRCA2 C.8638DELA P.T2880F EXON 21 13.8％-NM_00000059.3删除 - 删除 - 造成DNA损伤 /修复BRCA2，乳腺癌2易感性蛋白是一种抑制肿瘤的基因组，是DNA的基因组，是DNA的中心，DNA是基因组的中心。 （PMID：）。此外，BRCA2通过检查点激酶CHK1和CHK2的羧基末端27530658磷酸化调节DNA修复。磷酸化调节BRCA2与RAD51的相互作用，从而导致BRCA-RAD51复合物募集到DNA损伤部位（PMID：）。BRCA2中的种系突变可能与18317453有关，增加了对遗传性乳腺癌和卵巢癌综合征的敏感性（PMID：，PMID：）。22006311 8524414基因改变位置vaf clinvar clinvar clinvar iD类型途径
使用 NARMAX 方法对机械腕部扰动的皮质响应进行非线性建模
摘要 — 目的：通过对手腕扰动的皮质反应 (EEG) 进行非线性建模，可以量化健康和神经受损个体的皮质感觉运动功能。反映健康个体共有关键特征的共同模型结构可为未来研究与感觉运动障碍相关的异常皮质反应的临床研究提供参考。因此，我们的研究目标是识别这种共同的模型结构，从而使用具有外生输入的非线性自回归 - 移动平均模型 (NARMAX) 构建皮质反应的非线性动态模型。方法：在接受连续手腕扰动时记录十名参与者的 EEG。开发了一种共同的模型结构检测方法，用于识别所有参与者的共同 NARMAX 模型结构，具有个性化的参数值。将结果与传统的特定于主题的模型进行了比较。结果：所提出的方法在实施一步预测时实现了 93.91% 的方差解释率 (VAF)，在实施 k 步预测 (k = 3) 时实现了约 50% 的 VAF，与特定于受试者的模型相比，VAF 没有显着下降。估计的共同结构表明，测量的皮质反应是外部输入的非线性转换和局部神经元相互作用或皮质固有神经元动力学的混合结果。结论：所提出的方法很好地确定了受试者对腕部扰动的皮质反应的共同特征。意义：它为人类感觉运动神经系统对体感输入的反应提供了新的见解，并为未来使用我们的建模方法评估感觉运动障碍的转化研究铺平了道路。
补充材料
手术获得的原发性肿瘤组织样品和相应的连续血样品，分别获得了体细胞突变筛查和ctDNA监测。使用三组结直肠癌患者（CRC）的三个不同平台对原发性肿瘤进行了测序分析。分别分析了11、27和14例患者的肿瘤样本，分别为1、2和3组。使用Clearseq综合癌症小组（Agilent Technologies，Inc.，Santa Clara，CA）使用Illumina HISEQ 2000 Sequencer（Illumina，Inc。，San Diego，CA）分析集1，该基因针对151个疾病相关的基因（Maintext的参考文献34）。 分别使用ION Proton™和ION S5™系统（Thermo Fisher Scientific，Waltham，MA）分析了集2和3，其定制面板的靶向39个基因，这些基因经常在CRC中改变。 1集1样品在我们的先前研究中进行了分析，该研究考虑了原发性肿瘤的三个区域以及外周血单核细胞（PBMCS）（总共四个样品）的相应DNA，以评估肿瘤内遗传异质性对循环肿瘤DNA DNA（CTDNA）（CTDNA）（参考文本34）的影响。 在该研究中，结果表明，肿瘤遗传异质性并不是CTDNA分析的主要障碍，前提是从肿瘤的单个区域中选择具有足够变异等位基因频率（VAF）的体突变。 本研究中原发性肿瘤测序的最高优先级是检测一些具有高VAF的体细胞突变。集1，该基因针对151个疾病相关的基因（Maintext的参考文献34）。集2和3，其定制面板的靶向39个基因，这些基因经常在CRC中改变。1集1样品在我们的先前研究中进行了分析，该研究考虑了原发性肿瘤的三个区域以及外周血单核细胞（PBMCS）（总共四个样品）的相应DNA，以评估肿瘤内遗传异质性对循环肿瘤DNA DNA（CTDNA）（CTDNA）（参考文本34）的影响。在该研究中，结果表明，肿瘤遗传异质性并不是CTDNA分析的主要障碍，前提是从肿瘤的单个区域中选择具有足够变异等位基因频率（VAF）的体突变。本研究中原发性肿瘤测序的最高优先级是检测一些具有高VAF的体细胞突变。此外，三个肿瘤区域中通常检测到的突变仅限于一组基因，其中包括TP53，APC，KRAS，PIK3CA，FBXW7和BRAF。
标题：基于急性髓样白血病（AML）的基于Venetoclax（VEN）的抗药性和克隆进化的遗传见解
新获得的muts（中位数1，范围1-6）（图1A）。在20/30分中，获得的MUTS的VAF≥10％。新的mut是转录调节剂（n = 16），信号基因（n = 9）或两者（n = 5）。在TF处，最常见的MUT是FLT3（n = 7; 6 flt3-itd; 1 flt3 n676k），runx1（n = 5），tet2（n = 4），nf1（n = 4）和ptpn11
附录ERG变体研究网络
补充图3。生殖线ERG（P.Y373C）变体的保护和作用。（a）P.Y373C变体映射在ERG蛋白上（NM_182914）。（b）在跨物种的人类ETS转录因子和直系同源ERG蛋白的P.Y373C变体周围的氨基酸保存。（c）ERG P.Y373C变体对DNA结合的预测影响。预测极地接触（溶剂排除的氢键）（红线）和由于诱变引起的预测极性接触破坏（灰色虚线）。3D蛋白质建模在ERG-DNA X射线晶体学模型（PDB ID：6VGE A链中）进行，该模型从Uniprot Online数据库中获得。Pymol用于可视化P.Y373C的预测结构影响。（d）P.Y373C VAF与血小板计数的比较。液滴数字PCR用于确定来自族的1个成员的VAF（I-1，I-2，II-1，II-2）（表1-患者15、16、17）在显示的时间点上样本，还绘制了相应时间点的血小板计数。单核细胞（MNC），骨髓（BM），间充质基质细胞（MSC）。