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利用机器学习以提早发现和预测霍乱
摘要霍乱仍然是尼日利亚的重大公共卫生挑战，每年造成许多死亡。本研究旨在开发一种基于机器学习的预测模型，用于尼日利亚的霍乱暴发的早期检测和预测。通过整合包括环境，社会经济和健康数据在内的各种数据集，该模型为公共卫生官员提供了可行的见解，从而及时进行了干预和资源分配。该研究利用各种机器学习算法来分析历史数据，随机森林的出现是最有效的。该模型的预测已针对实际爆发数据验证，证明了其显着增强爆发准备和响应策略的潜力。1。引言霍乱是摄入恐怖恐怖症状霍利氏症引起的急性腹泻疾病，一直是尼日利亚的复发公共卫生问题。该疾病的特征是迅速发作严重的水性腹泻，如果未治疗，可能导致脱水和死亡。尽管卫生和清洁水的通道有所改善，但霍乱的爆发仍会因规律而令人震惊，尤其是在基础设施不良且医疗保健有限的地区。霍乱暴发的主要驱动因素包括降雨，温度和水污染等环境因素，以及人口密度，卫生实践和医疗保健可及性等社会经济状况。传统的爆发预测方法通常依赖于历史数据和专家判断，虽然有价值，但它们的预测准确性和及时性可能受到限制。
使用DNA metabarcoding鉴定来自Kappaphycus alvarezii栽培地点的细菌成分，这些位点被印度尼西亚Sumbawa的Labuhan Sangoro感染了Ice-Ice
摘要。Labuhan Sangoro，位于印度尼西亚西努萨·坦加拉（West Nusa Tenggara）的萨利赫湾（Saleh Bay），是印度尼西亚西努萨（Nusa Tenggara）的摄政区，是用于种植海藻物种Kappaphycus alvarezii的地区之一。在2023年，由于冰冰疾病爆发，耕作活动造成了农作物衰竭。这一事件造成了农民的巨大劳动力和财务损失。怀疑生物学因素（细菌）在这种疾病的出现中起作用。因此，这项研究旨在（1）识别生活在水域中的细菌（冰冰感染的海藻种植地点）和（2）寻找负责引起冰冰疾病的潜在细菌。这项研究的目标是分子鉴定已知感染K. alvarezii的潜在细菌，从而导致该疾病。本研究中使用的方法是探索性描述性的。从4点收集样品（K. alvarezii栽培位置被冰冰感染）。每个点由2个深度（表面和底部水）表示。sampels分析采用元法编码（EDNA）分析采用与培养的方法。这种方法可用于检查环境样品中可用的基因组，从而允许鉴定更广泛的细菌种类。因此，这种方法提供了更大的机会发现引起冰冰疾病的潜在细菌。在这项研究中，已经全面理解了两个深度（表面和底水）的细菌组成。和伪胞虫sp。负责在有机物分解，营养回收，支持初级生产和维持生态系统平衡中重要作用的主要门是蓝细菌和蛋白质细菌。K。Alvarezii培养中的冰冰疾病与某些细菌物种（如Vibrio spp）有关。在采样位置也发现了。关键词：环境DNA，Ice-Ice病，K。Alvarezii，海洋细菌，萨利赫湾。
从 Balao-balao（一种发酵的米虾混合物）中分离出的产生细菌素的乳酸菌对选定病原体的拮抗活性
本研究从一种在菲律宾传统上称为 Balao-balao 的发酵米虾混合物中分离出乳酸菌。筛选乳酸菌菌株表明，10 种分离物对测试微生物表现出良好的抑制活性，即金黄色葡萄球菌 BIOTECH 1634、大肠杆菌 BIOTECH 1582、枯草芽孢杆菌 BIOTECH 1679 和哈维氏弧菌 SEAFDEC 010。感兴趣的是分离物 PL12，这是一种产生细菌素的菌株，对测试的病原体表现出最高的抑制活性。分离物 PL12 被鉴定为戊糖片球菌 (GenBank 登录号 MF353992)，通过 16S rDNA 序列分析具有 100% 的相似性。排除有机酸和过氧化氢的影响，PL12 分离株的无细胞上清液 (CFS) 在琼脂孔扩散试验中表现出对测试病原体的强拮抗活性。这些结果证实了分离株的蛋白质性质，并表明了细菌素的典型特性。为了进一步浓缩 CFS 中的蛋白质，进行了硫酸铵沉淀，然后进行柱纯化（Sep-Pak C 18 筒式柱）。在测试的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌中均观察到 PL12 细菌素的阳性拮抗作用。在每个纯化步骤中都发现对大肠杆菌的抑制活性最高。这些结果表明，产生细菌素的 PL12 分离株可以成为食品工业中一种有前途的防腐剂，也可以作为水产养殖中的益生菌，因为它具有对抗哈维氏弧菌的拮抗活性。
Long W，Li M，Gao Y，Zhang Y，Yuan X，Ye H，Huang H，Liang W，Zhang R，Du G.微生物群落，致病细菌和高风险的抗生物生物分离
抽象目标。该研究的目的是探索微生物群落，致病细菌和高风险抗生素抗生素基因的特征，沿海海滩与多功能宿主之间的相关性，以确定中国热带海岸海滩上的粪便源污染物的潜在物种生物标志物。“一项健康”方法用于海滩和温血宿主的微生物研究。微生物使用16S rRNA基因扩增子和shot弹枪元基因组学上分析了社区。非盐海滩的混乱，辛普森，香农和王牌索引大于属属和OTU级别的盐海滩（P <0.001）。bacteroidota，halanaerobiaeota，蓝细菌和富公司在盐海滩上很丰富（p <0.01）。人类采购的微生物在盐海滩上更丰富，占0.57％。粪便核酸杆菌和hallii菌群被认为是人类粪便污染的可靠指标。在盐海滩上观察到了耐高风险的碳苯甲酸克雷伯氏菌肺炎和基因型KPC-14和KPC-24。TET（X3）/TET（X4）基因和四种类型的MCR基因在海滩和人类上共发生； MCR9.1占多数。TET（X4）在蓝细菌中发现。在中国海滩上很少报道，但观察到病原体，例如藤本植物，肺炎军团菌和幽门螺杆菌。低微生物社区的多样性并未表明风险降低。高危ARM向极端沿海环境的转移应受到足够的关注。
nt-crispr
快速增长的细菌颤音纳特里格斯最近随着一种新型的底盘生物在广泛的项目中引起了人们的关注。为了充分利用这种引人入胜的细菌的潜力，方便且高效的基因组编辑方法是必不可少的，以创建针对特定应用的新型菌株。V. Natriegens能够通过同源重组来捕获自由DNA，并将其纳入其基因组。这个过程称为自然转化，被驯服用于基因组编辑。它显示出高效率，并能够介导多个DNA片段的摄取，从而允许多个同时编辑。在这里，我们描述了NT-Crispr，这是自然转化与CRISPR/CAS9反选择的组合。在两个时间上不同的步骤中，我们首先通过自然转化进行了基因组编辑，其次，诱导CRISPR/CAS9，靶向野生型序列，导致未编辑的细胞死亡。通过高效的细胞杀伤，效率高达99.999％，抗生素耐药性标记的整合变得可易于配置，因此具有单基准精确度的无疤面和无标记的编辑。我们使用NT-Crispr进行了删除，集成和单基碱修饰，其编辑效率高达100％，并进一步证明了其对同时缺失多个染色体区域的适用性。最后，我们证明了近乎无PAM的CAS9变体SPG Cas9与NT-Crispr兼容，从而大大拓宽了目标频谱。
非O1/non ...
摘要：非O1和非O139弧菌霍乱（NOVC）会引起人类胃肠道感染。被污染的食物，尤其是海鲜，是人类感染的重要来源。在这项研究中，从零售海鲜中分离出的63个NOVC菌株的毒力潜力在基因型和表型水平上被表征。尽管没有菌株编码霍乱毒素（CTX）和毒素调节的pilus（TCP），但包括Hlya Hymolysin，cholix Toxin CHXA，热稳定的肠毒素STN，以及针对3型和6型分泌系统编码的基因。所有菌株均表现出针对人和绵羊红细胞的溶血活性：90％（n = 57）形成强生生物膜，52％（n = 33）在37℃时高度运动，只有8％（n = 5）和14％（n = 9）可以抗拒60％和≥40％的人类血清。生物膜形成和毒素调节基因。CGMLST分析表明，来自临床NOVC菌株的海鲜簇的NOVC菌株。抗菌易感性测试（AST）导致对五种菌株的鉴定，这些菌株针对β-内酰胺类（包括青霉素，碳碳素，碳酸苯甲酸酯和头孢菌素），多酰氧蛋白，多酰氧蛋白和硫酰胺和硫酰胺的物质产生了非wildtype表型（中和耐药性）。表型抗性模式可以部分归因于在计算机分析中通过鉴定的获得的耐药性决定因素。我们的结果表明，从零售海鲜产品中分离出的分析的NOVC的毒力潜力差异，可以考虑进一步的致病性评估以及对未来海鲜监测中NOVC分离株的风险评估。
使用CRISPR/CAS系统技术的高风险食物中毒细菌...
摘要 - 病原细菌的快速准确检测对于包括公共卫生和食品安全在内的各种应用至关重要。但是，现有的细菌检测技术有几个缺点，因为它们不便，需要耗时的程序和复杂的机械。最近，与现有技术相比，CRISPR/CAS系统的精度和多功能性已利用为设计生物传感器，可提供更有效，准确的细菌检测方法。大量研究集中在基于CRISPR/CAS系统的生物群体上，该系统在有效检测病原细菌或病毒方面表现出了希望。在这篇综述中，我们提出了一种基于CRISPR/CAS系统的生物传感器，该生物传感器已被专门开发以过度限制这些局限性，并有效地检测到不同的致病细菌，包括弧菌parahaytictus，Salmonella，Salmo-Nella，E.Coli O157：H7：H7：H7和Listeria Monocytogenes。与先前的技术相比，该生物传感器利用了CRISPR/CAS系统的精度和多功能性，以更有效地检测细菌。生物传感器具有增强公共卫生并确保食品安全的潜力，因为生物传感器的设计可以彻底改变检测致病细菌的方法。它提供了一种快速可靠的方法来识别有害细菌，它可以有助于早期干预和预防措施，从而减轻细菌暴发及其相关后果的风险。在这一领域的进一步研究和发展将导致能够检测到更广泛的细菌病原体的更先进的生物生物的发展，从而显着受益于各种工业并帮助维护人类健康
Rickettsia物种与tick菌群的差异相互作用。 Sanguineus和Rh。 turanicus
摘要近年来，可持续和生态粮食生产的发展引起了全球的兴趣。很明显，随着新的整合系统的发展，这种现象正在引起以水产养殖研究的变化。但是，仍然有必要了解综合系统中涉及的不同方面，包括虾和海藻等共培养系统。这项研究评估了绿色海藻作为食物来源对白虾penaeus vannamei肠道细菌群落的影响。虾：仅用颗粒（P）喂食，仅ulva Clathrata（UC），U。Clathrata + Pellet（UCP），仅ULVA LACTUCA（UL）（UL）和U. lactuca + lactuca + pellet（ULP）。在生长和生存方面，与对照（P）相比，ULP和UCP处理之间没有发现显着差异（P> 0.05）。对虾肠的细菌生物群的分析显示，与对照（P）相比，ULP，UL和UC中社区组成的显着差异（P <0.05）。我们发现，蛋白杆菌是所有治疗中最丰富的门，其次是用于UC，UCP和UL和UL和ULP治疗的细菌菌。虾只用海藻U. lactuca（UL，ULP）的rubritalea，lysinibacillus，acinetobacter和bellopopirellula的丰富度明显更高，用于U. Clathrata治疗（UC，UCP），是litoreibacter。对照（P）中颤动的相对丰度更高，显示出UC和UL处理的减少。我们的发现可以更好地了解综合的水产养殖系统，特别是那些利用海藻作为天然饲料来源的水产养殖系统。
泰国东部两片红树林土壤中分离的产纤维素酶细菌的多样性和纤维素分解活性
摘要。Bamrungpanichtavorn T、Ungwiwatkul S、Boontanom P、Chantarasiri A。2023. 从泰国东部两片红树林土壤中分离出的产纤维素酶细菌的多样性和纤维素分解活性。生物多样性 24：3891-3902。东南亚国家拥有世界上最大的红树林面积。红树林是分离经济微生物酶的潜在来源。纤维素酶是一种广泛用于各种行业中纤维素降解的微生物酶。因此，本研究旨在从泰国东部两片红树林的土壤中分离、遗传鉴定和酶学表征产纤维素酶的细菌。分离了 26 种产纤维素酶的细菌，随后通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性 (PCR-RFLP) 分析 16S rRNA 基因进行基因分型。获得了 13 种不同的 RFLP 模式，并对其进行了遗传分析，分为 6 个细菌属，包括 气单胞菌 、 芽孢杆菌 、 金黄杆菌 、 赖氨酸芽孢杆菌 、 假单胞菌 和 弧菌 。芽孢杆菌属是研究地点产纤维素酶的主要细菌。此外，产纤维素酶的金黄杆菌和赖氨酸芽孢杆菌几乎从未被报道过。芽孢杆菌属菌株 RY08B 是活性最高的产纤维素酶细菌，CMCase 酶活力为 1.510 0.060 U/mL。确定了 CMCase 活性的最适温度和 pH 值为 50°C（pH 为 7.0），热稳定范围为 25-50°C（pH 为 7.0）。这种细菌可应用于多种对生产过程要求温和的环保行业。
抑制剂Na+泵送NADH-偶像氧化还原酶扮演多个角色以阻止酶功能
Na 1-倾斜的NADH-偶像酮（UQ）氧化还原酶（Na 1 -NQR）存在于许多病原细菌的呼吸链中，被认为是有前途的抗生素靶标。虽然已知Na 1 -NQR结构和功能的许多细节，但有效抑制剂的作用机理并不理解。阐明机制不仅可以提高药物设计策略，而且还可能提供有关末端电子从核黄素转移到UQ的见解。为此，我们使用了两个已知的抑制剂Aurachin和korormicin的光反应性衍生物进行了光性标记实验，该衍生物是在分离的弧菌cholerae na 1 -NQR上进行的。标记为NQRB亚基的细胞质表面结构域的抑制作用，其中包括突出的N末端拉伸，这可能是批评在相邻NQRA亚基中调节UQ反应的。标签被短链UQ（例如泛素酮-2。The photolabile group (2-aryl-5-carboxytetrazole (ACT)) of these inhibitors reacts with nucleophilic amino acids, so we tested mutations of nucleophilic residues in the labeled region of NqrB, such as Asp 49 and Asp 52 (to Ala), and observed mod- erate decreases in labeling yields, suggesting that these resi- dues are involved in与行为的互动。我们得出的结论是，抑制剂以两种方式干扰了UQ反应：第一种是阻止NQRA和NQRB之间的细胞质界面处的结构重排，第二个是在该界面区域内的UQ结合的直接阻塞。通常的竞争行为证实了我们先前的主张，即Na 1-NQR中可能存在两个抑制剂结合位点。