自1994年成立以来,Zymo Research一直以可承受的价格提供创新,可靠和高质量的研究工具来自豪地为科学界服务。我们的愿景“科学的美是使事情变得简单,”现在比以往任何时候都更真实。是表观遗传学,微生物学,DNA,RNA,大肠杆菌还是基于酵母的研究,我们的理念仍然相同:在行业中提供最高质量的产品,同时确保它们既易于使用又可靠。
DNA,并将标本存储在-80°C下。DNAM分析是在杜克大学Yongmei Liu博士的实验室进行的。Bisulfite的转化。500ng的DNA。数据是在Illumina Infinium甲基化甲基甲基甲虫v1.0上产生的(CAT#WG317-1001,Illumina,Illumina,San Diego,CA,美国)。使用制造商方案将总共4 µL的硫酸硫酸硫酸含量转换为DNA与Illumina Beadchip杂交。样品被变性并放大过夜20-24小时。样品的碎片,沉淀和重悬于过夜孵化之后,然后与史诗般的珠奇普杂交16-24小时。然后洗涤珠奇普,以去除任何未脑的DNA,并用核苷酸标记以将引物扩展到DNA。按照Infinium HD甲基化协议,使用Illumina Iscan系统(Illumina,Illumina,San Diego,CA,USA)对珠奇普进行成像。
将每个细胞悬浮液添加到包含0.5 mM玻璃珠的2 mL管中(CAT#19-622)。然后以3、4和5的速度在Omni珠子破裂4(CAT#25-010)中均匀地均匀,持续45秒。加工后,将裂解物转移到清洁2毫升试管中,并以10,000 x g离心1分钟,以弥补任何细胞碎屑。使用Quick-DNA™真菌/细菌微型REIPREP试剂盒(Zymo,Cat#D6005)1 µL DNA洗脱器在纳米光谱表(Thermo Fisher)上量化1 µL DNA洗脱器,以确定DNA浓度和纯度。
废水监视已成为公共卫生流行病学中的关键工具。特别是由19009年大流行的催化,现代文化独立的测序方法由于能够提供全面的观点而变得必不可少。在这项研究中,我们提出了一种创新的,综合的方法,用于同时病原体检测,抗菌耐药性(AMR)监测以及废水系统中的功能分析。通过利用Zymo Research提供的先进样品制备技术并利用PACBIO ONO SO-READ-READ测序,我们的目标是提高我们对废水环境中微生物动力学的理解。
犬类肠道微生物组是兽医和人类健康研究的关键模型,但由于方法上的变化而出现了不一致的发现。本研究提出了一个三部分的数据集,以阐明DNA提取,底漆选择和测序平台如何影响微生物分析。首先,我们使用五个DNA隔离试剂盒,多个库协议和四个测序平台(Illumina Miseq/Novaseq,Ont Minion,Pacbio Sequel IIE),启用16S RRNA和Shotgun测序技术的直接比较。第二,我们使用Zymo高分子量(ZHMW)和Zymo Magbead(ZMB)提取试剂盒分析了八只共同犬的40个粪便样品,以评估纵向提取效果。第三,我们使用合成模拟群落和人/犬粪便样品评估了三个16S引物系统(标准ONT,PACBIO,并用退化碱基修饰)来量化底漆偏见。通过整合合成和生物学重复,该数据集提供了标准化资源,用于基准生物信息学管道并改善跨研究可比性。该研究生成了75.3FGB的新测序数据:ZHMW- ZMB比较的43.45FGB,22.61FGB用于引物评估,而单样本分析中的9.19FGB。与先验数据的31.5FGB结合在一起,总数据集超过106FGB,包括所有分析输出。这些资源提高了不同实验室工作流程的犬类肠道微生物组研究的方法论透明度和准确性。
Zymo Research致力于通过优质的产品和服务来简化您的研究。如果您出于任何原因对此产品不满意,请致电1(888)882-9682。套件组件的完整性自购买之日起最多一年保证。试剂经常进行一定程度的测试,以确保它们提供最高的性能和可靠性。此产品仅用于研究用途,只能由训练有素的专业人员使用。它不用于诊断程序。该套件中包含的一些试剂是刺激性的。戴防护手套和眼部保护。遵循您的研究机构或设施制定的安全指南和规则。
图 4. Charles River Laboratories 共享了小鼠模型患者来源的异种移植瘤 (PDX) 的 FFPE 卷轴。来自 2 名患者样本的 PDX 肿瘤被嵌入 1 至 7 年的石蜡块中。使用 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒从核材料中提取 gDNA,并通过 Agilent TapeStation 评估 DNA 完整性评分 (DIN)。K562 对照 A (未固定) gDNA 由 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒提取,K562 对照 B (未固定) gDNA 由 Zymo Quick-DNA/RNA 纯化试剂盒提取,以提供来自 2 个 DNA 提取试剂盒的高质量样本示例。顶部代表性图像:明场碎片。底部代表性图像核标记:碘化丙啶。
图 3. 内毒素水平比较。根据制造商说明 (Lonza),使用 Limulus Amebocyte Lysate (LAL) 测试测量使用 QIAGEN 的 EndoFree Plasmid Kit 和 QIAGEN Plasmid Plus Kit 以及 Zymo 的 ZymoPureII Endo-Zero Plasmid Kit 制备的质粒 DNA 样本中的内毒素水平。对于每个试剂盒,对 2 个样本进行 1:100 稀释,重复三次测试。测试的标准曲线范围在 0.005 EU/ml 和 50 EU/ml 之间。EndoFree Plasmid Plus 试剂盒产生的质粒 DNA 不含任何可检测的内毒素,而 Plasmid Plus 试剂盒提供的质粒 DNA 中内毒素含量显著降低。相比之下,ZymoPureII 产生的质粒 DNA 含有大量内毒素。通过琼脂糖凝胶电泳评估的两个试剂盒的质粒 DNA 的产量和质量相当(未显示数据)。
产品设置EZ-VAC TM真空歧管仅用于Zymo研究产品。与其他产品/化学物质一起使用可能会导致人身伤害或财产损失。请参阅套件的说明手册,以获取有关兼容性和处理真空歧管的更多信息。1。从包装中删除EZ-VAC真空TM歧管,单向Luer-Lock Stopcocks和Neoderene Spotper,并检查是否损坏。如果出现任何裂缝,请勿使用。2。将氯丁橡胶塞子插入位于EZ-VAC TM真空歧管1端的孔中。3。将单向Luer-Lock Stopcock牢固地连接到位于EZ-VAC™真空歧管顶部的所有20个歧管连接器上,通过将秒钟的衣领拧到歧管连接器2上。将每个手柄转到水平位置,关闭所有止损。4。将真空软管连接到位于EZ-VAC™真空歧管3端的黑色软管连接器。5。将真空软管连接到真空源4。您的EZ-VAC™真空歧管现在可以使用。
β-Mercaptoethanol PanReac-AppliChem A4338,0100 Sodium chloride (NaCl) PanReac-AppliChem 131659.1211 Tryptone Condalab 1612 Yeast Extract Condalab 1702 Bacteriological Agar Condalab 1800 Agarose D1 Medium EEO Condalab 8019 Liquid nitrogen n/a n/a Critical commercial assays NEBuilder® HiFi DNA Assembly Master Mix New England Biolabs E2621S Phusion TM High-fidelity DNA polymerase Thermo Fisher Scientific F530S MluI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0561 BsaIHF®v2 (20 U/µL) New England Biolabs R3733S DNA Clean & Concentrator TM -5 Zymo研究D4004Nucleospin®质粒DNA纯化机构 - 纳格尔740588.250 Ribolock RNase抑制剂(40 u/μl)Thermo Fisher Scientific EO0381恢复TM逆转录(TM)逆转录酶Thero Fisher Fisher Fisher Scientific EP0441 Therus prolainsir prolapers themophirs dna Polymsisriast dna Polymsiss dna Prolymasse:003 3.003.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003; 003 3.003 3.003 Nicotiana Benthamiana cas9(Bernabé-ortts等,2019)N/A寡核苷酸D2409 atttatattattAttCataCaatCaaAcc