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生态学，不仅仅是抗生素消耗，是氨基糖苷修饰酶的全球分布的主要预测指标
抽象的抗生素消耗及其滥用量在历史上并反复指出是抗生素耐药性出现和传播的主要驱动力。然而，有几个例子表明，尽管使用抗生素的使用大量降低，并且其他因素仍处于危险之中，但耐药性可能会持续存在。在这里，我们研究了氨基糖苷耐药性的时间，空间和生态分布模式，通过筛选超过160,000多个公开可用的基因组，用于编码氨基糖苷 - 修饰酶（AME基因）的27个基因簇（AME基因）。我们发现AME基因表现出非常普遍的模式：约25％的测序细菌携带AME基因。这些细菌是从所有大陆（南极）和陆地生物群落中的所有大陆进行测序，属于大量的门。通过关注1997年至2018年之间的欧洲国家，我们表明，氨基糖苷的消费对携带AME-Gene的细菌的流行率几乎没有影响，而在生物群体中观察到大多数患病率的变化。我们进一步分析了跨生物群落的抵抗组成分的相似之处：土壤，野生动植物和人类样品似乎是了解不同生态环境之间AME基因的交流的核心。在一起，这些结果支持这样的观念，即基于减少抗生素使用的介入策略应通过对交换的更强大的控制，尤其是生态系统之间的更强控制。
氨基酸影响肿瘤微环境和肿瘤免疫
人们普遍认为肿瘤是一种由癌细胞、细胞外基质、炎症细胞、免疫细胞和其他细胞组成的复杂组织。肿瘤微环境失调可维持细胞生长、侵袭和逃避免疫监视的存活，从而促进肿瘤的侵袭性。一些饮食营养素可以改变肿瘤微环境的概念极具吸引力。许多研究表明，高脂饮食引起的肥胖会影响代谢，从而抑制抗肿瘤免疫，但氨基酸如何改变肿瘤微环境并影响肿瘤免疫仍未完全了解。事实上，不同信号通路中的氨基酸代谢及其串扰会影响癌症患者的肿瘤免疫和治疗效果。我们的综述重点介绍了氨基酸影响肿瘤微环境的机制，并发现了癌症免疫治疗的潜在药物靶点。
how- acidic-amino-acid-acid-racidues-facilites-dna-taget-stite-
尽管DNA骨架的负电荷，但酸性残基（ASP/GLU）通常参与基础读数，对胞嘧啶的偏爱很偏爱。实际上，在已解决的DNA/蛋白质结构中，几乎完全通过ASP/GLU通过直接的氢键识别胞嘧啶，而与此同时，腺嘌呤，无论其氨基群如何，都没有显示出ASP/GLU的倾向。在这里，我们分析了ASP/GLU使用所选转录因子的经典和缩写模拟对序列特异性DNA结合的贡献，并发现它受骨链磷酸盐的排斥与有吸引力的相互作用与胞质相互作用之间的细分平衡。特别是，ASP/Glu降低了非循环位点的属性，因此充当了防止脱靶结合的负选择器。在含胞嘧啶的位点，有利的贡献不仅依赖于单个H键的形成，而且通常需要由多个细胞穿刺产生的阳性势能，而靶位点中观察到的过量的胞嘧啶在靶位点中始终如一。最后，我们表明，ASP/GLU对胞嘧啶而不是腺嘌呤的偏好是腺嘌呤咪唑环的排斥以及嘌呤 - 嘌呤二核苷酸采用BII构象的趋势。
GDF11 和 GDF8 之间不同的氨基酸功能替代会影响骨骼发育和骨骼肌
生长分化因子 11 (GDF11) 和 GDF8 (MSTN) 是密切相关的 TGF- β 家族蛋白，它们与几乎相同的信号受体和拮抗剂相互作用。然而，GDF11 在体外和体内似乎比 GDF8 更有效地激活 SMAD2/3。配体具有不同的结构特性，将独特的 GDF11 氨基酸替换到 GDF8 中可增强所得嵌合 GDF8 的活性。我们通过基因改造 GDF11 和 GDF8 的成熟信号结构域，研究了它们在体内可能不同的内源性活性。将 GDF8 完全重新编码为 GDF11 会产生缺乏 GDF8 的小鼠，其 GDF11 水平比正常水平高出约 50 倍，肌肉质量略有下降，但对健康或生存没有明显的负面影响。将 GDF11 指尖区域的两个特定氨基酸替换为相应的 GDF8 残基，可导致产前轴向骨骼转变，与 Gdf11 缺陷小鼠一致，且骨骼或心肌发育或体内平衡没有明显紊乱。这些实验揭示了体内 GDF11 和 GDF8 成熟结构域之间的独特特征，并确定了早期骨骼发育对 GDF11 的特定要求。
实验室（2）通过荷兰蛋白估算的定量氨基酸...
Emtenan Mohammed Alkhudair办公室：5楼3号建筑物，办公室号269 e.mail：ealkhudair@ksu.edu.sa网站：http：//fac.ksu.edu.sa/ealkhudair
突变的糖胺聚糖结合结构域作为一种新型探针，可在肿瘤细胞上有选择地靶向肝素样表位
癌细胞的高异质性和突变率通常会导致靶向治疗的失败，因此，迫切需要需要进行多白素治疗的新靶标。异常表达的糖胺聚糖（GAG）已被证明与静脉内糖浆杂质及其含量有关。在这项研究中，我们发现RVAR2还可以与肝素（HEP）和chon- droitin硫酸盐结合。因此，我们使用RVAR2作为模型来建立基于GAG结合蛋白和噬菌体显示的随机诱变的方法，以识别和优化探测探测探针tar-geting tar-tar-trumor Gags gags gags。我们识别了一种新的探针VAR2HP，该探针通过与由Adecasacacharide structurethatcontains组成的独特表位进行选择性识别的HEP，至少是hexa2s（1-4）Glcns6s disaccharides。此外，我们发现这些HEP样表位在各种癌细胞中过表达。最重要的是，我们的体内实验表明，VAR2HP具有良好的生物相容性，并且优先定位于肿瘤，这表明VAR2HP在肿瘤诊断和靶向治疗中具有巨大的应用潜力。总而言之，这项研究提供了一种发现新型肿瘤相关的GAG表位及其特定探针的策略。
2020 年末出现多种影响 677 位氨基酸的 SARS-CoV-2 刺突蛋白变体谱系
摘要。严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 刺突蛋白 (S) 在宿主细胞进入中起着关键作用。影响 S 的非同义替换并不罕见，并且已在许多 SARS-CoV-2 谱系中固定下来。这些突变的一部分能够逃避中和抗体，或被认为通过增加对细胞进入受体血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 的亲和力等机制增强传播。新墨西哥州和路易斯安那州的独立基因组监测计划同时检测到大量 20G 分支（谱系 B.1.2）感染的快速增加，这些感染携带 S 中的 Q677P 替换。该变体于 10 月 23 日首次在美国发现，但在 2020 年 12 月 1 日至 2021 年 1 月 19 日期间，它分别占路易斯安那州和新墨西哥州测序的所有 SARS-CoV-2 基因组的 27.8% 和 11.3%。 Q677P 病例主要在美国中南部和西南部发现；截至 2021 年 2 月 3 日，GISAID 数据显示美国有 499 个该变体的病毒序列。系统发育分析显示至少六个不同的 Q677H 亚谱系独立进化和传播，首次采集日期从 2020 年 8 月中旬到 11 月下旬不等。来自 20G（B.1.2）、20A（B.1.234）和 20B（B.1.1.220 和 B.1.1.222）分支的四个 677H 分支每个分支包含大约 100 个或更少的测序病例，而一对不同的 20G 分支簇分别由 754 个和 298 个病例代表。尽管采样偏差和奠基者效应可能导致了 S:677 多态性变体的出现，但该位置与 S1/S2 边界的多碱基裂解位点的接近性与其在细胞进入过程中的潜在功能相关性一致，表明可能赋予传播或传播优势的特征的平行进化。总之，我们的研究结果表明了同步趋同进化，从而推动了进一步评估 S:677 多态性对蛋白水解加工、细胞趋向性和传递性的影响。
摘要 - 聚合酶 - 酸性 - （PA） - 蛋白质 - 氨基 -
* PA中的其他氨基酸取代，在参考文献1（Omoto S等，2018）和＃2（Hashimoto T等，2020年）中研究了Baloxavir易感性没有变化的其他氨基酸取代。通过基于细胞培养的测定法评估（焦点，斑块或屈服分析，高含量成像中和（提示）和ViroDot分析）。EC 50倍变化。b细胞，细胞培养；临床试验；小鼠，鼠标模型； RG，反向遗传学； SUR，监视研究； BXA，在Baloxavir压力下选出的取代；不，Baloxavir不使用。c e23g（T0831）。通过表型测定测试了带有E23G的RG病毒。d对应于A36V A型A型PA中的A36V。 E对应于A型A型PA中的E119D。参考文献1。Omoto S，Speranzini V，Hashimoto T，Noshi T，Yamaguchi H，Kawai M，Kawaguchi K，Uehara T，Shishido T，Naito A，Naito A，Cusack S.2018。通过核酸内切酶抑制剂Baloxavir maroxil诱导的流感病毒变体的表征。SCI REP 8：9633。2。Hashimoto T，Baba K，Inoue K，Okane M，Hata S，Shishido T，Naito A，Wildum S，Omoto S.2020。在Baloxavir Marboxil的临床试验中检测到的流感病毒的三聚体RNA聚合酶复合物中氨基酸取代的全面评估。流感其他呼吸病毒DOI：10.1111/irv.12821。3。ince WL，Smith FB，O'Rear JJ，Thomson M.2020。J Infect DIS 222：957-961。 4。 2018。J Infect DIS 222：957-961。4。2018。治疗 - 伴随流感病毒聚合酶酸性取代率与Balosavir Maroxavir Marboxil试验中的i38中的i38中的酸性取代相关。Noshi T, Kitano M, Taniguchi K, Yamamoto A, Omoto S, Baba K, Hashimoto T, Ishida K, Kushima Y, Hattori K, Kawai M, Yoshida R, Kobayashi M, Yoshinaga T, Sato A, Okamatsu M, Sakoda Y, Kida H, Shishido T, Naito A.Baloxavir酸的体外表征，Baloxavir酸是一种流感病毒聚合酶PA亚基的第一类帽依赖性内切酶抑制剂。抗病毒Res 160：109-117。5。Takashita E，Morita H，Ogawa R，Nakamura K，Fujisaki S，Shirakura M，Kuwahara T，Kishida N，Watanabe S，Odagiri T.2018。流感病毒对新型帽依赖性核酸内切酶抑制剂baloxavir maroxil的敏感性。前微生物9：3026。6。Gubareva LV，Mishin VP，Patel MC，Chesnokov A，Nguyen HT，De La Cruz J，Spencer S，Spencer S，Campbell AP，Sinner M，Reid H，Reid H，Garten R，Katz JM，Katz JM，Fry AM，Barnes J，Barnes J，Wentworth DE。 2019。 评估在2016/17和2017/18季节在美国循环的流感病毒的Baloxavir敏感性。 欧元监视24：1800666。 7。 Takashita E, Daniels RS, Fujisaki S, Gregory V, Gubareva LV, Huang W, Hurt AC, Lackenby A, Nguyen HT, Pereyaslov D, Roe M, Samaan M, Subbarao K, Tse H, Wang D, Yen HL, Zhang W, Meijer A. 2020。 全球关于人流感病毒对神经氨酸酶抑制剂和cap依赖性核酸内切酶抑制剂Baloxavir的敏感性的更新，2017- 2018年。 抗病毒Res 175：104718。 8。 2020。Gubareva LV，Mishin VP，Patel MC，Chesnokov A，Nguyen HT，De La Cruz J，Spencer S，Spencer S，Campbell AP，Sinner M，Reid H，Reid H，Garten R，Katz JM，Katz JM，Fry AM，Barnes J，Barnes 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van Bakel H, Tokita A, Hagiwara H, Izumida N，Kuroki H，Nishino T，Wada N，Koga M，Adachi E，Jubishi D，木谷H，Kawaoka Y.流感A的变体降低了对日本患者分离的Baloxavir敏感性的变体，并通过呼吸道液滴进行拟合。NAT微生物5：27-33。 Takashita E, Kawakami C, Morita H, Ogawa R, Fujisaki S, Shirakura M, Miura H, Nakamura K, Kishida N, Kuwahara T, Mitamura K, Abe T, Ichikawa M, Yamazaki M, Watanabe S, Odagiri T, On Behalf Of The Influenza VirusNAT微生物5：27-33。Takashita E, Kawakami C, Morita H, Ogawa R, Fujisaki S, Shirakura M, Miura H, Nakamura K, Kishida N, Kuwahara T, Mitamura K, Abe T, Ichikawa M, Yamazaki M, Watanabe S, Odagiri T, On Behalf Of The Influenza Virus
作者更正：通过结构模仿大氨基酸的碳量子点对小鼠进行靶向肿瘤治疗诊断
在本文最初发表的版本中，图 4a 中 A549 细胞和图 6b 中 NH 2 -null LAAM TC-CQDs 组显微照片的设置存在错误。原始图片和更正后的图片如下所示。我们还被告知补充信息中的几张图片存在错误。特别是，我们在补充图 20 中意外地使用了几组重复的 RWPE-1、HL-7702、CCC-HPE-2 和 CCC-HIE-2 细胞系图像，在补充图 29 中体内荧光图像下的小鼠图像（一些图像从补充图 56 中重复；在此图中，我们还为 TPTC 组的 0 小时时间点和 TPTC/LAAM TC-CQDs 的 6 小时时间点选择了不正确的图像），在补充图 30 中切除的小鼠器官（一些图像从补充图 38 中重复），以及在补充图 61 中 TPTC/LAAM TC-CQDs 组的心脏和脾脏图像（两张显微照片与盐水组的有重叠）。这些补充图的原始版本和更正版本也在下面重现。所有这些错误都是在从我们使用的核心设施中获取、处理和存储的大量图像数据集中选择代表性图像时发生的。
