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通过整合体外药物反应试验和药物蛋白质分析推断肿瘤特异性癌症依赖性
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2022 年 1 月 12 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2022.01.11.475864 doi：bioRxiv 预印本
CRISPR技术结合了放大策略：核酸，蛋白质和小分子的分子测定
（crRNA）或单个诱导RNA（SGRNA）将CAS ector蛋白引导至用于加工的特定核酸序列，例如，结合和/或裂解。在CRISPR - CAS技术之前，其他核酸结合蛋白，例如锌nger核酸酶（ZFN），6个转录激活剂核酸蛋白酶（tal-ens），7和8个转录激活蛋白，8个，8个，8次，工程为与特定c c and c cy c c c c c c c demomic cynomic cytemic cytemic contimic contimic cypeci c necy。9,10麦尿素，例如laglidadg归核核酸内切酶，特定识别14至40个碱基对的双链DNA序列，并启用DNA序列的修改和缺失。8个ZFN要求将多个锌nger基序连接起来，每个基序都针对一个核苷酸三重态。10 Talens需要一个DNA结合结构域，其中每个氨基酸与四种类型的核苷酸之一的特异性结合。10这些系统需要针对不同目标位点的工程不同的融合蛋白，因此并不广泛适用。CRISPR - CAS技术克服了这个问题。可以通过使用设计用于识别基因序列的cRRNA来实现不同的基因序列。CRRNA介导的CRISPR指导的可编程特征尤其有利。因此，CRISPR - CAS
研究论文通过生物信息学和实验测定法探索IBD和牛皮癣的共享诊断基因
背景：炎症性肠病（IBD）是一种影响肠道的持续性，非特异性炎症。牛皮癣是皮肤的长期炎症性疾病。IBD和牛皮癣之间存在合并症的相关性，但是合并症的特定发病机理尚不清楚。材料和方法：在这项研究中，我们分析了来自基因表达综合（GEO）数据库的数据集，并通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定了IBD和牛皮癣的共享基因。然后，应用三种机器学习算法来识别共享的诊断基因。接下来，用ROC曲线评估了共享诊断基因的验证，并确定了AUC。随后，进行了单个样品基因集富集分析（SSGSEA）和免疫浸润分析。此外，我们在药物签名数据库（DSIGDB）中获得了潜在的药物，例如Coremine数据库中的7种传统中药，这可能会对IBD和牛皮癣的合并症具有治疗作用。最后，我们通过RT-PCR，Western印迹和免疫组织化学（IHC）方法证实了结肠炎和牛皮癣小鼠组织中共有诊断基因的表达。结果：结果表明，AQP9的两种疾病具有最高的诊断值。AQP9的AUC值为UC的AUC值为93.681％，CD的AUC值为89.629％，在内部验证数据集中，牛皮癣的AUC值为78.689％。在外部验证数据集中，AQP9的AUC值为UC的AUC值为90.394％，CD的AUC值为93.909％，牛皮癣的AUC值为90.909％，为82.906％。免疫浸润分析和SSGSEA表明，AQP9可能通过参与NF-kappab信号通路并调节免疫细胞分化来影响IBD和牛皮癣的疾病过程。此外，与对照组相比，AQP9的表达水平始终验证，在IBD中显示上调和牛皮癣下调。结论：这项研究揭示了IBD和牛皮癣合并症的共享诊断基因和潜在机制，为探索合并症机制和治疗目标的未来研究提供了新的方向。
免疫肿瘤药物疗效评估的体外试验和个性化癌症治疗的筛选：范围和挑战
摘要 简介：免疫疗法彻底改变了癌症治疗，但往往无法在所有患者中产生理想的治疗效果。由于患者之间的异质性和肿瘤微环境的复杂性，个性化治疗方法的需求日益增长。长期以来，研究人员一直在使用一系列体外检测方法，包括 2D 模型、类器官共培养和癌症芯片平台进行癌症药物筛选。为了实现最佳转化使用，需要对这些检测方法的适用性、高通量能力和临床可转化性进行比较分析。涵盖的领域：该综述总结了体外平台的比较优势和局限性，包括构建策略和免疫肿瘤药物疗效评估的转化潜力。我们还讨论了终点分析策略，以便研究人员能够将其实用性情境化，并优化设计实验以预测个性化免疫疗法疗效。专家意见：研究人员开发了几种体外平台，可以从不同角度提供有关个性化免疫疗法疗效的信息。毫无疑问，基于图像的检测更适合收集包括细胞形态和表型行为在内的广泛信息，但需要进行重大改进以克服背景噪音、样品制备困难和实验时间长等问题。需要进行更多研究和临床试验来解决这些问题并验证检测方法，然后才能将其用于实际场景。
主题：Edaravone（Radicava） - 医疗保险指南
摘要和证据分析：考虑到具有辅助化学疗法的辅助化学疗法的患者的证据，他们接受Oncotype dx（21基因测定）接受基因表达分析的证据，包括多项前瞻性临床试验和前瞻性反应性研究。归类为低风险DX的患者的复发风险较低，在这种情况下，避免辅助化疗是合理的（10年的平均风险为3％-7％； 95％置信区间的上限[CI]，6％至10％）。这些结果已通过更强的研究设计来评估生物标志物。证据足以确定该技术会改善净健康结果。对于患有早期节点阴性的浸润性乳腺癌的个体，考虑辅助化疗的辅助化学疗法接受了带有内脑的基因表达谱分析，证据包括3项前瞻性回顾性研究和观察性研究。研究表明，较低的分数与10年远处复发的绝对风险较低有关（这2个较大的研究的平均风险为10年，3％-6％； 95％CI的上限，6％至9％）。证据足以确定该技术会改善净健康状况
通过整合体外药物反应试验和药物蛋白质分析推断肿瘤特异性癌症依赖性
发现肿瘤特异性分子依赖性可能会改善癌症疗法的开发。必需的工具包括遗传和化学扰动，每种方法都有其优点和局限性。化学扰动可以很容易地大规模应用于原发性癌症样本，但由于一种化合物对多种蛋白质具有亲和力，因此对命中的机制理解和进一步的药物开发通常很复杂。为了从体外药物敏感性曲线计算推断出单个癌症的特定分子依赖性，我们开发了一个数学模型，使用蛋白质-药物亲和力曲线的测量值对这些数据进行解卷积。通过整合药物激酶分析数据集和几种药物反应数据集，我们的方法 DepInfeR 正确识别了已知的蛋白激酶依赖性，包括 HER2+ 乳腺癌细胞系的 EGFR 依赖性、具有 FLT3 -ITD 突变的急性髓细胞白血病 (AML) 的 FLT3 依赖性以及两种主要慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 亚型对 B 细胞受体途径的差异依赖性。此外，我们的方法发现了新的亚组特定依赖性，包括以前未报告的高危 CLL 对检查点激酶 1 (CHEK1) 的依赖性。该方法还生成了 117 个 CLL 样本异构集中激酶依赖性的详细图谱。将多药理学表型反卷积为潜在的因果分子依赖性的能力应该会增加高通量药物反应检测在功能精准肿瘤学中的效用。
二倍硅烷大大稳定了DNA微阵列合成和高通量生物学测定的玻璃表面功能化
摘要：到目前为止，玻璃是生物分子阵列的最常见底物，包括高通量测序流动细胞和微阵列。通过使用硅烷化学为原位合成或生物学或化学合成的生物分子的原位合成或表面固定化提供适当的官能团和反应性，对天然玻璃羟基表面进行了修饰。这些阵列通常是寡核苷酸或肽的，然后在荧光读数之前在温暖的水缓冲液中进行长时间的孵育时间。在这些条件下，玻璃的硅质键易于水解，导致生物分子的显着损失和伴随的测定信号丧失。在这里，我们证明，与标准单足硅烷的等效官能化相比，用二倍硅烷的玻璃表面功能化可大大提高稳定性。使用光刻原位DNA的原位合成，我们表明二倍体硅烷与磷光素化学兼容，并且在所得阵列上进行的杂交提供了大大改善的信号和信号 - 噪声比率，并且与单足硅烷官方化的表面相比。
比较早期三阴性乳腺癌中循环肿瘤DNA分子检测的分子残留疾病检测
通常称为分子残留疾病（MRD）检测，与未来复发的高风险有关。检测CTDNA最常使用肿瘤信息的测定法进行，并通过对肿瘤组织进行测序，以鉴定用于开发个性化测定的体细胞变体，该测定法可以跟踪一些具有数字PCR（DPCR）的突变或具有错误验证测序的多个突变。肿瘤不可知测定法，利用异常肿瘤特异性甲基化（而无需肿瘤组织测序）也正在发育中。随着多种ctDNA方法的发展，迫切需要进行比较研究，以确定在临床上至关重要的特征，并识别在临床试验和未来临床实践中实施的最佳测定法。在治疗早期至高风险的三重阴性乳腺癌（TNBC）治疗后，C-TRAK-TN的前瞻性临床试验鉴定了MRD患者，并评估了MRD检测后用pembrolizumab进一步辅助治疗的潜在活性。其他具有类似设计的临床试验正在进行中，例如IMVigor011（NCT04660344），该试验旨在在治疗高危肌肉侵入性膀胱癌后识别和治疗MRD患者（1）。在C-Trak TN临床试验中，在MRD检测的位置比预期的（2）更高的转移性疾病率更高，强调需要评估CTDNA测定是否具有更好的敏感性可能会延长MRD检测到从临床复发到临床临床试验并促进旨在提高Intervent in Intervent from Intervent at Intervent actection的临床试验的提前时间。用CTDNA分析检测MRD是具有挑战性的，因为这些患者的CTDNA水平可能非常低，需要超敏感和高度特定的测定法（3）。目前可用多种ctDNA分析，并且只有对这些技术的跨平台比较有限（4-7），通常未知是否可以安全地应用于其他测定法。美国临床肿瘤学会立场论文强调了
在撒哈拉以南非洲的艾滋病毒相关脑膜炎的定量PCR分析的开发和验证：一项诊断准确性研究
博茨瓦纳 - 哈佛健康合作伙伴关系，Gaborone，Botswana（T Mbangiwa PhD，K Lechiile MSC，T Leeme MBBS，N Youssouf PhD，D S Lawrence MBCHB，M Mosepele，M Mosepele，M Mosepele MD，J n jarvis MRCP PhD）;巴黎大学的巴斯德研究所，帕里斯特大学，转化真菌学小组，国家deRéférencemycoses mycoses ivasives et Antifongiques，法国巴黎真菌学系（T Mbangiwa，Sturny-LeclèreMSC，T Boyer-Chammard Md，boyer-Chammard Md，ofoer-chammard Md，of o o o lortholary md phd phd phd phd phd phd，prap pr a a a alanio a a alanio pr。南非开普敦大学卫生科学系病理学系传染病与分子医学研究所（T Mbangiwa，J C Hoving Phd，H Mwandumba博士）；马拉维 - 韦尔康信托基金会临床研究计划，卡缪祖健康科学大学，马拉维布兰蒂尔（C Kajanga MSC，M Moyo MBBS）；法国Ajaccio的中心D'Ajaccio中心传染病和热带医学系（T Boyer-Chammard）；南非传染病与分子医学研究所（IDM）的非洲CMM医学真菌学研究部门，南非开普敦（J C Hoving）；英国伦敦卫生与热带医学学院传染和热带疾病学院临床研究系，英国伦敦（N Youssouf，D S Lawrence，J N Jarvis教授）；利物浦热带医学学校，英国利物浦（H Mwandumba）；
比较两种可商购的干扰素释放测定法，用于T细胞介导的免疫力和对医疗保健工人中SARS-COV-2的体液免疫的评估
摘要：针对SARS-COV-2的细胞免疫是对病毒免疫反应的重要组成部分。目前，基于干扰素 - γ释放（干扰素-γ释放测定，IGRAS）的两项此类测试可获得 - 欧洲immun和t-spot.covid by Oxford Immunotec提供了Quan-T-Cell SARS-COV-2。在本文中，我们比较了奥斯特拉瓦公共卫生研究所受雇的90名受试者的这两项测试的结果，这些受试者以前曾经历过Covid-19-19感染或接受了该疾病的疫苗接种。据我们所知，这是评估T细胞介导的SARS-COV-2的免疫力的这两种测试的首次比较。此外，我们还使用内部病毒中和测试和IgG ELISA测定法评估了同一个体中的体液免疫力。评估对两个IGRA都产生了相似的结果，而Quan-T细胞似乎比T-Spot.cot.covid（在5名患者中发现负面结果）更敏感（P = 0.08）（P = 0.08）（所有90个个人均为边界阳性）。两项测试与病毒中和测试和抗S IgG的总体定性（存在免疫反应的存在）一致的总体定性（存在/不存在免疫反应）一致性也非常好（在所有亚组中，在所有亚组中接近或等于100％，除了未接种的Omicron康复外，除了六个受试者中，在六个受试者中，在六个受试者中，im immine to to to to to。 quan-t）。这意味着对T细胞介导的免疫的评估比评估IgG血清阳性更为敏感的免疫反应指标。至少对于未接种疫苗的患者，其病史仅被Omicron变体感染，但对于其他患者组来说也可能是如此。