靶向蛋白质的降解是一种新兴而有希望的治疗方法。降解的特异性和细胞稳态的维持是由E3泛素连接酶和脱脂信号(称为Degrons)之间的相互作用确定的。人类基因组编码超过600个E3连接酶;但是,到目前为止,仅确定了少数目标的DEGRON实例。在这项研究中,我们引入了DeGronmd,这是一个开放知识库,旨在研究DEGRON,它们相关的功能障碍事件和药物反应。我们驱逐出来,degrons在进化上是保守的,并且倾向于在蛋白质翻译修饰部位附近发生,尤其是在无序结构和较高溶剂可访问性的区域。通过模式识别和机器学习技术,我们构建了跨人类蛋白质组的降解景观,产生了超过18,000个新的脱脂剂,用于靶向蛋白质降解。此外,DEGRON的功能障碍会破坏降解过程,并导致蛋白质的异常积累。此过程与各种类型的人类癌症有关。基于由体细胞突变引起的估计表型变化,我们从系统地进行了量化并评估突变对pan-Canters degron功能的影响;这些结果有助于建立有关人类降解的全球突变图,其中包括89,318个可起作用的突变,这些突变可能引起降解和破坏蛋白质降解途径的功能障碍。多组合综合分析揭示了与功能性脱粒突变相关的400多个耐药性事件。degronmd,可在https://bioinfo.uth.edu/degronmd上访问,是探索生物学机制,推断蛋白质降解以及在Degron上的药物发现和设计的有用资源。
摘要物联网(IoT)节点由收集环境数据的传感器组成,然后使用周围的节点和网关进行数据交换。网络安全攻击对任何物联网网络中正在传输的数据安全构成威胁。加密原始图被广泛采用以应对这些威胁;但是,实质性的计算要求限制了它们在物联网生态系统中的适用性。此外,每个物联网节点都随区域和吞吐量(TP)要求而变化,因此要求实现加密/解密过程。为了解决这些问题,这项工作通过采用环路折叠,循环独立且完全展开的体系结构来实现NIST轻巧的加密标准Ascon,Ascon,Ascon。完全展开的体系结构可以达到最高的TP,但以更高的面积利用为代价。通过较低的因素展开会导致较低的区域实施,从而探索了设计空间,以应对设计区域和TP性能之间的权衡。实施结果表明,对于环路折叠的结构,Ascon-128和Ascon-128a需要36.7k µm 2和38.5k µm 2芯片面积,而其全持续不经气的实施则需要277.1k µm 2和306.6k µm 2。拟议的实施策略可以调整回合的数量,以适应物联网生态系统的各种要求。还进行了具有开源45 nm PDK库的实现,以增强结果的概括和可重复性。
没有同事和朋友的支持,鼓励和关键反馈,这项工作是不可能的。我特别感谢Ilkka Arminen,Patrik Aspers,Arto Noro,Keijo Rahkonen,AinoSinnemäki,Petri Ylikoski和Alan Warde和Alan Warde,他们都读过和评论了 - 其中许多人在各个阶段都彻底详尽地是在写作的各个阶段。我也仍然感谢UskaliMäki,他给了我关于经济理论一些基本问题的宝贵建议。我发现了出版商的两位匿名审稿人的建议和批评评论,这些审核者在试图使我的论点更加连贯和令人信服时非常有用。我已经注意到他们所指出的文本中较小的亲戚和不一致之处。一如既往,我一个人对最终结果负责。
1译本免疫学部门,巴黎大学的巴黎大学,巴黎,法国,法国2的研究和教育博士学位课程的创新前沿,法国巴黎LPI博士学校的性别和性别注释:这篇评论讨论了人口差异,包括性别差异。性别是指女性和男性的生物学和生理特征。它与性别不同,这是一种社会,心理和文化结构。性别和性别都存在于频谱上。本文只会使用“女性”或“男性”一词来解决性别,以指出出生时分配的性别。性别的生物学特征不是相互排斥的,因为有些人具有男性和女性特征,并且可以改变。在性范围内的个体的生物学是并且应该研究的,但是我们仍然缺乏本综述范围所必需的工作体系[1]。*信函:达拉格·达菲(Darragh Duffy),转化免疫学部门,巴斯德大学(Institut Pasteur),巴黎大学,法国75015巴黎,巴黎。电子邮件:darragh.duffy@pasteur.fr
endcript 2是一款友好的Web服务器,用于以符合方式提取和渲染对第四纪蛋白质结构信息的全面分析。这一重大升级已全面设计,以通过交互式3D可视化提高速度,准确性和USABIL。它需要对我们众所周知的序列比对渲染器Espript的新版本3进行优势,以减少计算时间来处理大量数据。从单个PDB输入或文件中,端目构图显示出与查询同源的蛋白质多种蛋白质对齐的高质量图,并根据残基保守性颜色。此外,还描述了实验二级结构元素以及一组相关的生物物理和结构数据。现在,所有这些信息和更多信息都在交互式3D Pymol表示上映射。多亏了其自适应和严格的算法,专家用户的初学者可以将设置修改为满足他们的需求。endcript也已被升级为开放平台,用于可视化来自外部Biotool Web服务器的多个生化和结构数据,并具有2D和3D表示。endcript 2和es- pript 3分别在http://endscript.ibcp.fr和http://espript.ibcp.fr上免费获得。
Vesuvius Challenge提供的这张未注明日期的图像显示,X射线扫描Papyrus scroll pherc.172,显示了“厌恶”一词,这是数百个纸莎草卷轴之一,发现在赫尔库兰尼姆(Herculaneum)罗马镇的豪华别墅中,与邻居的pompeiii时被摧毁了,当时是M.Vesuvius于公元79年爆发。荣誉:Vesuvius Challenge通过AP
摘要:人类心脏发育由控制动态和时间基因表达改变的转录因子(TF)网络控制。因此,为了全面地表征这些转录法规,在整个定向的心脏差异中产生了日常转录组素,从三种不同的人类诱导的多能干细胞系中,来自健康的供体(32天)。我们将基于表达的相关评分应用于TF基因的时间顺序表达式,并将它们聚集到12个顺序基因表达波中。然后,我们确定了一个超过23,000个激活和抑制链接的调节网络。在该网络中,我们观察到以前未知的推断转录激活将IRX3和IRX5 TF连接到三个主心脏TFS:GATA4,NKX2-5和TBX5。荧光素酶和共免疫沉淀分析表明,这些五个TF可以(1)激活彼此的表达; (2)物理相互作用作为多蛋白复合物; (3)共同调节SCN5A的表达,编码主要的心脏钠通道。总的来说,这些结果揭示了TF之间的数千种相互作用,从而产生了统治人类心脏发展的多种强大假设。
肌动蛋白细胞骨架重塑驱动细胞运动,细胞与细胞接触以及膜和细胞器动力学。这些细胞在免疫细胞中以特别高的速度运行,因为这些细胞通过各种组织迁移,与多个细胞伴侣相互作用,摄入的微生物和分泌效应分子。由于编码近端和远端肌动蛋白调节剂的基因突变引起的罕见的先天免疫力,强调了肌动蛋白细胞骨架重塑在维持人类免疫细胞任务中的中心作用。与免疫细胞中一些基于肌动蛋白的过程的特异性一致,某些受影响的基因的表达(例如WAS,ARPC1B和HEM1)仅限于造血室。对这些自然缺陷的探索强调了一个事实,即肌动蛋白重塑的分子控制在髓样和淋巴机免疫细胞的各种子集中明显调节,并维持与大量专业任务相关的不同网络。此外,单个肌动蛋白重塑蛋白的缺陷通常与部分细胞损伤有关,突出了肌动蛋白细胞骨架重塑的可塑性。本综述涵盖了与疾病相关的肌动蛋白调节剂在促进基于肌动蛋白的免疫细胞过程中的作用。它集中于这些调节剂在各种免疫细胞亚群中的特定分子功能,并响应不同的刺激。鉴于仅最近表征了许多与免疫相关的肌动蛋白缺陷的事实,我们进一步讨论了破译基本的病情机制所面临的挑战。
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摘要:微生物生态学是理解微生物在各种环境和健康相关过程中的组成,多样性和功能的关键领域。通过独立的方法发现候选门辐射(CPR)已引入了一种新的微生物划分,其特征在于以共生/寄生的生活方式,小细胞大小和小基因组为特征。尽管知之甚少,但CPR近年来由于它们在各种环境和临床样本中的广泛发现而引起了显着关注。与其他微生物相比,已经发现这些微生物表现出高度的遗传多样性。几项研究揭示了它们在全球生物地球化学周期中的潜在重要性及其对各种人类活动的影响。在这篇评论中,我们提供了CPR发现的系统概述。然后,我们专注于描述CPR的基因组特征如何帮助它们与不同生态壁ches中其他微生物进行互动并适应其他微生物。未来的工作应集中于发现CPR的代谢能力,并在可能的情况下隔离它们以更好地了解这些微生物。