ctDNA

对伊马替尼耐药的 KIT/PDGFRA 野生型胃肠道间质瘤的 ctDNA 中发现的新型有害 TP53 体细胞突变的克隆选择

晚期胃肠道间质瘤 (GIST) 的一线治疗标准是伊马替尼，每日以标准剂量给药，直至肿瘤进展。伊马替尼耐药性通常是通过肿瘤 DNA 中基因突变的克隆选择而发生的，增加伊马替尼剂量已被证明可以有效克服伊马替尼耐药性。野生型 GIST 不显示 KIT 或血小板衍生生长因子受体 α (PDGFRA) 突变，通常对伊马替尼不敏感，并且在治疗过程中往往会迅速复发。我们在此报告一名 53 岁男性胃 GIST 患者的病例，该患者主要对伊马替尼没有反应，尽管增加了伊马替尼剂量，但仍导致患者死亡。通过使用深度下一代测序条形码感知方法，我们分析了患者 cfDNA 中一组可操作的癌症相关基因，以研究导致伊马替尼耐药的体细胞变化。我们在两个系列循环肿瘤 DNA (ctDNA) 样本中发现，位于剪接受体位点并导致蛋白质功能丧失的从未描述过的 TP53 突变 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 的等位基因频率急剧增加。通过数字液滴 PCR 在原发性肿瘤中以亚克隆频率 (0.1%) 回顾性地鉴定了相同的 TP53 突变。在转移性肝病变中检测到的突变等位基因频率非常高 (99%)，表明在肿瘤进展过程中突变的快速克隆选择。稳态下的伊马替尼血浆浓度高于文献报道的最低有效浓度阈值 760 ng/ml。计算机模拟预测新生 TP53 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 突变与异常 RNA 剪接和侵袭性表型有关，这可能导致尽管使用了