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dds-e-sim：基于变压器的生成框架，用于模拟DNA数据存储中易用错误的序列
摘要。单倍型组装是重建在母体和父亲遗传的染色体拷贝上等位基因组合的问题。单个单倍型对于我们对不同变体组合如何影响表型的理解至关重要。在这项工作中，我们专注于单个二倍体基因组的基于读取的单倍型组件，该组件直接从变体基因座的读取对齐中重建了两种单倍型。我们介绍了Ralphi，这是一种新颖的深入强化学习框架单倍型组装的框架，该框架将深度学习的代表力与强化学习的代表力整合在一起，以准确地将片段读取其各自的单倍型集。为了为增强学习设定奖励目标，我们的方法将问题的经典减少到片段图上的最大片段切割公式中，其中节点与读取和边缘权重相对应捕获共享变体站点上读取的冲突或一致。我们在1000个基因组项目中衍生自基因组的片段图拓扑数据集上训练了Ralphi。我们表明，在标准人类基因组基准中，在短和长的范围内，Ralphi始终以在明显和长的覆盖范围下以相当或更长的单倍型块长度在最新的读取状态下达到较低的错误率。Ralphi可从https://github.com/popiclab/ralphi获得。
Toffoli-Hadamard 路径和的完备性以及量子计算的二元片段
“路径求和”形式主义是一种符号化操作描述量子系统的线性映射的方法，也是用于形式化验证此类系统的工具。我们在此给出了该形式主义的一组新重写规则，并表明它对于“Toffili-Hadamard”是完整的，这是量子力学最简单的近似通用片段。我们表明重写是终止的，但不是汇合的（这是片段普遍性所预期的）。我们使用路径求和和图形语言 ZH-Calculus 之间的联系来实现这一点，并展示了公理化如何转化为后者。最后，我们展示了如何丰富重写系统以达到量子计算二元片段的完整性——通过将具有二元 π 倍数的相位门添加到 Toffili-Hadamard 门集来获得——特别用于量子傅里叶变换。
BEXSERO (Meningococcal Group B Vaccine) injectable suspension, for intramuscular use
The NadA component is a fragment of the full-length protein derived from N. meningitidis strain 2996 (peptide 8 variant 2/3) 1 . The NHBA component is a recombinant fusion protein comprised of NHBA (peptide 2) 1 and accessory protein 953 derived from N. meningitidis strains NZ98/254 and 2996, respectively. The fHbp component is a recombinant fusion protein comprised of fHbp (variant 1.1) 1 and the accessory protein 936 derived from N. meningitidis strains MC58 and 2996, respectively. These 3 recombinant proteins are individually produced in Escherichia coli and purified through a series of column chromatography steps. The OMV antigenic component is produced by fermentation of N. meningitidis strain NZ98/254 (expressing outer membrane protein Porin A [PorA] serosubtype P1.4) 2 , followed by inactivation of the bacteria by deoxycholate, which also mediates vesicle formation. The antigens are adsorbed onto aluminum hydroxide.
使用 K. lactis 蛋白质表达试剂盒进行蛋白质表达 - pKLAC2 的线性化用于 K. lactis 的整合转化。| NEB
剩余的 pKLAC2 载体 DNA。克隆的基因必须不含 SacII 位点（或 BstXI 位点，如果用 BstXI 消化）才能产生正确的表达片段。无需从剩余的 pKLAC2 载体 DNA 中纯化表达片段
所以，您想对…… - 基因组技术核心
我们将对样品进行质量控制测试。对于基于DNA的文库（例如，整个基因组测序和甲基序列文库），我们不会在片段分析仪上运行样品，因为这些样品先前已被证明可以减少片段分析仪的分辨率（我们非常依赖于准确性）。研究人员应在琼脂糖凝胶上运行这些样品，以确保DNA质量良好并且没有明显的RNA。GTC没有带宽来执行此操作的带宽，并且必须由研究人员完成。提交项目信息表格时，请提供琼脂糖凝胶的图片，显示DNA的状况。许多DNA隔离方案包括使用RNase来摆脱该组件。质量更好的DNA会导致质量更好的DNA库。
用于治疗阿尔茨海默氏症的BACE1抑制剂药物......
阿尔茨海默病 (AD) 是一种大脑神经退行性疾病，会导致认知功能逐渐受损和记忆力丧失 ( 1 )。AD 主要影响老年患者，全球有超过 5500 万人被诊断患有 AD。目前，尚无治愈方法或改善病情的治疗方法 ( 2 )。到目前为止，大多数获批药物可能有助于控制疾病症状。AD 的标志是神经毒性淀粉样蛋白-β 肽 (Aβ)（主要是 Aβ40 和 Aβ42）在大脑中积累，这被认为是 AD 发病机制的关键特征。在众多解释 AD 发病机制的假说中，20 世纪 90 年代提出的“淀粉样蛋白级联假说”仍然是 AD 药物开发中研究最广泛的概念框架之一 ( 3,4 )。β 位淀粉样蛋白前体蛋白裂解酶 1 (BACE1) 于二十多年前被克隆和鉴定 ( 5,6 )。当时，开发抗淀粉样β蛋白药物的前景引起了极大的热情和期待。这种最初的兴奋是可以理解的，因为BACE1是第一个启动大脑中Aβ产生的蛋白酶，它通过切割淀粉样蛋白前体（APP）并形成可溶性N末端片段和含有膜锚定C末端片段的淀粉样β肽（图1）。在接下来的步骤中，γ-分泌酶切割C末端片段，释放不同长度的神经毒性Aβ肽。其中，Aβ42被认为是AD发病和进展的主要原因。从逻辑上讲，这两种蛋白酶都成为抗AD的重要药物开发靶点。几个
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12. 海水立即涌入 2 号货舱。左舷深舱 2 号在受损前已用盐水压载，但暴露在海水中。右舷深舱 1 号逐渐进水。1 号货舱的进水速度相当快，水通过 137 号舱壁上的破片洞和左舷 1 号深舱边界的破裂板进入。3 号货舱的进水起初很慢，水通过 113 号舱壁上的破片洞进入，但当 2 号货舱的水位达到该舱壁第三层甲板上一扇受损门的围板时（该门已被吹开并扭曲），水位迅速上升。右舷深舱 1 号的进水速度很慢，水通过 125 号和 137 号框架之间的中心线舱壁上的破片洞进入。几乎立即，船就向左倾斜，由于前舱迅速进水，船身侧倾加剧（尽管在 4 号深舱中将压舱物从左舷转移到右舷），因此决定将船搁浅。船锚被收起，船于 0621 以 6 节的速度搁浅。左倾已增加到 17 度，但在搁浅后以 10 节的速度继续旋转，ALCHIBA 逐渐恢复，最终停在仅 1-1/2 度左倾的位置。船从 115 号框架到船首搁浅；长度约为 150 英尺。
用于治疗阿尔茨海默氏症的BACE1抑制剂药物......
阿尔茨海默病 (AD) 是一种大脑神经退行性疾病，会导致认知功能逐渐受损和记忆力丧失 ( 1 )。AD 主要影响老年患者，全球有超过 5500 万人被诊断患有 AD。目前，尚无治愈方法或改善病情的治疗方法 ( 2 )。到目前为止，大多数获批药物可能有助于控制疾病症状。AD 的标志是神经毒性淀粉样蛋白-β 肽 (Aβ)（主要是 Aβ40 和 Aβ42）在大脑中积累，这被认为是 AD 发病机制的关键特征。在众多解释 AD 发病机制的假说中，20 世纪 90 年代提出的“淀粉样蛋白级联假说”仍然是 AD 药物开发中研究最广泛的概念框架之一 ( 3,4 )。β 位淀粉样蛋白前体蛋白裂解酶 1 (BACE1) 于二十多年前被克隆和鉴定 ( 5,6 )。当时，开发抗淀粉样β蛋白药物的前景引起了极大的热情和期待。这种最初的兴奋是可以理解的，因为BACE1是第一个启动大脑中Aβ产生的蛋白酶，它通过切割淀粉样蛋白前体（APP）并形成可溶性N末端片段和含有膜锚定C末端片段的淀粉样β肽（图1）。在接下来的步骤中，γ-分泌酶切割C末端片段，释放不同长度的神经毒性Aβ肽。其中，Aβ42被认为是AD发病和进展的主要原因。从逻辑上讲，这两种蛋白酶都成为抗AD的重要药物开发靶点。几个
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12.2 号货舱立即被海水淹没。左舷深舱 2 号在受损前已用盐水压载，但向海面敞开。右舷深舱 1 号逐渐被淹没。1 号货舱被淹没，通过 137 号舱壁上的破洞和 1 号左舷深舱边界上的破裂板，淹没速度相当快。3 号货舱的淹没速度起初很慢，通过 113 号舱壁上的破洞，但当 2 号货舱的水位达到该舱壁第三层甲板上一扇受损门的舱口围板时（该门已被吹开并扭曲），淹没速度很快。右舷 1 号深舱通过 125 号和 137 号框架之间的中心线舱壁上的破片洞逐渐进水。船舶几乎立即向左倾斜，鉴于前舱快速进水和不断增加的侧倾（尽管 4 号深舱中的压舱物从左舷转移到右舷），决定将船舶搁浅。抛锚后，船舶于 0621 以 6 节的速度搁浅。左倾增加到 17 度，但在搁浅后以 10 节的速度前进，ALCHIBA 逐渐被扶正，最后仅以 1-1/2 度左倾停下。船舶从 115 号框架到船首搁浅；长度约 150 英尺。