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雄性大鼠的可卡因敏化需要激活雌激素受体
box1。该方案显示了试点项目中的ERGA工作流程。最初由ERGA社区提名（1），并伴随着一种全面的形式，其中包含用于物种选择的问题（2），基于几个排除，优先级和可行性标准。物种分配给参与的测序伙伴（3），该伙伴负责与基因组团队负责人（通常是样本提供者）联系，以组织所有必要的入职和监管要求和文档，并同意生成满足EBP质量指标的参考基因组（4）。样本，保证金，并准备几个子样本管以与测序合作伙伴和协作研究小组一起安排，以进行测序（5）。还鼓励样本提供商在测序之前对样品进行对样品进行对照，并将相应的材料存储在当地的生物群体中。元数据以下指南（6），上传到元数据经纪平台COPO，并由飞行员样本管理团队（7）验证。确认所有所需的文档和元数据已经到位后，样品被运送到了指定的测序设施中的冷链（8）。
CRISPR/CAS9的时空调节能够在植物基因组中有效，精确和可遗传的编辑
CRISPR/CAS介导的编辑彻底改变了作物工程。由于这项技术的广泛范围和潜力，在过去十年中，已经进行了许多研究，以优化基因组编辑结构。显然，用于驱动GRNA和CAS9表达的启动子的选择对于达到高编辑效率，精度和遗传力至关重要。虽然选择启动子的一些重要考虑因素包括靶标的数量和性质，宿主有机体，转化方式和实验的目标，但使用组织特异性或诱导启动子对Cas9表达的时空调节可以实现更高的遗传能力和较高的靶向诱变型具有降低靶向诱变的效果。在这篇综述中，我们讨论了特定的研究，这些研究强调了与基因组编辑的启动子选择相关的前景和权衡，并强调需要进行归纳探索和发现，以进一步推进作物植物研究领域的这一领域。
将针头转变为干草堆：直接从其天然环境中直接对复杂微生物基因组的培养物放大
au：PleaseconfirnheadinglevelsarerePresentedCorrecty：高通量测序（HTS）彻底改变了微生物学，但是在自然环境中，许多微生物在其自然环境中存在较低的丰度，并且在实验室中很难（如果不是不可能）进行文化。这使得使用HTS研究许多重要的微生物和病原体的基因组具有挑战性。在这篇综述中，我们讨论了选择性整个基因组扩增（SWGA）的开发和应用，以使整个或部分基因组直接从复杂的生物学样本中对低丰度微生物进行测序。我们重点介绍了SWGA生成的基因组数据已被用来阐明重要人类病原体的种群动态并监测抗菌素耐药性的发展以及潜在暴发的出现。我们还描述了这种方法的局限性，并提出了一些潜在的创新，这些创新可用于提高SWGA的质量，并降低在更广泛的传染病范围内使用该方法的障碍。
两个本土蛤s的基因组（Linnaeus，1767）和Meretrix Petechialis（Lamarck，1818）
蛤lam挖掘在香港的历史悠久，但不受管制的蛤挖掘活动耗尽了蛤lam种群并威胁到生态系统。种群基因组学对于揭示不同地理位置上蛤的连通性并提供必要的保护措施很有用。但是，香港只有有限数量的蛤s具有基因组资源。在这里，我们使用Pacbio Hifi和Omni-C读数的组合，介绍了香港，柔韧性和Meretrix petechialis的两个蛤s的染色体水平基因组组件。对于A. flexuosa，我们将基因组组装成19个伪色体，基因组大小为1.09 GB（支架N50 = 58.5 MB），BUSCO得分为94.4％。也使用本研究中产生的转录组预测了总共20,881个基因模型。对于叶柄杆菌，基因组主要组装成19个伪色体，基因组大小为1.04 GB（支架N50 = 53.5 MB），而BUSCO得分为95.7％。也使用本研究中产生的转录组预测了总共20,084个基因模型。本研究中建立的两个新的基因组资源将有助于进一步研究蛤lam的生物学，生态学和进化，并为保护措施和实施方面的证据决策建立基础。
利用长读测序同时分析完整植物基因组中的染色质可及性和 DNA 甲基化
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2023 年 11 月 21 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2023.11.15.567180 doi：bioRxiv 预印本
使用长阅读测序
图1。SAM-SEQ同时探测植物组织上的染色质访问性和DNA甲基化。a。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。 b。 链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。 centromeres被描述为灰色盒子。 拟南芥12-mer序列的 c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。 MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。 e。 链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。 f。 拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人 2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。b。链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。centromeres被描述为灰色盒子。c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。e。链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。f。拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。
重新评估弓形虫和犬新孢子虫基因组，发现错误组装、核型差异和染色体重排
新孢子虫主要感染牛，导致牛流产，估计每年对全球经济造成 10 亿美元的损失。然而，对其生物学的研究一直被忽视，因为既定范式认为它与其近亲、广泛研究的人类病原体弓形虫几乎完全相同。通过使用第三代测序技术重新审视基因组序列、组装和注释，我们在此表明，新孢子虫基因组最初是在与弓形虫同源的假设下错误组装的。我们表明这些物种之间发生了重大染色体重排。重要的是，我们表明最初命名为 Chr VIIb 和 VIII 的染色体确实融合了，从而将新孢子虫和弓形虫的核型都减少到 13 条染色体。我们重新注释了新孢子虫基因组，揭示了 500 多个新基因。我们对非光合质体和线粒体基因组进行了测序和注释，并表明尽管顶质体基因组几乎相同，但物种和菌株之间存在高水平的基因碎片化和重组。我们的结果纠正了目前在 N. caninum 和 T. gondii 基因组数据库中广泛分布的组装伪影，更重要的是，突出了线粒体是以前被忽视的变异源，并为改变同源性范式铺平了道路，鼓励重新思考基因组作为这些病原体比较独特生物学的基础。
人类疱疹病毒 6A 和 6B 基因组的全面注释揭示了新的和保守的基因组特征
摘要 人类疱疹病毒 6 (HHV-6) A 和 B 是普遍存在的β-疱疹病毒，感染了大多数人类。它们包含大型基因组，我们对它们的蛋白质编码潜力的了解还远未完成。在这里，我们采用核糖体分析和系统转录分析来实验性地定义 HHV-6 翻译产物。我们确定了数百个新的开放阅读框 (ORF)，包括上游 ORF (uORF) 和内部 ORF (iORF)，从而生成了完整的 HHV-6 蛋白质组无偏图谱。通过整合原型β-疱疹病毒人类巨细胞病毒的系统数据，我们发现了在β-疱疹病毒中保守的大量 uORF 和 iORF，并且我们表明 uORF 在晚期病毒基因中富集。我们鉴定出三种含量丰富的 HHV-6 编码长非编码 RNA，其中一种可产生非多聚腺苷酸化的稳定内含子，这似乎是 β 疱疹病毒的保守特征。总体而言，我们的研究揭示了 HHV-6 基因组的复杂性，并突出了 β 疱疹病毒之间保守的新特征，为未来的功能研究提供了丰富的资源。
上下文样本：通过样本和相关元数据收集
阿斯特里德·伯恩（AstridBöhne）。德国； 6 a.boehne@lili.de，orcid。9玫瑰。 塞维利亚，西班牙，西班牙。 。研究所，诺里奇研究公园，诺里奇，诺里奇，NR4 7UZ，mcectggart@earlham.uk。 Porto，4485–661 19Vairão，葡萄牙； （2）生物学系，港口波尔图20号大学； 。 239玫瑰。塞维利亚，西班牙，西班牙。。研究所，诺里奇研究公园，诺里奇，诺里奇，NR4 7UZ，mcectggart@earlham.uk。 Porto，4485–661 19Vairão，葡萄牙； （2）生物学系，港口波尔图20号大学； 。2325 r.monteiro@leibniz-lib.de，orcid 0000-0003-1374-4474。26 Rebekah A. Oomen，（1）奥斯陆大学生态与进化合成中心，27 Blindernveien，挪威奥斯陆0371 31，（2）奥斯陆大学自然历史博物馆，P.O。28 Box 1172，Blindern，0318，挪威奥斯陆，（3）（3）沿海研究中心，阿格德大学，29 Universitetsveien 25，4630 Kristiansand，挪威，挪威4）生物科学系30 New Brunswick Saint University of New Brunswick Saint John，Taucker Park Road 100 Hättebäcksvägen745296。Rebekahoomen@gmail.com，32 OrcID 0000-0002-2094-5592。33 Olga Vinnere Pettersson，生命实验室科学 - 瑞典（SCILIFELAB），国家34基因组基础设施，Uppsala University，P.O。Box 815，SE-752 37 Uppsala，瑞典。 35 olga.pettersson@scilifelab.uu.se，orcid 0000-0002-5597-1870。 36 Torsten H. Struck，自然历史博物馆，奥斯陆大学，P.O。 Box 1172，Blindern，37 0318 OSLO，挪威。 t.h.struck@nhm.uio.no orcid 0000-0003-3280-6239。 38Box 815，SE-752 37 Uppsala，瑞典。35 olga.pettersson@scilifelab.uu.se，orcid 0000-0002-5597-1870。36 Torsten H. Struck，自然历史博物馆，奥斯陆大学，P.O。Box 1172，Blindern，37 0318 OSLO，挪威。t.h.struck@nhm.uio.no orcid 0000-0003-3280-6239。38
从线粒体基因组深入了解感染小反刍动物的巴贝斯虫分离株的系统发育关系和药物靶点
目前，已有报道称阿托伐醌和 ELQs 通过破坏细胞色素 bc1 复合物来改变药物靶点，用于治疗人类巴贝斯虫病和疟疾 [19, 21, 22, 41, 43]。2019 年，韩国在人类血液中检测到一种类似 B. motasi 的寄生虫 [47]，这表明 B. motasi 可能具有潜在的人畜共患性。因此，我们应该调查中国人类感染 B. motasi 的情况，并评估 B. motasi 的人畜共患潜力以及与细胞色素 bc1 复合物结合的抑制剂的影响。我们的数据显示，阿托伐醌、斯格马特林、粘噻唑、内毒素样喹诺酮 (ELQ)、抗霉素 A 和 NQNO 药物未来可用于治疗巴贝斯虫病。这些药物耐药的分子机制是细胞色素 b 的突变，这表明