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综合生物学对工程师噬菌体基因组
报道的用于噬菌体基因组遗传操纵的第一个策略之一是噬菌体重新组合电子的DNA（繁殖，图，图，图。1）。该技术最初是为了产生裂解分枝杆菌噬菌体中的点突变，插入，缺失和基因替代的创建[13，14]。在繁殖方法中，噬菌体DNA和感兴趣的DNA（靶取代，缺失或插入）同时通过电穿孔到配备了重组系统（通常是λ红或RAC系统）的细菌细胞中引入，从而增强了同源性重组的频率[13]。也已用于遗传工程大肠菌噬菌体[15，16]，并且有人建议通过对方案进行了略微修改并适当的重新调节系统，该方法可以应用于许多其他针对不同细菌种类物种的其他细菌。与育种相关的主要问题之一是筛选突变噬菌体。但是，可以使用反选择技术来进一步改善突变噬菌体的选择。近年来，为此目的开发了多种基于CRISPR的方法，其中野生型噬菌体是由程序化的CRISPR-CAS系统瞄准的。DNA和RNA靶向CRISPR-CAS系统均已成功使用[17-23]。
利用牛津纳米孔组装高质量植物基因组
使用不受长度限制的纳米孔读取（从短到超长），现在可以通过简单、简化的工作流程生成高质量的植物基因组组装。长纳米孔读取可以跨越大量重复或高度一致的序列和结构变体，而天然 DNA 测序可以捕获 PCR 无法访问的序列。在同一次测序运行中，还可以检测到表观遗传修饰以及规范碱基序列，从而从单个数据集提供多组学见解。多功能高输出 PromethION 设备使实验室能够扩展测序能力以适应不同规模、样本量和预算的项目，为不同的测序需求提供量身定制的解决方案。
基因组如何编码发育时间？
我很高兴贡献这篇简短的观点来纪念 Terri Grodzicker 担任《基因与发育》杂志编辑的 35 年，该杂志是基因调控和发育生物学领域最重要的杂志之一。在 Terri 任职期间，Levine 实验室在《基因与发育》杂志上发表了 30 篇论文，她对这些论文的慷慨管理证明了她的耐心、幽默和学识广博。这些研究涵盖了果蝇早期胚胎的基因表达、转录后过程（例如替代性多聚腺苷酸化）以及基因调控网络在海鞘 Ciona intestinalis 蝌蚪不同细胞类型指定中的作用。我们衷心感谢 Terri 多年来为提高我们论文质量所做的努力。我们不能让 Terri 离开，除非我们最后一次打扰她。我们早期的论文大多侧重于发育过程中基因表达的空间控制（例如，Doyle 等人，1989 年；Small 等人，1991 年）。除了总结这些工作之外，我们还想分享一些关于发育生物学中一个持久挑战的想法；即基因活动的时间控制。我们简要总结了三种调节发育过程中转录时间的潜在基因组结构机制：基因长度、增强子接近度和束缚元件。
非冗余元基因组组装基因组... -Dr -ntu
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遗传性视网膜营养不良是一组稀有遗传疾病的异质群，会导致视力丧失，并且是包括RPE65基因在内的260多种不同基因中种系突变的结果。2，3 RPE65基因负责RPE65蛋白的产生，RPE65蛋白是一种酶，将全反归因基因转化为11-CIS-他醇，随后在视觉（视网膜类动物）循环中形成了11- cis-totinal的生物团，鼠视鼠。这些步骤对于将光子的光子转化为视网膜内的电信号至关重要。RPE65基因中的突变导致RPE65全反性返带异构酶活性减少或缺乏视觉周期的阻断。 全反归因基的积累会导致感光细胞的细胞凋亡和视力逐渐丧失。 2，4RPE65基因中的突变导致RPE65全反性返带异构酶活性减少或缺乏视觉周期的阻断。全反归因基的积累会导致感光细胞的细胞凋亡和视力逐渐丧失。2，4
ve cuscuta物种的完整叶绿体基因组和...
四个子属（Monogynella，Pachystigma，Cuscuta和Grammica）。C.上皮和欧洲梭菌是库斯库塔亚属的成员。他们缺乏一个红外区域，有两个反转。此外，23种库斯库塔物种的叶绿体基因组及其基因组成的长度有很大的变化。大多数还原的叶绿体基因组失去了几种光合基因（NDH，RPO，PSA，PSB，PSB，PET和RBCL），因此逐渐降低了其光合作用的能力。这项研究不仅会发现可应用的潜在分子标记物，以识别属于四个亚属的物种，还可以指导
来自葡萄球菌基因组的强效 CRISPR-Cas9 抑制剂
抗 CRISPR (Acrs) 是抑制 CRISPR-Cas 酶的 RNA 引导 DNA 靶向活性的小蛋白。Acrs 由噬菌体和噬菌体衍生的细菌基因编码，可阻止 CRISPR 介导的噬菌体感染抑制，还可以阻止真核细胞中 CRISPR-Cas 介导的基因组编辑。为了确定能够抑制金黄色葡萄球菌 Cas9 (SauCas9)（最常用的基因组编辑蛋白化脓性链球菌 Cas9 (SpyCas9) 的替代品）的 Acrs，我们使用了自靶向 CRISPR 筛选和关联基因组搜索策略。在这里，我们描述了三种有效的 SauCas9 抑制剂，我们将其命名为 AcrIIA13、AcrIIA14 和 AcrIIA15。这些抑制剂具有一个保守的 N 端序列，该序列对于 DNA 切割抑制是可有可无的，并且具有不同的 C 端，在每种情况下，这些 C 端都是抑制 SauCas9 催化的 DNA 切割所必需的。在人类细胞中，我们观察到 AcrIIA13 对 SauCas9 诱导的基因组编辑具有强烈的抑制作用，而 AcrIIA14 和 AcrIIA15 则具有中等程度的抑制作用。我们还发现 AcrIIA13 – AcrIIA15 的保守 N 端结构域与这些 Acr 基因启动子中的反向重复序列结合，这与其预测的螺旋-转角-螺旋 DNA 结合结构一致。这些数据证明了一种有效的 Acr 发现策略，并确立了 AcrIIA13 – AcrIIA15 作为 SauCas9 的独特双功能抑制剂。
元基因组矿物苔原的组装基因组...
微生物群落中的土壤中的微生物群落仍然在很大程度上未知，尽管它们在温室气体的循环中起着重要作用。在这里，我们报告了从挪威北部Rásttigáisá的矿物苔原土壤中回收的59种非冗余元基因组组装基因组（MAGS）。通过根据四核苷酸频率和差异覆盖范围来通过聚类重叠群来获得MAG，并进行手动策划以去除具有外围GC含量和/或平均覆盖率的重叠群。大多数MAG被分配到细菌门念珠菌（n = 12），verrucomicrobiota（n = 10）和酸眼杆菌（n = 9）。所有古细菌（n = 4）属于硝基果酸念珠菌（Themoproteota）。59Rásttigáisámags扩大了我们对苔原微生物组的多样性和生态作用的了解。
一种用于生成噬菌体基因组
3。ji，Y.，Zhou，Z.，Liu，H。＆Davuluri，R。V. Dnabert：预先训练的双向编码器119来自Transformers模型的DNA语言中DNA语言的表示。生物信息学37，120 2112–2120（2021）。121
dnaapler：一种重新定向循环微生物基因组的工具
许多生物学实体在内，包括细菌，古细菌，质粒，噬菌体和其他病毒都可以具有圆形基因组。一旦组装，圆形基因组序列表示为线性字符串，并以某种方式标记，以表明其应为圆形。线性序列开始的点是随机的，这是由于从测序读取中组装基因组时使用的算法的性质。这种任意的起点会影响下游基因组注释和分析。它们可能发生在编码序列（CD）中，可能会破坏移动遗传因素（如预言）的预测潜力，并难以基于基因顺序进行pangenome分析。因此，通常需要将微生物序列重新定向，以从某些基因开始：细菌染色体的DNAA染色体复制引发剂基因，质粒的RepA质粒复制起始基因和TERL大型末端末端基因酶基因的细菌亚nunit基因的细菌属基因。在这里，我们提出了DNAAPLER，这是一种柔性微生物序列的重新定向工具，可快速，一致地取向圆形微生物基因组，例如细菌，质粒和噬菌体。Dnaapler在github上托管在github.com/gbouras13/dnaapler上。