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肿瘤学中的基因组测序
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基因组DNA试剂
基因组DNA梯子储存商店，按照当地法规。将其储存在原始容器中，在干燥，凉爽且通风良好的区域内保护不受阳光直射，远离不兼容的材料（请参阅第10节）和食物和饮料。保持容器紧密关闭并密封直至准备使用。必须仔细重新密封已打开的容器，并保持直立以防止泄漏。不要存储在未标记的容器中。使用适当的遏制来避免环境污染。在处理或使用之前，请参见第10节。基因组DNA样品缓冲储存。将其储存在原始容器中，在干燥，凉爽且通风良好的区域内保护不受阳光直射，远离不兼容的材料（请参阅第10节）和食物和饮料。保持容器紧密关闭并密封直至准备使用。必须仔细重新密封已打开的容器，并保持直立以防止泄漏。不要存储在未标记的容器中。使用适当的遏制来避免环境污染。在处理或使用之前，请参见第10节。
卡巴培南耐药的基因组表征
摘要 COVID-19 已严重影响医院感染预防和控制 (IPC) 实践，尤其是在重症监护病房 (ICU)。这经常导致多重耐药菌 (MDRO) 的传播，包括耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌 (CRAB)。本文，我们报告了意大利一家大型 ICU COVID-19 中心医院的 CRAB 疫情管理情况，并通过全基因组测序 (WGS) 进行了回顾性基因型分析。通过 WGS 分析了 2020 年 10 月至 2021 年 5 月期间被诊断为 CRAB 感染或定植的重症 COVID-19 机械通气患者身上获得的细菌菌株，以评估抗菌素耐药性和毒力基因以及可移动遗传元素。结合流行病学数据，系统发育分析用于识别推定的传播链。 40 例中 14 例 (35%) 被诊断为 CRAB 感染，40 例中 26 例 (65%) 被诊断为定植，7 例 (17.5%) 在入院后 48 小时内分离出 CRAB。所有 CRAB 菌株均属于巴斯德序列 2 型 (ST2) 和 5 种不同的牛津 ST，并呈现携带 bla OXA-23 基因的 Tn 2006 转座子。系统发育分析显示，ICU 内部和ICU 之间存在四条传播链，主要在 11 月至 2021 年 1 月期间传播。量身定制的 IPC 策略由 5 点捆绑组成，包括 ICU 模块临时转换为 CRAB-ICU 和动态重新开放，对 ICU 入院率的影响有限。实施后，未检测到 CRAB 传播链。我们的研究强调了将经典流行病学研究与基因组研究相结合以确定疫情期间的传播途径的潜力，这可能是确保 IPC 策略和防止 MDRO 传播的有力工具。
基因组数据的网络安全
遗传测序技术已经提高了，因此对整个基因组进行测序是可行且负担得起的。许多微生物，植物和动物物种的全部或部分基因组序列都存在于美国国立卫生研究院（NIH），联邦调查局（FBI）以及直接访问（DTC）基因测试提供者的开放访问，受控访问或私人数据库中。随着这个时代的发展，由于网络安全攻击针对行政命令（EO）的网络安全攻击，对美国国家安全，其经济，其生物技术行业及其公民的风险有了新的认识。此外，人类遗传信息需要遵守围绕隐私的政策，法律和道德规范。尽管如此，某些基因组数据的固有价值在于能够与更广泛的社区共享信息，从而有必要平衡访问限制与数据共享功能。
肉芽杆菌的比较基因组分析提供了对基因组多样性的见解
Cutibacterium Granulosum是一种在人皮肤上发现的共生细菌，以前称为粒细胞杆菌，很少引起感染，通常被认为是非致病性的。最近的研究表明，多药抗质粒PTZC1在颗粒梭状芽孢杆菌和痤疮痤疮之间的转移性，后者是手术部位感染中的机会性病原体。然而，关于颗粒的基因组缺乏明显的研究，并且该物种的遗传景观在很大程度上尚未大脑。我们通过分析总共30种元基因组组装基因组（MAGS）和从公共数据库中获取的分离基因组以及本研究中产生的基因组的基因组特征和进化结构。鉴定出用于颗粒梭状芽孢杆菌的6,077个基因的泛基因组。值得注意的是，“云基因”占泛基因组的62.38％。与动员相关的基因：预言，转座子[x]，防御机制[V]以及复制，重组和修复[L]在云基因组中富集。系统生物学分析显示了两个不同的单层，突出了颗粒的基因组多样性。通过平均核苷酸同一性（ANI）值的分布进一步证实了基因组多样性。颗粒梭菌的功能分布分析揭示了广泛的潜在抗生素耐药性基因（ARGS）和毒力因子，这表明其对各种环境挑战的潜在耐受性。CRISPR-CAS系统的亚型I-E在这些基因组中最丰富，这在痤疮梭菌基因组中也检测到了这一特征。亚型I-E在这些基因组中最丰富，这在痤疮梭菌基因组中也检测到了这一特征。鉴于皮肤微生物组中颗粒梭菌菌株的广泛分布，我们的发现为我们对遗传多样性的广泛理解做出了重大贡献，这可能为研究痤疮诸如痤疮等疾病的机制和治疗方法开辟了新的途径。
Primeway Genomic II DNA提取试剂盒
1。使用砂浆和杵用液氮将粉末磨粉样品磨成细粉。有关样本中断的详细信息，请参阅第5页。2。将多达25毫克的组织粉转移到新的1.5 ml微量离心管中。注意：对于具有较高细胞数量（例如肝脏或脾脏）的组织样品，将样品输入降低至10 mg。 3。加入200 µL GL1缓冲液和20 µL蛋白酶K溶液。涡流混合。4。将样品在60°C孵育3小时/过夜。偶尔将管子倒转。5。在14,000 x g处离心2分钟，到颗粒不溶性碎片。6。将上清液转移到新的1.5 mL微输出管中。7。加入200 µL GL2缓冲液。涡流混合。8。添加4 µL RNase A溶液。涡旋在室温下混合并孵育5分钟。