图 3. 已发布的 CDS 轨道(顶部)、从头创建的 QIAGEN CLC Genomics Workbench 注释(2 个 CDS)和包含三个 CDS 的合并轨道的可视化。底部轨道是 QIAGEN CLC Genomics Workbench 预测转录本的读取映射支持。
摘要:对层堆叠的二维共轭金属 - 有机框架(2D C- MOF)的原子结构的了解是建立其结构 - 性质相关性的必要先决条件。为此,原子分辨率成像通常是选择的方法。在本文中,我们可以更好地理解有助于电子束弹性的主要特性以及2D C-MOF的高分辨率TEM图像中可实现的分辨率,其中包括化学组成,密度和C-MOF结构的电导率。结果,在所考虑的结构的最稳定的2D c-MOF中,在80 kV的加速电压下,在体和色素异常校正的tem的加速电压下,取下了0.95的。使用详细的从头算分子动力学计算来解释了通过与电子束的弹性相互作用在Cu 3(BHT)中诱导的复杂损伤机制。实验性和计算的敲入伤害阈值非常吻合。关键字:梁损伤,金属有机框架,高分辨率传输电子显微镜,结构剪裁,从头开始分子动力学
利用频域干涉法和从头算分子动力学研究了非晶态碲化锗薄膜对飞秒激光激发的亚皮秒响应。表面动力学的时间分辨测量揭示了薄膜的收缩,其介电性能响应速度超过 300 fs。非平衡条件下的系统从头算分子动力学模拟使我们能够检索离子温度从 300 K 到 1100 K 以及电子分布宽度从 0.001 eV 到 1.0 eV 的原子构型。通过深入分析角度分布、声子模式和对分布函数来表征结构的局部有序性,这证明了向新的非晶态电子激发态的转变,该激发态在键合/结构上接近液态。我们的研究结果为涉及两个重要过程的硫族化物材料中的光学高激发态提供了新的见解:存储器件中的相变材料和静态场引起的 Ovonic 阈值开关现象。
摘要:对层堆叠的二维共轭金属 - 有机框架(2D C- MOF)的原子结构的了解是建立其结构 - 性质相关性的必要先决条件。为此,原子分辨率成像通常是选择的方法。在本文中,我们可以更好地理解有助于电子束弹性的主要特性以及2D C-MOF的高分辨率TEM图像中可实现的分辨率,其中包括化学组成,密度和C-MOF结构的电导率。结果,在所考虑的结构的最稳定的2D c-MOF中,在80 kV的加速电压下,在体和色素异常校正的tem的加速电压下,取下了0.95的。使用详细的从头算分子动力学计算来解释了通过与电子束的弹性相互作用在Cu 3(BHT)中诱导的复杂损伤机制。实验性和计算的敲入伤害阈值非常吻合。关键字:梁损伤,金属有机框架,高分辨率传输电子显微镜,结构剪裁,从头开始分子动力学
摘要:我们报告了一种新的多GPU从头算,hartree- fock/密度功能理论实现将整体化为开源量子相互作用计算内核(快速)程序。详细介绍了电子排斥积分的负载平衡算法和多个GPU之间的交换相关性。进行了多达四个GPU节点进行的基准测试研究,每个节点包含四个NVIDIA V100-SXM2型GPU表明,我们的实力能够实现出色的载荷平衡和高平行的效率。对于代表性的培养基到大蛋白/有机分子系统,观察到的平行官方率在Kohn- -假基质形成中保持在82%以上,而对于核梯度计算,则保持高于90%。在所有经过测试的情况下,NVIDIA A100,P100和K80平台上的加速度也已经实现了高于68%的平行官方,这为大规模的初始电子结构计算铺平了道路。
更多参考资料请参见周二 Jianfeng Lu 和 Alexandre Tkatchenko 的教程演讲。参见周三 Robert Webber 的教程演讲(包含对二次量子化的精彩介绍)参见 Szalay 等人的《从头算量子化学的张量积方法和纠缠优化》,IJQC 2015
-4-4。[a]通过从头算方法解释基因的预测,包括方法背后的原理,与基因预测相关的挑战以及用于提高预测准确性的策略。[通过Kaedah Ab timi算来解释基因预测,包括方法背后的原理,与基因预测相关的Cabaran和用于提高预测准确性的策略。](10分 / 10分)[b]写下五(5)个原因,强调了序列比对应用的重要性。提供了证明其重要性的示例。[写五(5),因为这强调了enaleient应用的利益。举一个显示其兴趣的例子。](15分 / 15个Markah)5。< / div>[a]讨论了限制分子时钟模型应用的因素。[讨论使用分子时钟模型的因素。](10分 / 10 Markah)[B]借助图,绘制并演示蛋白质建模的步骤。[借助纹身,lakar并显示蛋白质建模的步骤。](15分 / 15个Markah)-OOOOOOOO- < / div>
由于高压下Yttrium Hydride中的近气温超导率,Yttrium-Hydrium Hydrogen系统引起了人们的关注。我们使用同步子单晶X射线衍射(SCXRD)在87至171 GPA进行了研究,从而发现已知的(两个YH 3相)和五个以前未知的Yttrium氢化物。通过用富含氢的前光照器(北氨虫或石蜡油)激光加热YTTRIUM在钻石砧细胞中合成这些。根据SCXRD确定了新相结构中YTTRIUM原子的排列,并且基于经验关系和依从计算的氢含量估计揭示了以下化合物:y 3 H 11,y 2 H 9,y 2 H 9,y 2 H 9,y 4 H 4 H 23,y 4 H 23,y 13 H 75和y 4 H 4 H 4 H 25。这项研究还发现了碳化物(YC 2)和两个Yttrium同素异形体。复杂的相多样性,Yttrium Hydride中的氢含量及其金属性质,如从头算计算所揭示的那样,强调了鉴定超导阶段的挑战,并了解高压合成材料中的电子过渡。
电子邮件:liakhdi@ornl.gov 电子邮件:quant4me@gmail.com 电话:+1(865)574-7783 Skype:DmitryLyakh 职业经历 • 计算科学家:化学、材料和量子信息科学的高级高性能计算(量子计算)。美国国家计算科学中心,橡树岭国家实验室,田纳西州橡树岭:2014 年 9 月 - 现任。 • 博士后研究员。美国国家计算科学中心,橡树岭国家实验室(导师:T. Straatsma 博士):“从头算量子化学的新方法和 GPU 加速算法”:2013 年 12 月 - 2014 年 8 月。 • 兼职博士后研究员。美国佛罗里达州盖恩斯维尔佛罗里达大学量子理论项目 RJ Bartlett 教授小组:“开发和大规模并行实施用于电子结构计算的精确从头算量子多体方法”:2009 年 6 月 – 2013 年 12 月。• 初级研究员。乌克兰哈尔科夫国立大学化学学院天体化学组:2008 年 7 月 – 2009 年 5 月。• 讲师。乌克兰哈尔科夫国立大学化学学院。课程:量子化学和量子力学、线性代数和化学家计算机编程:2008 年 9 月 – 2009 年 5 月。