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生物信息学和微生物组中的硕士论文
项目背景：微生物组在人类健康和疾病中起重要作用。下一代16S rRNA基因测序是一种强大的技术，用于表征粪便，诸如感染，癌症，糖尿病，神经退行性疾病和肥胖等疾病的样品中的细菌组成。微生物组分析有望有望诊断和整合常规临床微生物学。但是，16S测序数据所需的生物信息学分析的复杂性仍然是一个主要障碍。开发简化的管道来简化此分析对于常规诊断使用至关重要。目标：该项目的目的是通过一般微生物组组成输出来构建和验证16S rRNA基因测序分析的标准化生物信息学管道和工作流程。方法：Qiime2将与NextFlow结合使用，以创建标准化的16S rRNA测序工作流，用于微生物组分析。微生物组测序和常规诊断的分析数据将用于测试和验证工作流程。
表演者：一种新型的PPG至ECG重建变压器，用于心血管疾病检测的数字生物标志物
心电图（ECG）是一种捕获心脏活动的电测量，是诊断心血管疾病（CVD）的金标准。但是，由于ECG需要使用用户参与，因此不可避免地进行心脏监测。相比之下，光电学（PPG）提供了易于收集的数据，但其精度有限限制了其临床用法。为了确定这两个信号的优势，最近的研究不适合将PPG信号重新构成到ECG的各种深度学习技术；但是，缺乏文本信息以及降低噪声生物医学信号的能力最终会限制模型的影响。在这项研究中，我们提出了一种基于变压器的新型体系结构，可从PPG重建ECG，并将PPG和重建的ECG与CVD检测的多种方式相结合。此方法是第一次在生物医学波形重构上进行了变压器序列到序列转换，并结合了PPG和ECG的优势。我们还创建了基于斑块的注意（SPA），这是一种效率方法，用于编码/解码生物医学波形。通过获取各种序列长度并捕获交叉点连接，SPA最大程度地提高了本地特征和全局上下文反复的信号操作。所提出的体系结构在BIDMC数据库上生成了0.29 RMSE的状态性能，以重新构建PPG到ECG，超过了先前的研究。我们还在模拟III数据集上评估了该模型，在CVD检测中达到了95.9％的精度，并在PPG-BP数据集中评估了该模型，在相关的CVD糖尿病检测中达到了75.9％的精度，表明其一般能力。作为一种概念证明，一种名为Pearl（原型）的耳环可穿戴式可穿戴，旨在扩大护理点（POC）医疗保健系统。
糖尿病在聚光灯下：当前的知识和光量调节利用率
结果：本综述突出了跨研究的PBM参数的可变性，阻碍了对最佳协议的共识。需要对治疗参数的标准化和严格的临床试验来解锁PBM的全部治疗潜力。鉴定了87项临床试验，该试验研究了糖尿病中PBM（计划用PBM治疗的5,837例患者）。评估PBM对糖尿病神经病的影响的临床试验显示，疼痛减轻和潜在的生活质量改善。针对伤口愈合的研究表明，PBM增强了血管生成，纤维细胞增殖和胶原蛋白密度。PBM对糖尿病性视网膜病的影响仍然尚无定论，需要进一步研究。在血糖控制中，PBM对代谢参数（包括葡萄糖耐受性和胰岛素抵抗）表现出积极影响。
2020年至2022年的文献分析
结果：有1,280个出版物符合19日，符合先天免疫的搜索策略，并于2022年1月1日至2022年10月31日出版。九百13篇文章和评论。美国的出版物数量最高（NP）为276，而没有自我引用的引用数量为7,085，而H-Index的H-Index为42，其中占总出版物的30.23％，其次是中国（NP：135，NC：135，NC：4,798和H-indindex：23），贡献了14.79％。关于NP的NP，Netea，Mihai G.（NP：7）来自荷兰是最有生产力的作者，其次是Joosten，Leo A.B.（NP：6）和Lu，Kuo-Cheng（NP：6）。法国法国研究型大学的出版物最多（NP：31，NC：2,071，H-INDEX：13），平均引文数（ACN）为67。免疫学杂志期刊具有最多的出版物（NP：89，NC：1,097，ACN：12.52）。“逃避”（强度1.76，2021-2022），“中和抗体”（强度1.76，2021-2022），“ Messenger RNA”（强度1.76，2021-2022），“线粒体DNA”，“力量DNA”（强度1.51，2021-2021-2022），“长度”（2021-2022），” Toll样受体”（强度1.51，2021-2022）是该领域的新兴关键字。
凋亡在糖尿病心肌病中的作用
糖尿病性心肌病（DCM）是糖尿病的常见并发症之一，作为特定的心肌病，在心脏的结构和功能上具有异常。随着糖尿病患病率的增加，DCM在全球范围内具有高发病率和死亡率。最近的研究发现，作为一种程序性细胞死亡，伴有炎症反应，加剧了DCM的生长和起源。这些研究为探索DCM的潜在处理提供了理论基础。Therefore, this review aims to summarise the possible mechanisms by which pyroptosis promotes the development of DCM as well as the relevant studies targeting pyroptosis for the possible treatment of DCM, focusing on the molecular mechanisms of NLRP3 in fl ammasome-mediated pyroptosis, different cellular pyroptosis pathways associated with DCM, the effects of pyroptosis occurring in different cells on DCM和针对NLRP3炎症/热胞菌的相关药物用于治疗DCM。本评论可能为开发DCM的治疗剂提供了新的视角和基础。
引用Niemela L，Lamoury G，Carroll S，Morgia M，Yeung A和OH B（2024）探索肠道微生物组之间关系中的性别差异
严重抑郁症，也称为重度抑郁症（MDD），是一种普遍的心理和情感疾病，影响了全球估计有1.85亿人（1）。世界卫生组织将抑郁症分类为2008年全球疾病的第四个领先负担，预测表明，到2030年，它可能成为第二个领先的原因（2）。妇女受到不成比例的影响，与男性相比，患病率几乎翻了一番（1），这是发达国家和发展中国家都观察到的趋势（3）。各种理论（例如生物心理社会模型）试图阐明这种性别差异的根本原因，指出激素的差异（4、5），神经递质（5、6）和大脑结构（7，8）。最近的研究还探索了肠道微生物组和抑郁症之间的复杂关系，从而通过肠脑轴揭示了潜在的联系（9 - 31）。尽管已经取得了显着的进步，但仍然缺乏证据，以精确地阐明了驱动这些差异的机制或性别特定生物标志物的潜力。“肠道营养不良”的概念 - 肠道微生物组组成和功能的异常变化 - 作为MDD和其他精神疾病发病机理的潜在参与者的吸引力（9 - 31）。通过各种途径，包括神经，免疫和代谢机制，肠道微生物组与大脑之间的复杂通信为进一步探索提供了有希望的途径。最近的研究强调了MDD和对照组的个体之间肠道菌群组成的差异，这表明潜在的性别差异需要进一步研究（19，32 - 35）。此范围审查旨在探讨有关严重抑郁症与肠道微生物组之间关系的现有证据，尤其是在女性的背景下，同时总结了肠道微生物组的性别特定于男性和女性受试者的性别差异。
Biome确保Faba共同投资IP开发
昆士兰州（UQ）并与昆士兰理工大学（QUT），南部昆士兰州大学和独特之处合作。通过其计划，Faba旨在发展研究能力，推动商业化并为行业带来价值。BIOME与Faba及其大学合作伙伴的团队合作，为Biome的乳乳杆菌Plantarum BMB18益生菌菌株的共同研究与开发项目开发，有可能将协作和资金支持扩展到其他项目中。BIOME最近与市场分享了该公司在BMB18上成功的初始体外研究的结果，该研究强调了该菌株的功能潜力，并证明了有效调节免疫反应和炎症，减少氧化应激并维持肠道屏障完整性的能力。这种新的Faba合作伙伴关系非常适时，可以在BMB18的下一个发展阶段支持BIOME。直到项目签署的目的，Biome的合作伙伴关系都没有任何财务贡献。BIOME维护了签署所有项目和相关预算的权力，Faba及其联邦政府研究赠款将匹配。BIOME在未来两年内对合伙企业的酌处权将捐款高达55万美元。该预算仅用于Biome批准的临床研究，并将带来匹配资金的好处。作为Vision 27的核心组成部分，Biome一直在为BMB18的临床开发管道致力于。与Faba的这种合作关系可能会大大降低Biome在这种菌株的研究和发展中未来财务投资的成本。BIOME将保留与乳杆菌Plantarum BMB18相关的知识产权的100％所有权，并将保留由于该项目的绩效（免费皇室）而产生的知识产权。这一机会获得了政府的财政支持，以开发Biome的IP资产，这是BIOME的难以置信的机会，并支持