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在高丙酸和低甲烷产生的奶牛的瘤胃菌群和普雷特拉分离株的特征
瘤胃产量是瘤胃发酵过程中产生的代谢氢的主要水槽，并且是温室气体（GHG）排放的主要贡献者。个体反刍动物表现出不同的甲烷产生效率；因此，了解低甲烷发射动物的微生物特征可能会给肠甲烷提供降低的机会。在这里，我们研究了瘤胃发酵与瘤胃微生物群之间的关联，重点是甲烷产生，并阐明了在低甲烷产生的奶牛中发现的细菌的生理特征。13个荷斯坦母牛喂养基于玉米青贮饲料的总混合评分（TMR），并检查了进食消化，牛奶产量，瘤胃发酵产品，甲烷的产量和瘤胃微生物组成。使用主要成分分析将母牛分为两个瘤胃发酵组：低和高产生甲烷的牛（36.9 vs. 43.2 l/dmi消化），具有不同的瘤胃短链脂肪酸比率[（C2 + C4）/C3]（3.54 vs. 5.03）和Drul Matter（69）和Druly（69）（69）（69）（69）（69）。但是，两组之间的干物质摄入量（DMI）和牛奶产量没有显着差异。此外，两组之间分配给未经培养的Prevotella sp。，琥珀尼维利奥和其他12种细菌系统型的OTU有差异。特别是先前未经培养的新型Prevotella sp。，在低甲烷产生的母牛中的丰度更高。这些发现提供了证据表明Prevotella可能与低甲烷和高丙酸酯产生有关。但是，需要进一步的研究来改善对肠甲烷缓解涉及的微生物关系和代谢过程的理解。
疫苗诱导的对PFRH5的人单克隆抗体显示出对恶性疟原虫临床分离株的广泛中和活性
疫苗对恶性疟原虫网状细胞结合蛋白同源物5（PFRH5）的靶向寄生虫生命周期的血液阶段。pFRH5有可能触发菌株转移抗体的产生，并在临床前和早期临床研究中证明了其功效。疫苗诱导的单克隆抗体（mAb）对PFRH5表现出对来自不同地理区域的恶性疟原虫实验室菌株的有希望的结果。在这里，我们评估了疫苗诱导的抗PFRH5 mAb对遗传多样的恶性疟原虫临床分离株的功能影响。我们使用了先前从英国成年PFRH5疫苗的单个B细胞中分离出来的mAB，并使用了前体内生长抑制活性（GIA）测定法来评估其针对恶性疟原虫临床分离株的功效。下一代测序（NGS）用于评估恶性疟原虫临床分离株中遗传多样性的广度，并推断抗体易感性涉及的基因型/表型关系。我们显示了三个主要GIA组的临床分离株的剂量依赖性抑制：高，中和低。除一个分离株外，我们的数据显示，恶性疟原虫临床分离株和3D7参考菌株之间的mAb GIA谱没有显着差异，该菌株携带了疫苗等位基因。我们还观察到了MAB组合的添加剂关系，因此GIA-LOW和GIA-MEDIUM抗体的组合导致GIA增加，对多克隆IgG反应中特定克隆的贡献具有重要意义。虽然我们的NGS分析显示了PFRH5基因中新型突变的发生，但预计这些突变对已知MAB的抗原结构或识别几乎没有功能影响。我们目前的发现补充了关于抗PFRH5 mAb的菌株超然潜力的早期报道，据我们所知，这是关于恶性疟原虫临床分离株易感性的第一份报告，从自然感染对疫苗诱导的人类MAB对PFRH5的敏感性。
生产来自西班牙的大肠杆菌分离株
抗生素耐药性大肠杆菌是导致社区获得性和院内感染的主要病原体之一，发病率和死亡率较高 ( Hu et al., 2022 )。它们被认为是泌尿道感染 (UTI)、菌血症和腹腔内感染 (IAI) 的主要原因之一 ( Balasubramanian et al., 2023 )。大肠杆菌具有获得抗生素耐药基因 (ARG) 的能力，例如 bla CTX-M-15 超广谱 b -内酰胺酶 (ESBL)，并迅速在整个社区传播它们 ( Gonza ́ lez et al., 2020 )。与其他产碳青霉烯酶的肠杆菌（如肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌复合体）相比，产碳青霉烯酶大肠杆菌 (CP-Eco) 在临床环境中分离的频率并不高，但尤其令人担忧。这是因为它们的患病率正在上升（Cañada-Garc ı ́ a 等人，2022 年），人们担心它们会以类似于 ESBLs 的方式在社区中传播碳青霉烯酶基因（Gonza ́ lez 等人，2020 年）。此外，这些分离株通常对其他几种抗生素具有耐药性，因此难以治疗相关感染（Boutzoukas 等人，2023 年）。所有主要的碳青霉烯酶家族均已在 CP-Eco 中检测到 (Grundmann 等人，2017 年)，此外还有多种对临床结果产生负面影响的毒力决定因素 (C ̌ urova ́ 等人，2020 年)。所有这些促使世界卫生组织宣布 CP-Eco 是一个关键的优先问题 (Tacconelli 等人，2018 年)。在全球范围内，抗生素耐药性大肠杆菌在中高收入国家医院内感染的发生率最高，每年造成 300 万至 2500 万人感染 (Balasubramanian 等人，2023 年)。在欧洲，2015 年 CP-Eco 引起的感染人数中位数为 2,619 人，死亡人数中位数为 141 人 (Cassini 等人，2019 年)。在西班牙，CP-Eco 的发病率已从 2013 年的孤立病例（ Oteo 等人，2015 年）发展到 2019 年在西班牙 10 个不同的省份中被发现（ Cañada-Garc ı ́ a 等人，2022 年）。
放大细菌性acanthamoeba分离株的细胞内微生物组组成
Acanthamoeba是一种在水和土壤中的自由活动的变形虫，是一种新兴的病原体，引起严重的眼部感染，称为Acanthamoeba角膜炎。在其自然环境中，Acanthamoeba作为环境异养捕食者的双重功能，并为一系列抵抗消化的微生物提供了双重宿主。我们的目标是表征系统发育不同的acanthamoeba spp的细胞内微生物。在澳大利亚和印度通过直接从变形虫中测序16S rRNA扩增子。通过原位杂交和电子显微镜进一步证实了细胞内细菌的存在。在评估的51个分离株中，有41％的细胞内细菌聚集在四个主要的门中：假单胞菌（以前称为proteobacteria），杆菌（以前称为拟杆菌），拟杆菌菌，放线症（先前称为actinobacteria）和杆菌（先前已知的杆菌）（以前已知）（以前已知）（以前已知）（以前已知）。线性歧视分析效应尺寸分析确定了样本类型之间的不同微生物丰度模式；假单胞菌物种在澳大利亚角膜分离株中丰富（p <0.007），肠杆菌在印度角膜分离株中显示出更高的丰度（p <0.017），而在澳大利亚水分离株中，细菌含量丰富（p <0.019）。来自印度和澳大利亚的角膜炎患者的acanthamoeba分离株的细菌β多样性显着差异（p <0.05），而α多样性并没有根据原产国或隔离来源而变化（p> 0.05）。与临床分离株相比，在水分离株中鉴定出更多样化的细胞内细菌。共聚焦和电子显微镜证实了经历了二进制裂变宿主内二元裂变的细菌细胞，表明存在可行的细菌。这项研究阐明了Acanthamoeba中同胞生活方式的可能性，从而强调了其作为潜在人类病原体的掩体和载体的关键作用。
来自新西兰环境来源的大肠杆菌分离株的基因组序列草图
温血动物（包括鸟类）肠道中自然存在的大肠杆菌是淡水水质监测中粪便污染的常用指标，可作为粪便污染和病原体的替代指标（1）。然而，目前用于计数大肠杆菌的培养方法无法区分粪便大肠杆菌和归化或环境相关的“类大肠杆菌”菌株，也称为大肠杆菌隐蔽进化枝（2-4）。Escherichia whittamii（隐蔽进化枝 2）（5）、Escherichia ruysiae（隐蔽进化枝 3 和 4）（6）和 Escherichia marmotae（隐蔽进化枝 5）（7）是最近描述的类群，但宿主物种和环境持久性仍有待确定。该项目专注于大肠杆菌和大肠杆菌属的全基因组测序。来自环境来源（淡水、河流沉积物、水生生物膜、土壤和鸟类及哺乳动物的粪便）。菌株是在研究对比土地使用对大肠杆菌属的影响的研究中获取的，并按照之前描述的方式进行培养（8）。大肠杆菌和新大肠杆菌属的基因组数据将提供有关这些细菌在环境中存活的信息和更准确的粪便追踪，从而能够识别并迅速解决影响水道的最严重污染源。
潜力，隔离和从煤灰垃圾场中分离出细菌的特征，以从煤炭灰烬中回收镍
摘要。镍是具有工业工厂潜在用途的重金属之一。对镍的高需求导致各种努力从废物中恢复镍。通常，金属回收是使用大量化学品进行的，因此成本很高，对环境有害。使用微生物（例如细菌）回收金属是非常有前途的。因此，这项研究将使细菌与煤灰储存中分离并表征细菌，并通过生物介导过程分析这些细菌在镍恢复中的潜力。细菌分离，并将样品接种到选择性培养基中的细菌中，以在生物素料中起作用。已分离的细菌将被选择和表征。此外，这些细菌还测试了它们通过生物渗透过程从煤灰中恢复镍的潜力。生物无能的效率以确定细菌恢复镍的效力。这项研究的结果表明，成功分离了八种细菌。表征结果表明两种革兰氏阴性菌和两个革兰氏阳性细菌。在八种细菌中，与其他细菌相比，八种细菌中有四种通过良好的生长和更高的镍恢复显示了镍恢复的潜力。这些细菌也可能用于其他金属生物素器过程。
一种甲状腺素的O-抗原生物偶联物疫苗表现出针对多种肺炎肺炎分离株的差异功能抗体反应
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2023年12月12日。 https://doi.org/10.1101/2023.12.12.12.571344 doi：Biorxiv Preprint
内部分离株在药物质量控制中的作用
多年来，内部分离株在微生物质量生物学测试中的相关性，内部分离株在微生物质量生物学测试中的重要性一直是行业社区中讨论的话题。这主要是由于过去几十年中发表的多个监管指导文件，强调将内部分离株纳入培养媒体和验证研究的增长促进测试（GPT）。3-6最近，欧盟GMP附件1“无菌药品的生产”建议将代表性的局部分离物用于媒体填充材料的GPT。7,8此外，还有几种食品药物管理局（FDA）483表格观察和警告信，报道了微生物学分析中内部分离株的不包含，这证实了周围的监管期望。
与眼镜晶状体表面相关的细菌分离株的隔离和鉴定
1卡诺州立尼日利亚热带健康科学与技术学院分配学位。2验光系，盟军健康科学学院，卡诺尼日利亚贝罗大学。3尼日利亚苏美拉市Al-Istiqamah大学医学实验室科学系。4农业，科学技术学院动物健康系，尼日利亚塔拉巴州贾林戈。5 Aminu Dabo卫生科学学院牙科健康科学系，卡诺州立尼日利亚。 6 Aminu Dabo卫生科学与技术学院的分发视角系，卡诺州立尼日利亚。 7天然与药学学院微生物学系，贝耶罗大学卡诺·尼日利亚大学。 8吉伐瓦尼日利亚联邦大学杜德大学微生物与生物技术系。5 Aminu Dabo卫生科学学院牙科健康科学系，卡诺州立尼日利亚。6 Aminu Dabo卫生科学与技术学院的分发视角系，卡诺州立尼日利亚。7天然与药学学院微生物学系，贝耶罗大学卡诺·尼日利亚大学。 8吉伐瓦尼日利亚联邦大学杜德大学微生物与生物技术系。7天然与药学学院微生物学系，贝耶罗大学卡诺·尼日利亚大学。8吉伐瓦尼日利亚联邦大学杜德大学微生物与生物技术系。
羔羊的毒力和卵囊脱落轮廓的差异，在实验感染了不同分离株的孢子虫
已经描述了与隐孢子虫病相关的广泛疾病严重程度，从人类和动物宿主中的阿斯帕特斯到致命。严重程度变化的原因可能是多因素，涉及环境，宿主和寄生虫因素。本文介绍了在羊羔（寄生虫的症状宿主）中进行的两项实验性感染试验，以研究感染两种不同的隐孢子虫分离株后临床表现的变化。在第一个实验中，在<1周大的时候，对两个分离株（CP1或CP2）之一挑战了幼稚的羔羊，以测试分离株对疾病结果的影响。在第二个实验中，一组在<1周大的年龄挑战（CP1）的羔羊在6周龄时使用相同的分离株（CP1）挑战（CP1），而第二组在6周龄时的第一次挑战（CP1）。该实验检查了与年龄相关的疾病症状，卵囊脱落以及事先暴露于寄生虫对随后的同源挑战的影响。这两个分离株与动物的举止以及粪便中脱落的卵囊数量有关。腹泻的持续时间和严重程度也存在差异，尽管这些并不重要。在一次主要挑战时（<1周或6周），羔羊的年龄也导致临床结局的差异，年轻的羔羊比较老的羔羊表现出更严重的临床疾病（喂养方面的fi fi和腹泻的表现），而较老的较老羔羊实际上没有表现出感染的迹象，但仍会产生大量的oocyss ocyssst。