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识别预后生物标志物和药物靶点...
摘要：结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤之一，发病率和死亡率较高。越来越多的证据表明，长链非编码RNA（lncRNA）和蛋白编码RNA通过竞争相同的微小RNA反应元件（MRE）相互作用，在多种肿瘤类型的基因表达调控中发挥重要作用。但lncRNA介导的竞争性内源性RNA网络在结肠癌中的调控机制和预后作用尚不清楚。从The Cancer Genome Atlas数据库下载了471例结肠癌和41例癌旁组织样本的mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱，构建了结肠癌的lncRNA‑miRNA‑mRNA ceRNA网络，由17个枢纽lncRNA、87个枢纽miRNA和144个枢纽mRNA组成。分析了网络的拓扑特性，并使用随机游走算法识别与结肠癌显着相关的节点。使用 UALCAN 数据库进行的生存分析表明，17 个 lncRNA 中有 2 个被识别为[转移相关肺腺癌转录本 (MALAT1) 和母体表达基因 3 (MEG3)] 和
2021; 17(1): 220-235. doi: 10.7150/ijbs.50730 综述 长链非编码 RNA：肝细胞癌治疗和诊断的潜在生物标志物和靶点
肝细胞癌 (HCC) 是全球癌症相关死亡的主要原因之一。越来越多的研究表明，长链非编码 RNA (lncRNA) 是一类长度超过 200 个核苷酸但缺乏编码蛋白质能力的新 RNA，在 HCC 的发生和发展中起着至关重要的作用。lncRNA 通过调节下游靶基因表达和癌症相关信号通路促进肿瘤细胞的增殖、迁移、侵袭、自噬和凋亡。同时，lncRNA 可用作预测 HCC 治疗策略（例如手术、放疗、化疗和免疫治疗）疗效的生物标志物，并可作为 HCC 诊断和治疗的潜在个性化工具。在本综述中，我们概述了 lncRNA 作为 HCC 手术、放疗、化疗耐药、靶向治疗和免疫治疗的潜在生物标志物的最新发现，并讨论了 lncRNA 作为 HCC 诊断和治疗工具的潜在临床应用。
基于图神经网络预测 lncRNA 与药物的关联
LncRNA 是一类重要的非编码 RNA，据报道与多种人类病理状况有关。越来越多的证据表明药物可以调节 lncRNA 的表达，这使得将 lncRNA 开发为治疗靶点成为可能。因此，开发预测 lncRNA-药物关联 (LDA) 的计算机方法是开发基于 lncRNA 的疗法的关键步骤。在本研究中，我们使用基于 lncRNA 和药物相似性网络的图卷积网络 (GCN) 和图注意力网络 (GAT) 来预测 LDA。结果表明，我们提出的方法在五个数据集上取得了良好的性能（平均 AUC > 0.92）。此外，案例研究和 KEGG 功能富集分析进一步证明该模型可以有效识别新型 LDA。总体而言，本研究提供了一个基于深度学习的预测新型 LDA 的框架，这将加速针对 lncRNA 的药物开发进程。
综述裂殖酵母和哺乳动物中长 RNA 介导的染色质调控
从酵母到哺乳动物，真核生物基因组可以根据发育或环境状态进行广泛转录。据估计，大多数裂殖酵母 (S. pombe) 和人类基因组都具有转录能力 [1,2]。尽管蛋白质编码基因在所有转录基因组单位中只占极小部分，但它们在历史上获得了最多的研究关注。然而，鉴于新一代测序和基因组编辑方法的最新进展，人们越来越多地参与阐明编码调控 RNA 的基因的功能相关性。这些包括非编码 RNA 和具有编码和非编码双重属性的双功能 RNA。非编码基因的转录产物可大致分为小分子非编码 RNA 或长分子非编码 RNA (lncRNA)。小的非编码 RNA 长度小于 200 个核苷酸，主要包括微小 RNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA)、tRNA 衍生的小 RNA (tsRNA) 和 piwi 相互作用 RNA (piRNA)。它们在转录组和染色质调控中的作用已在其他地方进行了广泛综述，本文将不再赘述 [3–8]。长 RNA（长度 > 200 个核苷酸）称为长的非编码 RNA (lncRNA)，据信不会翻译成蛋白质。与信使 RNA (mRNA) 相比，许多 lncRNA 的序列保守性较差，稳定性较差，主要存在于细胞核内。在酵母、植物和动物中，编码 lncRNA 的基因数量远远超过编码 mRNA 的基因数量 [9–12]，这表明真核生物中存在大量无功能转录噪音，或者仍有许多功能性 RNA 有待鉴定。然而，有人争论说，一些注释的 lncRNA 可能被错误注释，并且可以翻译 [13–15]。这种想法得到了核糖体
lncRNA介导的凋亡在心血管疾病中的作用
心血管疾病（CVD）是全球死亡的主要原因。凋亡是一种独特的程序性细胞死亡，从形态学，机械上和病理生理上因细胞凋亡和坏死而异。长期非编码RNA（LNCRNA）被认为是有希望的生物标志物和治疗靶标，用于诊断和治疗各种疾病，包括心血管疾病。最近的研究表明，LNCRNA介导的凋亡在CVD方面具有显着性，并且与凋亡相关的LNCRNA可能是预防和治疗特定CVD的潜在靶标，例如糖尿病性心脏病（DCM），DCM），触及式（Athersosclorsis（DCM），动脉粥样硬化（As）和Myocartial（Myocartial）（Myocartial）（Myocartial（Myocartial）（Myocartial（Myocartial））。在本文中，我们收集了先前关于LNCRNA介导的凋亡的研究，并研究了其在几种心血管疾病中的病理生理学意义。有趣的是，某些心血管疾病模型和治疗药物也受到LNCRNA介导的凋亡调控的控制，这可能有助于鉴定新的诊断和治疗靶标。发现与凋亡相关的LNCRNA对于理解CVD的病因至关重要，并且可能导致预防和治疗的新目标和策略。
Rho相关激酶在肺癌中的作用（综述） 在... 中长期非编码RNA的机制和功能 低氧诱导因子2α在肺癌中的作用（综述） 当前的患者衍生肿瘤的研究发展... 内质网应激诱导的细胞死亡作为... TERT及其潜在治疗的肿瘤效应... 依维莫司治疗和副作用：系统评价... 肺癌患者的皮肤不良反应... 新辅助治疗的治疗模式和进度... 乳腺癌中的酪氨酸激酶抑制剂（审查） ... 的细胞穿透肽指导的最新应用 通过... 评估心脏剂量预测的准确性
摘要。神经胶质瘤是成年中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤之一，在I -IV之间具有恶性等级。在这四个年级中，胶质母细胞瘤是最恶性和侵略性的肿瘤类型，其特征是预后不良，高复发率和初始诊断后的中位生存时间短。现有的治疗方法，例如放疗，化学疗法和手术切除术，治疗作用差；因此，发现新颖的靶向疗法以增强治疗作用并改善预后是必要的。最近，越来越多的证据表明，长期非编码RNA（LNCRNA）参与了绝大多数关键的生理和病理过程。此外，LNCRNA的异常表达水平与神经胶质瘤和其他恶性表型的发生和发展密切相关。本评论总结了对LNCRNA在表观遗传，转录和转录后水平上的功能和机制的新见解，描述了它们在神经胶质瘤中编码功能肽的能力，并将其临床潜力作为新的生物标志物和前瞻性治疗靶标讨论。
FGF/FGFR改动的景观...
背景：门静脉肿瘤血栓形成（PVTT）是晚期肝细胞癌（HCC）的频繁而严重的并发症，通常会导致预后不良。尽管PVTT具有显着的临床相关性，但驱动其形成的分子机制尚不清楚。长的非编码RNA（LNCRNA）已成为PVTT进展的潜在贡献者，促使这项研究探索LNCRNA作为PVTT的潜在生物标志物。方法：我们分析了来自基因表达综合的公开可用数据集，以识别三个比较的差异表达的LNCRNA和mRNA：正常与HCC，正常与PVTT和HCC与PVTT。转录曲线，并使用在线数据库筛选了与HCC和PVTT特异性LNCRNA相互作用的蛋白质，表明所有相互作用的蛋白质都是转录因子（TFS）。我们通过从每次比较中与TF靶基因与差异表达的基因（DEG）相交的LNCRNA – TF – TF -TARGAT基因调节网络。蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络分析以识别关键簇和集线器基因，并突出显示了AR和ESR1之类的TF。进行了基因本体分析，以了解调节网络的生物学功能。结果：该研究确定了正常，HCC和PVTT样品的不同转录曲线。构建了涉及LNCRNA，TFS和靶基因的关键调节网络，并将包括AR和ESR1在内的重要集线器基因确定为潜在的治疗靶标。PPI网络分析揭示了与PVTT进展相关的重要集群，而基因本体分析则提供了对相关生物学功能的见解。结论：本研究提出了一个新的理解LNCRNA – TF介导的基因调节的框架。它确定了潜在的治疗靶标和预后生物标志物，这些靶标可以促进PVTT的靶向疗法的开发，从而提供新的机会来改善临床结果。
lncrna Hotair调节Atorvastatin HEPG2处理的细胞中HMGCR基因的功能= DIV>
简介：他汀类药物是诊所中使用的批准药物之一，该药物是为了减少患者血液中胆固醇量的规定。然而，该药物在减少脂肪量和副作用的发生中的影响在患者中并不相同。由于LNCRNA在调节基因表达中的关键作用，Hotair LncRNA和Atorvastatin处理在调节HMGCR基因表达作为胆固醇合成中的主要调节剂中的可能作用。方法：通过文献综述，确定了几种在细胞维持和稳态中发挥作用的LNCRNA。生物信息学分析用于在HMGCR基因和候选LNCRNA之间找到常见的调节因素。MTT分析用于确定HEPG2细胞系中阿托伐他汀治疗的最佳剂量。RNA提取，cDNA合成和基因表达的定量分析通过qPCR进行。最后，通过蛋白质印迹技术评估了HMGCR蛋白表达。结果：生物信息学分析表明，HMGCR表达与某些LNCRNA之间存在关系（Hotair，Tug1，Malat1，Gas5，JPX，DLX6AS）。在细胞培养物中，阿托伐他汀治疗增加了HMGCR在mRNA和HEPG2细胞系中蛋白水平的表达。在候选LNCRNA中，在Atorvastatin治疗下，Hotair LncRNA表达降低了80％。下调热水基因导致在RNA和蛋白质水平下的HMGCR表达增加。关键字：胆固醇，阿托伐他汀，HMGCR，lncrna Hotair，基因表达结论：这项研究的结果表明，除了阻止HMGCR酶结合位点外，Atorvastatin还可以通过更改HOTAIR表达来调节HMGCR mRNA和蛋白质的表达。
相关的LNCRNA模型用于预测
子宫菌群子宫内膜癌（UCEC）是发达国家最普遍的恶性肿瘤之一，每年有50,000多人死亡（1）。随着人口的年龄和环境污染的增加，UCEC的发病率和死亡率也上升。年龄，种族和先前恶性肿瘤病史等因素与UCEC的发作密切相关（2,3）。尽管有多种治疗选择，例如手术，放疗和化学疗法，但UCEC仍然容易转移和饲养（4）。基于RNA的治疗剂最近被发现是通过RNA疫苗，RNA免疫调节和RNA干扰来对抗癌症的重要策略（5）。长的非编码RNA（LNCRNA）由200多个核苷酸组成，显示出越来越多地参与各种恶性癌的进展（6）。lncRNA通过靶向miRNA轴（7），参与UCEC细胞增殖，侵袭和代谢变化。实验研究表明，Linc00958调节IGF2BP3的功能，因此参与UCEC的肿瘤发生和进展（8）。鉴于这些关键特征，LNCRNA逐渐成为UCEC的新型诊断和预后生物标志物。
长的非编码RNA malat1
长的非编码RNA（LNCRNA）在生物学的许多方面都具有新兴的作用。据报道，lncRNA可以充当癌基因，并且在各种癌症类型中都改变了。其中，与转移相关的肺腺癌转录本1（Malat1）是一种高度表达的lncRNA，在多种癌症类型中，与患者的疾病进展有关。在乳腺癌患者的转移性病变中，Malat1高度上调。在临床前乳腺癌模型中，遗传学和药理抑制MALAT1导致肿瘤结构的变化以及涉及上皮 - 间质转变（EMT）的基因改变引起的转移的变化。