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胃癌中的非编码 RNA：对耐药性的影响
胃癌是全球第四大常见恶性肿瘤，也是癌症相关死亡的第三大原因。晚期胃癌患者可显著受益于化疗，包括阿霉素、铂类药物、5-氟尿嘧啶、长春新碱和紫杉醇以及靶向治疗药物。然而，原发性耐药或获得性耐药最终导致胃癌患者治疗失败和预后不良。胃癌耐药的详细机制已被揭示。有趣的是，不同的非编码 RNA (ncRNA)，如微小 RNA (miRNA)、长链非编码 RNA (lncRNA) 和环状 RNA (circRNA)，与胃癌发展密切相关。多种证据表明，ncRNA 在胃癌对化疗药物和靶向治疗药物的耐药性中起着至关重要的作用。在这篇综述中，我们系统地总结了 ncRNA 影响胃癌耐药性的新兴作用和详细分子机制。此外，我们提出了 ncRNA 作为胃癌新治疗靶点和预后生物标志物的潜在临床意义。
LncRNA NFYC-AS1 通过自噬、细胞凋亡和 MET/c-Myc 致癌蛋白促进肺腺癌的发展
Li 等人分析了来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库的肺腺癌 (LAUD) 的 RNA-seq 数据和 miRNA-seq 数据，以鉴定关键的 lncRNA 并确定分子发病机制。核转录因子 Y 亚基 C 反义 RNA 1 (NFYC-AS1) 被揭示为一种潜在的预后生物标志物 (14)。然而，作者并没有进一步验证 NFYC-AS1 在肺癌细胞系中的作用。关于 NFYC-AS1 功能的研究很少。例如，van der Plaat 等人通过分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据发现 NFYC-AS1 可能在从不吸烟者的气流阻塞中发挥作用 (15)。然而，作者也没有在细胞系或动物模型中进一步验证 NFYC-AS1 的功能。目前，尚无关于NFYC-AS1基因的分子功能、表型、动物模型、miRNA、转录因子靶点或HOMER转录等的数据。后续分子检测表明，NFYC-AS1可能通过自噬和凋亡以及MET/c-Myc致癌蛋白促进LAUD的增殖。
癌症中的非编码 RNA：研究基因组“暗物质”的平台和策略
发现非编码 RNA（ncRNA）在恶性肿瘤发生和发展中的作用是癌症遗传学的一个有前途的前沿。很明显，ncRNA 是治疗干预的候选对象，因为它们可以作为生物标志物或癌症基因网络的关键调节器。最近，ncRNA 的分析和测序揭示了人类癌症中的深度失调，这主要是由于 ncRNA 生物发生的异常机制，例如扩增、缺失、异常的表观遗传或转录调控。虽然失调的 ncRNA 可能会促进癌症作为致癌基因的特征或拮抗它们作为肿瘤抑制因子，但这些事件背后的机制仍有待阐明。新的生物信息学工具以及新分子技术的开发为揭示基因组“暗物质”的作用提供了一个具有挑战性的机会。在这篇综述中，我们重点介绍了目前可用的平台、计算分析和实验策略，以研究癌症中的 ncRNA。我们重点介绍了旨在剖析 miRNA 和 lncRNA（研究最多的 ncRNA）的实验方法之间的差异。考虑到这两类 ncRNA 的内在特征（例如长度、结构以及相互作用的分子），它们确实需要进行不同的研究。最后，我们通过考虑从实验室到临床转化的前景和挑战，讨论了 ncRNA 在临床实践中的相关性。
肝癌个性化医学液体活检的基因组景观
摘要。肝细胞癌（HCC）是全球第六位最常见的癌症，也是与癌症相关的死亡的第三大主要原因。高级HCC患者的存活率较差，这需要发现新型的清晰生物标志物用于HCC早期诊断和预后，鉴定危险因素，将HCC与非HCC肝病区分开，并评估治疗反应。液体活检已成为一种新型的微创方法，可以监测肿瘤进展，转移和复发。由于液体活检分析在癌症早期检测中具有相对较高的特异性和低灵敏度，因此存在偏见的风险。下一代测序（NGS）技术提供了包括无细胞循环肿瘤DNA（CTDNA），循环肿瘤细胞（CTC）（CTC）的准确，全面的基因表达和突变分析，以及包括微小圆锥体（EVS）的基因组成分（Miro-Rncrn和MirnaS），长-COD和长-COD（lnnaS），长-COD），长-COD（EVS），长-COD（EVS）。 RNA（circrnas）。由于HCC是一种高度异质性癌症，因此HCC患者可以显示各种基因组，表观基因组和转录组模式，并且对治疗方案的敏感性有所不同。标识
数据库
摘要：癌症和心血管疾病是全球主要的死亡原因。最近的证据表明，这两种危及生命的疾病在疾病进展中具有几个共同的特征，例如血管生成、纤维化和免疫反应。这导致了心脏肿瘤学这一新领域的出现。阿霉素是一种广泛用于治疗癌症（例如膀胱癌和乳腺癌）的化疗药物。然而，这种药物会引起严重的副作用，包括急性心室功能障碍、心肌病和心力衰竭。基于这一证据，我们假设比较用阿霉素治疗的细胞和组织的表达谱可能会对该药物对细胞活动的不良影响产生新的见解。为了验证这一假设，我们分析了已发表的阿霉素治疗细胞的 RNA 测序 (RNA-seq) 数据，以识别常见的差异表达基因，包括长链非编码 RNA (lncRNA)，因为它们已知在患病组织和细胞中失调。通过系统分析，我们鉴定出多个阿霉素诱导基因。为了证实这些发现，我们用阿霉素处理人类心脏成纤维细胞，以记录选定的阿霉素诱导基因的表达变化，并对 lncRNA MAP3K4-AS1 进行功能丧失实验。为了进一步传播分析数据，我们建立了网络数据库 DoxoDB。
肠道菌群和 RNA 在代谢疾病中的协同作用：机制和治疗见解
肠道微生物群通过影响免疫反应、消化和代谢稳态，在人类代谢健康中发挥着关键作用。最近的研究强调了肠道微生物群和 RNA（尤其是非编码 RNA）在调节代谢过程中的复杂相互作用。肠道微生物群失调与代谢紊乱有关，例如 2 型糖尿病、肥胖症、代谢相关脂肪肝病 (MAFLD) 和代谢性心脏病。微生物代谢物，包括短链脂肪酸 (SCFA)，会调节 RNA 表达，影响脂质代谢、葡萄糖调节和炎症反应。此外，微小 RNA (miRNA) 和长链非编码 RNA (lncRNA) 是这些过程中的关键调节因子，新兴证据表明肠道衍生的代谢物会影响转录后基因调控。本综述综合了目前对肠道微生物群-RNA 轴及其在代谢疾病中的作用的理解。通过探索分子机制，特别是肠道微生物群信号如何调节 RNA 通路，该综述强调了针对该轴进行治疗干预的潜力。此外，它还研究了菌群失调如何导致表观遗传变化（如 m6A RNA 甲基化），从而导致疾病的发病机制。这些见解为预防和治疗代谢疾病提供了新的视角，并可能应用于个性化医疗。
利用长的非编码RNA和圆形RNA作为三阴性乳腺癌治疗的药理靶标
摘要：乳腺癌是全球女性癌症死亡最常见的原因之一。特别是三阴性乳腺癌（TNBC）代表了最具侵略性的乳腺癌亚型，因为它的特征是没有分子靶标，因此使其成为孤儿的恶性肿瘤类型。必须发现新分子可药靶标的是提高治疗成功。在这种情况下，非编码RNA代表了调节癌症的机会。它们是显然没有蛋白质编码潜力的RNA分子，已经证明已经在细胞中发挥关键作用，参与了不同过程，例如增殖，细胞周期调节，凋亡，迁移，迁移和疾病，包括癌症。可以肯定的是，它们可以用作未来TNBC个性化疗法的靶标。此外，非编码RNA的独特特征使它们成为可靠的生物标志物来监测癌症治疗，从而监测复发或化学抗性，这是TNBC中最具挑战性的方面。在本综述中，我们专注于长期非编码RNA（LNCRNA）和循环RNA和圆形RNA（CIRCRNA）的致癌或造成抑制作用的作用，主要参与TNBC，强调了它们的作用方式，并将其潜在的作用描述为潜在的生物标志物和/或针对新的非编码RNNA-NORDECED READICTRICTICTICTRAICT。
长期的非编码RNA Charme通过控制发育中心的细胞分化程序来监督心肌细胞的成熟
抽象的长期非编码RNA（LNCRNA）成为心脏物理学和疾病的关键调节因子，尽管揭示其作用方式的研究仍然仅限于很少的例子。我们最近确定了PCHARME，这是一种与染色质相关的LNCRNA，其在小鼠中的功能敲除导致心脏肌肉的肌生成和形态重塑。在这里，我们结合了基因表达（CAGE），单细胞（SC）RNA测序和整个原位杂交分析的帽盖 - 分析，以研究PCHARME心脏的表达。自心肌生成的早期步骤以来，我们发现lncRNA专门局限于心肌细胞，在那里它有助于形成含有MATR3的特定核冷凝物，以及心脏发育的重要RNA。与这些活性的功能性意义一致，小鼠的PCHARME消融导致心脏囊肿的成熟延迟，这最终导致心室心肌的形态改变。由于心肌的先天异常在人类上与临床相关，并且患者倾向于重大并发症，因此控制心脏形态的新基因的鉴定变得至关重要。我们的研究为促进心肌细胞成熟的新型LNCRNA介导的调节机制提供了独特的见解，并与Charme基因座有关未来的疗法应用。
长的非编码RNA THBS1-AS1通过调节TGFBR1
心脏纤维化与心血管疾病的不良预后有关，导致心脏依从性降低，最终导致心力衰竭。最近的研究已经确定了长未编码RNA（LNCRNA）在心脏纤维化中的作用。然而，许多LNCRNA在心脏纤维化中的功能仍有待表征。通过在压力过载诱导的心脏纤维化的小鼠模型上进行全转录组测序和生物信息学分析，我们筛选了一个称为血小板素1反义1（THBS1-AS1）的关键LNCRNA，这与心脏纤维化呈正相关。体外功能研究表明，THBS1-AS1的沉默改善了TGF-β1对心脏成纤维细胞（CF）激活的影响，THBS1-AS1的过表达表现出相反的作用。一项机械研究表明，THBS1-AS1可以旋转miR-221/222来调节TGFBR1的表达。此外，在TGF-β1刺激下，miR-221/222或敲低TGFBR1的强制表达显着逆转了通过进一步CF激活引起的THBS1- AS1过表达。体内，活化CFS中THBS1-AS1的特异性敲低显着缓解了小鼠的横向主动脉收缩诱导的（TAC诱导的）心脏纤维化。最后，我们证明了人类THBS1-AS1也可以通过调节TGFBR1来影响CF的激活。总而言之，这项研究表明，LNCRNA THBS1-AS1是一种潜在的新型心脏纤维化调节剂，可以作为治疗心脏纤维化的靶标。
非编码 RNA 作为发展中的新兴参与者......
非编码RNA（ncRNA），包括微小RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA），占据了人类转录组的重要组成部分。这些RNA因无法编码功能性蛋白质而被视为“垃圾”。然而，从过去20年的研究中可以明显看出，这些ncRNA在转录和转录后水平的基因调控中起着关键作用，并控制各种生物途径、细胞生理、发育过程和疾病发病机制，包括癌症。最近，这些ncRNA因其特异性表达和在各种癌症的诊断、预后和治疗中的良好应用而受到广泛关注（Piergentili et al.，2022；Uppaluri et al.，2023）。在本研究主题中，我们很高兴能呈现四篇出色的文章，这些文章既涵盖原创研究，也涵盖评论，讨论了该领域的最新进展，重点关注 ncRNA 在癌症的发展、诊断和治疗以及抗癌疗法耐药性中的作用。癌症是全球负担，2020 年有 1000 万人死亡，肺癌是最常见的癌症，占新病例总数的 12.4% 和癌症死亡总数的 18.7%。大多数肺癌患者由于缺乏早期临床症状而被诊断出癌症已到中晚期。曹等人。