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特刊 - 微生物组影响的基因组分析...
我们很高兴地宣布一个有关“微生物组对人类疾病的影响”主题的特殊问题，该问题旨在为研究人员提供一个平台，以提出其在微生物组的基因组分析领域的最新发现和进步，及其对人类健康和疾病的深远影响。人类微生物组在维持人类健康中起着至关重要的作用，并且与各种疾病的发展有关。基因组分析技术的最新进步已彻底改变了我们研究微生物组与人类疾病之间复杂关系的能力。本期特刊将着重于基因组分析工具的应用，包括宏基因组学，元文字组学和元蛋白质组学，以揭示微生物组的遗传和功能多样性及其对人类健康和疾病的影响。我们期待您对这一特殊问题的宝贵贡献，并相信其页面中共享的集体知识将极大地有助于我们对微生物组的基因组分析及其对人类健康和疾病的影响。
A*STAR 工程生物学小型研讨会
Ian Paulsen 是膜转运、微生物基因组学、宏基因组学、系统生物学、生物信息学和合成生物学领域的世界领先研究人员。他曾是澳大利亚研究理事会 (ARC) 桂冠研究员。Ian 目前是澳大利亚研究理事会 (ARC) 价值 5000 万美元的合成生物学卓越中心和澳大利亚基因组研究所的主任。他的其他荣誉包括麦考瑞大学杰出教授、澳大利亚科学院院士和新南威尔士皇家学会院士。Paulsen 是 ISI 高被引研究员，汤森路透将他评为全球 3000 位最具影响力的科学家之一。他已发表论文 350 多篇，H 指数为 126。他发表的作品引起了媒体的广泛关注，包括过去两年接受 7 频道新闻的两次采访，以及 ABC、华盛顿邮报和纽约时报等众多电台和报纸的采访。
生物学362 - 基因组学的实践技能
日期Lect/ Lab Title（暂定）1月10-W LEC.1。课程简介11-实验室1简介 /实验设计 /安全分配1应务：项目建议17-W LEC。2。采样详细信息第18实验2学生有组织的抽样24-W LEC。3。核酸提取方法25-第25实验室3 DNA提取I：提取31-W LEC。4。宏基因组学简介2月1日实验室4 DNA提取II：样品清理7-W LEC 5。聚合酶链反应（PCR）技术8-第8实验室5 DNA质量控制：纳米旋风，Qubit和PCR 14-W LEC.6 ngs：背景和应用15-第15-th Lab 6凝胶电泳；教程：如何撰写简介作业2应得：五个来源的注释参考书目21-W和22-第22读的阅读休息时间：没有讲座，没有实验室28-W LEC 7 Illumina DNA测序I（图书馆生产）29-第29-th Lab 7 Illumina Library Production
兽医学院研究日2024
Goldberg博士是美国威斯康星大学麦迪逊分校的流行病学教授，约翰·D·麦克阿瑟研究主席。他获得了学士学位1990年来自阿默斯特学院的生物学和英语，他的博士学位。 1996年从哈佛大学获得了生物人类学，以及他的兽医医学博士和2000年的流行病学医生，于2000年从伊利诺伊大学的Urbana-Champaign大学获得。Goldberg博士的研究将流行病学研究设计与宏基因组学中的基于实验室的方法相结合，以“狩猎”未知病因的原因。他使用社会科学中的方法将结果发现与病原体出现的根源驱动因素联系起来，其中许多人都取决于人类活动。Goldberg博士专注于威胁野生动植物和危险生态系统服务的疾病，无论这些疾病是否是人畜共患病。他的总体目标是改善动物和人的健康和福祉，同时帮助保护我们分享的快速变化的生态系统。
在微生物组中微生物裂解中的遗传潜能与代谢调节和表达之间的解耦
抽象的宏基因组学，元文字组学和元蛋白质组学用于探索酶分泌的微生物能力，但是在生态系统中，pro tein te-tein编码基因与相应的转录本/蛋白之间的联系是毫无疑问的。By conducting a multi-omics comparison focusing on key enzymes (carbohydrate-active enzymes [CAZymes] and peptidases) cleaving the main biomole cules across distinct microbiomes living in the ocean, soil, and human gut, we show that the community structure, functional diversity, and secretion mechanisms of microbial secretory CAZymes and peptidases vary drastically between微生物组在主质，元文字和元蛋白质组水平上。由于主要参与者对有机物物质源和浓度的不同反应，这种变化导致cazymes与肽酶之间从遗传潜能到蛋白质表达的decouper质关系。我们的结果强调了对有机物上微生物裂解的因素进行系统分析的需求，以更好地将OMICS数据与生态系统过程联系起来。
生物学与化学学院的土壤分子微生物科学与工程学院的全额资助
科学，瑞安学院的申请邀请了合格的合格候选人，从2024年9月开始，从2024年9月开始，隶属于科学与工程学院，生物学与化学科学学院，瑞安大学瑞安学院。与盖尔韦大学的Alexandre de Menezes博士（分子微生物生态学和土壤微生物学）组合获得了一项完整的4年博士学位奖学金。作为该项目的一部分，将分析影响土壤一氧化二氮排放的微生物过程。该项目将包括分子生态技术，DNA和RNA测序，分析化学（气相色谱和质谱法）和机器学习方法。项目描述。农业土壤是温室气体（GHG）排放的重要来源。要控制农业温室气体排放，必须了解产生它们的生物学过程。该项目将研究一个被忽视的过程，该过程会影响土壤微生物氮循环，这是有效的温室气体氧化二氮的主要来源之一。我们的长期视野是利用土壤的自然硝化抑制过程，以减轻土壤一氧化二氮，并支持低排放，可持续农业。博士生将与博士后研究员和研究助理紧密合作。生活津贴（津贴）：€22,000欧元每年的大学费：学费将支付4年。成功的候选人将进行土壤缩影实验，并使用分子生物学，微生物组测序，射击枪宏基因组学和元文字组学来表征土壤气体与土壤碳和氮气循环之间的关系。开始日期：2024年9月至2024年10月（可以协商）。学术入学要求：生物学，微生物学，生物化学，环境科学，生态学或相关领域的BSC和/或MSC。候选人必须具有良好的学术英语写作和口语能力。对宏基因组学，生物信息学，机器学习和环境可持续性的强烈兴趣将是一个优势。申请奖学金：请发送您的简历，一份利益声明，包括先前的研究经验的摘要（最多1页），成绩单的副本和至少两名裁判的联系方式到Alexandre.demenezes@universityofgalway.ie。联系人名称：Alexandre de Menezes博士。联系电子邮件：Alexandre.demenezes@universityofgalway.ie。应用程序截止日期：12/07/2024 at 23:59
自然科学 - An-Najah 期刊
摘要 ：在全球范围内，结直肠癌 (CRC) 是癌症相关死亡人数的第二大疾病。尽管人们认为 CRC 是遗传与环境相互作用的结果，但多项证据表明肠道菌群在增加炎症和肿瘤生长方面发挥了作用。人体肠道菌群由大约 40 万亿个细菌组成。下一代测序技术和宏基因组学促进了对肠道微生物生态学的理解，并促进了肠道菌群与结直肠癌之间的联系。在人类和动物模型上进行的大量研究强调了特定肠道细菌（如具核梭杆菌、具有肠毒性的脆弱拟杆菌和大肠杆菌）在结直肠癌 (CRC) 的发展和进展中起着关键作用。宏基因组学研究为肠道菌群在 CRC 诊断、预防和治疗中的应用开辟了新方向。本综述概述了肠道微生物群对结直肠癌发展的贡献及其可能的治疗用途。
细菌性传播感染的直接测序技术
There is an important role for direct sequencing of patient samples to complement traditional culture-based methods for bacterial sexually transmitted infections (STIs), effectively overcoming limitations posed by fastidious or unculturable pathogens such as Neisseria gonorrhoeae , Treponema pallidum , Mycoplasma genitalium and Chlamydia trachomatis .元基因组技术有效性可以在没有培养的分离株的情况下对抗菌耐药性（AMR），应变键入和微生物组分析进行分析，从而为理解流行病学趋势和指导目标疗法提供关键信息。尽管取得了重大进展，但Chal Lenges仍然存在，例如成本，生物信息学的复杂性和道德考虑。本文讨论了当前的应用，技术创新和未来的前景，将宏基因组学整合到常规的细菌性STI监视中，强调需要确定成本和时间效益的工作流以及增强基因组数据的可访问性。通过应对这些挑战，直接测序有望填补AMR监测和病原体键入中的关键空白，从而提供了新的途径，以增强公共卫生策略，以打击全球细菌性传播疾病。
更新了有关微生物组在...
心血管疾病（CVD），包括冠状动脉疾病，中风，心力衰竭和高血压，是全球主要的死亡原因，占全球死亡人数的30％以上。尽管已经了解了CVD的危险因素，并且已经建立了各种治疗方法和预防措施，但由于生活方式的变化以及现代一代的预期增加，CVD的死亡率和CVD的财务负担预计会随着时间的推移而成倍增长。宏基因组学和代谢组学分析的最新进展已确定肠道微生物组及其相关代谢物是CVD的潜在危险因素，这表明有可能开发针对CVD的更有效的新型治疗策略。此外，越来越多的证据表明，企业与细菌植物的比率发生了变化以及微生物依赖性代谢产物的失衡，包括短链脂肪酸和三甲胺N氧化物，在CVD的病原体中起着至关重要的作用。然而，到目前为止，确切的作用机理仍未确定。在这篇综述中，我们关注肠道微生物组的组成变化和
肺癌患者肠道中的念珠菌扩张与生态特征相关，该症状支持不良生物条件下的生长
人类肠道中的念珠菌物种过度生长被认为是侵入性念珠菌病的先决条件，但是我们对促进或限制这种过度生长的肠道细菌的理解仍然受到限制。通过从75名男性和女性癌症患者的粪便中整合横截面的真菌病和shot弹枪元基因组学数据，但没有全身性念珠菌病，高念珠菌样品中的细菌群落显示出比低念珠菌样本中的较高的代谢功能，但具有更高的贡献多样性。我们开发的机器学习模型仅使用细菌分类单元或功能相对丰度来预测外部验证队列中的念珠菌属和物种水平，而AUC为78.6 - 81.1％。我们提出了一种基于产生乳酸细菌的增加的肠道念珠菌过度生长的机制，该机制与调节短链脂肪酸和氧气水平的细菌的降低相吻合。在这些条件下，念珠菌将乳酸作为营养源的能力可能使念珠菌能够在肠道中占据其他真菌。