XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemmicrobes
好和坏微生物louna colaert
您向我们展示了幼苗中的微生物群多样性与初始接种物和种子中的幼苗不同。实验是使用未杀伤的土壤进行种子进行的。在调查与幼苗相关的社区时，您是否在播种之前/播种后播种之前曾看过土壤社区？土壤对菌群种子对种子演变的变化的可能影响如何？LCS：谢谢！的确，幼苗微生物群是由种子菌群和环境（包括土壤菌群）的植物组装的。我们在播种前后都表征了土壤社区。我们的接种菌株在土壤中没有发现，但是接种似乎在植物的第一个发育阶段会影响根际群落（Arnault等人2024 FEMS）。我们目前正在研究影响合成群落对植物的鲁棒性的鲁棒性的条件，而土壤微生物群是我们将考虑的一个因素。关于种子健康图像数据库平台，您将启动。ISTA将如何包括参与种子病理学的每个人并验证图片是否与确定的名称相关？看到种子主要由农民使用，这将如何与他们共享？rb：种子健康图片数据库（DB）是一个数据库，其目标是作为科学家的1个教育数据库，也可以作为种子科学家的参考DB。对好图片的监视是在输入提交时提供帮助的专家和审阅者的帮助。请在右侧放大图片以获取更多信息。
利用微生物调节动物生理
合成生物学的一个核心目标是重新编程用于预定生物学功能的生活系统。尽管在生活系统中已经做出了许多工程工作，但这些创新主要用于微生物或细胞系。由于这些系统的复杂性，包括动物在内的多细胞生物的工程仍然具有挑战性。在这种情况下，微生物对动物的复杂影响开放了新的机会。通过使用微生物与动物之间的共生关系，研究人员使用工程微生物有效地操纵了动物。这种集中的方法表明了它在模型动物，珊瑚保护和恢复以及人类健康方面的进步方面具有重要意义。
共生肠道微生物及其代谢物针对细菌病原体的保护作用
抽象的多药微生物已成为全球主要的公共卫生问题。肠道微生物组是用于保护人体免受病原体的生物活性化合物的金矿。我们使用了一种多摩学方法，该方法通过代谢组分析整合了74个共生肠道微生物组分离株的全基因组测序（WGS），以发现它们与沙门氏菌和其他抗生素耐药病原体的代谢相互作用。我们根据WGS注释曲线评估了这些选定分离株的功能潜力差异。此外，确定了选定的共生肠道微生物组分离株的共培养上清液中最大的代谢产物，包括一系列二肽，并检查了其防止各种抗生素抗性细菌生长的能力。我们的结果提供了令人信服的证据，表明肠道微生物组会产生代谢产物，包括可能应用于抗感染药物的二肽的化合物类别，尤其是针对抗生素耐药的病原体。我们既定的肠道微生物组生物活性代谢产物的发现和验证的管道是作为多种耐药感染的新候选者，这是发现抗菌铅结构的新途径。
Curaçao的暮光区中与海绵相关的微生物
位于海洋“暮光区”中的抽象中性礁是珊瑚礁，存在于相对深的水域，范围从表面以下约30至150 m不等。这些礁石位于常规水肺潜水的范围之外，通常使用先进的潜水技术或借助潜水员进行探索。在本研究中，我们使用了可属于11种物种的26个海绵样品的最先进的潜水器。高（HMA）或低（LMA）微生物丰度状态根据TEM图像分配给物种。与这些海绵相关的原核生物群落还使用高通量测序进行了评估。蛋白杆菌，叶绿素，放线杆菌和酸杆菌是最丰富的门。HMA/LMA状态被证明是原核生物组成的高度重要预测指标。HMA海绵在丰富度和均匀性方面也比LMA海绵更加多样化。使用基于机器学习的探索技术鉴定了14个预测类，包括门内的类（例如，dehalocococococoidia和JG30-KF-CM66）和酸眼杆菌（Thermoanaerobaculia and superobaculia and Subgroups 11和21））。先前的研究表明，浅水和最近的深海中HMA/LMA二分法的流行。我们的结果证明了它在中间的领域的普遍性。
从微生物到微生物：植物健康和可持续农业的应用
Beattie，G。A.，Bayliss，K。L.，Jacobson，D.A.，Broglie，R.，Burkett-Cadena，M.，Sessitsch，A.，Kankanala，P.，Stein，J.，Eversole，K。（2024）。从微生物到微生物：植物健康和可持续农业的应用。植物病理学，114（8）。https://doi.org/10.1094/phyto-02-24-0054-kc
社会和环境传播在野生小鼠中传播不同的肠道微生物
肠道微生物塑造了生物学的许多方面，但是这些关键细菌在天然种群中如何在宿主之间传播的方式仍然很少了解。最近在哺乳动物中的工作强调了通过社会接触的传播或通过环境接触的间接传播传播，但是尚未直接评估不同途径的相对重要性。在这里，我们使用了一种新型的基于射频识别的跟踪系统来收集有关野生小鼠（Apodemus sylvaticus）中有关社会关系，太空使用和微栖息地的长期高分辨率数据，同时定期表征其肠道菌群的16S核糖体RNA分析。通过对所得数据的概率建模，我们分别通过社交网络捕获并在家庭范围重叠的社会和环境传播的积极和统计上不同的信号。引人注目的是，具有不同生物学属性的微生物驱动了这些不同的传播信号。虽然社交网络对微生物群的影响是由厌氧菌驱动的，但共享空间的效果最受了气化孢子形成细菌的影响。这些发现支持以下预测：社会接触对于耐氧耐受性较低的微生物的转移至关重要，而那些可以耐受氧或形式孢子的人可能能够通过环境间接传播。总体而言，这些结果表明社会和环境传播途径可以传播哺乳动物肠道菌群的生物学不同成员。
社会和环境传播在野生小鼠中传播不同的肠道微生物
肠道微生物塑造了生物学的许多方面，但是这些关键细菌在天然种群中如何在宿主之间传播的方式仍然很少了解。最近在哺乳动物中的工作强调了通过社会接触的传播或通过环境接触的间接传播传播，但是尚未直接评估不同途径的相对重要性。在这里，我们使用了一种新型的基于射频识别的跟踪系统来收集有关野生小鼠（Apodemus sylvaticus）中有关社会关系，太空使用和微栖息地的长期高分辨率数据，同时定期表征其肠道菌群的16S核糖体RNA分析。通过对所得数据的概率建模，我们分别通过社交网络捕获并在家庭范围重叠的社会和环境传播的积极和统计上不同的信号。引人注目的是，具有不同生物学属性的微生物驱动了这些不同的传播信号。虽然社交网络对微生物群的影响是由厌氧菌驱动的，但共享空间的效果最受了气化孢子形成细菌的影响。这些发现支持以下预测：社会接触对于耐氧耐受性较低的微生物的转移至关重要，而那些可以耐受氧或形式孢子的人可能能够通过环境间接传播。总体而言，这些结果表明社会和环境传播途径可以传播哺乳动物肠道菌群的生物学不同成员。
由太阳辐射和养分驱动的积雪中微生物的diel垂直迁移
图2：2021年5月6日积雪的条件：（a）雪表面，（b）雪坑的横截面。Periodic sampling was conducted across the snow depth divided into five layers: layer I (5 × 5 × 3 cm in length × width × height), layer Ⅱ (5 × 5 × 5 cm), layer Ⅲ (5 × 5 × 5 cm), layer Ⅳ (5 × 5 × 5 cm), and layer Ⅴ (5 × 5 × 5 cm).
kefir4all，一项公民科学倡议，旨在提高对微生物在食品发酵中扮演的角色的认识
抽象的微生物本质上是普遍存在的，是人类，动物，环境和行星健康的核心。他们在食物链以及高质量，安全和健康的食物，尤其是发酵食品的生产中起着特别重要的作用。对于公众而言，这一重要角色并不总是显而易见的。在这里，我们描述了Kefir4all，这是一个公民科学项目，旨在为公众提供通过生产发酵食品的媒介（即牛奶开菲尔或水壶）提出的与微生物学有关的与微生物学有关的意识，知识和实践技能。在Kefir4All的过程中，来自二级学校和非上学环境的123位公民科学家参加了一项研究，通过执行和记录牛奶开发或饮水的牛奶开发剂的详细信息，以跟踪开菲尔的微生物组成的变化，他们在21周的项目中在他们的家中或学校进行了牛皮纸发酵。在研究开始时，为公民科学家提供了牛奶或水凯氏谷物来发酵。两种类型的开菲谷物都是半固醇，类似凝胶状的物质，由外多糖和蛋白质组成，其中包含细菌和酵母菌的共生群落。该项目的实验组成部分得到了许多教育和外展活动的补充，包括职业演讲和对我们的研究中心（开菲尔日）的现场访问。在研究结束时，向每个公民科学家提供了一份报告，其中详细介绍了其发酵活动的个性化结果。采用了许多方法来获得公民科学家的反馈和其他见解。评估是在KEFIR4ALL项目之前和之后进行的，以评估公民科学家对微生物学和发酵食品的自我报告的意识，知识和兴趣。通过评估返回的分析样本的数量以及整个项目中公民科学家的参与水平，从而获得了对公民科学参与水平的进一步见解。值得注意的是，调查结果表明，在进行该项目后，对Kefir4all公民科学家中科学的兴趣和一般知识提高了，并愿意参加进一步的公民科学项目。最终，Kefir4All代表了将公民科学成功整合到现有教育和研究系统中的一个例子。
肠道微生物在绝经后妇女对李子的反应以维持髋骨矿物质密度
含有酚类培养基（例如李子）的食物已显示出对骨矿物质密度（BMD）的保护作用，但只有某些人会遇到这些好处。对一项为期12个月的随机对照试验的事后分析旨在确定肠道微生物组，免疫反应和李子对绝经后妇女的骨保护作用之间的关系。每天消耗50-100 g李子的受试者根据总髋骨矿物质密度的变化百分比（分别为BMD，≥1％或≤-1％变化），将响应者分为反应者（n = 20）和非反应者（n = 32）。DXA扫描用于确定身体成分和BMD。使用免疫测定和流细胞术测量免疫标记。使用超性能液相色谱 - 串联质谱法分析靶向酚类代谢产物。通过16S rRNA基因PCR扩增子测序表征粪便菌群。修剪消耗12个月后，抗弹药标志物显示响应者的IL-1β和TNF-α水平的较低。QIIME2序列分析表明，响应者和非反应者的微生物组在Alpha（Shannon和Faith PD，Kruskal-Wallis P <0.05）和Beta多样性（未加权的UNIFRAC，Pertanova P <0.04 P <0.04）中有所不同。此外，响应者的细菌家庭振荡性甲状酸酯和lachnospileceae（ancom-BC p <0.05）的丰度更高。这些发现提供了证据表明，在最初低BMD的绝经后妇女如果携带某些肠道微生物，则可以从李子中受益。这些见解可以指导精确的营养策略，以改善针对饮食和微生物组成分量身定制的BMD。