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DNA扩散：利用生成模型来控制染色质的可及性和通过合成调节元件的基因表达
序列为热编码格式，并引入固定量的标准正常噪声。训练有素的U-NET使用预期噪声水平（由时间步骤确定）和单元格类型信息来预测和删除添加的噪声。在整个序列数据集的训练过程中，都重复使用这种噪声预测过程，并具有不同的噪声强度。一旦受过训练，U-NET就可以预测原始DHS内源序列中添加的初始噪声，从而能够生成针对不同细胞类型的新序列。e）要产生一个给定细胞类型标签的新序列，生成了带有随机高斯噪声的热编码的DNA矩阵，U-NET迭代在50个步骤上逐渐融合了该矩阵，逐渐收敛到反映目标细胞类型的特征性的序列。f）用于评估DNA扩散和内源性DHS区域的可及性，调节活性和基序组成的可及性，调节活性和基序组成。g）为基于细胞类型的信号特异性，强度或基序组成选择和解释生成的序列而开发的框架。
UWSP的化学研究机会
描述：冶金烯已经捕获了自1951年意外制备二循环（1下，M = Fe）以来的合成化学家和理论家的想象。多年来，基于复合物1的基序的多种冶金概念已经合成，最近人们对三甲基复合物（如2和尚未达到尚未实现的四边形decker decker complects）产生了兴趣。3。的确，如果我们将基于金属新近基序的“分子线”授课，将会发生什么？这种复合物将如何合成，它们的电子特性将是什么？我的小组将与西雅图大学的埃里克·沃森教授合作，试图回答这些确切的问题。沃森教授的本科生团队将综合新颖的三甲板综合体，并致力于制造七叶树综合体。我的研究小组将使用密度功能理论（DFT）来研究合成和想象的复合物的电子结构，以便更好地了解这一组有机金属物种的迷人化学。
s t r u c t u r a l a l b i o lo lo g y iCf综合征蛋白CDCA7拥有一个独特的DNA结合域，该结构域在NO
CDCA7，用羧基末端半胱氨酸结构域（CRD）编码蛋白质，在免疫缺陷，丝状不稳定性和面部异常（ICF）综合征中突变，这种疾病与近二酸 - 近甲基卫星DNA的甲基化有关。CDCA7如何将DNA甲基化引导到并置玻璃液区域是未知的。在这里，我们表明CDCA7 CRD采用了独特的锌结合结构，该结构识别由两个序列基序形成的非B DNA中的CpG二元组。CDCA7，但不是ICF突变体，优先通过链特异性CpG半甲基化结合非B DNA。未甲基化的序列基序高度富集在人类染色体的centromeres上，而甲基化基序分布在整个基因组中。在S期，CDCA7而不是ICF突变体集中在组成型异染色质灶中，并且通过由CRD结合的外源半甲基化的非B DNA可以抑制这种灶的形成。在DNA复制过程中在近齿粒区域中形成的非B DNA的结合提供了一种机制，通过该机制CDCA7控制DNA甲基化的特异性。
改进的 LbCas12a 变体具有改变的 PAM 特异性......
Cas12a（以前称为 Cpf1）核酸酶在基因组工程中的广泛使用受到它们需要相当长的 TTTV 原型间隔区相邻基序 (PAM) 序列的限制。在这里，我们旨在放宽这些 PAM 限制，并通过将其相应的 RR 和 RVR 变体的突变与改变的 PAM 特异性相结合，生成了在哺乳动物和植物细胞中活跃的四种 Cas12a 直系同源物的新型 PAM 突变变体。选择表现出最高活性的 LbCas12a-RVRR，使用基于质粒的测定法深入表征其在哺乳动物细胞中的 PAM 偏好。LbCas12a-RVRR 的共识 PAM 序列类似于 TNTN 基序，但也包括 TACV、TTCV CTCV 和 CCCV。经发现，改良的 LbCas12a (impLbCas12a) 中的 D156R 突变以 PAM 依赖的方式进一步提高了该变体的活性。由于 impLbCas12a 和最近报道的 enAsCas12a 变体的 PAM 偏好重叠但仍有差异，它们相互补充，为基因组编辑和转录组调节应用提供了更高的效率。
利用 CRISPR-SpRY 推进大豆无 PAM 基因组编辑
尽管CRISPR-Cas9技术在大豆遗传改良中得到了迅速应用，但是由于经典的PAM（protospacer vicinity motif）的限制，很难实现大豆复杂基因组中特定位点的靶向编辑。本研究开发了一种由SpRY介导的无PAM大豆基因组编辑系统。通过对大豆代表性农艺性状目标进行靶向编辑并评估结果，证明SpRY蛋白可以在大豆的宽松PAM位点实现高效的靶向诱变。此外，基于SpRY的胞嘧啶碱基编辑器SpRY-hA3A和腺嘌呤碱基编辑器SpRY-ABE8e均能分别精准地诱导大豆C到T和A到G的转换。因此，我们的数据表明SpRY工具箱可以以无PAM的方式编辑大豆基因组序列，突破了大豆基因组编辑技术系统中限制性的PAM障碍。更重要的是，我们的研究丰富了大豆基因组编辑工具，对大豆育种中的精准编辑和分子设计具有重要的实际应用价值。
使用 CRISPR 条形码作为分子钟，以单细胞分辨率捕捉动态过程
图 1. a. 带有 poly-A 读数的动态条形码示意图。b. 实验装置的示意图。c. 基于突变特征的条形码比例，结合两个系统的数据：对具有完整 PAM 基序的原型间隔物进行编辑（活性）；不存在 PAM 基序（非活性）；和未切割的 gRNA（原始）。d. 不同 gRNA 中原始条形码随时间的比例。e. 考虑不同 gRNA 之间的错配、间隙和间隙延伸，条形码随时间的变化。f. 具有 21 bp 间隔物（左）或 26 bp 间隔物（右）的 gRNA 的原始条形码随时间的比例。箱线图按不同时间点的平均间隔物长度着色（Cas9 系统）。g. 原始核苷酸随时间变化的百分比，将间隔物相对于 PAM 序列对齐（Cas9 系统）。h。考虑到按 Cas9 版本分类的所有不同 gRNA，C>T 突变随时间变化的百分比。对于所有箱线图，箱线表示四分位距 (IQR)，每个箱线内的水平线表示中位数。
腺嘌呤碱基编辑介导的外显子跳跃在培养猪细胞中诱导基因敲除
在存在原间隔区相邻基序 (PAM) 序列的情况下，ABE 可用于将猪基因组中特定位置的 A·T 转换为 G·C，从而模拟单碱基突变引起的遗传疾病（Anzalone 等人，2020 年；Porto 等人，2020 年）。然而，基因敲除需要将起始密码子 ATG 转换为 GTG（或将 ATG 转换为
CAXII抑制剂：对HCC治疗中免疫检查点抑制剂的潜在敏化剂 表达脑部计算机界面中的挑战作为优化问题 - 审查
肝细胞癌（HCC）是一种致命的恶性肿瘤，缺乏有效治疗，尤其是在晚期疾病。，即使免疫检查点抑制剂（ICI）在HCC的治疗，耐用和理想的临床益处方面取得了长足的进步，但对于大多数HCC患者仍无法实现。因此，仍然需要新颖的和重固定的ICI组合疗法来增强治疗效果。The latest study has reported that the carbonic anhydrase XII inhibitor (CAXIIi), a novel type of anticancer drug, can modify the tumor immunosuppression microenvironment by affecting hypoxic/acidic metabolism and alter the functions of monocytes and macrophages by regulating the expression of C-C motif chemokine ligand 8 (CCL8).这些观察结果闪耀着改善程序性细胞死亡蛋白1（PD-1）/程序性细胞死亡配体1（PD-L1）免疫疗法，并结合卡克西IIS。这种迷你审查旨在激发热情探索卡西iis的潜在应用与HCC免疫疗法结合使用。
在胃癌中重编程肿瘤相关的巨噬细胞：一种增强免疫疗法的途径
胃癌（GC）由于预后不良和治疗选择有限，尤其是在晚期阶段，这仍然是全球健康问题。肿瘤微环境（TME），尤其是与肿瘤相关的巨噬细胞（TAMS），在肿瘤进展，免疫逃避和耐药性中起关键作用。TAMS表现出可塑性，在促弹性M1和免疫抑制M2表型之间转移，后者在GC中占主导地位，并导致不良结果。最近的治疗进步着重于靶向TAM，包括抑制M2极化，对M1表型的重编程TAM以及将TAM靶向方法与免疫检查点抑制剂相结合。纳米技术，代谢重编程和靶向关键途径（例如白介素-6和C-C基序配体2/c-C基序趋化因子受体2）的创新2进一步增强了这些策略。然而，仍然存在挑战，包括TME内TAM的空间和功能异质性以及选择性靶向以避免破坏免疫稳态的需求。对TME内部的TAM起源，功能和相互作用的持续研究对于开发精确有效的疗法至关重要。这些进步不仅有望改善GC的结果，而且还可以解决具有类似复杂微环境的其他癌症。
dipwmsearch：用于搜索 di-PWM 图案的 Python 包
摘要 动机 在序列中寻找概率基序是注释假定转录因子结合位点 (TFBS) 的常见任务。有用的基序表示包括位置权重矩阵 (PWM)、双核苷酸 PWM (di-PWM) 和隐马尔可夫模型 (HMM)。双核苷酸 PWM 结合了 PWM 的简单性（矩阵形式和累积评分函数），但也加入了基序中相邻位置之间的依赖关系（不同于忽略任何依赖关系的 PWM）。例如，为了表示结合位点，HOCOMOCO 数据库提供了来自实验数据的 di-PWM 基序。目前，两个程序 SPRy-SARUS 和 MOODS 可以在序列中搜索 di-PWM。结果 我们提出了一个 Python 包 dipwmsearch，它为这项任务提供了一种原创且高效的算法（它首先枚举 di-PWM 的匹配词，然后立即在序列中搜索它们，即使它包含 IUPAC 代码）。用户可以通过 Pypi 或 conda 轻松安装，使用文档化的 Python 界面和可重复使用的示例脚本，从而顺利使用 di-PWM。可用性和实施：dipwmsearch 可在 https://pypi.org/project/dipwmsearch/ 和 https://gite.lirmm.fr/rivals/dipwmsearch/ 下根据 Cecill 许可获得。