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肺炎克雷伯菌中的 A-to-I RNA 编辑调节群体感应并影响细胞生长和毒力
在真核生物中，已报道并深入研究了数百万个从腺苷（A）到肌苷（I）的 RNA 编辑事件；然而，在原核生物中，许多特征和功能仍不清楚。通过结合 PacBio Sequel、Illumina 全基因组测序和两种具有不同毒力的肺炎克雷伯菌菌株的 RNA 测序数据，总共鉴定了 13 个 RNA 编辑事件。重点关注 badR 的 RNA 编辑事件，该事件在两种肺炎克雷伯菌菌株的编辑水平上有显著差异，预测为一个转录因子。在 DNA 上突变一个硬编码的 Cys 以模拟完全编辑 badR 的效果。转录组分析发现细胞群体感应（QS）途径是最显著的变化，表明 RNA 编辑对 badR 的动态调控与协调的集体行为有关。事实上，当细胞达到稳定期时，检测到自诱导物 2 活性和细胞生长的显著差异。此外，在 Galleria mellonella 感染模型中，突变菌株的毒力明显低于 WT 菌株。此外，badR 的 RNA 编辑调控在肺炎克雷伯菌菌株中高度保守。总体而言，这项工作为细菌的转录后调控提供了新的见解。
中国两株含有替加环素耐药基因 tet(X4) 的多重耐药肺炎克雷伯菌的鉴定
替加环素是第一代甘氨酰环素，自2005年开始使用，是治疗严重感染的最后选择之一，尤其是治疗由广泛耐药的肠杆菌科细菌引起的感染（Sun等，2019）。首次使用后不久，一家医院分离出一株多重耐药（MDR）肺炎克雷伯菌菌株（替加环素敏感性降低，MIC = 4μg/ml），大大降低了替加环素的疗效（Ruzin等，2005）。迄今为止，已有多种已知机制与肺炎克雷伯菌对替加环素的耐药性相关，包括耐药-结瘤-细胞分裂 (RND) 型外排泵（如 AcrAB-TolC 和 OqxAB）的表达增强、核糖体 S10 蛋白（由 rpsJ 和 lon 基因编码；Ruzin 等，2005；Villa 等，2014；He 等，2015；Fang 等，2016）的突变、质粒介导的 tmexCD1-toprJ1 外排泵的获得（Lv 等，2020）、tet (A) 基因突变（Du 等，2018）。
新型口服二氧化硅疫苗诱导粘膜免疫的疗效评估
猪hyopneumoniae是猪Enzootic肺炎的主要病因学剂，在全球猪生产中广泛传播。它的预防对生产系统引起了极大的兴趣，因为它在肺组织中的定殖导致了巨大的生产损失。这项研究旨在将30头猪的溶质性脱落和急性期反应比较不同的疫苗接种方案：使用纳米结构的中孔二氧化硅（SBA-15）作为佐剂（n = 10）的实验性口服疫苗； 24天大的肌肉内市售疫苗（n = 10）；在对Hyopneumoniae的实验挑战之后，对照组（n = 10）。喉和鼻拭子，并在感染后7、10、14、14、17、23、28、35、42和49天收集口服液体，以通过qPCR监测病原体排泄。鼻拭子还用于检测ELISA的抗杀菌性IGA。血液样本以监测急性相蛋白。疫苗接种后七天在两个免疫组中观察到抗体反应，而对照组在挑战后4周对这种免疫球蛋白呈阳性。肺病变评分在免疫组中相似，低于对照中观察到的。SBA-15辅助口服疫苗提供了免疫学反应，减少了Hyopneumoniae的脱落，并通过降低的肺部病变证实了粘膜保护。这项研究为针对Hyopneumoniae的疫苗开发提供了有用的数据。
蛋白质组学研究噬菌体与细菌宿主Klebsiella肺炎之间的相互作用
抽象的噬菌体和细菌已经获得了保护机制。在这种情况下，本研究的目的是分析从肺炎克雷伯氏菌的21个新型裂解噬菌体中分离出的蛋白质，以寻求针对细菌的防御机制，并确定噬菌体的感染能力。还进行了一项蛋白质组学研究，以研究受噬菌体感染的两种肺炎的临床分离株的防御机制。为此，对21个裂解噬菌体进行了测序并从头组装。宿主范围是在47个肺炎的47个临床同核中确定的，揭示了噬菌体的感染能力可变。基因组测序表明，所有噬菌体都是属于Caudovirale s的裂解噬菌体。噬菌体序列分析表明，蛋白质是在基因组内的功能模块中组织的。Although most of the proteins have unknown func- tions, multiple proteins were associated with defense mechanisms against bacteria, including the restriction-modi fi cation system, the toxin-antitoxin system, evasion of DNA degradation, blocking of host restriction and modi fi cation, the orphan CRISPR-Cas sys- tem, and the anti-CRISPR system.Proteomic study of the phage-host interactions (i.e., between isolates K3574 and K3320, which have intact CRISPR-Cas systems, and phages vB_KpnS-VAC35 and vB_KpnM-VAC36, respectively) revealed the presence of several defense mechanisms against phage infection (prophage, defense/virulence/resistance, oxidative stress and plasmid proteins)在细菌和噬菌体中的ACR候选者（抗CRISPR蛋白）中。
文章将药物重新定位作为针对肺炎链球菌的治疗策略：细胞膜作为潜在靶标
1蛋白工程针对抗菌素抗性组，玛格丽塔·萨拉斯生物学研究中心，高级科学研究委员会（CSIC），西班牙马德里28040； lortiz05@ucm.es 2 Department of Animal Health, Faculty of Veterinary Medicine, Complutense University of Madrid, 28040 Madrid, Spain 3 Visavet Health Surveillance Center, Complutense University of Madrid, 28040 Madrid, Spain 4 Department of Vegetable Production and Microbiology, Miguel Hern University, 03202 Elche, Spain; m.sánchez@umh.es5BiomédicaDica呼吸道疾病研究中心（Ciberes），卡洛斯三世健康研究所，西班牙马德里28029 6 6 6 6 6029 MADRID大学（UCM）的生物化学和分子生物学系，280404040.MADIC，JSPAIN * SPAIN *。 （J.M.S.）; beatriz.maestro@ucm.s（B.M.） div>
含有 DUF1471 结构域的蛋白质可调节肺炎克雷伯菌的生物膜形成和荚膜产生
摘要 背景/目的：肺炎克雷伯菌在医疗器械上形成的生物膜会增加感染风险。菌毛和荚膜多糖 (CPS) 是参与生物膜形成的重要因素。据报道，肺炎克雷伯菌 NTUH-K2044 中的 KP1_4563 是一种含有 DUF1471 结构域的小蛋白，可抑制 3 型菌毛功能。在本研究中，我们旨在确定 KP1_4563 同源物在每个肺炎克雷伯菌分离株中是否保守，以及它在克雷伯菌生物膜中起什么作用。方法：比较了肺炎克雷伯菌 NTUH-K2044、CG43、MGH78578、KPPR1 和 STU1 的基因组。肺炎克雷伯菌 STU1 中的 KP1_4563 同源物被命名为 orfX。对来自肺炎克雷伯菌 STU1 和一个临床分离株 83535 的野生型和 orfX 突变菌株的生物膜进行了量化。通过 RT-qPCR 研究了 3 型菌毛基因 mrkA 和 mrkH 的转录水平。通过蛋白质印迹法观察野生型和 orfX 突变体的 MrkA。通过透射电子显微镜 (TEM) 观察细菌细胞的形态。对细菌 CPS 进行了量化。结果：orfX 的基因和上游区域在五种肺炎克雷伯菌分离株中是保守的。orfX 的缺失增强了克雷伯菌生物膜的形成。然而，野生型和 orfX 突变体之间 mrkA 和 mrkH 的 mRNA 量以及 MrkA 蛋白的水平没有差异。相反，orfX 突变体中的 CPS 量增加，
肺炎克雷伯菌中的副菌CoL杂音与铁载体受体CIRA和B-内酰胺酶活性的突变有关
ce-ferocol是一种新型的铁载体偶联的头孢菌素，具有抗碳青霉烯的病原体的有效活性。铁载体分子具有用于细胞进入的活性铁吸收系统的外膜渗透。ce-fienocer保留用于治疗由多药耐药的革兰氏阴性杆菌引起的患者的感染，并且治疗方案有限。然而，在监视研究中的clinal分离株中已经报道了Ce Fifocol-Non敏感的分离株。可怀疑性的降低可能与β-内乳酶以及其他因素有关[1]。与鲍曼尼杆菌[2]，铜绿假单胞菌和大肠杆菌[3]中的抗CE拟合抗性有关[3]。抗菌异质抗性描述了一种现象，其中遗传均匀细菌的亚群表现出对特定抗生素的一系列敏感性。异质具有相当大的临床相关性，因为抗生素治疗可能会选择更具耐药性的人群。杂质是一个重要因素，导致无法解释的抗体治疗衰竭。在碳苯甲烯类革兰氏阴性病原体中据报道了广泛的CE Finocol异质抗性[4]。但是，缺乏研究CE -Fifocol异质抗性的机制的彻底研究。我们使用磁盘扩散法对CDC＆FDA抗生素耐药性分离株中的革兰氏阴性碳青霉烯酶检测面板中的80个分离株测试了CE-Finocol（30μg; Hardy Diag-nostics）的敏感性。ce Fienocy对面板中的大多数耐碳青霉菌株表现出有效的效率。我们识别了几个cen finocol-non敏感的肺炎分离株（补充表S1）。此外，在Ce -Finocol磁盘扩散测定法中，散射的菌落出现在K.肺炎的抑制区域中（图1 a），这表明对ce fiforcocer的异质抗衡。这项研究基于CE-Finocol-firocy象征性菌株K。K。肺炎0097属于使用MLST 2.0（https://cge.food.dtu.dtu.dk/services/mlst/）确定的多焦点序列确定的SE型ST3603。使用抗性基因识别（RGI）（https：//card.mcmaster。CA/Analyze/RGI）。抗性基因包括BLA TEM-1，BLA OXA-9，BLA KPC-3，BLA SHV-11，SUL1，SUL1，SUL2，DFRA12，DFRA12，DFRA14，AAC（6'）-IB，AADA1，AADA2，AADA2，AADA2，AADA2，AADA2，APH（6）-ID，APH（6）-ID，APH（3'''''-ib，Fosa，Fosa6和几个ant and and and and ant nattibibibibibibibibibiceciocic E.我们使用人口分析（PAP）测定法来确认K.肺炎A 0097中的基因构成异源。PAP分析确定了琼脂抗性菌落数量的比例
阿莫西林 - 耐肺炎链球菌可以是...
重要的机会性人类病原体肺炎链球菌中的抽象抗生素抗性正在上升。在β-乳酰胺抗生素阿莫西林（这是一线疗法）的情况下，这尤其有问题。因此，发现杀死或对抗阿莫西林耐药性肺炎球菌的靶标至关重要。为此，我们使用称为Scrilecs-Seq的CRISPR干扰（CRISPR干扰库的亚集）开发了一个全基因组，基于单细胞的基因沉默屏幕，该筛选是由荧光激活的细胞分选提取的，耦合与下一代测序）。由于阿莫西林会影响生长和分裂，因此使用SCRILECS-SEQ来识别负责维持适当细胞大小的靶标。我们的屏幕表明，大甲酸酯途径的下调会导致广泛的细胞伸长。进一步研究这种现象，这表明它是由于细胞壁合成部位在细胞壁合成部位的可用性降低而引起的，这是由于未依赖磷酸盐（UND-P）的限制，这是脂质载体，该脂质载体负责将这些前体跨细胞膜运输。数据表明，即使肽聚糖的合成仍在继续，即使降低了UND-P水平，但细胞收缩也被专门停止。我们成功利用了这一知识，以创建一种组合治疗策略，其中FDA批准的药物氯米芬是一种UND-P合成的抑制剂，与阿莫西林配对。我们的结果表明，克罗米芬增强了阿莫西林蛋白的抗菌活性，并且联合疗法使耐肺炎链球菌恢复活力。这些发现可以提供一个起点，以开发越来越多的难以治疗的抗肺炎球菌感染的解决方案。
在肺炎链球菌中利用CRISPR-CAS9用于基因组编辑D39V
抽象的CRISPR-CAS系统通过检测和切割侵入外源DNA，提供对病毒和质粒的适应性免疫的细菌和古细菌。修改版本可以被用作一种生物技术工具，用于在目标基因座上进行精确基因组编辑。在这里，我们开发了一种复制质粒，该质粒构成了CRISPR-CAS9系统，用于在机会性人体病原体肺炎链球菌中进行的ounterselection通过ounterselection进行RNA可编程的基因组编辑。特别是，我们删除了一种方法，用于制作目标无标记的基因敲除和大范围的缺失。引入了精确的双链断裂（DSB）后，将细胞的DNA修复机理（HDR）的DNA修复机理（HDR）剥削以选择成功的转化剂。这是通过将模板DNA碎片转换而成的，该模板DNA碎片会重新组合基因组中并消除对Cas9核酸内切酶靶标的识别。接下来，可以通过在非疗法温度下种植对复制的温度敏感的质量轻松治愈新工程的应变。这允许连续的基因组编辑。使用此系统，我们设计了一个菌株，其中三个主要的毒力因子已删除。此处开发的方法可能会适用于其他革兰氏阳性细菌。