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以肽为中心的定量蛋白质组学数据集用于对阿尔茨海默氏病的表型评估
阿尔茨海默氏病（AD）是一场迫在眉睫的公共卫生灾难，干预措施有限。阿尔茨海默氏症是一种复杂的疾病，可以带有或不带有病因突变，并且可以伴随一系列与年龄相关的合并症。这种多样化的表现使得研究特定于AD的分子变化变得困难。为了更好地了解疾病的分子特征，我们构建了一个独特的人脑样品队列，其中包括常染色体显性AD痴呆症（ADD），散发性添加和那些没有痴呆症的人，但具有高AD组织病理学负担，并且具有高度的AD型正常人，没有/最小的AD AD组织病理学负担。所有样品在临床上的表征都很好，并且通过快速尸检保留了术后脑组织。通过数据无关的采集LC-MS/MS处理和分析了四个大脑区域的样品。在这里，我们在每个大脑区域的肽和蛋白质水平上提出了一个高质量的定量数据集。本实验中包括多个内部和外部控制策略，以确保数据质量。所有数据都存放在蛋白酶换档存储库中，并从我们的处理的每个步骤中获得。
使用新的表型机器学习方法预测离子通道变体的功能效应
离子通道编码基因的错义变异与一系列严重疾病有关。变异对生物物理功能的影响与临床特征相关，可归类为功能获得或丧失。这些信息有助于及时诊断、精准治疗和指导预后。功能表征是转化医学的一个瓶颈。机器学习模型可能能够通过预测变异的功能效应来快速生成支持证据。在这里，我们描述了一个多任务多核学习框架，该框架能够将功能结果和结构信息与临床表型相协调。这种新方法将人类表型本体扩展到基于核的监督机器学习。我们的功能获得或丧失分类器实现了高性能（平均准确度 0.853 SD 0.016，平均 AU-ROC 0.912 SD 0.025），优于传统基线方法和最先进的方法。性能在不同的表型相似性测量中都很稳定，并且对表型噪声或稀疏性基本不敏感。局部多核学习通过突出显示具有隐含基因型-表型相关性或潜在任务相似性的通道以供下游分析，提供了生物学洞察力和可解释性。
保守的免疫效应子家族在病毒感染后切开细胞ATP
由于经济损失，绩效降低和降低了18种动物福利，牛牛中牛充血性心力衰竭（BCHF）的发病率增加对牛肉工业构成了17个重大挑战。变化对纯种牛的心脏19形态以及纯种牛的异常肺动脉压（PAP）已广泛表征。然而，随着时间的推移，在喂养期后期影响牛的充血21心力衰竭一直是一个越来越多的问题，行业需要22个工具来解决饲养场中的死亡率。在收获时，将23人口的32,763个商业喂养的牛分型用于心脏形态，并在西北25个Pacific Northwest的单个饲养场和包装厂收集的24个生产数据。选择了5,001个个体的子人群进行低通的基因分型26，以估计差异成分以及心脏评分与产量之间的遗传相关性在喂养期间观察到的27个特征。收获时，在这28人群中，心脏评分为4或5的发病率约为4.14％，表明饲养牛的大部分比例增加了29个收获前心脏死亡率的风险增加了29。心脏评分也显着，30与基因组繁殖百分比31分析观察到的安格斯血统的百分比正相关。34心脏评分与生长特征和进食摄入量的遗传相关性是中等和阳性的35（0.289至0.460）。心脏评分的遗传力是二进制（得分1和2 = 0，得分4和5 = 1）32特征在该人群中为0.356，这表明开发了选择工具以减少33个以EPD（预期差异）形式减少33个充血性心力衰竭的风险。心脏评分与回脂能力和大理石花纹评分之间的遗传相关性分别为-36 0.120和-0.108。与高经济重要性的特征的显着遗传相关性37在现有选择指数中可能解释了38次观察到的充血性心力衰竭率的增加。这些结果表明，有可能在收获中观察到的心脏评分为39
左心室致密化不全：一种疾病还是一种表型特征？
左心室心肌致密化不全是一种定义不明确且存在争议的疾病，其表型表现多种多样：从简单的解剖特征到具有明显心脏影响的疾病。目前的诊断标准完全依赖于过度小梁的形态学特征，而这些特征对于识别真正的心肌病病例的特异性较低。左心室心肌致密化不全的治疗也各不相同，并且没有专门的临床实践指南。最常见的心血管并发症是心力衰竭、室性心律失常和全身性栓塞。在这篇综述中，我们讨论了现有标准的诊断局限性，并提出了一种全面的替代方法（包括功能成像变量、组织特征、遗传学和家族筛查），可能有助于过度小梁病例的鉴别诊断。我们还描述了该疾病的遗传背景，并讨论了与其他心肌病的重叠。最后，我们重点关注临床管理中的争议问题，并建议使用前面提到的变量进行风险分层和个性化患者随访。
不断发展的数字有机体的表型可塑性
气候变化将在未来几十年内从根本上重塑地球上的生命。因此，了解物种应对温度升高的程度至关重要。表型可塑性是生物体改变其基因组对环境所编码的形态和功能性状的能力。我在这里表明，可塑性不仅弥漫在天然的系统中，还可以模仿生物生物的发育过程，例如自我复制和不断发展的计算机程序 - 数字生物。具体来说，环境可以修改从数字有机体的基因组执行的指令顺序（即其转录组），这会导致其表型的变化（即数字有机体执行布尔逻辑操作的能力）。这种基于遗传的可塑性途径的适应性成本可以使生物体的生存能力和发电时间：转录组（较高的健身成本）越长，环境改变遗传执行流量控制的机会就越大，并且基因组对编码新表型的可能性越高。通过研究数字有机体的基因组和环境的影响在多大程度上，我在自然和人工化的系统之间建立了平行性，介绍了自然选择如何从整体环境控制到总基因组控制到总基因组控制的任何地方，从而使人们不仅可以更轻松地设计生物学的生物学，而且还要降低了对现实的人工体系的影响。
拟南芥中物种特异性部分基因重复在强正选择下对形态性状产生了新的表型效应
* 通讯作者：mlong@uchicago.edu (ML)；jbergelson@uchicago.edu (JB)；huangyuan@mail.kib.ac.cn (YH)。† 资深作者 ‡ 这些作者贡献相同 (YH、JC)。ML、JB 和 YH 设计了这项研究。YH 撰写了论文初稿。YH 和 JC 进行了所有实验，包括表型观察和分析、突变体生成、鉴定、表达、转录组和基因组测序以及进化分析。CD 和 SD 参与了群体遗传分析。CF 提供了植物材料。CF、YO、DL、SX 和 EM 修改了稿件。ML 和 JB 指导了这项研究，构思并监督了写作。根据作者须知 (https://academic.oup.com/plcell) 中所述的政策，负责分发与本文所述研究结果相关的材料的作者是：Manyuan Long (mlong@uchicago.edu)。
1 针对表型可塑性可防止转移和......
靶向表型可塑性可预防转移和化疗耐药性疾病的发展 Beatriz P San Juan 1,2,3 , Soroor Hediyeh-Zadeh 4 , Laura Rangel 1,2,3 , Heloisa H Milioli 1,2,3 , Vanina Rodriguez 1,3 , Abigail Bunkum 1 , Felix V Kohane 1,5 , Carley A Purcell 1,2,3 , Dharmesh D Bhuva 4, Anie Kurumlian 1 , Lesley Castillo 1 , Elgene Lim 1,2 , Anthony J Gill 6 , Vinod Ganju 7 , Rachel Dear 2 , Sandra O'Toole 1 , A. Cristina Vargas 8 , Theresa E Hickey 9 , Leonard D Goldstein 1 , John G Lock 5 ,梅丽莎·J·戴维斯 4,10,11和 Christine L Chaffer 1,2,3 1. 加文医学研究所，达令赫斯特，新南威尔士州，澳大利亚 2. 圣文森特临床学院，新南威尔士大学医学院，新南威尔士大学悉尼，新南威尔士州，澳大利亚 3. 金霍恩癌症中心，达令赫斯特，新南威尔士州，澳大利亚 4. 沃尔特和伊丽莎霍尔医学研究所，帕克维尔，维多利亚州，澳大利亚 5. 新南威尔士大学医学院病理学系，新南威尔士大学悉尼，新南威尔士州，澳大利亚 6. 悉尼大学悉尼医学院，悉尼，新南威尔士州，澳大利亚 7. 莫纳什大学，莫纳什，维多利亚州，澳大利亚 8. 道格拉斯汉利莫尔，病理学实验室，麦考瑞大学，悉尼，新南威尔士州，澳大利亚 9. 阿德莱德大学医学院 Dame Roma Mitchel 癌症研究实验室，阿德莱德，南澳大利亚州，阿德莱德 10. 墨尔本大学医学生物学系，帕克维尔，维多利亚州，澳大利亚 11.墨尔本大学，维多利亚州帕克维尔，澳大利亚 通讯作者： 克里斯汀·查弗：c.chaffer@garvan.org.au 梅丽莎·戴维斯：m.davis@wehi.com.au 比阿特丽斯·佩雷斯·圣胡安：b.perez@garvan.org.au 摘要 癌细胞启动表型可塑性程序来推动疾病进展和逃避化疗的损伤，但到目前为止，尚无针对这一过程的经过验证的临床疗法。在这里，我们确定了一种与基底/三阴性乳腺癌低生存率相关的表型可塑性特征，其中雄激素信号传导占主导地位。我们确定抗雄激素疗法可阻断癌症干细胞功能并防止化疗诱导的新癌症干细胞的出现。特别是，抗雄激素药物 seviteronel 与化疗协同作用，增强化疗对原发性和转移性肿瘤生长的抑制并防止化疗耐药性疾病的出现。我们证实细胞质 AR 表达是一种临床表型可塑性生物标志物，可预测生存率低和对化疗反应差，以及对 seviteronel 联合化疗反应良好。这种新的靶向联合疗法证实调节表型可塑性是一种有效的预防和治疗化疗耐药性癌症的策略，具有转化临床潜力。重要性声明目前尚无针对化疗耐药性癌症患者的治愈疗法。我们证明调节表型可塑性可防止三阴性乳腺癌出现化疗耐药性疾病。这是已知的第一个利用表型可塑性的经过验证的临床疗法。此外，我们还确定了一种高效的抗雄激素药物和一种生物标志物，用于选择和治疗最适合这种新疗法的患者。临床试验正在进行中（NCT04947189）。摘要语句阻断表型可塑性是一种有效的靶向治疗策略，用于治疗癌症关键词表型可塑性、化疗耐药性、转移、细胞状态转变、细胞状态调节疗法、非遗传异质性、非甾体抗雄激素、Seviteronel、癌症干细胞、CSC、三阴性乳腺癌、TNBC。
拟南芥中物种特异性部分基因重复在强正选择下对形态性状产生了新的表型效应
* 通讯作者：mlong@uchicago.edu (ML)；jbergelson@uchicago.edu (JB)；huangyuan@mail.kib.ac.cn (YH)。† 资深作者 ‡ 这些作者贡献相同 (YH、JC)。ML、JB 和 YH 设计了这项研究。YH 撰写了论文初稿。YH 和 JC 进行了所有实验，包括表型观察和分析、突变体生成、鉴定、表达、转录组和基因组测序以及进化分析。CD 和 SD 参与了群体遗传分析。CF 提供了植物材料。CF、YO、DL、SX 和 EM 修改了稿件。ML 和 JB 指导了这项研究，构思并监督了写作。根据作者须知 (https://academic.oup.com/plcell) 中所述的政策，负责分发与本文所述研究结果相关的材料的作者是：Manyuan Long (mlong@uchicago.edu)。
广泛分布的植物物种的系统地理学揭示了隐秘的遗传谱系以及对变暖和干旱条件的平行表型反应
注：聚类是指系统发育分析中显示的 S . vulgaris 种群的遗传聚类关系（图 2）。显著影响以粗体表示。对于二元数据（发芽、开花、存活），采用二项分布；对于计数数据（花、叶、枝的数量），采用泊松误差分布。
摘要。 Nurhayati，Ardie SW，Santoso TJ，Sudarsono。 2021。CRISPR/CAS9介导的水稻CV中的基因组编辑。 IPB3S导致半昏迷表型M
摘要。Nurhayati，Ardie SW，Santoso TJ，Sudarsono。2021。CRISPR/CAS9介导的基因组编辑，在水稻CV中。 IPB3S导致半昏迷的表型突变体。 生物多样性22：3792-3800。 IPB3S是印尼低地大米和高产品种。 但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。 这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。 IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。 PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。CRISPR/CAS9介导的基因组编辑，在水稻CV中。IPB3S导致半昏迷的表型突变体。 生物多样性22：3792-3800。 IPB3S是印尼低地大米和高产品种。 但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。 这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。 IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。 PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。IPB3S导致半昏迷的表型突变体。生物多样性22：3792-3800。IPB3S是印尼低地大米和高产品种。但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。PCR分析表明，水稻CV。IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。IPB3S T0突变线携带HPT。再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。