XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemphenotypic
辣椒囊肿的多样性。基于表型和分子标记的基因型以及父母选择1
摘要：观赏辣椒植物具有遗传变异性，可以通过形态学和分子特征进入。基因型选择以形成基本种群进行育种，可以通过对几种类型的数据的联合分析进行繁殖，从而提供更高的选择准确性。从这个角度来看，这项研究旨在根据对表型性状和分子标记的分析评估胡椒加入之间的多样性，并选择在育种计划中用作父母的最佳方法。这项研究是在巴西Paraíba的联邦DaParaíba大学的CenciasAgrárias进行的。使用了16种观赏性胡椒基因型，并针对八个定量性状，九个定性性状和18对微卫星引物进行了表征。使用Tocher的聚类方法，Ward的群集算法和差异矩阵进行了同时变量分析。通过定量，定性和分子数据的联合分析，聚类方法在分离基因型，鉴定遗传变异性和准确性方面是有效的。通过Tocher方法（六组）和Ward的方法（三个组）形成了基因型之间的不同组。考虑到定量，定性和分子数据的联合分析，观赏性胡椒基因型之间存在遗传变异。定性性状对于鉴定观赏辣椒垫之间的遗传差异很重要。UFPB基因型46、134、137、443和449，迷你胡椒akamu和品种Calypso被指示用于选择，可用于执行十字架并继续育种计划。
流式细胞仪辅助分析在永生的树突状细胞系上表型成熟标记
Geneva Campia a, Manuel Beltrán-Visiedo A, Ruth Soler-Agest A, B, Ai Sato A, Norma Bloy A, Lewei Zhao C, D, Peng Liu C, D, Oliver Kepp C, D, Guido Kroemer C, D, E, Lorenzo Galluzzi A, F, G, *, and Claudia Galassi A, * Oncology, Weill Cornell Medical College, New York, NY, United States B University of Zaragoza/Arago´n Health Research Institute, Biochemistry and Molecular and Cell Biology, Zaragoza, Spain C Equipe Labellis Ee Par La Ligue Contre Le Cancer, University and De Paris, Sorbonne Universit and, Centro de Recheche des Cordeliers，法国大学，法国，法国，D代谢组学和细胞生物学平台，Gustave Roussy，University and Paris Saclay，Villejuif，France和P ^ ole de Biologie，H ^ Opital europe Europe Europe Europe Euroge Een Georges een Georges een Georges Pompidou，Pompidou Caryl and Israel Englander Precision Medicinate，纽约，纽约州，美国 * Corpsontding作者：电子邮件地址：Deadoc80 @ gmail.com； clg4005 @ med.cornell.edu
微流体患者的单个活循环肿瘤细胞的遗传和表型分析
免疫检查点抑制剂，例如PD -1/ PD -L1抑制剂进行免疫疗法，现在被认为是实体瘤最有前途的治疗方式之一。然而，基于肿瘤组织中PD -L1表达的临床疗效预测目前不精确，并且缺乏实现时间监测的能力。在这里，我们描述了一种独特的纳米植物，用于原位的PD -L1 RNA表达表达，与体外细胞行为分析相结合，以更好地预测患者癌症治疗的疗效。通过使用5 mL的血液样本，该系统产生分析输出，合并后，提供了一个指数，与传统活检相比，可以对患者的预测进行定量，更准确地预测患者的结局。
周细胞需要生理氧张力以维持表型保真度。
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年8月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.08.28.606682 doi：biorxiv preprint
蘑菇形成真菌菌株之间的高表型和基因型可塑性
schizophyllum cumine是一种蘑菇形成的真菌，以其独特的结实物体具有分裂的g。它被用作研究蘑菇发育，木质纤维素降解和交配类型基因座的模型生物。这是一种高变量物种，菌株之间具有相当大的遗传和表型多样性。在这项研究中，我们系统地表现出16种硫化菌株，用于蘑菇发育方面和木质纤维素降解的18个单被子菌株。有关这些表型的菌株之间存在相当大的异质性。大多数菌株发展出具有不同形态的蘑菇，尽管有些菌株仅在经过测试的条件下营养生长。各种碳源上的生长显示出特异性特异性曲线。对七个单因子菌株的基因组进行了测序，并与六个前发表的基因组序列进行了分析。此外，对相关的物种进行了schizophyllum fasciatum。尽管基因组组件之间存在很大的遗传变异，但与蘑菇形成和木质纤维素降解有关的基因得到了很好的保守。这些测序的基因组与高表型多样性相结合，将为S. comuncom菌株的功能基因组学分析提供扎实的基础。
头颈癌的免疫细胞地形
抽象背景人类和小鼠天然杀手（NK）细胞已显示出短期暴露于IL-12/15/18鸡尾酒或与某些肿瘤细胞系过夜的共培养后，会发展出记忆样功能。所产生的细胞保留了长达7天以及冷冻保存后的裂解能力，并且已证明记忆样的NK细胞（MLNK）可引起血液恶性肿瘤患者的完全缓解。尚未描述MLNK的单一表型，并且尚未完全表征由造成这些增强功能的短期细胞因子或肿瘤提示引起的生理变化。在这里，我们通过细胞因子和肿瘤启动产生了MLNK，以找到可以更好地定义NK细胞“记忆”的性质，并首次在体内定义了NK细胞“记忆”的性质。方法，我们从健康的供体中启动了具有细胞因子的健康供体（启动细胞因子诱导的记忆样（ICIML）-NK）和肿瘤启动（TPNK）的MLNK，并通过高维流式细胞仪，蛋白质量和代谢粒子分析进行了一夜。作为增强的细胞溶解功能的潜在机制，我们分析了MLNK与NK耐药肿瘤（Z-MOVI）结合的亲和力。我们从健康供体和癌症患者中产生了TPNK，以确定与单个肿瘤类型相互作用产生的MLNK是否可以增强裂解活性。最后，我们使用了复制 - 无能的肿瘤细胞系（Inkmune）来治疗髓样白血病患者，以增强体内NK细胞功能。结论NK细胞“记忆”是与对MHC介导的抑制的抗性相关的生理状态，结果来自健康供体的肿瘤引发的MLNK，癌症患者在体外对多个肿瘤细胞系的细胞毒性增加，类似于ICIML-NK细胞。多维细胞仪鉴定出具有记忆样特征的细胞子集的不同记忆样轮廓； CD57，CD69，CD25和ICAM1的上调。蛋白质组学分析鉴定出41种限于MLNK细胞的蛋白质，我们确定了候选分子的基础NK记忆，这可以解释MLNK如何克服抗性肿瘤的抑制作用。最后，在用Inkmune治疗的五名患有骨髓增生综合征或难治性急性髓样白血病患者中，三名对NK裂解功能和全身细胞因子的可测量增加了治疗。
302种绿豆种质资源的种子表型特征的遗传多样性分析
摘要：由于维生素，蛋白质，矿物质元素和活性物质丰富，因此已证明绿豆种子的高药和经济价值被证明对人有益。为了完全识别出优质种质资源的绿豆产量和质量育种的优质种质资源，通过多样性分析，相关性分析，主成分分析（PCA）和群集分析，对八个种子表型特征的遗传多样性水平进行了全面评估。结果表明，八个种子表型性状的遗传多样性具有302个绿豆种质资源，其香农多样性指数范围为0.25至2.09。对于大多数特征，它们的变异系数（CV）超过10％，最高为种子形状（41.51％）。相关分析表明，100种子的重量与种子大小，种子长度，种子宽度和种子厚度具有极为正相关的相关性。PCA表明，前三个主要成分的累积贡献率为78.551％。这些主要成分包括种子宽度，种子外套和种子颜色。通过群集分析将302个绿豆种质资源分为八组。从I组和II组中选择了共有140种具有大种子的种质资源，其中II组中的9种种质资源可能是高收益的品种。关键词：绿豆，种子表型特征，遗传多样性，聚类分析，主要成分。总体而言，这项研究不仅表明研究的种质资源之间有足够的差异，而且还为绿豆种质资源的选择，利用和杂交育种提供了理论基础。
马尔贝克葡萄品种的二倍体基因组组装使得能够对克隆表型变异背后的转录组差异进行单倍型感知分析
为了保留其品种属性，已建立的葡萄品种（Vitis vinifera L. ssp. vinifera）必须进行克隆繁殖，因为它们的基因组是高度杂合的。马尔贝克是一种源自法国的品种，因生产高品质的葡萄酒而受到赞赏，是品种 Prunelard 和 Magdeleine Noire des Charentes 的后代。在这里，我们将 PacBio 长读段三重合并到从父母遗传的两个单倍体补体中，构建了马尔贝克的二倍体基因组组装。经过单倍型感知的重复数据删除和校正后，获得了两个单倍相的完整组装，且单倍型转换错误率非常低（< 0.025）。单倍相比对确定了 > 25% 的多态性区域。基因注释（包括 RNA-seq 转录组组装和从头算预测证据）导致两个单倍相的基因模型数量相似。利用注释的二倍体组装体对四个表现出浆果组成特征差异的马尔贝克克隆种质进行转录组比较。使用任一单倍体作为参考对成熟果皮转录组进行分析，得到了相似的结果，尽管观察到了一些差异。特别是，在仅以 Magdeleine 遗传单倍型为参考鉴定的差异表达基因中，我们观察到假设的半合子基因的过度表达。克隆种质 595 的浆果花青素含量较高，与脱落酸反应增加有关，可能导致观察到的苯丙烷代谢基因的过度表达和与非生物应激反应相关的基因的失调。总体而言，结果强调了生产二倍体组装体的重要性，以充分代表高度杂合的木本作物品种的基因组多样性并揭示克隆表型变异的分子基础。
马尔贝克葡萄品种的二倍体基因组组装使得能够对克隆表型变异背后的转录组差异进行单倍型感知分析
为了保留其品种属性，已建立的葡萄品种（Vitis vinifera L. ssp. vinifera）必须进行克隆繁殖，因为它们的基因组是高度杂合的。马尔贝克是一种源自法国的品种，因生产高品质的葡萄酒而受到赞赏，是品种 Prunelard 和 Magdeleine Noire des Charentes 的后代。在这里，我们将 PacBio 长读段三重合并到从父母遗传的两个单倍体补体中，构建了马尔贝克的二倍体基因组组装。经过单倍型感知的重复数据删除和校正后，获得了两个单倍相的完整组装，且单倍型转换错误率非常低（< 0.025）。单倍相比对确定了 > 25% 的多态性区域。基因注释（包括 RNA-seq 转录组组装和从头算预测证据）导致两个单倍相的基因模型数量相似。利用注释的二倍体组装体对四个表现出浆果组成特征差异的马尔贝克克隆种质进行转录组比较。使用任一单倍体作为参考对成熟果皮转录组进行分析，得到了相似的结果，尽管观察到了一些差异。特别是，在仅以 Magdeleine 遗传单倍型为参考鉴定的差异表达基因中，我们观察到假设的半合子基因的过度表达。克隆种质 595 的浆果花青素含量较高，与脱落酸反应增加有关，可能导致观察到的苯丙烷代谢基因的过度表达和与非生物应激反应相关的基因的失调。总体而言，结果强调了生产二倍体组装体的重要性，以充分代表高度杂合的木本作物品种的基因组多样性并揭示克隆表型变异的分子基础。
Malbec葡萄种植品种的二倍体基因组组装启用了克隆表型变异的转录组差异的单倍型感知分析
为了保留其品种属性，已建立的葡萄藤品种（Vitis Vinifera L. ssp。vinifera）必须由于其高度杂合基因组而被克隆繁殖。马尔贝克（Malbec）是一种以法国原始的品种生产高质量的葡萄酒，是品种Prunelard和Magdeleine Noire des Charentes的后代。在这里，我们已经建立了Malbec的二倍体基因组组装，在PacBio Long的三人组合中读取了从任何一个父母继承的两个单倍体补充中。在单倍型的重复数据删除和校正后，以非常低的单倍型开关率（<0.025）获得了两个单倍相的完整组件。单倍相一致性识别> 25％的多态区域。基因注释，包括RNA-Seq转录组组装和从头算预测证据，两种单倍相的基因模型数量相似。在MALBEC的四个克隆辅助的转录组比较中，在浆果组成性状变化的四个克隆辅助中被利用。 使用任何一个单倍相作为参考的成熟果皮转录组分析产生了相似的结果，尽管观察到了一些差异。 尤其是，在仅以玛格德林属性单倍型为参考的差异表达基因中，我们观察到了假设半合子基因的过度占代表性。 总体而言，结果突出了产生二倍体组件以完全表示高度杂合木质作物品种的基因组多样性的重要性，并揭示了克隆表型变异的分子碱基。在浆果组成性状变化的四个克隆辅助中被利用。使用任何一个单倍相作为参考的成熟果皮转录组分析产生了相似的结果，尽管观察到了一些差异。尤其是，在仅以玛格德林属性单倍型为参考的差异表达基因中，我们观察到了假设半合子基因的过度占代表性。总体而言，结果突出了产生二倍体组件以完全表示高度杂合木质作物品种的基因组多样性的重要性，并揭示了克隆表型变异的分子碱基。克隆登录595的较高的浆果花青素含量与脱落酸反应增加有关，可能导致观察到观察到的苯基丙烷代谢基因的过表达以及对与非生物应激反应相关的基因失控。