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利用针对细胞蛋白的化合物抑制人类巨细胞病毒复制
收到日期：2022 年 7 月 12 日；接受日期：2022 年 8 月 29 日；发布日期：2022 年 10 月 10 日 作者隶属关系：1 伦敦大学圣乔治学院感染与免疫研究所，英国伦敦。 * 通讯作者：Blair L. Strang，bstrang@sgul.ac.uk 关键词：青蒿素；化合物；巨细胞病毒；药物；激酶；重新利用；筛选；病毒。 缩写：CLK2，细胞周期蛋白依赖性激酶样激酶 2；CREB，cAMP 反应结合蛋白；DYRK1A、DYRK1B、DYRK2，双特异性酪氨酸磷酸化调节激酶 1A、1B 和 2。；GCV，更昔洛韦；HCMV，人类巨细胞病毒； HIPK1 和 HIPK4，同源域相互作用蛋白激酶 1 和 4；HIV，人类免疫缺陷病毒；IE，立即早期；MAP4K4，丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶 4。；MAPK，丝裂原活化蛋白激酶；MIEP，主要立即早期启动子；MNK，MAP 激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶；MSK1，丝裂原和应激激活激酶 1；PKA，蛋白激酶 A；PLK1，polo 样激酶 1；PRKD1、PRKD2 和 PRKD3，蛋白激酶 D1-D3；PRKG1、PRKG2，cGMP 依赖性激酶 1 和 2；PRKX，蛋白激酶，x 连锁。； ROCK1、ROCK2、rho 相关、卷曲螺旋蛋白激酶 1 和 2；SARS-CoV-2、严重急性呼吸综合征冠状病毒 2；SLFN11、Schlafen 蛋白 11；VGCV、缬更昔洛韦。001795 © 2022 作者
APOBEC 介导的 SARS-CoV-2 基因组 RNA 编辑影响病毒复制和适应性
第 9 页，共 28 页 此外，病毒株序列分析还表明，SARS-CoV-2 中 AC 基序中 C 的突变率较高。
含二茂密的核苷类似物靶向胰腺癌细胞中的DNA复制
1 School of Biosciences, The University of Birmingham, Edgbaston, Birmingham, B15 2TT, UK, 2 School of Chemistry, The University of Birmingham, Edgbaston, Birmingham, B15 2TT, UK, 3 Department of pharmacy, college of pharmacy, Knowledge University, 44001 Erbil, Kurdistan Region, Iraq, 4 Institute of Cancer and Genomic Sciences, and The University of Birmingham, Edgbaston, Birmingham, B15 2TT, UK, 5 MRC Laboratory or Molecular Cell Biology, University College London, London, WC1E 6BT, UK and 6 School of Pharmacy, The University of Birmingham, Edgbaston, Birmingham, B15 2TT, UK ∗ Correspondence : Nikolas J. Hodges, School of Biosciences, The University of Birmingham, Edgbaston,伯明翰，B15 2TT，英国。电子邮件：n.hodges@bham.ac.uk‡这些作者对工作也同样贡献。电子邮件：n.hodges@bham.ac.uk‡这些作者对工作也同样贡献。
提示争论：关于PCG级别的大语言模型中的复制和概括
chatgpt4pcg竞赛呼吁参与者向chatgpt提交输入，或提示将其输出引导到INSTUCTIONS，以生成水平作为俄罗斯方块型块的序列。提示提交给比赛的提示是由Chatgpt查询的，以生成类似于英语字母字母的级别。lev-基于与游戏引擎中的目标字母和物理稳定性的相似性评估。这为基于及时的程序内容生成（PCG）提供了定量评估设置，该方法在PCG中越来越受欢迎，就像在生成AI的其他领域一样。本文着重于复制和推广竞争结果。本文中的复制实验首先旨在测试从chatgpt收集的响应数量是否足以说明随机性。我们需要原始提示提交，并在比赛结束后大约六个月后，在不同的机器上重新重新竞争。我们发现结果很大程度上是复制的，只是由于我们只能部分确定的原因，15个提交中的两项在我们的补习中做得更好。在概括方面，我们注意到表现最佳的提示具有针对所有26个目标级别硬编码的说明，这与从示例中生成新的，以前看不见的内容的PCGML目标不一致。我们在更受限制的零射击和少数促使方案的情况下执行实验，并发现对当前方法的概括仍然是一个挑战。
基本原理：核酸，DNA复制，转录，翻译和应用于分子检测
•什么是DNA？•细菌细胞中存在哪些类型的DNA分子？•典型细菌病原体的遗传物质大小是多少？•细菌病原体有多少个基因？•细菌基因的平均大小是多少？
染色质拓扑的组织者RIF1确保细胞对DNA复制应力的弹性
真核基因组是由数千个复制起源重复的，这些复制起源是依次形成了复制簇的定义时空模式。DNA反应的时间顺序是通过染色质结构来确定的，并且更具体地通过RIF1稳定的染色质接触来确定。在这里，我们表明RIF1位于新合成的DNA附近。暴露于DNA复制抑制剂蚜虫蛋白的细胞中，RIF1的抗压显着降低了蛋白质在阳性DNA上分离的有效性，这表明蛋白质对蛋白质在新生DNA过程中的分离是由染色质拓扑降低的。RIF1来限制蚜虫治疗诱导的DNA病变的积累，并促进新生DNA附近的粘着素的募集。共同表明，通过RIF1对染色质拓扑的稳定限制了复制 - 相关的基因组不稳定性。
ACAT抑制剂抑制SARS-COV-2复制并增强抗病毒T细胞活性
1中国医学科学院牛津研究所，牛津大学，牛津大学，牛津大学，牛津大学，英国2号，纳菲尔德医学系，牛津大学牛津大学，牛津大学，牛津大学，英国3英国感染与免疫学和免疫与移植研究所，UCL，UCL，伦敦，伦敦，金dom，Kingdom，4个皇后和分子医学学院，英国皇后科学院。 London, United Kingdom, 6 Departments of Molecular Medicine and Neuroscience, The Scripps Research Institute, San Diego, California, United States of America, 7 Skaggs Graduate School of Chemical and Biological Sciences, The Scripps Research Institute, San Diego, California, United States of America, 8 The Pirbright Institute, Woking, United Kingdom, 9 Department of Virology II, National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan, 10东京科学大学应用生物学系，日本诺达，11个研究中心，日本东京国立传染病研究所，日本东京，12个呼吸医学部和牛津卫生研究所，牛津生物医学研究中心，诺夫菲尔德医学院，牛津大学，牛津大学，牛津大学，牛津大学，美国联合王国，美国牛津大学。
未折叠蛋白反应效应物 XBP1u 抑制病毒基因表达和复制
摘要 未折叠蛋白反应 (UPR) 是一种细胞稳态回路，通过三条 ER-核信号通路调节 ER 中的蛋白质合成和加工。一条通路由肌醇需要酶 1 (IRE1) 触发，该酶剪接 X-box 结合蛋白 1 (Xbp1) mRNA，从而使 XBP1s 表达。另一条 UPR 通路激活激活转录因子 6 (ATF6)。我们在这里表明，小鼠巨细胞病毒 (MCMV)（一种原型 b 疱疹病毒）利用 UPR 来调节其自身的生命周期。MCMV 在感染后早期激活 IRE1-XBP1 通路以减轻 XBP1u（未剪接的 Xbp1 mRNA 的产物）的抑制。XBP1u 通过阻断 XBP1s 和 ATF6 对病毒主要立即早期启动子的激活来抑制病毒基因表达和复制。这些发现揭示了 XBP1s 和 ATF6 作为病毒生命周期激活剂的冗余功能，以及 XBP1u 作为 XBP1s 和 ATF6 介导的激活的强效抑制剂的意外作用。
在DNA复制期间从模板切换中产生从头miRNA
即使对于具有极为约束的设计的microRNA（miRNA）基因，生成新基因和遗传信息的机制也是鲜为人知的。所有miRNA主要转录物都需要折叠成干循环结构，以产生与结合和拒绝其mRNA靶标结合和倒置的短基因产物（约22 nt）。虽然大量的miRNA基因是古老且高度保守的，但已证明编码完全新颖的miRNA基因的短次级结构以谱系特异性的方式出现。模板切换是一种与DNA复制相关的突变机制，可以在单个事件中引入复杂的变化并为整个发夹结构生成完美的基础配对。在这里我们表明，模板开关突变（TSM）参与了灵长类动物谱系中6,000多个合适的发夹结构的出现，以产生至少18个新的人类miRNA基因，即自从灵长类动物起源以来就已经出现的miRNA的26％。虽然该机制似乎是随机的，但TSM生成的miRNA富含内含子，可以用其宿主基因表达它们。TSM事件的高频提供了进化的原材料。比从从头创建基因创建的其他机制快的速度要快，TSM生成的miRNA可以使遗传信息的近乎静止状态和快速适应不断变化的环境。
人类细胞中DNA复制起源和兽人结合位点的综合分析
此预印本的版权持有人（该版本发布于2023年7月27日。; https：//doi.org/10.1101/2023.07.25.550556 doi：Biorxiv Preprint