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基因组测序和群体增强的实用性，以支持Marfan综合征中的剪接变体解释
此预印本版的版权持有人于2025年2月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.18.25321172 doi：medrxiv preprint
人类神经干细胞的自我更新和分化之间的时间平衡需要淀粉样蛋白前体蛋白
青霉素结合蛋白（PBPS）的D，D-转肽酶活性是β-乳用于阻断肽聚糖多物种的β-乳酰胺抗生素的众所周知的主要靶标。β -lactam诱导的细菌杀死涉及复杂的下游反应，其原因和后果很难解决。在这里，我们使用β-乳酰胺不敏感的L，D- trans-肽酶对PBP的功能替代，以鉴定在积极分裂细菌中β-l -lactams在β -lactams灭活PBP所必需的基因。通过这种方法鉴定的179个有条理的基本基因的功能远远超出了肽聚糖聚合的L，D-转肽酶伴侣，包括包括参与胁迫反应的蛋白质和外膜外聚合物的组装。β-乳转酰胺的未引起的作用包括脂蛋白介导的共价键的丧失，该键将外膜与肽聚糖连接到肽聚糖，不动deptagi-lization，尽管有效地具有有效的肽聚糖交叉链接，并增加了外膜外膜的渗透性。后一种效应表明β-乳酰胺的作用方式涉及通过外膜自促进的穿透力。
Erich Marquard SchwarzErich Marquard Schwarz
指导的手稿：Acta Parasitologica； ACS化学神经科学；美国热带医学与卫生杂志；生物信息学；生物学（MDPI）;生物技术进步； BMC生物学； BMC进化生物学； BMC遗传学； BMC基因组学；细胞报告；通信生物学；计算和结构生物技术杂志；当前的生物学； DNA研究； Elife；实验寄生虫学；遗传学的前沿；真菌生物学； G3;基因；遗传学；基因组生物学；基因组生物学和进化；基因组研究；基因组学；国际寄生虫学杂志；感染，遗传学和进化；国际分子科学杂志； Iscience; Helminthology杂志； nematology杂志；乔夫微生物发病机理；微公开；分子生物学和进化；分子和细胞探针；分子生态资源； NAR基因组学和生物信息学；自然通讯；自然遗传学；核酸研究；寄生虫；寄生虫和向量； PLOS计算生物学； PLO被忽视的热带疾病； plos One; RNA；科学数据；科学报告；跨界和新兴疾病；遗传学趋势；和惠康开放研究。
研究纸富含血小板的纤维蛋白通过上调钙化素来促进间皮细胞的增殖和腹膜修复，以防止术后
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使用瓷砖扩增子（Heptile）和基于探针的富集在Illumina和Nanobore平台上的整个基因组测序
乙型肝炎病毒（HBV）全基因组测序（WGS）目前受到限制，因为许多临床样品的DNA病毒载荷（VL）低于使用当前测序方法产生完整基因组所需的阈值。我们使用基于探针的捕获和瓷砖放大器PCR（Hep-tile）开发了两种泛基因型病毒富集方法，用于HBV WGS。我们使用模拟样品证明了这两种富集方法都是泛基因型（基因型A-J）。使用临床样品，我们证明了HEP-TILE放大成功地放大了最低的HBV VL测试（30 IU/ mL）的完整基因组，并且可以使用纳米孔和Illumina平台对PCR产物进行测序。基于探针的捕获，具有Illumina测序需要VL> 300,000 IU/mL，以生成全长HBV基因组。捕获 - 紫罗兰和Hep-tile-nanopore管道在具有已知DNA序列的模拟样品中具有100％的共识测序精度。一起，这些方案将促进HBV序列数据的产生，从而使HBV分子流行病学的更准确，更具有代表性的描述，对持久性和发病机理进行启示，并增强对感染及其治疗结果的理解。
富含Hermetia Illucens幼虫的局部面粉制定的鱼饲料的营养和微生物质量
在水产养殖中，饲料代表了生产成本的主要组成部分，该部门的发展取决于符合鱼类的定性和定量要求的经济饲料公式的发展。这项研究的目的是确定富含伊利米氏菌幼虫的局部面粉制定的鱼饲料的营养和微生物质量。用于配方的原材料是鱼粉，玉米粉，低级米饭，大豆餐和Hermetia Illucian nive幼虫餐。用0％，10％，25％，35％，50％，65％，75％和100％纳入Hermetia Illucens illucens幼虫粉作为替代鱼粉的代替，制备了不同的蛋白质饲料成分。使用标准方法确定这些面粉的生化和微生物分析。结果表明，幼虫粉的掺入对生物化学特征灰分（8.15％至20.27％），脂质（11.55％至24.94％），纤维（13.93至20.41％）和各种形式料的纤维（89.65至91.19％）。粪便链球菌的负载，atephylo-cocci，aeromonas，酵母和霉菌的负载范围为2.4至4.9 log 10 cfu/g； 3.6至3.9 log 10 cfu/g; 2.2至2.7 log 10 cfu/g; 2.1至2.3 log 10 cfu/g，分别是分解的。这些面粉的污染水平低于适用于动物饲料的微生物学标准。用0％和10％的hermetia illucens幼虫制定的饲料表现出最佳的营养和微生物特征。这些结果表明，富含Hermetia Illucens幼虫的面粉可用于鱼饲料。
来自含量丰富的原料的生物燃料：全面评论
生物燃料被认为是以可持续的方式满足未来能源供应需求的杰出替代化石燃料。通常，它们是由木质纤维素原料生产的。与富含浓度蛋白的原料相比，生物乙醇生产的木质纤维素原材料的糖化是一个繁琐的过程。各种富含菊粉的原料，即。耶路撒冷朝鲜蓟，菊苣，大丽花，芦笋sp。等。也被利用用于生产生物燃料，即。生物乙醇，丙酮，丁醇等。富含菊粉的原料的无处不在的能力和大量菊粉的存在使它们成为生产生物燃料的强大底物。不同的策略，即。已经探索了分离的水解和发酵，同时的糖化和发酵以及巩固的生物处理，以将富含二氨基蛋白的原料转化为生物燃料。这些生物处理策略是简单有效的。本评论详细阐述了生物燃料生产的富含浓度蛋白的原料的预期。为富含菊粉的原料转换而利用的生物过程策略也得到了强调。
激活大肠杆菌中的无声糖酵解旁路
所有活生物体在其中央代谢中都有类似的反应，为所有19个基本构件和降低力量提供了前体。确定糖酵解20的替代代谢途径是否可以在大肠杆菌中运行，我们在硅设计，合理的工程和自适应21实验室进化中互补。首先，我们使用了一个基因组规模模型，并在该生物体的22个代谢网络中鉴定了两种潜在途径，取代了规范的Embden-Meyerhof-Parnas（EMP）糖酵解，将23个转化为有机酸的磷酸化。这些糖酵解路线之一是通过甲基乙二醇（通过丝氨酸生物合成和降解）进行的。然后，我们在大肠杆菌菌株中实施了两种途径25具有缺陷的EMP糖酵解。令人惊讶的是，通过甲基乙二醇的途径立即在26个三氧磷酸异构酶缺失菌株中培养在甘油上。相比之下，在磷酸甘油酸激酶27缺失菌株中，对于实现功能性28甲基甘氨酸途径的过表达是必要的。此外，我们设计了“丝氨酸分流”，该“丝氨酸分流”通过丝氨酸生物合成和降解转换为丙酮酸，绕过烯醇酶缺失。最后，为了探索30种这些替代方案中的哪些替代方法，我们使用烯醇酶缺失菌株进行了自适应实验室31进化研究。证明进化的突变体使用丝氨酸分流。32我们的研究揭示了代谢途径的灵活性重新定位，以建立新的代谢产物链接和重新连接33中央代谢。34
PEAR：一种灵活的荧光报告基因，用于识别和富集成功进行先导编辑的细胞
(a) Prime Editor 活性报告基因 (PEAR) 的示意图。PEAR 的机制基于与 BEAR 相同的概念，并且包含相同的非活性剪接位点，如图 (a) 所示。PE 可以将“G-AC - AAGT”序列恢复为规范的“G-GT-AAGT”剪接位点。与 BEAR 不同的是，这里的 Prime 编辑发生在 DNA 的反义链上，因此，这种方法使我们能够将间隔序列定位在内含子内。这里，整个间隔的长度是可以自由调整的（显示为“N”-s）。剪接位点的改变的碱基显示为红色，编辑的碱基显示为蓝色。PAM 序列为深绿色，nCas9 为蓝色，融合的逆转录酶为橙色。
青春期的环境富集减轻了成年大鼠的连续和间歇性围产期酒精暴露而导致的认知缺陷和酒精脆弱性
围产期酒精暴露会影响个体神经发育，导致身体和功能性的长期异常，治疗方案有限。这项研究调查了后代认知功能和酒精脆弱性行为读数的连续和间歇性饮酒对后代的长期后果。还评估了青春期环境富集（EE）的影响。雌性大鼠进行连续饮酒（CAD） - 或间歇性酒精饮用范式（IAD），沿预孕，妊娠和哺乳期，等于人类的整个妊娠期。男性后代在标准条件或EE中饲养，直到成年，然后在新型的对象识别测试中评估宣言记忆；莫里斯水迷宫（MWM）中的空间学习，知名度和参考记忆；饮酒和通过两瓶选择范式复发。我们的数据表明，围产期CAD降低了对控件的运动活动，探索性行为和声明性记忆，而围产期IAD则显示出声明性记忆和空间学习和记忆的受损。此外，围产期酒精暴露的后代与对照相比，均显示出对酒精造成行为的脆弱性，尽管围产期IAD大鼠均显示出相对于围产期-CAD后代的饮酒和复发行为。ee在围产期CAD中改善了声明性记忆，同时减轻了围产期幼虫后代的空间学习和参考记忆障碍。此外，EE在对照和围产期酒精暴露的大鼠中降低了对酒精的脆弱性。产妇饮酒会产生与饮酒模式相关的