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全外显子组测序在性发育障碍管理中的作用不断演变
目的：性发育障碍 (DSD) 是指染色体、性腺和解剖性别发育不典型的先天性疾病。尽管进行了广泛的实验室和影像学检查，但超过 50% 的患者仍无法查明 DSD 的病因。方法：我们通过全外显子组测序 (WES) 对 9 名平均年龄为 10 岁的患者进行了 DSD 病因评估，这些患者通过激素、影像学和候选基因等多种方法进行了广泛的评估，但未能确定病因。结果：8 名 46,XY 患者出生时患有小阴茎、隐睾和尿道下裂，46,XX 患者患有大阴唇融合。在 7 名患者 (78%) 中，发现了 RXFP2、HSD17B3、WT1、BMP4、POR、CHD7 和 SIN3A 的致病变异。在两名患者中未发现致病变异。之前报道了三种基因突变，它们具有不同的表型：一名 11 岁男孩携带新的 BMP4 从头变异；此类变异主要与小眼畸形有关，少数情况下与男性外生殖器异常有关，这支持了 BMP4 在男性外生殖器发育中的作用；一名 12 岁男孩携带已知的 RXFP2 致病变异，该变异编码胰岛素样 3 激素受体，之前在患有隐睾的成年男性中也有报道；一名患有综合征性 DSD 的 8 岁男孩携带 SIN3A 从头缺失。结论：我们在 78% 的患者中发现了 DSD 的分子病因，这表明 WES 在早期 DSD 诊断和管理中发挥着重要作用，并强调了在婴儿早期快速进行分子诊断对于抚养性别决策的重要性。
低度发育不良的低覆盖全基因组测序可强烈预测溃疡性结肠炎的晚期肿瘤风险
摘要 背景 患有低度不典型增生 (LGD) 病变的溃疡性结肠炎 (UC) 患者罹患晚期肿瘤 (AN；结直肠癌和/或高度不典型增生) 的风险各不相同且难以预测。这是有效临床管理面临的一大挑战。 目的 我们旨在为患有 LGD 的 UC 患者提供准确的 AN 风险分层。我们假设 LGD 病变中体细胞基因组拷贝数变异 (CNA) 的模式和负担可以预测未来的 AN 风险。设计 我们进行了一项回顾性多中心验证病例对照研究，使用了来自 122 名 UC 患者的 270 个 LGD 样本。如果患者在 LGD 诊断后约 5 年内被诊断为 AN，则指定为进展者 (n=40)，如果他们在随访期间仍无 AN，则指定为非进展者 (n=82)。从基线 LGD 病变中提取 DNA，进行低覆盖率全基因组测序并处理数据以检测 CNA。生存分析用于评估 CNA 作为未来 AN 风险的预测因子。结果进展者的 CNA 负担明显高于无进展者（发现队列中 p=2×10 −6），并且在单变量分析中是 AN 风险的非常显著的预测因子（OR=36；p=9×10 −7 ），优于现有的临床风险因素，如病变大小、形状和局限性。将 CNA 负担与已知的 LGD 切除不完全的临床风险因素相结合的多变量模型实现了最佳风险预测。LGD 病变内的遗传异质性不会影响风险预测。结论 LGD 中的 CNA 测量是炎症性肠病 AN 风险的准确预测因子，并可能支持临床管理。
瑞士成年胶质母细胞瘤患者的下一代测序：一项多中心决策分析
瑞士成人胶质母细胞瘤患者的下一代测序：多中心决策分析 Zeitlberger AM 1 、Putora PM 2 、Hofer S 3 、Schucht P 4 、Migliorini D 5 、Hottinger AF 6 、Roelcke U 7 、Läubli H 8,9 、Spina P 10 、Bozinov O 1 、Weller M 3 、Neidert MC 1 、Hundsberger T 11,12 1 瑞士圣加仑州立医院神经外科部 2 瑞士圣加仑州立医院放射肿瘤科 3 瑞士苏黎世苏黎世大学医院神经内科 4 瑞士伯尔尼大学医院神经外科部 5 瑞士日内瓦日内瓦大学医院肿瘤科瑞士洛桑大学神经科学和肿瘤学系 7 瑞士卢塞恩州立医院神经病学系 8 瑞士巴塞尔大学医院肿瘤医学科治疗诊断学系 9 瑞士巴塞尔大学生物医学系癌症免疫疗法系 10 瑞士提契诺州立医院病理学研究所 11 瑞士圣加仑州立医院神经病学系 12 瑞士圣加仑州立医院血液学/肿瘤学系 通讯作者：PD Dr. med. Thomas Hundsberger 神经病学系 Rorschacher Strasse 95 9007 瑞士圣加仑 thomas.hundsberger@kssg.ch 电话：0041 71 494 3095 ORCID iD：0000-0002-4419-2767 致谢：我们感谢当地跨学科 CNS 肿瘤委员会的所有成员为本次研究提供数据。
16S rRNA基因测序的见解
背景：口腔健康取决于复杂的口腔微生物环境。此可变的口服微生物组包括牙齿，牙龈和舌头上的微生物种群。遗传学，食物，口腔卫生和健康状况都影响了这些微生物生态系统。这种生态学是敏感的，中断可能导致口腔失调。口腔粘膜炎和种植体周围感染经常是由于这种失衡而引起的。 这种广泛的分析检查了口腔病原体，例如链球菌，乳酸杆菌和卟啉念珠菌。 16S rRNA基因测序用于研究这些细菌如何引起口腔疾病。 这种强大的分子方法照明了口服微生物动力学。 这项研究通过检查这些致病性微生物与口腔健康之间的复杂相互作用来照亮疾病的发展。 本文还强调需要使用尖端的科学方法来治疗口腔疾病。 它描述了这些工具如何改变了口腔病理研究。 这项研究的发现对于改善治疗和预防方法至关重要。 评论强调口腔卫生并鼓励其他研究。 牙科治疗可能会变得更加个性化和有针对性，从而改善了口腔健康管理。口腔粘膜炎和种植体周围感染经常是由于这种失衡而引起的。这种广泛的分析检查了口腔病原体，例如链球菌，乳酸杆菌和卟啉念珠菌。16S rRNA基因测序用于研究这些细菌如何引起口腔疾病。这种强大的分子方法照明了口服微生物动力学。这项研究通过检查这些致病性微生物与口腔健康之间的复杂相互作用来照亮疾病的发展。本文还强调需要使用尖端的科学方法来治疗口腔疾病。它描述了这些工具如何改变了口腔病理研究。这项研究的发现对于改善治疗和预防方法至关重要。评论强调口腔卫生并鼓励其他研究。牙科治疗可能会变得更加个性化和有针对性，从而改善了口腔健康管理。
下一代测序：癌症综合管理的新时代
不幸的是，在大多数情况下，癌症都是在晚期才被诊断出来。众所周知，如果在早期发现，癌症基本上是可以治愈的。造成这种晚期诊断的主要原因是缺乏认识、社会耻辱、全国大部分地区缺乏足够的设施（专科医生和后勤支持）。传统上，癌症治疗被认为是手术（外科肿瘤学）、放疗（放射肿瘤学）和化疗（肿瘤内学）的结合。尽管如此，诊断或肿瘤诊断学不仅被认为是医学中最重要的领域，而且并没有被公认为是。然而，癌症预防和早期发现是最值得强调的步骤。随着靶向治疗（单克隆抗体和酪氨酸激酶抑制剂）和免疫疗法的出现，分子检测对于癌症管理的重要性日益增加。
生物医学，专利路径和前景分析中的反应式纳米材料
肝细胞癌（HCC）是全球与癌症相关死亡的第三大主要原因，到2040年，全球死亡人数和诊断的数量预计将增加55％以上（Marrero等人，2018年； Rumgay等人，2022年）。目前，主要治疗方法是肝切除和肝移植。然而，治疗后复发率保持较高，肝切除和肝移植后5年复发率分别为70％和35％（Xu等，2019）。近年来，对微血管侵袭（MVI）在HCC中的作用引起了显着关注。MVI定义为侵袭肿瘤细胞进入血管内皮细胞之间的空间，包括门静脉，肝动脉和淋巴管，是术后复发和HCC患者预后不良的独立危险因素（Gouw等人，2011年）。值得注意的是，对于直径小于5 cm的孤立小型HCC病变的患者，MVI的存在显着降低了无复发的生存率（RFS）和整体存活率（OS）（Sheng等，2020; Hong et al。，2021; Xiong et al。因此，迫切需要具有预后和治疗意义的更多特异性分子生物标志物。近年来单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）技术的快速发展彻底改变了对各种病理组织中细胞异质性的理解（Ramachandran等，2019; Kuppe等，2021）。SCRNA-SEQ导致肝癌研究中的显着发现。每个亚群在肝癌微环境中起着独特的作用。研究表明，肝癌中与肿瘤相关的巨噬细胞（TAM）与患者的预后差密切相关，并且它们在TAM的炎症反应中鉴定了关键基因，例如SLC40A1和GPNMB（Ma等，2019; Zhang等，2019）。此外，SCRNA-SEQ已用于绘制包括T细胞和树突状细胞在内的肝癌组织中的各种免疫细胞亚群。例如，LAMP3阳性树突状细胞介导免疫抑制，而TREM2-阳性TAM抑制了CD8 + T细胞的内化为肿瘤组织（Zhang等，2019; Zheng等，2017; Tan等，2023）。尽管发现了这些发现，但缺乏对肝细胞癌中恶性细胞的表达情况的全面理解，尤其是在MVI的进展过程中，缺乏，并且它们在肿瘤中的特定作用尚不清楚。本研究研究了肝细胞癌中恶性细胞的表达纤维，系统地分类了这些细胞，并详细介绍了与MVI相关的细胞异质性以及特异性恶性亚群的分子生物学特征。一种机器学习方法用于基于恶性细胞的签名基因构建预后模型，该模型不仅增强了签名基因的预后效用，而且还鉴定了先前未报告的分子，即Marcksl1。进一步的研究表明，MARCKSL1可以通过与PTN信号网络的相互作用来促进MVI的发展。目前的发现表明，Marcksl1是肝细胞癌和MVI进展的潜在治疗靶标，对于改善治疗策略和临床结果至关重要，尤其是对于MVI患者。
应用注释 - puretarget重复扩展面板和HIFI测序的全面基因分型
自定义Puretarget面板没有PACBIO正式支持。用户必须设计和订购其指南RNA并相应地优化其自定义面板。PACBIO可以提供有关指南RNA设计软件和优化自定义面板的策略的有限指导。我们建议在添加新的指南RNA或测试一组自定义指南之前，请首先使用支持的样本类型在Puretarget重复扩展面板上进行成功。添加少量重复扩展目标是相对较低的风险，因为片段的大小与套件（4-5 kb）中提供的面板相似。已显示出多达5对指南的成功，以实现其他重复扩展目标。SMRT链接PuretArget重复扩展分析或带有TRGT的命令行分析可以与包括新坐标的更新目标床文件一起使用。
一种基于测序的定量细胞内环境中细菌基因缺失突变体的方法
下一代测序 (NGS) 的进步大大加速了微生物学研究创新方法的发展。在本研究中，我们提出了一种新方法来量化细胞内环境中基因缺失突变体的净存活率。该方法基于标准化的 Illumina 基因组 DNA 短读测序，无需在每个缺失突变体上使用特定的选择标记。验证结果表明，该方法可以准确量化混合突变体的加标池中的突变体，与基于 CFU 测定的预期值相比没有统计学上显着差异（ p > 0.05）。此外，该方法还用于量化巨噬细胞中的 S . Gallinarum 突变体。将六个突变体和一个对照菌株混合在一个池中，并让其感染 HD11 细胞 2 小时。结果与之前的研究结果一致，为混合突变体感染在功能基因鉴定中的可行性提供了证据。值得注意的是，该方法的简单性和标准化植根于标准全基因组测序协议，使其可在各个实验室中轻松实施。
1个基于基因组测序的遗传分析...
此预印本版的版权持有人于2025年1月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.16.25320661 doi：medrxiv preprint
使用长读测序对扩增的亨廷顿基因进行单倍型 SNP 等位基因特异性基因编辑
亨廷顿舞蹈症 (HD) 是一种常染色体显性神经退行性疾病，由亨廷顿蛋白 ( HTT ) 外显子 1 的 CAG 三核苷酸重复扩增引起。目前，HD 尚无治愈方法，HD 患者的临床治疗侧重于症状管理。之前，我们展示了使用 CRISPR-Cas9 通过靶向附近 ( < 10 kb) 的 SNP（在外显子 1 附近产生或消除原间隔区相邻基序 (PAM)）来特异性删除扩增的 HTT 等位基因 ( mHTT )。在这里，我们使用 Oxford Nanopore 平台上的多重靶向长读测序方法，全面分析了 983 名 HD 个体中 HTT 外显子 1 两侧 10.4 kb 基因组区域内的所有潜在 PAM 位点。我们开发了计算工具（NanoBinner 和 NanoRepeat）来对数据进行解复用、检测重复并对扩增或野生型 HTT 等位基因上的读数进行分阶段。通过此分析，我们发现 30% 具有欧洲血统的 HD 患者共有一个 SNP，这被证实是人类 HD 细胞系中 mHTT 等位基因特异性删除的有力候选者。此外，多达 57% 的 HD 患者可能通过组合 SNP 靶向成为等位基因特异性编辑的候选者。总之，我们提供了受 HD 影响的个体中 HTT 外显子 1 周围区域的单倍型图。我们的工作流程可应用于其他重复扩增疾病，以促进用于等位基因特异性基因编辑的指导 RNA 的设计。