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利用 PacBio HiFi 测序进行大规模微生物基因组学研究
仅供研究使用。不得用于诊断程序。© 2024 Pacific Biosciences of California, Inc.（“PacBio”）。保留所有权利。本文件中的信息如有更改，恕不另行通知。PacBio 对本文件中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知、条款、条件和/或使用限制可能与您使用 PacBio 产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的 PacBio 销售条款和条件以及 pacb.com/license 上的适用许可条款。Pacific Biosciences、PacBio 徽标、PacBio、Circulomics、Omniome、SMRT、SMRTbell、Iso-Seq、Sequel、Nanobind、SBB、Revio、Onso、Apton、Kinnex、PureTarget、SPRQ 和 Vega 是 PacBio 的商标。
对数百个不同大脑进行长读测序，深入了解结构变异对基因表达和 DNA 甲基化的影响
1. 美国马里兰州贝塞斯达，美国国立卫生研究院，国家老龄化研究所和国家神经疾病和中风研究所，阿尔茨海默病和相关痴呆症中心 2. 美国加利福尼亚州圣克鲁斯市加州大学圣克鲁斯分校基因组研究所 3. 美国马里兰州贝塞斯达，美国国立卫生研究院，国家老龄化研究所，神经遗传学实验室 4. 英国伦敦大学学院，伦敦大学学院皇后广场神经病学研究所，神经退行性疾病系 5. 美国马里兰州巴尔的摩市约翰霍普金斯大学生物系 6. 美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院人类基因组测序中心 7. 美国华盛顿大学基因组科学系，美国华盛顿州西雅图 8. 美国华盛顿大学儿科系遗传医学分部 9. DataTecnica，美国华盛顿特区 10. Google LLC，美国加利福尼亚州山景城 11.美国马里兰州贝塞斯达市美国国立卫生研究院国家精神卫生研究所内部研究部人类大脑收集核心 12. 美国国家人类基因组研究所计算和统计基因组学分部基因组信息学科
多路复用的单细胞测序屏幕鉴定了增加鼠类穆林·穆勒胶质的神经源重编程的化合物
哺乳动物的抽象视网膜变性导致永久视力丧失，因为无法自然再生。一些非哺乳动物脊椎动物通过Muller Glia（MG）显示出强大的再生。，我们最近通过刺激性转录因子ASCL1的转基因表达来刺激成年小鼠MG以再生功能神经元的重生。这些结果表明MG可以作为神经元替代的内源性来源，但该过程的功效是有限的。为了在哺乳动物中改善这一点，我们设计了一个小分子筛选，一种使用SCI-plex，一种将多达数千个单核RNA-seq条件多路复用到单个实验中的方法。我们使用这项技术筛选了92种化合物的库，鉴定并验证了两种在体内促进神经发生的库。我们的结果表明，高通量单细胞分子分析可以基本上改善可以刺激神经再生的分子和途径的发现过程，并进一步证明了这种方法在视网膜疾病患者中恢复视力的潜力。
揭秘阿尔茨海默病：单细胞测序和空间转录组学的见解
阿尔茨海默病 (AD) 是一种以认知能力下降为特征的神经退行性疾病，主要影响记忆力和执行功能。本综述重点介绍了单细胞测序和空间转录组学的最新进展，这些进展为 AD 的细胞异质性和神经免疫机制提供了详细的见解。本综述讨论了了解复杂细胞相互作用以确定新的治疗靶点和生物标志物的必要性。单细胞测序通过在单个细胞水平上绘制基因表达图谱，揭示了导致神经炎症和神经退行性的不同小胶质细胞和星形胶质细胞状态，彻底改变了我们的认识。这些技术揭示了与疾病相关的小胶质细胞亚群和与 AD 风险基因相关的基因表达变化，这对于开发靶向疗法至关重要。总之，将单细胞和空间转录组学与其他组学数据相结合对于全面了解 AD 至关重要，为个性化医疗铺平了道路。持续的跨学科合作对于将这些发现转化为有效的治疗方法、改善患者预后至关重要。
技术说明 - 使用 DNA Genotek Oragene 设备收集并使用 Nanobind 试剂盒提取的唾液 DNA 样本的 HiFi 测序性能
采集了 30 位捐献者的唾液样本，其中 90% 的分析前 DNA 质量 >2 µg。从 27 个样本中提取了 HMW DNA，其中 93% 的产量 >500 ng。提取后，使用 Qubit dsDNA BR 检测试剂盒对 DNA 进行定量，并使用 Femto Pulse 系统（安捷伦科技公司）进行表征。使用 SMRTbell ® 制备试剂盒 3.0 为部分样本制备 HiFi 文库，并使用 SPRQ™ 化学方法在 Revio 系统上进行测序。每个样本都在一个 Revio SMRT 测序池上进行测序。表 1 总结了五个代表性样本的测序数据。这些样本产生了 4.7 到 15.9 µg 的 HMW DNA。HiFi 测序产量为 119 到 133 Gb 的 HiFi 数据，每个基因组的覆盖率为 27 到 40 倍，足以进行全面的 WGS 变异检测。 75% 到 95% 的读数映射到人类参考基因组 (GRCh38)。
应用简介-微生物全基因组测序-...
仅供研究使用。不得用于诊断程序。© 2024 Pacific Biosciences of California, Inc.（“PacBio”）。保留所有权利。本文件中的信息如有更改，恕不另行通知。PacBio 对本文件中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知、条款、条件和/或使用限制可能与您使用 PacBio 产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的 PacBio 销售条款和条件以及 pacb.com/license 上的适用许可条款。Pacific Biosciences、PacBio 徽标、PacBio、Circulomics、Omniome、SMRT、SMRTbell、Iso-Seq、Sequel、Nanobind、SBB、Revio、Onso、Apton、Kinnex、PureTarget、SPRQ 和 Vega 是 PacBio 的商标。
动植物科学在HIFI测序
所有样品吞吐量均为使用1个SMRT Cymist的VEGA系统的VEGA系统的估计值，使用1 SMRT细胞的SPRQ化学。覆盖范围可能会根据样本质量，图书馆质量和片段长度而有所不同。当前可用的SMRTBELL®适配器索引板96A-96D总共包含384个SMRTBELL条形码适配器。微生物从头组装假定的微生物为2 GB的总基因组大小为每个样品30倍。单细胞转录组学在Revio系统上的每个库中≥8000万次读取，在VEGA系统上的每个库中约有500-6亿个读取。全长RNA测序假设Revio Sprq的总读数为60m，而Vega的30m读取，无论有何plexity。Amplicon测序假设电影时间为1-5 kb的12小时电影时间，24小时的电影时间为5+ kb，每个样本> 50倍。目标富集假设每个样品> 50倍。
改进的甲型流感全基因组测序方案
甲型流感病毒突变率高且具有人畜共患潜力，对公共卫生构成重大挑战。全基因组测序 (WGS) 对于监测和鉴定这些病毒至关重要。通常使用牛津纳米孔技术 (ONT) 和 Illumina 新一代测序平台，其中 ONT 的优势在于其长读取能力、可移植性以及在测序过程中实时访问原始数据的独特能力，使其适合快速应对疫情。本研究通过改进 RT-PCR 试剂盒、引物和纯化方法，并评估高通量处理的自动化，优化了 ONT 连接测序甲型流感全基因组方案。与原始 ONT 方案相比，替代 RT-PCR 试剂盒与替代引物相结合，显著提高了读取深度覆盖率，并减少了短而非靶向的读取。这种改进在聚合酶片段的最小读取深度覆盖率方面尤为明显，而聚合酶片段通常面临实现均匀覆盖率的挑战，在 5' 和 3' 末端显示较高的覆盖率，而在中心区域显示较低的覆盖率。这种针对甲型流感 WGS 的优化方案不仅提高了测序质量和效率，而且适用于所有 NGS 平台，因此对于研究流感适应性和改进监测非常有价值。此外，该方案可以进一步完善和调整以用于其他病原体的测序，从而扩大其在各种病原体监测和应对工作中的实用性。
利用大规模并行测序对中国山东汉族人群的全线粒体基因组进行分析
结果：共鉴定出 135 种独特的线粒体 DNA 单倍型，分为 105 个单倍群，单倍型多样性值为 0.9993。整个线粒体基因组的鉴别能力计算为 0.9574，而仅分析控制区时为 0.8936。观察到的大多数单倍群是东亚谱系所特有的，包括 D4、D5 和 F1。人群比较显示，现代山东汉族与来自黄河和西辽河流域的古代人群有遗传联系。此外，山东汉族在其发展过程中可能融合了大量来自其他地区的母系血统。山东汉族的人口扩张估计发生在大约 9,000 年前，相当于新石器时代，这是一个文化和技术发展显著的时期。
使用第三代测序优化从鼻衬液中提取DNA，以评估鼻微生物组
背景：通过鼻吸附对鼻衬液（NLF）采样最少侵入性且耐受性良好，但是使用此技术评估鼻微生物组的可行性尚不清楚。但是，低生物量使气道样品特别容易受到与污染物DNA有关的问题。在这项研究中，我们评估了使用方法学对低生物量呼吸样品分离的DNA的适用性，并评估了与传统的拭子采样方法相比，通过鼻吸附收集的衬里液的衬里如何捕获鼻微生物的多样性和组成。方法：从成年志愿者那里收集鼻拭子和NLF。DNA。评估DNA的质量和数量，并进行了短阅读16S rRNA测序，以评估可行性和提取偏见。然后使用优化的提取方法从NLF和鼻拭子中提取DNA，并且进行了全长16S rRNA测序，以比较NLF和鼻拭子之间的微生物谱。使用NF核/Ampliseq管道，PacificBiosciences/PB-16S-NF管道或软件EMU分类分类法分类，并使用R Packages Temages and Mixomics进行下游分析。结果：所有提取方法均从模拟群落中恢复了DNA，但仅基于降水的方法从NLF产生了足够的DNA。提取方法显着影响微生物谱，需要机械裂解以最大程度地减少针对特定属的偏差。曲线与长读测序相当。结论：我们的发现证明了使用通过鼻吸附收集的NLF分析鼻微生物组的可行性，并验证了两种提取方法，作为适合全长的16S rRNA测序的低生物量呼吸类样品的RRNA测序。我们的数据证明了在低生物量呼吸样品中无偏DNA提取方法的重要性，以及随后DNA提取对观察到的微生物谱的影响。此外，我们证明了NLF可能是使用16S rRNA测序评估鼻拭子的适当替代样品。