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从没有原始信号的纳米孔测序数据中对DNA修饰的定量检测灵活的，实时的，点播测序
在发布时正确的信息。可能会发生变化。牛津纳米孔技术，车轮图标，Elysion，Epi2Me，Gridion，Minion，Mintion，Minknow和Promethion是注册的商标或牛津Nanopore Technologies PLC在各个国家 /地区的商标应用程序。本文所包含的信息可以受牛津纳米孔技术待定的专利或专利保护。所有其他品牌和名称都是其各自所有者的财产。©2025牛津纳米孔技术plc。保留所有权利。牛津纳米孔技术产品不适用于健康评估或诊断，治疗，缓解，治愈或预防任何疾病或病情。BR_1223（en）_v4_29Jan2025
纳米孔测序用于蛋白质
它的快速分析和超长读数，纳米孔测序改变了基因组学，转录和表观基因组学。现在，由于纳米孔设计和蛋白质工程的进步，使用该技术的蛋白质肛门可能正在追赶。“所有碎片都从那里开始进行单分子蛋白质组学，并使用纳米含量来识别蛋白质及其修饰。这不是确切的测序，但可以帮助您确定存在哪些蛋白质。“您可以通过多种不同的方式识别蛋白质，这些蛋白质实际上并不需要所有20种氨基酸的确切识别，”他指的是蛋白质中通常的数字。在纳米孔DNA测序中，单链DNA通过电流通过蛋白质孔驱动。作为DNA残基横穿孔，它破坏了电流以产生可以将其解码为DNA碱基的特征信号。
纳米孔测序的空气监测
尽管空气微生物组及其多样性对于人类健康和生态系统的弹性至关重要，但全面的空气微生物多样性监测仍然很少见，因此对空气微生物组的组成，分布或功能知之甚少。在这里我们表明，基于纳米孔测序的元基因组学可以通过液体撞击和量身定制的计算分析来稳健地评估空气微生物组与主动空气采样相结合。我们为空气微生物组分析提供快速，便携式实验室和计算方法，我们将利用这些方法来稳健地评估受控温室环境的核心空气微生物组和自然室外环境的分类学组成。我们表明，长阅读测序可以通过从头元基因组组件来解决物种级注释和特定的生态系统功能，尽管用作纳米孔测序的输入的碎片DNA量较低。然后，我们使用我们的管道来评估以西班牙巴塞罗那为例的城市空气微生物组的多样性和可变性；该随机实验使人们对城市边界内的高度稳定位置特异性空气微生物组的存在提供了首先见解，并展示了可通过自动，快速和便携式纳米孔测序技术来实现的强大微生物评估。
长度16S rRNA测序
KINNEX 16S rRNA试剂盒将扩增的16S扩增子作为输入，并输出一个可进行测序的库，与标准的FL 16S库相比，该库将导致多达12倍的吞吐量增加。Kinnex 16S套件基于多路复用阵列测序（MAS-SEQ）方法（Al'khafaji等，2024），用于FL 16S扩增子（图3A）。结果明显更高，并且对高精度，成本效率的FL 16S测序的测序需求显着降低，每个PACBIO SMRT细胞的多重能力高达1,536个扩增子样品。我们在各种样本中测试了Kinnex 16S rRNA套件，包括模拟社区标准，凳子，唾液，植物，土壤，废水，废水和拭子（皮肤，口腔，阴道和兽医伤口）。然后，我们使用用户友好的生物信息学管道HIFI-16-Workflow分析了数据，该管道为FL 16S HIFI读取提供了快速Q-to-Report分析解决方案（图3B）。我们还检查了读取深度对样本类型中检测到的物种数量的影响（图4）。
APE基因组的完整测序
第二，Solar 2，Antipov 2，11，Riley J. Mangan 12，13，14，头盔3，Gracela Mofort 15，16，Laura Carrel 23，Agnes P. Chan 24，Juyun Crawford 19，26，26，26，26，27，Gage H. Gage H. Garcia H. Garcia Gabrielle A. Alexandra P. Lewis 1，Juan F. I.25 25 Szpiech 11，Christian D. Huber 11，Tobias L. Lenz 9，Miriam K. Conchel 41,42，Soojin V. Yi 55，Stefan 26 Canzar 48，Corey T. Watson 57，Erik Garrison 30，Craig B. B. B. B. B. B. B. B. B. B. B. B. B. Lowe 8 8，Mario Ventur 4，Rachel J. O'Neill 10,17，58，Sergey Corren25 25 Szpiech 11，Christian D. Huber 11，Tobias L. Lenz 9，Miriam K. Conchel 41,42，Soojin V. Yi 55，Stefan 26 Canzar 48，Corey T. Watson 57，Erik Garrison 30，Craig B. B. B. B. B. B. B. B. B. B. B. B. B.Lowe 8 8，Mario Ventur 4，Rachel J. O'Neill 10,17，58，Sergey Corren16 Martinez 6 , Patrick Masterson 32 , Rajiv C. McCoy 18 , Barbara McGrath 11 , Sean Mckinney 15 , Britta 17 S. Meyer 9 , Karen H. M. MATT 18 PENNELL 47 , Pavel A. PEvzner 31 , David Porusky 1 , Tamara Potapova 15 , Francisca R. Ringeling 48 , 19 Joana L. Rocha 49 , Oliver A. Ryder 35 , swalti 29 , swarms 1 32 , Edmundo 22 Torres-González 11 , Mihir Trivedi 1, 59 , Wenjie Wei 51, 52 , Julie Wertz 1 , Muyu yang 44 , Panpan 23 Zhang 2 Zhhang Zhang 31 , Sarah A. Zhao 12 , Yixin Zhu 47 , 24 Erich D. Jarvis 37, 53，詹妮弗·L·格顿15，伊克·里瓦斯·冈萨雷斯54，扎卡里·A。16 Martinez 6 , Patrick Masterson 32 , Rajiv C. McCoy 18 , Barbara McGrath 11 , Sean Mckinney 15 , Britta 17 S. Meyer 9 , Karen H. M. MATT 18 PENNELL 47 , Pavel A. PEvzner 31 , David Porusky 1 , Tamara Potapova 15 , Francisca R. Ringeling 48 , 19 Joana L. Rocha 49 , Oliver A. Ryder 35 , swalti 29 , swarms 1 32 , Edmundo 22 Torres-González 11 , Mihir Trivedi 1, 59 , Wenjie Wei 51, 52 , Julie Wertz 1 , Muyu yang 44 , Panpan 23 Zhang 2 Zhhang Zhang 31 , Sarah A. Zhao 12 , Yixin Zhu 47 , 24 Erich D. Jarvis 37, 53，詹妮弗·L·格顿15，伊克·里瓦斯·冈萨雷斯54，扎卡里·A。
下一代测序——复发/难治性慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 的最佳治疗顺序
摘要 综述目的 本研究论文旨在概述靶向药物时代复发/难治性慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 的循证治疗顺序。 最新发现 由于缺乏对新型药物进行头对头比较的随机临床试验数据，越来越多的证据表明，固定疗程治疗后晚期复发 (> 2 年) 的患者可从相同的再治疗中受益，而对于持续服药后缓解时间短暂或病情进展的患者，类药物转换更为有利。 对先前接触过 BTK 和 BCL2 共价抑制剂的患者进行治疗仍然是一项未满足的医疗需求。 新型药物，尤其是非共价 BTKI，在早期临床试验中显示出对这种难治亚群有希望的疗效。 摘要 CLL 的最佳治疗顺序需要考虑患者的个体因素和疾病特征。 双重难治性疾病继续带来临床挑战，重点是尽可能参与临床试验。
合成生物学的超高通量测序...
我们表明，从细菌菌落开始，在一次 Illumina NextSeq 2000 运行中可以对数千个质粒进行测序，并在第二天完成生物信息学分析。我们利用可扩展的模块化流程，包括菌落挑选、液体处理、DNA 测序和生物信息学分析。滚环扩增 (RCA) 或菌落直接 PCR 取代了传统的细菌培养和质粒纯化。集成自动标准化、一步式文库制备技术可在方便的 384 孔、可立即测定的配置（384 孔 x 16 板）中提供 6,144 个索引。我们与其他工作流程的基准比较表明，这种自动化流程将典型的合成生物学 DBTL 周期从几周缩短到几小时。
下一代测序对癌症治疗的影响
从根本上说，精准肿瘤学阐明了肿瘤分子分析可以通过识别不同的基因突变、蛋白质水平和其他支持癌症进展的生物标志物来阐明其生物学行为、多样性和可能的结果。下一代测序已成为当前临床实践中诊断和治疗指导不可或缺的诊断工具。如今，组织分析受益于通过全面基因组分析和液体活检等方法的进一步支持。然而，肿瘤学领域的精准医疗存在特定的障碍，例如成本效益平衡和广泛的可及性，特别是在中低收入国家。一个关键问题是如何有效地将下一代测序扩展到所有癌症患者，从而增强治疗决策的能力。人们还担心组织样本的质量和保存，以及对卫生技术的评估。此外，随着技术的进步，新的下一代测序评估正在开发中，包括碎片组学的研究。因此，我们的目标是描述下一代测序的主要用途，讨论其在肿瘤学中的应用、局限性和未来发展方向。
间隔和压力表征到达排序
摘要 — 本文对欧洲四座机场的到达航班排序进行了分析，这四座机场代表了不同类型的运营，共有超过 14,000 对飞机。目的是更好地理解和描述高峰期密集复杂环境中的排序方式。该分析纯由数据驱动，侧重于飞行额外时间、间隔偏差和顺序压力的演变。主要结果是：（1）在距离终点 15 分钟时，平均飞行额外时间为 4 到 6 分钟（取决于地形），变化范围在 ±2.5 到 ±4 分钟之间；（2）在距离终点 15 分钟时，间隔偏差从 ±3 分钟到 ±4 分钟不等，在距离终点 2 分钟时收敛到零； (3) 顺序压力（如果没有排序，则共享同一到达时段的航班数量）在进入终端区时较低，然后在距离终点一定距离/时间时达到峰值，然后逐渐降低至接近终点时每时段一架航班的目标压力。终端区的压力水平及其峰值分布在不同的目的地之间存在明显差异，突出了排序技术的效果。未来的工作将涉及分析高压情况，以确定适当的压力特性，即所需的最小压力和可接受的控制器工作量之间的权衡。