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改进单链 DNA 病毒的测序
Malathi VG、Renuka Devi P. (2019) SsDNA 病毒：全球病毒组中的关键参与者。病毒性疾病。 30：3–12。 https://doi.org/10.1007/s13337-019-00519-4
对来自...的样本进行高覆盖率纳米孔测序
对千人基因组计划样本进行高覆盖率纳米孔测序，以建立人类遗传变异的综合目录 作者 Jonas A. Gustafson 1,2,*, Sophia B. Gibson 1,3,*, Nikhita Damaraju 1,4,*, Miranda PG Zalusky 1 , Kendra Hoekzema 3 , David Twesigomwe 5 , Lei Yang 6 , Anthony A. Snead 7 , Phillip A. Richmond 8 , Wouter De Coster 9,10 , Nathan D. Olson 11 , Andrea Guarracino 12,13 , Qiuhui Li 14 , Angela L. Miller 1 , Joy Goffena 1 , Zachary B. Anderson 1 , Sophie HR Storz 1 , Sydney A. Ward 1 , Maisha Sinha 1 , Claudia Gonzaga-Jauregui 15 、Wayne E. Clarke 16,17 、Anna O. Basile 16 、André Corvelo 16 、Catherine Reeves 16 、Adrienne Helland 16 、Rajeeva Lochan Musunuri 16 、Mahler Revsine 14 、Karynne E. Patterson 3 、Cate R. Paschal 18,19 、Christina Zakarian 3 、Sara Goodwin 20 、Tanner D. Jensen 21 、Esther Robb 22 、1000 基因组 ONT 测序联盟、华盛顿大学罕见疾病研究中心 (UW-CRDR)、阐明罕见疾病遗传学的基因组学研究 (GREGoR) 联盟、W. Richard McCombie 20 、Fritz J. Sedlazeck 23,24,25 , Justin M. Zook 11 , Stephen B. Montgomery 21 , Erik Garrison 12 , Mikhail Kolmogorov 26 , Michael C. Schatz 14 , Richard N. McLaughlin Jr. 2,6 , Harriet Dashnow 27,28 , Michael C. Zody 16 , Matt Loose 29 , Miten Jain 30 , Evan E. Eichler 3,31,32 , Danny E. Miller 1,19,31,** 附属机构 1. 美国华盛顿州西雅图华盛顿大学儿科系遗传医学分部 2. 美国华盛顿大学西雅图分子与细胞生物学项目 3. 美国华盛顿大学基因组科学系 4. 美国华盛顿大学西雅图公共卫生遗传学研究所 5. 悉尼南非约翰内斯堡威特沃特斯兰德大学健康科学学院布伦纳分子生物科学研究所 6. 美国华盛顿州西雅图太平洋西北研究所 7. 美国纽约州纽约纽约大学生物系 8. 美国路易斯安那州巴吞鲁日阿拉米亚健康中心 9. 比利时安特卫普 VIB 分子神经病学中心应用和转化神经基因组学组 10. 比利时安特卫普大学生物医学科学系 11. 美国马里兰州盖瑟斯堡国家标准与技术研究所材料测量实验室 12. 美国田纳西州孟菲斯田纳西大学健康科学中心遗传学、基因组学和信息学系 13. 意大利米兰人类科技城 14. 美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学计算机科学系 15. 国际人类基因组研究实验室人类基因组研究，墨西哥国立自治大学 16. 纽约基因组中心，美国纽约州纽约市 17. Outlier Informatics Inc.，萨斯卡通，萨斯卡通，加拿大 18. 西雅图儿童医院实验室部，西雅图，华盛顿州，美国 19. 检验医学和病理学部，美国华盛顿大学，美国华盛顿州西雅图 20. 冷泉港实验室，美国纽约州冷泉港 21. 斯坦福大学遗传学系，美国加利福尼亚州斯坦福 22. 斯坦福大学计算机科学系，美国加利福尼亚州斯坦福 23. 贝勒医学院人类基因组测序中心，美国德克萨斯州休斯顿
新结核药物的靶向测序
Clin, in vitro 3 t2c (Val1Ala) R1-S1 R1-S2 R1-S13 R2-S4 Clin 1 g5t (Ser2Ile) R1-S5 R2-S5 clin 1 Del gg 18-19 R1-S11 R1-S6 R1-S11 clin 1 Val20Gly R2-S7 Clin, in vitro 2 a97g (Thr33Ala) R1-S9 R2-S4 R2-S8 R2-S15 Clin, in vitro 1 t124c (W42R) R1-S4 R1-S9 R2-S4 Clin_base 1 t136c (Cys46Arg) R1-S6 Clin 1 136_137 ins G R2-S10 clin 3 138_ins GA R2-S11 clin 5 138_139 ins G R2-S7 R2S10 Clin 1 140 insG R1-S11 clin 4 141_142 ins C fs R2-S7 R2-S10 R2-S15 CLIN 1 FS CODON48 R1-S14 CLIN / BETRO 1 C158T（SER53LEU）R1-S5 R1-S5 R1-S5 R1-S10 R2-S5 CLIN / BETRO 1 SER53PRO R1-S6 R1-S6 R1-S6 R1-S6 R1-S6 R1-S6 R1-S11 IN VELRO，IN VELRO，IN VELRO，IN VELRO，CLIN 1 A187G（CLIN 1 A187G（SER63GLY）CLIN CLIN 3 32 clin 32 IND CLIN 32 IND CC11 R2 IND 1 192 INTER R2 INTER C. 192_193 Ins G R2-S7 R2-S15 clin 1 t200g R2-S10 clin 1 Del c212 fs R2-S15 clin 1 Leu83Pro R2-S4 Clin 2 Tyr_92 STOP R1-S22 R2-S6 Clin 1 345_delG R2-s10 clin 2 delA: Gln115_fs R2-S6 clin 1 M139T R1-S11 clin 1 t437c （MET146THR）R2-S5
靶向长读测序和表观遗传分析
用例 1：重复扩增障碍 长读测序能够研究难以通过 PCR 扩增的区域。这为诊断由重复扩增引起的疾病开辟了新的可能性。我们与 Clinical Genomics Uppsala 合作，设计了可以同时检测多个重复扩增基因的检测方法。这些方法在患者样本的 DNA 上进行了测试。
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摘要这项研究的目的是对来自波兰北部的一个地理位置收获的蜂蜜的全基因组分析和评估细菌分离株的抗菌潜力。总共源自三个蜂蜜样品，总共获得了132个菌株，CFAM的抗菌活性（无细胞后培养培养基）用作菌株选择和详细基因组研究的标准。两个测试的分离株（SZA14和SZA16）被归类为帕拉酸芽孢杆菌，基于其ANI和系统发育分析的相关性，一个分离株（SZB3）为枯草芽孢杆菌。分离株SZA14和SZA16是从相同的蜂蜜样品中收获的，核苷酸同一性为98.96％。已经发现所有三个分离株都是不同抗菌化合物的潜在生产者。二次代谢产物基因组挖掘管道（抗石）鉴定了14个基因簇编码为非核糖体肽合成酶（NRP），Polyketide合酶（PKSS）和核糖体合成的核糖体合成和核糖体合成的，并且是经过转化的肽（Ripps），这些肽是新型替代品的替代品。Bagel4分析揭示了分离株SZA14和SZA16中有九个假定的基因簇（包括两个分离物中存在的六个类似的簇，编码肠球菌NKR-5-3B，Haloduracin-alpha，sonorensin，sonorensin，bottromycin and comx2，comx2，comx2，comx2，comx2，suloduracin-alloduracin- SZB3（能力因子，孢子杀伤因子，枯草脂蛋白A和乙酰肽）。这项研究的结果证实了蜂蜜衍生的芽孢杆菌属。菌株可以被认为是各种抗菌剂的潜在生产者。
英国基因组测序的采样策略......
摘要 达尔文生命之树 (DToL) 项目旨在对英国和爱尔兰所有真核生物物种进行高质量基因组测序和组装，项目第一阶段将集中于科级覆盖以及具有特殊生态、生物医学或进化意义的物种。我们总结了以下过程：(1) 评估英国节肢动物群和英国名单上个别物种的状况；(2) 确定优先次序并收集物种进行初始基因组测序；(3) 处理方法以确保保存高质量的基因组 DNA；(4) 编制处理标本以进行基因组测序、身份验证和凭证标本管理的标准操作程序。我们简要探讨了从 DToL 试点阶段和 Covid-19 大流行的影响中吸取的一些经验教训。
生物信息学和下一代测序2024
Tue 12 th Nov 2024 Introduction to R 09:30-17:00 GMT Tue 19 th Nov 2024 Introduction to Unix and Sequencing QC 09:30-17:00 GMT Tue 26 th Nov 2024 RNA Seq Data Analysis 09:30-17:00 GMT Tue 3 rd Dec 2024 10X single cell RNA Seq Data Analysis 09:30-17:00 GMT Tue 10 th Dec 2024 Extracting Biological Information from Gene Lists 09:30-17:00 GMT Room via Zoom, details to follow Type Interactive Course with many hands-on exercises Requirement Basic bioinformatics knowledge is recommended Recommendation PhD students that will work with NGS datasets Maximum participants 20 Further information BioMed Coordinating Office ( andrea.schmitz-derron@uzh.ch ) and here https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/training.html信用积分3 ects（课程中的练习）通过电子邮件发送至andrea.schmitz-derron@uzh.ch.ch.ch.ch.ch.ch.ch.ch.ch.ch.ch.ch，直到2024年10月11日星期五，包括注册表。如果应用程序数量超过了可能的参与者的最大数量，则将对生物元素和使用NGS数据集工作的学生进行优先级。免费为LZSGS博士学生提供费用。如果较晚取消（10月22日之后）或未出现，我们将收取250瑞士法郎的费用。
Invitro DNA扩增和DNA的测序
最初的PCR要求包括100至35000个碱基对的目标DNA，与靶DNA互补并与靶DNA区域结合，二价阳离子（MG 2+），缓冲溶液，脱氧核糖核苷酸，例如DATP，DATP，DCTP，DCTP，DGTP和DTTP，dttp和Prospective Bases。DNA聚合酶是从深海中发现的细菌中分离出的必需酶。因此，该酶通常被称为TAQ聚合酶。该酶的优点是它是热稳定的。也就是说，它可以承受高达95 O的温度上升。查看图8.2，了解执行聚合酶链反应的步骤。用于执行PCR的仪器被称为热环生（图8.3）。建议学习者在给定的链接
微生物全基因组测序指南
合成生物学是一个成长的领域，涉及重新设计生物，以实现有用的目的，以使其具有新的能力。世界各地的研究人员和公司正在利用自然的力量解决医学，制造和农业的问题。wgs是研究和应用结果领域的基础技术，使生物工程师能够使用许多方法，例如基因编辑或合成基因合成，以构建旨在执行高价值功能的微生物中复杂的代谢途径。应用的应用包括活着的药物，培养成分，增强的农业微生物组以及在生物安全计划中的使用。
OHA 3527A 疫苗测序信息图
• 疫苗制造以及治疗剂、设备、用品或个人防护设备的制造 • 第 1b 阶段第 6 组中未包括的其他食品和农业，包括牧场、饮料制造、苗圃、花园中心、农场用品商店、兽医服务、渔业和狩猎、林业 • 杂货店和零售（任何）商店，包括食品市场、药店、便利店、零售服装和专卖店 • 社区学院、学院、大学、职业康复、贸易和专业学校以及相关的教育支持服务、教育项目管理 • 美国邮政服务 • 公共交通，包括农村、城际和城市公交和铁路运营商、学校和员工巴士交通、特殊需求交通 • 制造业，包括木材、纸张、石油、煤炭、沥青、屋顶、化学品、塑料、金属、工业机械、计算机、电子产品、交通运输、橱柜和台面、医疗设备、维修和保养、工业设计服务 • 第 1b 阶段包含的任何行业的运输和物流，包括航空、铁路、水路、卡车、出租车、豪华轿车、包车、其他交通交通运输、驾校、批发商、仓储、储存和配送服务、包装和标签、机动车及零部件经销商、电子购物和零部件经销商、交通运输租赁和保养、相关服务• 食品服务，包括餐馆和酒吧、小卖部、社区食品服务• 能源，包括公用事业、石油和天然气开采、采矿、加油站、燃料经销商、燃料配送、环境咨询、公用事业• 水和废水、固体废物管理和回收，包括公用事业• 住房，包括建筑、承包商、房地产、社区住房服务、经济适用住房计划、旅行者住宿、商业住宿、室内设计、建筑、工程和相关服务。