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acinetobacter spp。在新生儿败血症中：紧急的全球威胁
新生儿败血症会引起大量的发病率和死亡率，其负担是由低收入国家（LIC）承担的。脆弱的新生儿种群中多药耐药病原体的出现对婴儿的生存构成了紧迫的威胁。acinetobacter spp。在全球新生儿中越来越负责严重疾病。此升级的原因尚不清楚，但是宿主，病原体和环境因素都可能有助于。acinetobacter spp。菌株通常对新生儿败血症的第一线经验治疗具有抗性，在许多重症新生儿中使这些抗生素无效。在全球范围内，新生儿重症监护病房（NICUS）中的较广谱抗生素方案的升级导致出现了更具抗性菌株的出现，包括耐碳纤维菌菌（抗碳纤维）baumanii（CRAB），从而导致感染的感染越来越多。虽然正在考虑一些现有的抗菌剂以治疗杆菌属。感染，大多数与新生儿的临床使用相距甚远。迫切需要对这些感染，传播动力学和预防措施的临床表型进行进一步研究，以减少新生儿死亡。本评论旨在总结杆菌属的作用。在新生儿败血症中，包括宿主，病原体和环境因素，疾病的全球流行病学和临床特征，治疗选择以及未来的研究优先级。
环境条件对英语频道长期鱿鱼（Loligo spp。）招聘强度和空间位置的影响
英国频道是东北大西洋地区最高的长期鱿鱼着陆点，使鱿鱼成为该地区运作的塞尔萨尔遗迹所利用的最有价值的资源之一。该资源由两个短寿命的长鱿鱼物种：loligo forbesii和L. vulgaris组成，它们的外观相似（它们没有被钓鱼者区分开），但在其生命周期的时间上有所不同：在L. forbesii中，在7月，在L. dufgaris招募的招聘峰会出现在L. dufgaris peak in Nevember中。头足类物种（例如Loligo spp。）的丰度和分布取决于有利的环境条件，以支持生长，繁殖和成功募集。This study investigated the role of several environmental variables (bottom temperature, salinity, current velocity, phosphate and chlorophyll concentrations) on recruitment biomass (in July for L. forbesii and November for L. vulgaris ), as based on environmental data for pre-recruitment period from the Copernicus Marine Service and commercial catches of French bottom trawlers during the recruitment period over the years 2000 to 2021.为了说明环境描述符与生物响应之间的非线性关系，将一般添加剂模型（GAM）拟合到数据中。在各自的招聘期内，获得了单独的模型，以预测法拉克利斯和福布西生物量指数。这些模型解释了生物量指数变化的很高比例（L. forbesii为65.8％，而福尔加里（L. vulgaris）的差异为56.7％），并且可能适合预测资源的丰度（以生物量）和空间分布。此类预测是指导经理的理想工具。由于这些模型可以在开始季节开始前不久进行，因此它们的常规实施将在实时填充管理中进行（由与短寿命物种打交道的薄薄的科学家促进）。
通过长距离风的Culicoides spp。
摘要欧洲面临蓝胞菌病毒（BTV）血清型的定期介绍和重新引入，最近通过在野土中的血清型3的入侵而举例说明。尽管将疾病载体的长距离风散布，Culicoides spp。被认为是病毒介绍途径，但在风险评估中仍然被研究了。开发了一个定量风险评估框架，以估计BTV-3从撒丁岛侵入欧洲大陆的风险，该病毒自2018年以来一直存在。我们使用了大气传输模型（杂交单颗粒拉格朗日综合轨迹）来推断昆虫载体的空气传播分散的可能性。流行病学疾病参数量化了撒丁岛载体种群中病毒的流行及其在新区域引入后的第一次传播。假设最大持续时间为24小时，撒丁岛引入BTV的风险仅限于地中海盆地，主要影响意大利半岛，西西里，马耳他和科西嘉岛的西南地区。风险延伸到意大利的北部和中部地区，巴利阿里群岛以及法国大陆和西班牙，主要是最大持续时间长于24小时。关于矢量流条件和杂物复合物特异性参数的其他知识可以改善模型的鲁棒性。我们的框架为BTV介绍风险提供了空间和时间见解，是指导全球监视和准备对Epizootics的准备的关键工具。
揭示了Plunderfish harpagifer spp之间的共晶发育信号。他们的肠道微生物组遍布南洋
抽象理解雕刻鱼类肠道微生物组的因素是挑战，尤其是在以高环境和宿主基因组复杂性为特征的自然种群中。然而，密切相关的宿主是通过突显的生物学和共晶发育模式来解解宿主进化史对微生物组组装的贡献的宝贵模型。在这里，我们提出，最近在南大洋的几种竖琴物种的多样化将允许检测宿主与其微生物组之间强大的系统发育一致性。我们表征了来自四个野外收集的harpagifer物种的77个个体的肠粘膜微生物组（Teleostei，notothenioidei），分布在南大洋的三个生物地理区域。我们发现海水物理化学特性，宿主系统发育和地理学共同解释了竖鼠肠粘膜中细菌群落组成的35％。harpagifer spp的核心微生物组。肠粘膜的特征是多样性低，主要由选择性过程驱动，并由超过80％的个体中检测到的单个Aliivi Brio操作分类单元（OTU）主导。在包括Aliivibrio在内的核心微生物组分类群的几乎一半（包括Aliivibrio）在微反应分辨率下具有宿主系统发育的共生信号，表明与Harpagifer具有亲密的共生关系和共同的进化历史。清晰的细胞传友和共晶发育信号强调了harpagifer模型在站立在塑造肠道微生物组组装中的作用下的harpagifer模型的相关性。我们提出，最近的竖琴数多样化可能导致了Aliivibrio的多样化，表现出反映宿主系统发育的模式。
优化的机器学习模型，以准确检测念珠菌属。在革兰氏染色的显微镜图像中
摘要：图像解释对于临床微生物诊断至关重要。革兰氏阴性幻灯片的手动阅读是时间耗尽和复杂的。基于机器学习（ML）模型的人工视觉系统的使用可以加快感兴趣的微生物的检测，从而确保丢弃无关的图像，并考虑与诊断相关的图像。这种自动诊断过程大大减轻了微生物学家及其主观性的负担。可以通过鉴定酵母样细胞或指示念珠菌属的丝状结构来自动化晶体染色样品的形态学研究。已经实施了几种多类机器学习模型（XGBoost，人工神经网络和K-Nearest邻居），从图像中采取了相关的形态特征。使用目标函数对酵母和菌丝的特定检测，使用创新的元启发式算法优化了数据集维度。最佳优化模型的精度为0.821，精度宏为0.827，召回宏为0.790，F1宏的宏为0.806。
通过长距离风的Culicoides spp。
摘要欧洲面临蓝胞菌病毒（BTV）血清型的定期介绍和重新引入，最近通过在野土中的血清型3的入侵而举例说明。尽管将疾病载体的长距离风散布，Culicoides spp。被认为是病毒介绍途径，但在风险评估中仍然被研究了。开发了一个定量风险评估框架，以估计BTV-3从撒丁岛侵入欧洲大陆的风险，该病毒自2018年以来一直存在。我们使用了大气传输模型（杂交单颗粒拉格朗日综合轨迹）来推断昆虫载体的空气传播分散的可能性。流行病学疾病参数量化了撒丁岛载体种群中病毒的流行及其在新区域引入后的第一次传播。假设最大持续时间为24小时，撒丁岛引入BTV的风险仅限于地中海盆地，主要影响意大利半岛，西西里，马耳他和科西嘉岛的西南地区。风险延伸到意大利的北部和中部地区，巴利阿里群岛以及法国大陆和西班牙，主要是最大持续时间长于24小时。关于矢量流条件和杂物复合物特异性参数的其他知识可以改善模型的鲁棒性。我们的框架为BTV介绍风险提供了空间和时间见解，是指导全球监视和准备对Epizootics的准备的关键工具。
从2013年到2021年，产生碳青霉酶的摩根菌属的传播：一项比较基因组研究
Methods This comparative genomic study included extensively drug-resistant Morganella spp isolates collected between Jan 1, 2013, and March 1, 2021, by the French National Reference Center (NRC; n=68) and European antimicrobial resistance reference centres in seven European countries (n=104), as well as one isolate from Canada, two reference strains from the Pasteur Institute collection (Paris, France), and two来自Bicêtre医院（法国克里姆林 - 比卡特）的可菌素敏感分离株。通过全基因组测序，抗菌敏感性测试和生化测试来表征分离株。也包括来自GenBank（n = 103）的完整基因组进行基因组分析，包括系统发育和核心基因组和抗性的测定。不同物种或亚种之间的遗传距离。通过将遗传分析与脂质A上的质谱分析相结合。
地中海西北部与微纤维有关的弧菌属和其他潜在致病细菌
无论是合成的还是天然的，微纤维在环境中的数量都急剧增加，成为海洋中最常见的颗粒类型，并使水生生物面临多种负面影响。采用结合形态学（扫描电子显微镜 - SEM）和分子分类学（高通量 DNA 测序 - HTS）的方法，我们研究了在地中海西北部收集的漂浮微纤维 (MF) 中的细菌组成。纤维表面 100 μ m 2 中细菌的平均数量为 8 ± 5.9 个细胞；通过将其外推到整根纤维，这代表每根纤维有 2663 ± 1981 个细菌。附着的细菌群落以 Alteromonadales、Rhodobacterales 和 Vibrionales 为主，包括潜在的人类/动物病原体副溶血性弧菌。这项研究揭示了 MF 上细菌定植率很高，并表明这些颗粒可以寄生许多细菌物种，包括假定的病原体。即使我们无法仅根据分类学确认其致病性，这也是首次描述这种附着在地中海 MF 上的致病弧菌。识别 MF 定植菌对于评估健康风险很有价值，因为它们的存在可能对沐浴和海鲜消费构成威胁。考虑到 MF 可以作为整个海洋中潜在致病微生物和其他污染物的载体，这种污染可能产生生态和经济后果。
弯曲杆菌属，沙门氏菌和胚泡sp的患病率和关联。在家禽
摘要：家禽和家禽肉被认为是人类野生动物病和沙门氏菌病的最重要来源。然而，有关弯曲杆菌和沙门氏菌的发生的数据与肠道原生动物（如胚泡刺激）同时发生。在家禽中仍然非常稀缺。因此，这项研究旨在研究来自农场或埃及现场鸟类市场收集的214只鸡的粪便样品中这三种微生物之间的存在和可能相互作用。获得的结果表明弯曲杆菌属，沙门氏菌和胚泡sp。分别存在于91.6％（196/214），44.4％（95/214）和18.2％（39/214）的测试样品中，强调了这些微生物的主动循环。此外，据报道弯曲杆菌属的发生之间有显着的正相关。和胚泡sp。以及胚泡sp之间的显着负相关。和沙门氏菌属。这项研究确认了胚泡sp之间先前报道的关联。和弯曲杆菌属。在公开胚泡sp之间的关联时。和沙门氏菌属。;它还突出了需要改善对家禽肠道菌群中细菌与真核生物之间相互作用的研究的必要性。
一种环境DNA分析，用于检测危及的天使鲨（Squatina spp。）
Agersnap，S.，Larsen，W.B.，Knudsen，S.W.，Strand，D.，Thomsen，P.F.，Hesselsøe，M。Etal。（2017）。使用淡水样品中的环境DNA对贵族，信号和狭窄的小龙虾进行监测。PLOS ONE，12（6），E0179261。https://doi.org/10.1371/journal.pone。0179261 Andruszkiewicz，E.A.，Sassoubre，L.M。＆Boehm，A.B。（2017）。海洋鱼环境DNA的持久性和阳光的影响。PLOS ONE，12（9），E0185043。https://doi.org/10.1371/journal.pone.0185043 Barnes，M.A。 ＆Turner，C.R。 （2016）。 环境DNA的生态及其对保护遗传学的影响。 保护遗传学，17（1），1 - 17。https：//doi.org/10.1007/s10592-015-015-015-0775-4 Boulanger，E.，Loiseau，N. （2021）。 环境DNA元法编码揭示并解开地中海海洋储量中的生物多样性保护悖论。 皇家学会的会议记录B，288（1949），20210112。https：// doi。 org/10.1098/rspB.2021.0112 Boussarie，G.，Bakker，J.，Wangensteen，O.S。，Mariani，S.，Bonnin，L.，Juhel，J.B.等。 （2018）。 环境DNA照亮了鲨鱼的黑暗多样性。 科学进步，4（5），EAAP9661。 https://doi.org/ 10.1126/sciadv.aap9661 Budd，A.M.，Cooper，M.K.，Le Port，A.，Schils，T. 等。 （2021）。 使用环境DNA在五十年内，首次检测了密克罗尼西亚关岛的急性濒危扇形的锤头鲨（Sphyrna Lewini）。https://doi.org/10.1371/journal.pone.0185043 Barnes，M.A。＆Turner，C.R。（2016）。环境DNA的生态及其对保护遗传学的影响。保护遗传学，17（1），1 - 17。https：//doi.org/10.1007/s10592-015-015-015-0775-4 Boulanger，E.，Loiseau，N.（2021）。环境DNA元法编码揭示并解开地中海海洋储量中的生物多样性保护悖论。皇家学会的会议记录B，288（1949），20210112。https：// doi。org/10.1098/rspB.2021.0112 Boussarie，G.，Bakker，J.，Wangensteen，O.S。，Mariani，S.，Bonnin，L.，Juhel，J.B.等。（2018）。环境DNA照亮了鲨鱼的黑暗多样性。科学进步，4（5），EAAP9661。https://doi.org/ 10.1126/sciadv.aap9661 Budd，A.M.，Cooper，M.K.，Le Port，A.，Schils，T.等。（2021）。使用环境DNA在五十年内，首次检测了密克罗尼西亚关岛的急性濒危扇形的锤头鲨（Sphyrna Lewini）。生态指标，127，107649。https：//doi.org/10.1016/j.ecolind.2021.107649 Bustin，S.A.（2009）。MIQE指南：最少发表定量实时PCR实验的信息。临床化学，55（4），611 - 622。https：//doi.org/10.1373/clinchem.2008.112797 Caza-Allard，I.＆Bernatchez，L。（2022）。生物和非生物因素对鱼环境DNA的产生和降解的影响：一种实验评估。环境DNA，4（2），453 - 468。https：//doi.org/10.1002/edn3.266 Collins，R.A.，Wangensteen，O.S.，O.S.，O'Gorman，E.J. ＆Genner，M.J。（2018）。海洋中环境DNA的持久性