XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemstrand
重组农杆菌单链 DNA-...
序列 MDPKAEGNGENITETAAGNVETSDFVNLKRQKREGVNSTGMSEIDMTGSQET PEHNMHGSPTHTDDLGPRLDADMLDSQSSHVSSSAQGNRSEVENELSNLFA KMALPGHDRRTDEYILVRQTGQDKFAGTTKCNLDHLPTKAEFNASCRLYRDG VGNYYPPPLAFERIDIPEQLAAQLHNLEPREQSKQCFQYKLEVWNRAHAEMGI TGTDIFYQTDKNIKLDRNYKLRPEDRYIQTEKYGRREIQKRYEHQFQAGSLLPD ILIKTPQNDIHFSYRFAGDAYANKRFEEFERAIKTKYGSDTEIKLKSKSGIMHDS KYLESWERGSADIRFAEFAGENRAHNKQFPAATVNMGRQPDGQGGMTRDR HVSVDYLLQNLPNSPWTQALKEGKLWDRVQVLARDGNRYMSPSRLEYSDPE HFTQLMDQVGLPVSMGRQSHANSVKFEQFDRQAAVIVADGPNLREVPDLSPE KLQQLSQKDVLIADRNEKGQRTGTYTNVVEYERLMMKLPSDAAQLLAEPSDRYSRAFVRPEPALPPISDSRRTYESRPRGPTVNSL
可以合成本身和互补链的聚合酶核酶
图1。三个小聚合酶核酶基序的发现和进化。（a）选择构造的格式用于初始选择回合（回合1至3或1至5），库是通过柔性链接器链接到杂交标签的六聚体标签的。生物素化引物可以捕获活性连接酶（在图中进行了详细描述S1-S2）。（b）在后期回合中使用的选择构建体的格式（3至11或5至11），需要三磷酸化的三核苷酸（Triplet）底物的聚合。在选择过程中，三胞胎（xxx）的序列（xxx）和由模板（x'x'x'）编码的三重态数（y）在选择过程中变化（表S1中的详细信息）。（c）序列和预测从显示迭代三重三重连接的库中发现的三个核酶的二级结构，即三重酶聚合酶活性。在绿色中，源自随机库部分的核苷酸。在灰色的核苷酸中，源自恒定区域（接头和引物结合位点）。（d）在（b）中显示的（c）中显示的核酶的迭代三重聚会聚合，带有xxx = gcg和x'x'x'= cgc，y = 3。反应条件：50 nm核酶 - 基底，50 nm引物BCY3P10GA，50 nm模板T6FP10GAGCG3，5μMPPPGCG三胞胎，0.05％Tween 20，200 mm Kcl，50 mm Kcl，50 mm mgcl 2，50 mm mgcl 2，50 mm ches-koh，ph 9，3天，3天，以-77°°°°°°°°核酶与模板杂交。（E）序列和预测源自1-40克隆的QT51核酶的二级结构。黑色圆圈表示从1-40个祖先序列突变的6个残基；三角形表示2-核苷酸缺失。（f）60核苷酸序列的合成，该序列由CGU三重态的20个重复组成。Reaction conditions: 0.25 μM primer F10, 0.25 μM template tP10CGU20, 0.25 μM ribozyme, 10 μM pppCGU triplet, QT51 in 0.05% Tween 20, 50 mM MgCl 2 , 50 mM CHES-KOH, pH 9, 5TU+t1.5 in 200 mM MgCl 2 , 50 mM Tris-Cl, pH 8.3, 2 weeks在-7°C冷冻。核酶未与模板杂交。
补充材料双链DNA ...
补充图3。在口服DSRNA处理后的14天期间，评估了第二龄H. HALYS若虫的死亡率。若虫为100 ng/µl dsRNA-CHC，dsRNA-CHC加上DSDNA-S，DSRNA-GFP，DSRNA-GFP，DSRNA-GFP加上DSDNA-S，DSDNA-S，DSDNA-S，DSDNA-S，1％蔗糖和未经培养的控制。还包括1％的蔗糖溶液和未处理的对照组。在DSRNA溶液中喂食72小时后，每天记录生存率。新鲜的绿豆。显示了平均值±SE（n = 5-7）。误差条表示平均值（SEM）的标准误差。点表示单个重复，并且在某些治疗中可见离群值。使用GLM进行统计分析。
巨型大小的杂合性损失由CRISPR-CAS9 DNA双链断裂
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年9月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.09.27.615517 doi：biorxiv Preprint
抗抑郁药曲唑酮与双链DNA之间的相互作用：多光谱和计算分析
曲唑酮（TZD）是一种用于治疗主要抑郁症和睡眠障碍的抗抑郁药。升高的曲唑酮与中枢神经系统抑郁症有关，这表现为恶心，嗜睡，混乱，眩晕，疲惫等。要开发具有最小不良影响的临床活性药物化合物，必须全面了解该药物对DNA的作用机制。因此，我们利用各种光谱和计算技术研究了曲唑酮与DNA之间的相互作用方式。使用UV - VIS滴定的研究表明，DNA和曲唑酮具有有效的相互作用。通过稳态荧光研究，Lehrer方程计算得出的船尾伏默常数（K SV）的大小为5.84×10 6 m-1。uv - Vis吸收，DNA熔化，染料位移和圆形二分法研究表明，曲唑酮与小凹槽中的DNA结合。分子对接和分子动力学模拟表明TZD-DNA系统是稳定的，并且结合模式较小。此外，离子强度研究表明，DNA和曲唑酮没有实质性的静电结合相互作用。
ARID1A参与胃癌的DNA双链断裂修复
使用Trizol试剂（Invitrogen，Carlsbad，CA，美国）提取总RNA。使用Prime-Script RT试剂试剂盒（完美的实时，日本Takara）合成互补的DNA（cDNA）。3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）用作内部对照基因，并使用2 – DDCT公式计算折叠诱导。使用SYBR Premix ex Taq进行定量实时PCR分析（日本Takara。Inc.目录编号DRR041A）（PCR协议：阶段1：早期讲述，重复：1;95℃30s阶段2：PCR反应，重复：40; 95℃5 s; 60℃30s阶段3：熔体曲线：熔体曲线：95℃15s; 60 s; 60 s; 60 s; 95 s; 95 s; 95 s;95℃15s）。使用了以下引物：ARID1A（F）5'-CTTCACTCAGTCAGCTCCCA-3'，arid1a（r）5'-GGTCACCCCACCCTCATCTCATACTCCTTT-3'，gapdh（f）5'-GGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCTCTCTCTCTCTCCTGATCTCAACA-3'，and gapdh（R） 5'-GTTGCTGCCCAAATTCGTTGT-3'。GAPDH用作内源性对照。每次三份重复每个样本，并使用相对定量软件（Applied Biosystems）分析。
DNA双链破裂修复蛋白的依赖性
DNA双链断裂通过多种途径修复，包括非同源最终连接（NHEJ）和微学介导的端连接（MMEJ）。这些途径的平衡取决于局部染色质的环境，但是对基本机制的理解很少。通过将敲除筛选与双重MMEJ：NHEJ报告基因插入在19种不同的染色质环境中，我们识别了数十种DNA修复蛋白，这些DNA修复蛋白调节途径取决于局部染色质状态。偏爱NHEJ的蛋白质主要与斑塑素协同作用，而有利于MMEJ的蛋白通常与不同类型的异染色质协同作用。前者的例子是BRCA2和民意调查，后者是幻想综合体和ATM。此外，在各种人类癌症类型中，其中几种蛋白质的丧失改变了杂染色质和全染色质之间途径特异性突变的分布。一起，这些结果发现了一个复杂的蛋白质网络，该蛋白质以染色质上下文与依赖性方式调节MMEJ：NHEJ平衡。
生物素化的双链/单链DNA杂交（17,853 nt）
•保持通道的流量1-3打开，并在〜2.5μm和6μm之间移动陷阱1，以确定是否形成了系绳，通过观察力响应。对于单个系绳，测得的FD曲线遵循双链DNA的蠕虫样链模型，轮廓Lenght为17.853 bp，并且在60 Pn处具有过度拉伸的高原。双重系数显示，距离较短的力响方面的发作将使高原过高的高原。双 - 毛线可以通过增加珠子之间的距离而打破，但是，也可能发生Tethers（部分）转换为杂种，而不是导致单个常规的Tethers。如果经常捕获多个系数，则可以降低注射器中的DNA浓度。