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通过Primerless PCR拯救高度退化的DNA
1医学实验室科学系，应用医学科学学院，国王阿卜杜勒齐兹大学，吉达，沙特阿拉伯2分子诊断实验室，国王阿卜杜勒齐兹大学医院，国王阿卜杜勒齐兹大学，沙特阿拉伯国王阿卜杜勒阿拉伯，阿拉伯人，mol。res。22（4）：GMR19097于2023年8月30日收到2023年10月26日，于2023年12月26日发表，doi http://dx.doi.org/10.4238/gmr19097摘要。下一代测序（NGS）平台现在作为治疗前结肠癌患者的K-RAS突变的常规分析实施。NGS平台中使用的DNA是从结肠癌福尔马林固定的石蜡包裹（FFPE）块中提取的。在这项研究中，我们利用了20个FFPE结肠癌块。通常，优质的DNA样品包括紧凑的高分子量DNA。通过琼脂糖凝胶电泳检查提取的DNA的质量。由于自动分解和自发脱尿，或细菌污染和提取的DNA的自然机制，发现某些样品被高度退化，然后通过超声处理将其定期碎片。在这项研究中，进行了PCR来重建较大的DNA片段，而不是扩增DNA片段。无原始PCR依赖于PCR循环的两个段的自然力量来重建碎片的PCR，作者：变性DNA可以随机退火为其互补序列（退火）和TAQ聚合酶在3'端（扩展）扩展DNA。通过重复150个循环，产生较大的DNA片段而不是扩增DNA。碎片的DNA通过无底漆PCR重建150个周期。然而，每50个周期将TAQ聚合酶的1U添加到PCR反应中。为这项研究选择的样品被高度降解。样品的降解程度为
nzytaq II 2×无色主混合
nzytaq II 2×无色主混合物是一种预混合的现成溶液，其中含有NZytaq II DNA聚合酶（MB354），属于新一代TAQ衍生的DNA聚合酶，优化了用于标准PCR应用的DNA聚合酶。主混合物含有最佳浓度的DNTP，反应缓冲液和添加剂，并支持最高6 kb的广泛的DNA模板的可靠和可靠放大。MGCL 2最终浓度为2.5 mm，允许实施各种PCR协议。对于高度敏感的下游应用，建议在随后的协议中使用前使用nzygelpure（MB011）净化放大的PCR产物。Nzytaq II DNA聚合酶缺乏3'→5'外切核酸酶活性。由此产生的PCR产品具有A-悬垂性，适用于NZYTECH的NZY-A PCR克隆试剂盒（MB053）或NZY-A-A快速PCR克隆试剂盒（MB137）。
PPP主混合不带MGCL2 -TOP -BIO
体积 *试剂最终浓度12.5μlPPP主混合1倍PPP主混合物不含MGCL 2（75 mm Tris-HCl，pH 8.8，无MGCL 2（25 O C），20 mm，20 mm（NH 4）2 sO 4，0.01％，0.01％Tween 20，200μmDatp，200μmDctp，200μmDctp，200μmdgn，200μmdgn，theq，200μmdnumtheq，theq，200μmdnumtheq，theq，200μmdnumtheq，theq deq deq deq deq deq deq deq deq deq deq deq deq deq deq deq 200 m少量增长很高。 polymerase, stabilizers and additives) 2.5 μl 25 mM MgCl 2 2.5 mM MgCl 2 1 μl Forward primer 0.1 - 1 μM (~ 20 bases in length) 1 μl Reverse primer 0.1 - 1 μM (~ 20 bases in length 1 μl Template DNA 7 μl PCR H 2 O to a final volume 25 μl *Different volumes can be used, but PPP Master Mix without MGCL 2最终应稀释两次
基于High-A ...
带有PCR纯化套件。此后，从含有IL-2和BI-特异性基因的预先形成的慢病毒F9质粒和BI-特异性F9质粒中扩增了IL-2信号肽和双特异性AVRAN-BIS或DURAN-BIS蛋白构建体。使用与KOD DNA聚合酶的PCR反应进行扩增，与噬菌体质粒同源的引物（补充表S1中的引物为G）。此后，使用吉布森装配方法的方案将PCR产物克隆到开放噬菌体质粒中，然后转化为电竞争性的大肠杆菌。使用Allin™Red Taq Mastermix进行了用于Gibson组装和质粒插入验证的菌落PCR，并将上述序列呈阳性的菌落转移到含有氨苄青霉素LB（25 µg/mL）和
Invitro DNA扩增和DNA的测序
最初的PCR要求包括100至35000个碱基对的目标DNA，与靶DNA互补并与靶DNA区域结合，二价阳离子（MG 2+），缓冲溶液，脱氧核糖核苷酸，例如DATP，DATP，DCTP，DCTP，DGTP和DTTP，dttp和Prospective Bases。DNA聚合酶是从深海中发现的细菌中分离出的必需酶。因此，该酶通常被称为TAQ聚合酶。该酶的优点是它是热稳定的。也就是说，它可以承受高达95 O的温度上升。查看图8.2，了解执行聚合酶链反应的步骤。用于执行PCR的仪器被称为热环生（图8.3）。建议学习者在给定的链接
粪便抗生素耐药性基因通过土壤 - 塞尾食品链的分布转移
（gactachvgggtatctaatcc）和341F（cctacgggnggcwgcag）用于放大土壤封闭食物链系统中每个组件的V3-V4区域。Studies have shown that the V3-V4 region of the selected bacteria can reduce genomic heterogeneity and can be closer to the full-length comparison information than other variable regions(DONG-LEI S et al.,2013).The PCR amplification reaction consisted of 1 µL of 10 mM upstream and downstream primers (805 R primer with Barcode at the 5 ' end), 25 µL of Ex Taq酶，1 µL DNA模板和22 µL DDH2O形成50 µL×2反应系统。表4-1显示了特定的PCR扩增反应条件。放大后，通过DNA纯化和恢复试剂盒（Thermo Fisher）回收产物。确定纯化产物的浓度，并将每个样品与
ARID1A参与胃癌的DNA双链断裂修复
使用Trizol试剂（Invitrogen，Carlsbad，CA，美国）提取总RNA。使用Prime-Script RT试剂试剂盒（完美的实时，日本Takara）合成互补的DNA（cDNA）。3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）用作内部对照基因，并使用2 – DDCT公式计算折叠诱导。使用SYBR Premix ex Taq进行定量实时PCR分析（日本Takara。Inc.目录编号DRR041A）（PCR协议：阶段1：早期讲述，重复：1;95℃30s阶段2：PCR反应，重复：40; 95℃5 s; 60℃30s阶段3：熔体曲线：熔体曲线：95℃15s; 60 s; 60 s; 60 s; 95 s; 95 s; 95 s;95℃15s）。使用了以下引物：ARID1A（F）5'-CTTCACTCAGTCAGCTCCCA-3'，arid1a（r）5'-GGTCACCCCACCCTCATCTCATACTCCTTT-3'，gapdh（f）5'-GGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCTCTCTCTCTCTCCTGATCTCAACA-3'，and gapdh（R） 5'-GTTGCTGCCCAAATTCGTTGT-3'。GAPDH用作内源性对照。每次三份重复每个样本，并使用相对定量软件（Applied Biosystems）分析。
nzy-a pcr克隆套件
nzy-A快速的PCR克隆试剂盒设计用于对含有3´-A悬垂的PCR产物进行快速有效的克隆，这是由于使用非卫生读取DNA聚合酶具有末端转移酶活性的扩增，例如TAQ DNA聚合酶。这种方法结合了改进的连接缓冲液的效率与快速连接酶的速度，以在室温（20-25°C）的仅10分钟内在10分钟内进行快速连接。通过将NZYTECH的PNZY28与ECORV切割NZY-A快速克隆试剂盒提供的克隆载体，并在两端添加3´-末端胸苷。这些单一的3´-T突出者不仅通过为包含PCR产品的3'-A提供兼容的悬垂性，还可以通过防止向量的重新循环。在PNZY28矢量的多个克隆区域中引入了多个限制位点。使用ECORI或BAMHI的矢量消化允许释放PCR产物，因为矢量克隆区域侧翼是两种酶的识别位点。
具有GAPDH参考基因的新型实时PCR，用于反刍动物
摘要：Peste des Petits反刍动物（PPR）是一种严重的急性，高度传染性的疾病，是由Peste des Petits反刍动物病毒（PPRV）引起的。本研究旨在建立具有内部扩增对照的QRT-PCR测定，以快速准确地检测PPRV。PPRV N的引物和探针基于中国PPR诊断技术的国家标准，设计了一对引物和TAQ MAN探针，用于设计甘油醛-3-磷酸盐脱氢酶（GAPDH）的参考基因。进行了反应条件，特异性，灵敏度和可重复性测试以及临床样本检测的优化。结果表明，对于参考基因GAPDH的最佳引物和探针浓度分别为0.4μmol/L和0.4μmol/L，分别为0.4μmol/L和0.2μmol/L。已建立的方法与其他病毒没有交叉反应。PPRV的最小检测极限为6.8副本/µl，GAPDH的副本为190份/µL。PPRV和GAPDH的变异系数（CV％）都低于2％。结果表明，包含内部参考基因的PPRV QRT-PCR方法具有很强的特异性，高灵敏度和良好的可重复性。添加用于样品质量控制的内部参考基因可提高检测的准确性。
热启动 TTx (DNA) 试剂盒 - 使用说明书 KOD
此外，TTx DNA 聚合酶具有 5'-3' 外切酶活性，因此可用于使用探针分析（如 TaqMan ® 分析）的实时 PCR。该酶含有中和抗体，因此允许进行热启动 PCR。特点 - 卓越的 DNA 扩增效率基于 TTx DNA 聚合酶优化了反应组成。TTx DNA 聚合酶比通用酶（如 Taq DNA 聚合酶和 Tth DNA 聚合酶）具有更高的延伸能力，TTx DNA 聚合酶即使在快速循环条件下也能实现高效的 PCR。 - 耐受 PCR 抑制剂该试剂盒可有效从粗样品（例如生物样本、食品、土壤提取物等）中进行扩增。从全血进行扩增时，无需纯化核酸，直接将其加入反应溶液中即可实现充分的扩增。 - dUTP 的利用 本试剂盒含有 dUTP 而不是 dTTP，用于 rTth/TTx (DNA) 的 2x 缓冲液。因此，通过添加尿嘧啶-N-糖基化酶 (UNG) 可以降低假阳性检测率。 *本试剂盒不提供 UNG。本试剂盒包含以下成分，可用于 250 次反应，总反应体积为 20 μL。所有试剂应储存在 -20°C 下。