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易转化普通小麦品种‘Fielder’的染色体规模基因组组装
我们已为六倍体普通小麦品种“Fielder”建立了高质量的染色体水平基因组组装，Fielder 是美国软质白色糕点型小麦，于 1974 年推出，以易受农杆菌介导的转化和基因组编辑而闻名。使用 HiFi 方法的 PacBio 环状共识测序获得了准确的长读序列。使用 hifiasm 组装器组装的 16 个 SMRT 细胞的序列读数产生了 N50 大于 20 Mb 的组装体。我们使用 Omni-C 染色体构象捕获技术将重叠群排序为染色体水平组装体，得到 21 个伪分子，累计大小为 14.7，未锚定重叠群为 0.3 Gb。对含有已编辑的种子休眠基因 TaQsd1 的转基因小麦植物的已发表短读段进行定位，确定了转基因插入小麦染色体的四个位置。在伪分子中检测向导 RNA 序列为脱靶突变诱导提供了候选。这些结果证明了使用 PacBio HiFi 读段进行染色体规模组装的效率及其在小麦基因组编辑研究中的应用。
筛查具有土壤真菌针对
在隔离真菌时，从三个不同地方的三种不同种类的土壤样品中分离了十种真菌。2018年12月从Pathein Chaungtha路边收集了三种土壤样品。通过串行稀释法进行了真菌的分离。从这些土壤样品中获得了十种真菌菌株。研究了孤立的土壤真菌的形态特征。在研究分离的土壤真菌，枯草芽孢杆菌，小球菌，白色念珠菌和农杆菌的抗菌活性中。其中，一个菌株表现出较弱的活性。三种菌株表现出良好的活性，一种菌株（TPF-07）表现出对农杆菌的高度抗菌活性。选择了这种孤立的土壤真菌TPF-07进行进一步研究。在选定的土壤真菌TPF-07的发酵参数中，优化了一天（24小时）种子培养和20％的接种物大小，并在4天发酵期达到最大活性。
研究文章在棉花中氮酶蛋白的共表达（Gossypium Hirsutum L.）
化学氮肥可以维持作物生产力，但是化学氮肥过度使用会导致经济成本和环境污染。减少氮肥使用使用的一种方法是将氮酶生物合成途径转移到非乳状植物中。Fe蛋白是氮酶的两个结构成分。NIFB是一个关键的成熟酶，它催化了结合和减少n 2的氮酶Femo-Concactor的生物合成中的第一个投入步骤。NIFB，NIFH，NIFD和NIFK的表达对于产生能够固定大气N 2的植物至关重要。在这项研究中，Paenibacillu Polymyxa Wly78的四个基因（NIFB，NIFB，NIFD和NIFK）通过CRE/LOXP重组系统组装在植物表达vector PCAMBIA1301中，从而产生重组表达vector PCAM- bia1301301-nifbhdk。然后，使用tumefaciens介导的转化将表达载体中携带的四个NIF基因共同融入了高地棉R15。通过PCR和RT-PCR选择了T 3代的纯合转基因棉线B2，B5和B17。QRT-PCR显示，NIFB，NIFH，NIFD和NIFK在类似水平的转基因棉中共表达。Western印迹分析表明，NIFB，NIFH，NIFD和NIFK是在转基因棉中共同生产的。棉花中四种关键的NIF蛋白（NIFB，NIFH，NIFD和NIFK）的共表达是工程氮酶生物合成途径的重要一步。
用于卵巢孢子的有效农杆菌介导的遗传转化方法。胚胎愈伤组织
摘要：证明是卵巢Betaceum（tamarillo）中的体细胞胚发生，因为可以从不同的epplants中诱导胚胎胜任的细胞系，因此可以从不同的植物中诱导胚胎胜任的细胞系，这是研究形态发生的有效模型系统。然而，尚未针对该物种实施胚胎愈伤组织（EC）的有效遗传转化系统。在这里，描述了使用tumefaciens的遗传转化的优化较快的遗传转化方案。确定了EC对三种抗生素的敏感性，卡纳米霉素被证明是tamarillo愈伤组织的最佳选择剂。两种农杆菌菌株EHA105和LBA4404都带有p35sgusint质粒，含有β-葡萄糖醛酸酶的记者基因（GUS）和标记基因neomycin phosycin phossforsfransferase（NPTIII），用于测试该过程。采用了基于抗生素耐药性的遗传转化，冷震处理，椰子水，聚乙烯基吡咯烷酮和适当的选择时间表的成功。通过GUS分析和基于PCR的技术评估了遗传转化，并在耐卡那霉素的EC团中确定了100％的效率。用EHA105菌株遗传转化导致基因组中GUS插入的值更高。 提供的协议为功能基因分析和生物技术方法提供了有用的工具。遗传转化导致基因组中GUS插入的值更高。提供的协议为功能基因分析和生物技术方法提供了有用的工具。
CBI 删除的副本 Hjelle Advisors, LLC 2023 年 4 月 25 日，......
为了生成基因编辑的无转基因大豆植物，设计了多个 sgRNA（单向导 RNA），并将其用于靶向 GmNF-YC4-1（Glyma.06G169600）启动子中的不同区域。使用农杆菌介导的转化将 Cas9 和多达六个向导 RNA 表达盒引入稳定转化的大豆植物中。使用 PacBio DNA 序列分析检测了 GmNF-YC4 启动子中含有缺失的 T0 植物。使用 PCR 分析和 DNA 测序检查了由 T0 植物自花授粉产生的 T1、T2 和 T3 植物，以识别缺失纯合且未继承含有 T-DNA 的基因编辑机制的品系。通过定量 PCR 测定 T-DNA 的存在与否以确定拷贝数。已经（或将）使用至少六对 PCR 引物对在拷贝数测定中未显示 T-DNA 拷贝的大豆品系进行 T-DNA 存在与否的检查，以调查大豆基因组中是否存在 T-DNA 载体序列。如果发现基因组中存在 T-DNA 载体序列，则将大豆品系与未转化大豆进行杂交，并选择包含预期的 NF-YC4 启动子缺失且不包含任何 T-DNA 载体序列的后代。
不含转移 DNA 的碱基编辑柑橘植物的生成
为了以最有效的方式恢复转基因柑橘植株，使用选择标记基因至关重要。在这项研究中，结果表明，将乙酰乳酸合酶 (ALS) 基因的突变形式与添加到选择培养基中的除草剂选择剂伊玛莠平 (IMZ) 结合使用可以实现这一目标。这种方法能够开发顺式基因再生体，即不掺入目前用于转基因选择的细菌基因的植株，此外，它还允许生成经过编辑的非转基因植株，这些植株的内源性 ALS 基因发生了改变，从而产生 IMZ 抗性。在这项研究中，将外植体与携带与 T-DNA 中的 nSpCas9 融合的胞苷脱氨酶的农杆菌共培养，并在添加了 IMZ 的培养基中选择再生体，从而恢复了柑橘突变体，其中 ALS 已使用碱基编辑器系统转化为 IMZ 抗性形式。对无转基因植物的分析表明，T-DNA 基因的瞬时表达足以诱发 ALS 突变，从而以 11.7% 的频率产生 IMZ 抗性芽。据我们所知，这是第一份关于无 T-DNA 编辑柑橘植物的报告。虽然需要进一步优化以提高编辑效率，但这种方法将允许生成具有改进的感官/农艺特征的新柑橘品种，而无需使用外来基因。
摘要。 Nurhayati，Ardie SW，Santoso TJ，Sudarsono。 2021。CRISPR/CAS9介导的水稻CV中的基因组编辑。 IPB3S导致半昏迷表型M
摘要。Nurhayati，Ardie SW，Santoso TJ，Sudarsono。2021。CRISPR/CAS9介导的基因组编辑，在水稻CV中。 IPB3S导致半昏迷的表型突变体。 生物多样性22：3792-3800。 IPB3S是印尼低地大米和高产品种。 但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。 这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。 IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。 PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。CRISPR/CAS9介导的基因组编辑，在水稻CV中。IPB3S导致半昏迷的表型突变体。 生物多样性22：3792-3800。 IPB3S是印尼低地大米和高产品种。 但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。 这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。 IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。 PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。IPB3S导致半昏迷的表型突变体。生物多样性22：3792-3800。IPB3S是印尼低地大米和高产品种。但是，植物高度的姿势使其容易产生住宿，这可以降低产量。这项研究旨在通过将CRISPR/CAS9 GA 20 OX2构建体引入IPB3s并开发半沃尔夫水稻突变体来编辑GA 20 OX2基因。IPB3S的未成熟胚胎外植体用于由携带PC1300-CAS9/ GA 20 OX2的EHA105农杆菌菌株介导的转化过程，并通过更改再生培养基组成。PCR分析表明，水稻CV。 IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。 使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。 IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。PCR分析表明，水稻CV。IPB3S遗传转化获得了携带HPT基因的推定突变体T0线（生长效率为47.9％，而转化效率为19.3％）。使用开发的再生培养基，我们获得了24种推定的水稻CV。IPB3S T0突变线携带HPT。 再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。 IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。 在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。IPB3S T0突变线携带HPT。再生IPB3S的最佳介质是A培养基（再生效率73.3％）。IPB 8和IPB 14有可能在下一代评估。在IPB 8-3突变体中观察到T1生成的最短植物高度。
一种测定桦树和杨树中CRISPR/Cas系统切割效率的方法
摘要 测定Cas9对靶位点的切割效率对于基因组编辑非常重要。然而，这种测定只能通过体外方法进行，因为需要纯化Cas蛋白和合成gRNA。在这里，我们开发了一种体内方法，称为植物瞬时CRISPR/Cas编辑（TCEP）来测定Cas9的切割效率。按常规方法构建农杆菌介导的植物转化CRISPR/Cas载体。利用我们建立的瞬时转化方法，Cas9蛋白和gRNA瞬时表达并形成复合物以切割其靶位，从而导致动态DNA断裂。使用qPCR定量断裂的DNA以测量Cas9的切割效率。我们利用TCEP和体外方法研究了白桦和山杨×波利纳植物中Cas9对不同靶位点的切割效率。 TCEP法测定结果与体外法一致，说明TCEP法测定切割效率可靠。另外，利用TCEP法，我们发现热处理和超声处理均能显著提高CRISPR/Cas效率。因此，TCEP法具有广泛的应用价值，不仅可用于分析CRISPR/Cas效率，还可用于确定Cas9切割中涉及的因素。
通过农杆菌感染瞬时 TALEN 表达对四倍体马铃薯进行靶向基因组编辑
摘要 使用位点特异性核酸酶（例如转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN) 和成簇的规律间隔短回文重复序列-CRISPR 相关蛋白 9 (CRISPR-Cas9)）进行基因组编辑是一种强大的作物育种技术。对于植物基因组编辑，基因组编辑试剂通常在植物细胞中从基因组内稳定整合的转基因中表达。这需要杂交过程从基因组中去除外来核苷酸以产生无效分离子。然而，在马铃薯等高度杂合的植物中，子代品系与亲本品种具有不同的农艺性状，不一定成为优良品系。农杆菌可以将 T-DNA 上的外源基因转移到植物细胞中。这既可用于稳定转化植物，也可用于在植物细胞中瞬时表达基因。在这里，我们用含有靶向固醇侧链还原酶 2 ( SSR2 ) 基因的 TALEN 表达载体的农杆菌感染马铃薯，并在没有选择的情况下再生了芽。我们获得了具有破坏的 SSR2 基因且没有转基因 TALEN 基因的再生系，这表明它们的破坏应该是由瞬时基因表达引起的。这里开发的使用农杆菌瞬时基因表达的策略（我们称之为农杆菌诱变）应该会加速使用基因组编辑技术来修改杂合植物基因组。
植物生物技术 37(2)
摘要 使用位点特异性核酸酶（例如转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN) 和成簇的规律间隔短回文重复序列-CRISPR 相关蛋白 9 (CRISPR-Cas9)）进行基因组编辑是一种强大的作物育种技术。对于植物基因组编辑，基因组编辑试剂通常在植物细胞中从基因组内稳定整合的转基因中表达。这需要杂交过程从基因组中去除外来核苷酸以产生无效分离子。然而，在马铃薯等高度杂合的植物中，子代品系与亲本品种具有不同的农艺性状，不一定成为优良品系。农杆菌可以将 T-DNA 上的外源基因转移到植物细胞中。这既可用于稳定转化植物，也可用于在植物细胞中瞬时表达基因。在这里，我们用含有靶向固醇侧链还原酶 2 ( SSR2 ) 基因的 TALEN 表达载体的农杆菌感染马铃薯，并在没有选择的情况下再生了芽。我们获得了具有破坏的 SSR2 基因且没有转基因 TALEN 基因的再生系，这表明它们的破坏应该是由瞬时基因表达引起的。这里开发的使用农杆菌瞬时基因表达的策略（我们称之为农杆菌诱变）应该会加速使用基因组编辑技术来修改杂合植物基因组。