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选择性dyRK1b抑制剂设计的结构观点
空间转录组学被命名为2020年自然方法的年度方法，因为它具有前所未有的能力，可以在组织中保留细胞的位置构成（1）。最近的一项审查表明，除了基因表达促进纤维外，还需要通过使用空间量来改善组织结构识别算法（2）。这种关键需求遵循了空间接近细胞命运的已知重要性（3）。可用的空间转录组学平台，高吞吐量的空间转录（HST）技术，例如10倍visium平台，展示了他们提供具有广泛商业可用性的转录组范围测序的能力。通常，比较不同条件（例如，敲除型与野生型），组（治疗依据与非反应者）或在发育生物学中的暂时研究窗口之间的相对丰度（例如，敲除与野生型）之间的相对丰度。也称为不同的丰度分析（DAA）（4，5），这些研究可以为重要的生物学过程提供信息，例如治疗反应或疾病进展。然而，在HST的背景下，由于跨样品的空间结构存在不可纠正的差异，这些方法是不平凡的。，尽管已经提出了多种空间转录组学数据中群体识别的方法（6-10），但尚无正式方法可用于实施
高级基因组学研究协调员
关于SAGC南澳大利亚基因组学中心（SAGC）是一家多机构，国家基因组学和生物信息学设施，由南澳大利亚政府和澳大利亚Bioplatforms Australia（BPA）通过澳大利亚政府的国家政府国家合作研究基础设施基础设施策略（NCRIS）支持。SAGC已在该州巩固了基因组学和生物信息学专业知识，其中一组超过16个基因组学和生物信息学员工并排工作，以提供创新的基因组学和生物信息学解决方案，包括基因组学研究的所有领域，包括农业，医疗保健和生态学。SAGC由位于阿德莱德CBD的南澳大利亚健康与医学研究（SAHMRI）主持。其Flinders节点（节点）位于新的健康和医学研究大楼（HMRB）中，是Flinders Village Development的核心。此角色主要基于Flinders校园。自成立以来，该设施一直在为其用户提供尖端的基因组技术提供开创性。SAGC是澳大利亚唯一提供超高吞吐量MGI T7测序服务的基因组学设施。它还建立了用于空间转录组学的管道（例如stomics，Xenium，visium，cytassist），单细胞基因组学（例如10x基因组学，解析生物科学），简读测序（MGI和Illumina等平台）和长阅读测序（例如牛津纳米波尔）。SAGC也是澳大利亚的三个10X基因组参考站点之一，配备了完整的工具，可以利用其领先的技术进行空间转录组学和单细胞基因组学项目。
欢迎参加第五届英国 - 日本神经科学研讨会
恶性脑瘤胶质母细胞瘤多形（GBM）显示出重要水平的细胞塑性。经常假定肿瘤微环境（TME）是GBM细胞状态的，但我们对GBM Tumers的空间组织和TME衍生的信号驱动恶性细胞状态过渡的空间组织知之甚少。在这里，我将预先发送一种集成的单细胞和空间多摩管方法，以解决GBM的组织插曲。首先，我将提出Cell2Location，这是一种新的计算工具，可以在空间转录组数据中映射细粒细胞类型。第二，我将提出GBM-Space，这是一种新的协作努力，以使用多模式基因组学发现TME-GBM相互作用。使用联合单细胞转录组和表观基因组分析，我们定义了当前的恶性细胞态，并扩展了TME细胞的描述。使用覆盖空间RNA测序，我们介绍了不同的肿瘤部位，并观察到GBM微环境的显着区域 - 异质性。最后，我们使用Cell2Location整合了单细胞和空间转录组学，并发现恶性细胞态在GBM中逐渐分离并与不同的TME相关。我们的努力揭示了GBM肿瘤的新空间组织，并确定了调节恶性细胞状态的假定TME信号。
研究项目提供 Azrieli 研究中心 CHU Sainte-Justine
成功的申请者将加入 CHU Sainte-Justine 研究中心的 Marín-Juez 实验室，在这里申请者将可以使用最先进的设施和技术平台，包括先进的成像平台（光片、旋转盘共聚焦、多光子、STED 超分辨率等）、基因组学（DropSeq、10x、Illumina Novaseq、Visium）、IPSC 细胞重编程和生物信息学平台。CHU Sainte-Justine 研究中心提供了一个蓬勃发展的科学环境，成功的申请者将有机会与多学科科学团队合作并与才华横溢的临床医生和研究人员合作。研究项目描述我们之前已经确定冠状动脉网络再生是心脏再生的关键决定因素（Marín-Juez 等人，PNAS 2016；Wang 等人，Development 2024）。我们的工作揭示了冠状动脉网络补充的控制机制，包括支持心肌细胞再生和介导冠状动脉-心外膜相互作用的血管支架的形成（Marín-Juez 等人，Dev Cell 2019；El-Sammak 等人，Circ Res 2022）。基于这些发现，我们现在旨在阐明心脏内皮、心外膜和免疫系统成分如何协同调节组织补充，以及它们在心肌细胞再生中发挥作用的具体机制。所需培训和个人资料我们正在寻找具有生物科学博士学位和组织修复/再生、细胞、分子生物学或遗传学实验室经验的候选人。以前与斑马鱼、成像和组织学打交道的经验非常有价值，但并非必不可少。强烈鼓励具有共聚焦/光片成像和/或基因组工程经验的候选人申请。具有出色协作和沟通技巧的申请人将获得优先考虑。
NBCC下一代测序（NGS）指南
A.基因函数分析基于CRISPR的功能筛选（基因敲除或激活）将基因型的变化连接到表型输出，通常用于查找特定实验条件必不可少的基因。在这些测定中，使用了一个合并的慢病毒单导向（SG）RNA库，其中每个SGRNA都通过唯一的条形码识别。典型的屏幕涉及端点读取，其中NGS鉴定出不同实验条件的细胞群中SGRNA频率的变化。使用Illumina简短读取序列进行分析，以识别和量化每个独特的SGRNA的条形码。可以使用PACBIO Revio系统上的长阅读测序进行确认（如果需要），请确认靶向集成。这还将确定引入等位基因特异性CAS9裂解的任何遗传变异，例如单核苷酸变异（SNV）。B.整个基因组测序我们使用短或长读测序提供整个基因组测序能力。简短的读取测序提供更高的深度，通常更便宜，并且仍然是分析特征良好的基因组的有效途径。使用PACBIO Revio进行的长阅读测序提供了鉴定复杂的结构变化（大插入/缺失，反转，重复和重复以及易位）的优势，并且最适合于从头开始基因组组装以及将单核苷酸聚糖（SNP）逐渐变化为单位基因组（SNP）。C.来自细胞，组织或器官的大量基因表达分析大量RNA测序（RNA-SEQ）可以使不同条件之间的基因表达分析。可以使用整个转录组，整个外显子组或有针对性的测序选项。用于差异表达分析，使用短阅读技术对转录本（转换为cDNA）进行测序，以识别和量化RNA表达水平。用于映射全长同工型，以识别转录本的剪接变体或替代性开始点和端点或将SNP分配给特定的同工型，因此使用我们的长读PACBIO REVIO测序仪进行分析。D.在RNA或DNA测序之前，单细胞生物学分离单细胞或单核可以使基因表达，染色质结构和拷贝数改变在混合细胞群体内的单细胞水平上进行评估。也可以使用条形码进行谱系跟踪。NBCC中可用的10倍铬平台是核心技术，可以轻松有效地分配单个细胞映射。E.空间分析我们使用纳米弦的GEOMX数字空间分析器耦合到Illumina测序。剖面区域。通过新授予的CFI授予Wrana和Pelletier，我们将从10倍基因组学获得10倍的Xenium和10倍Xenium和visium HD功能。