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相关免疫细胞浸润的生物信息学分析...
方法：用于对ONFH患者和健康对照组中的mRNA表达训练进行仔细检查，其数据整合来自GEO数据库。de mRNA。通过基因和基因组（KEGG）途径富集分析，基因本体论（GO）功能分析以及基因集富集分析（GSEA）的基因和基因组（KEGG）途径富集分析，基因和基因组百科全书（GSEA）探索了DE mRNA的生物学功能。此外，支持向量机 - 递归特征消除（SVM-RFE）和最低绝对收缩和选择操作员（Lasso）（Lasso）被用来辨别与该疾病相关的诊断生物标志物。接收器操作特征（ROC）分析用于评估特征基因的统计性能。使用QRT-PCR在从ONFH患者和健康对照组中获得的骨组织中进行关键基因的验证。成骨分化，以验证关键基因与成骨分化之间的相关性。最后，执行免疫细胞进行锻炼分析以评估ONFH中的免疫细胞失调，同时探索免疫细胞内效率与关键基因之间的相关性。
taverna：生物信息学工作流的组成和制定的工具
抽象动机：在生物信息学的计算机实验中，涉及计算工具和信息回购的协调使用。以Web服务的形式提供了越来越多的这些资源，并提供了程序化访问。生物信息学科学家将需要在工作流中协调这些网络服务，作为其分析的一部分。结果：Taverna项目开发了一种工具，用于为生命科学社区的生物信息学工作构成和制定。该工具包括一个工作台应用程序，该应用程序提供了用于工作流量组成的图形用户界面。这些工作流是用一种新语言编写的，称为简单的概念统一流量语言（SCU lof），其中在工作流程中的每个步骤都遵循一个原子任务。使用两个示例来说明在计算机实验中可以使用工作台应用程序将其表示为SCU浮动流量的便捷性。可用性：Taverna Work流量系统可作为开源可用，可以从http://taverna.sourceforge.net contact：taverna-users@lists.sourceforge.sourceforge.net
通过反疫苗技术设计有效的多价表位疫苗候选tsutsugamushi -tsutsugamushi - 生物信息学和免疫信息
磨砂鼠伤寒是由革兰氏阴性细菌（Orientia tsutsugamushi）引起的一种威胁生命的，未分化的发热疾病。细菌菌株是应考虑的全球健康问题。尽管为开发有效的免疫原性疫苗开发了数年的努力，但仍未获得成功的许可疫苗。该研究的目的是使用反疫苗学方法来构建表位反应。TSA56和SCAA蛋白合并可能是针对O. tsutsugamushi的最有希望的亚基疫苗。预测了 b细胞，CTL和HTL表位，随后，所有表位分别由KK，AAY和GPGPG接头连接，以及N末端区域的佐剂。此外，进行了分子对接和MD模拟，对TLR-2表现出较高的属性。鉴定并验证了16个线性B细胞，6个CTL和2个HTL表位。最终疫苗构建体显示高抗原性，稳定性和溶解度。分子对接和MD模拟表明与TLR-2和稳定的疫苗受体复合物相互作用。通过在计算机克隆中成功实施了疫苗在PET28A（+）载体中的表达，以及免疫模拟的显着结果表明，在先天性和适应免疫反应过程中，疫苗在免疫细胞相互作用中的效率证明了免疫反应中的效率。总而言之，结果表明，如果通过实验进行进一步研究，新开发的疫苗将是控制和提供针对SCRUB TYPHUS的明确预防措施的有前途的候选人。
生物信息学和基因组数据分析简介
II。 菜单此学科提供了生物信息学和基因组数据分析的基本概念和工具的介绍。 该课程解决了生物信息学的历史和重要性，生物数据库的使用，序列比对技术和相似性搜索，新一代测序方法（NGS）以及遗传变异性分析。 学生将通过为分子和基因组生物学的实际应用做好准备来学习如何解释和分析基本基因组数据。II。菜单此学科提供了生物信息学和基因组数据分析的基本概念和工具的介绍。该课程解决了生物信息学的历史和重要性，生物数据库的使用，序列比对技术和相似性搜索，新一代测序方法（NGS）以及遗传变异性分析。学生将通过为分子和基因组生物学的实际应用做好准备来学习如何解释和分析基本基因组数据。
SARS的T细胞表位多样性的生物信息学分析 -
表位保护估计为87.6％ - 96.5％，在膜（M）中为92.5％ - 99.6％，Nucleocapsid（N）为94.6％ - 99％。随着病毒的突变，越来越多的s表位降低了预测的结合功能：70％的Omicron BQ.1-XBB.1-XBB.1-XBB.1.5 S的表位经历了预测的结合降低，相比之下，早期的STRAINS DELTA AY.100 - AY.100 - AY.44和OMICICRON。Additionally, we identi fi ed several novel candidate HLA alleles that may be more susceptible to severe disease, notably HLA-A*32:01 , HLA-A*26:01 , and HLA-B*53:01 , and relatively protected from disease, such as HLA-A*31:01 , HLA- B*40:01 , HLA-B*44:03 , and HLA-B*57：01。我们的发现支持以下假设：影响CD8 T细胞表位免疫原性的病毒遗传变异有助于确定急性Covid-19的临床严重程度。实现长期COVID-19免疫将需要了解T细胞，SARS-COV-2变体和宿主MHC I类遗传学之间的关系。该项目是探索SARS-COV-2 CD8 +表位多样性的第一个项目之一，它对美国大部分人口进行了影响。
生物信息学实验室-NCBI
●问题6a）基因位于基因组上的哪里？（将鼠标传递到绿色条上。一个选项卡将带有来自基因组区域的信息，转录和产品。绿色条代表序列查看器中的基因，即NCBI功能。●问题6b）在此基因中看到了多少个外显子（看到了多少个灰色盒子）？●问题6C）周围基因的名称是什么（部分：基因组上下文）？●问题6D）是否有保守域？他们如何打电话？（转到相关信息部分中的左栏，单击“收获域”）。●问题6E）探索保守域后，返回基因页面。该基因涉及什么生物学过程（基因本体学术语）？（在页面上经常下去，转到该部分：一般基因信息。●问题6f）以下在基因页面上是：附加链接。单击链接基因。发生了什么？
南非生物信息学特派团宣言南非生物信息学特派团宣言
●刺激并鼓励在学科前沿进行高质量研究以促进最佳实践； ●促进生物信息学和计算生物学作为一种职业； ●确定，刺激和培养具有生物信息学和计算生物学能力的学生，以实现其全部潜力，而不论其社会，经济和文化背景如何； ●在生物信息学和计算生物学的各个方面，鼓励并为所有团体的成员，尤其是来自代表性不足社区的成员提供机会； ●探讨生物信息学和计算生物学在满足社会需求和促进强大的经济方面所做的贡献，这将有助于改善所有南非人的生活质量； ●促进对生物信息学和计算生物学的欣赏和公众理解●建立联系并促进自身与非洲和世界各地相关社会之间的合作。●刺激并鼓励刺激生物信息学技能发展的跨学科课程
密涅瓦信息学平等奖
Winc的基础。认识到需要采取更具结构化的方法来促进多样性，我们在2022年末建立了密码学（WINC）社区的妇女，因为我们观察到的大多数聚会集中在围绕妇女和社区中的多样性的大多数聚会是临时和临时的。例如，有一个女性在密码学网络接待处以及有关盟友和包容性的小组讨论（并行！）在会议加密22期间。然而，讨论后没有采取任何行动。由于几名女性的举措，Winc出生于多个步骤。Sof´ıa Celi启动了WINC网站，Katharina Boudgoust总结了在加密货币22期间举行的接待处出现的不同讨论点。这些笔记后来发表在WINC网站上。在艾莉森·毕晓普（Allison Bishop）的支持下，这三个创建了一台专用的Discord服务器，以在Winc Community之间进行互动。DISCORD服务器是由IACR新闻提要在2023年2月正式宣传的，以及通过不同的邮件列表和Twitter。我们强调说，我们从头开始创建了Winc社区，而大型组织或社区的支持很少，主要利用我们的社交媒体和单词到字的联系才能成长。
基础分子遗传技术和生物信息学...
在过去十年中，SAAPBT 开展了 20 多个分子遗传技术和生物信息学工具培训项目。这些项目使 200 多名参与者受益，包括来自兽医、农业、医学和纯科学研究和教学领域的教职员工、研究生和博士学者。基于这一经验，SAAPBT 目前正在 Thrissur 的 Mannuthy 兽医和动物科学学院 SAAPBT 组织一项名为“生命科学研究的基本分子遗传技术和生物信息学工具”的培训项目。该项目专为参与生物科学研究或教学的政府和私人机构的教职员工、研究人员和专业人士而设计。对于那些在分子遗传学实验室工作的人来说，它尤其有价值。培训涉及广泛的学科，包括兽医学、农业、医学和基础科学研究。培训分为两个模块，参与者可以选择其中一个模块或两个模块。每个模块都提供有针对性的培训，参与者完成每个模块后都会获得证书。
程序生物信息学课程2024 .docx
目标：为来自拉丁美洲国家的研究生和年轻研究人员提供单细胞转录组学和蛋白质组学的基础知识。在此课程中，参加者将学习如何使用可用的基于R的计算和统计方法来分析免疫细胞数据集。该课程的组织方式是在早晨，在聆听主题演讲者的工作之后，将讨论不同技术的理论方面，在下午，计算和统计方法的专家将提供个性化培训，以分析免疫细胞数据集（来自文献或早晨暴露的论文）。尽管在过去几年中已经实施了几门虚拟课程，但我们仍然认为面对面的会议允许最大程度的互动。因此，下午的会议将以一个教授/组织者将协助一组4-5名学生的方式组织。将向每个组提供一组带有相关数据集的纸张，并在课程期间分析，并将在最后一天评估结果的最终介绍。重点将放在实施常用的软件和管道上（例如Cellranger，Seurat，ArchR）。我们期望为早期研究人员和学员创造一个培养和支持的环境，从而影响我们的研究，教学和卫生系统的质量。