1。什么是生物信息学,基因组测序项目,模型生物,序列 - 结构 - 功能,生物信息学研究所,生物信息学和转录组,蛋白质组,代谢组,基本序列信息。生物数据库,数据格式,查询形式。比较2个序列,氨基酸相似性,相似性表,相似性因子,数据库中的相似性搜索,FASTA和BLAST算法,期望值。阅读和处理序列数据(Chromas)的方法。准备限制地图(从浮雕包中重新包装程序)。使用来自“浮雕”软件包(绘图ORF,显示ORF和GET ORF)的应用程序读取帧。基于核苷酸序列(来自浮雕封装的Transeq程序)基本序列数据库(DDBJ,EMBL,GenBank)生成蛋白质序列。蛋白质序列数据库。基因组浏览器。通过Expasy Server,数据库:瑞士蛋白石,Prosite访问各种生物信息来源。底漆设计,基本和高级参数,程序:Oligo,ePrimer3(浮雕)),Prime(GCG)。
背景:炎症性肠病(IBD)是一种影响肠道的持续性,非特异性炎症。牛皮癣是皮肤的长期炎症性疾病。IBD和牛皮癣之间存在合并症的相关性,但是合并症的特定发病机理尚不清楚。材料和方法:在这项研究中,我们分析了来自基因表达综合(GEO)数据库的数据集,并通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定了IBD和牛皮癣的共享基因。然后,应用三种机器学习算法来识别共享的诊断基因。接下来,用ROC曲线评估了共享诊断基因的验证,并确定了AUC。随后,进行了单个样品基因集富集分析(SSGSEA)和免疫浸润分析。此外,我们在药物签名数据库(DSIGDB)中获得了潜在的药物,例如Coremine数据库中的7种传统中药,这可能会对IBD和牛皮癣的合并症具有治疗作用。最后,我们通过RT-PCR,Western印迹和免疫组织化学(IHC)方法证实了结肠炎和牛皮癣小鼠组织中共有诊断基因的表达。结果:结果表明,AQP9的两种疾病具有最高的诊断值。AQP9的AUC值为UC的AUC值为93.681%,CD的AUC值为89.629%,在内部验证数据集中,牛皮癣的AUC值为78.689%。在外部验证数据集中,AQP9的AUC值为UC的AUC值为90.394%,CD的AUC值为93.909%,牛皮癣的AUC值为90.909%,为82.906%。免疫浸润分析和SSGSEA表明,AQP9可能通过参与NF-kappab信号通路并调节免疫细胞分化来影响IBD和牛皮癣的疾病过程。此外,与对照组相比,AQP9的表达水平始终验证,在IBD中显示上调和牛皮癣下调。结论:这项研究揭示了IBD和牛皮癣合并症的共享诊断基因和潜在机制,为探索合并症机制和治疗目标的未来研究提供了新的方向。
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录取要求的平均成绩平均为3.0,本科工作或令人满意的GRE/GMAT得分简历详细详细介绍了工作经验,并成就了个人对职业目标和背景经验的个人陈述,包括解释该计划将如何帮助实现教育和专业目标。建议:在线收到的两个专业或学术建议,涉及候选人完成研究生学习的潜力。您将在www.gvsu.edu/gradapply上提供您帐户中两个参考的电子邮件,并向他们发送链接以填写其在线建议。编程语言知识应用统计知识
这一最新添加反映了该公司对增强其生物信息学数据基础设施的持续承诺,从而使倡议扩大了澳大利亚/亚洲太平洋地区(Apac)地区的生物信息学产品的范围和使用 - 该地区包括澳大利亚,新西兰,新几内亚和周围的澳大利亚,新西兰和周围的岛屿。
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在人类消化微生物组的链球菌的细菌群中,已经鉴定出了方尖碑RNA序列,尽管它们对微生物组或宿主生物体的生理影响仍然未知(Schmitt- Kremer等人,2024年)。在该菌株中发现了一个特定的方尖碑序列“方尖碑S.S”,长度为1,137个核苷酸,与Alpha和beta方尖碑的基因组相似,分别为41%和35%。尽管存在与Oblin-1的相似性,但没有发现与Oblin-2的基因组相似性。至少在上述菌株中,细菌种群中的方尖碑序列的存在表明它们可能存在于其他菌株甚至物种中。尚不清楚不同类型的上线孔是否表现出真核细胞的乳房(尽管它们在生态上与微生物群体及其宿主生物(Schmitt-Kremer等,2024))(2024)),是否为细菌提供了有益的功能(Maddamsotti等,2024),是否有与造成的效果。已经提出,通过包含小RNA的囊泡的细菌转运可能是一种通信策略,这可能是方尖碑传播的潜在机制的关键(Maddamsetti等,2024)。然而,细胞宿主中有方尖碑的存在似乎与蛋白质的产生有关,特别是至少两种类型(α和beta方尖碑)。作为潜在的新生物学实体,尚不清楚它们是否具有类似于噬菌体的翻译机制或类似于病毒的自动化机制,等待进一步研究是否真的生成了生物信息学工具预测的蛋白质结构。基于Zheludev等人,2024年提出的假设,可以推测,与细胞基因组进化一样,将外部序列纳入当前的细胞序列,方尖碑S.S.如生物信息学分析所建议的,可能有助于链球菌的转录组片段。